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6en4

SF3b core in complex with a splicing modulator

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 139.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Splicing factor 3B subunit 3

Homo sapiens

UniProt Q15393

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1217 突变：internal deletion 1068-1085 Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） ZN ZINC ION × 3 BGZ [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{S})-6-methyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM HEPES-NaOH, pH 7-7.4, 200 mM KCl, and 38-39% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) 分辨率 3.08 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EN4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IFE Crystal structure of the human SF3b core complex 提交 2016-02-25 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.05 M HEPES-NaOH pH=6.91-7.05, 40% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2M KCl
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 w 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：46-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
5ZYA SF3b spliceosomal complex bound to E7107 提交 2018-05-23 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 v 1–1217（1217 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
分辨率 3.40 Å
6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric
链 v 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6Y50 5'domain of human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 v 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Y5Q human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric
链 v 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 E 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 E 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 E 1–1217（1217 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7B0I Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form II) 提交 2020-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–442（442 aa）
链 A 768–1067（300 aa）
链 A 1086–1217（132 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.17；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.17, 0.2 M MgCl2, 25% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7B91 Structure of a minimal SF3B core in complex with pladienolide D (form I) 提交 2020-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–442（442 aa）
链 A 768–1216（449 aa）
未记录 T2Z [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 7.63, PEG-3350 11%, Glycerol 15%, KSCN 0.2M
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
7B92 Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form II) 提交 2020-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–442（442 aa）
链 A 768–1216（449 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.42, 0.2 M Magnesium chloride, 27.75% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
7B9C Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form I) 提交 2020-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 768–1216（449 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 SJT spliceostatin A (form II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.1-7.45, 0.2 M Potassium thiocyanate (KSCN), 11-12% (w/v) PEG-3350, 10-15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
7EVN The cryo-EM structure of the DDX42-SF3b complex 提交 2021-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7EVO The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP 提交 2021-05-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7KTS Negative stain EM structure of the human SAGA coactivator complex (TRRAP, core, splicing module) 提交 2020-11-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 S 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffers were freshly prepared and 0.22 um filtered.
分辨率 19.09 Å
7OMF Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I) 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–442（442 aa）
链 A 768–1217（450 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-tris propane pH 7.4, 0.2M KSCN, 12% (w/v) PEG-3350, 10%(v/v) Glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
7ONB Structure of the U2 5' module of the A3'-SSA complex 提交 2021-05-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for 2s using a blot force of 7 and the grid was snap frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
分辨率 3.10 Å
7OPI Structure of a minimal SF3B core in complex with the inactive modulator spliceostatin E (form I) 提交 2021-05-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 768–1217（450 aa）
未记录 07I Spliceostatin E (form I) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.15；277.15 K；0.1 M Bis-tris propane pH=7.15, 0.2 M KSCN, PEG-3350 11% (w/v), Glycerol (v/v) 10%
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
7Q3L Human 17S U2 snRNP 5' domain 提交 2021-10-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 C 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.21 Å
7Q4O Substrate-bound A-like U2 snRNP 提交 2021-11-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
7Q4P U2 snRNP after ATP-dependent remodelling 提交 2021-11-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 C 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.15 Å
7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 3.10 Å
7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 5.90 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2I 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2I 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 2I 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric
链 2I 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8H7G Cryo-EM structure of the human SAGA complex 提交 2022-10-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8HK1 The cryo-EM structure of human pre-17S U2 snRNP 提交 2022-11-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 3 1–1217（1217 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.29 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.60 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y7E Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U12 snRNP part 提交 2024-02-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 3 1–1217（1217 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.66 Å
9K1O Structure of SF3B core in complex with the 22-nt histone mRNA(SF3B-22-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9K1Q Structure of SF3B core in complex with the 101-nt histone mRNA(SF3B-101-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9K1R Structure of SF3B core in complex with the intron-U2 snRNA (SF3B-intron-U2 snRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9K1W Structure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9K1Y Structure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.50 Å
9RDK Cryo-EM structure of the human SAGA co-activator complex 提交 2025-06-03 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 A 1–1217（1217 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.41 Å
9ZE0 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state) 提交 2025-11-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9ZE2 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core) 提交 2025-11-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9ZE3 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state) 提交 2025-11-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9ZEC Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1) 提交 2025-11-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9ZED Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2) 提交 2025-11-29 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B3 1–1217（1217 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å

共 66 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SF3B3_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–1201； UniProt 1–1217

Splicing factor 3B subunit 5

Homo sapiens

UniProt Q9BWJ5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 2–86 未记录 Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） ZN ZINC ION × 3 BGZ [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{S})-6-methyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM HEPES-NaOH, pH 7-7.4, 200 mM KCl, and 38-39% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) 分辨率 3.08 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EN4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IFE Crystal structure of the human SF3b core complex 提交 2016-02-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.05 M HEPES-NaOH pH=6.91-7.05, 40% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2M KCl
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：46-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
5ZYA SF3b spliceosomal complex bound to E7107 提交 2018-05-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
分辨率 3.40 Å
6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6Y50 5'domain of human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Y5Q human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 x 1–86（86 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7B0I Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form II) 提交 2020-11-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.17；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.17, 0.2 M MgCl2, 25% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7B91 Structure of a minimal SF3B core in complex with pladienolide D (form I) 提交 2020-12-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 T2Z [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 7.63, PEG-3350 11%, Glycerol 15%, KSCN 0.2M
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
7B92 Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form II) 提交 2020-12-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.42, 0.2 M Magnesium chloride, 27.75% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
7B9C Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form I) 提交 2020-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 SJT spliceostatin A (form II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.1-7.45, 0.2 M Potassium thiocyanate (KSCN), 11-12% (w/v) PEG-3350, 10-15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
7EVN The cryo-EM structure of the DDX42-SF3b complex 提交 2021-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7EVO The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP 提交 2021-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7KTS Negative stain EM structure of the human SAGA coactivator complex (TRRAP, core, splicing module) 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tridecameric
链 T 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffers were freshly prepared and 0.22 um filtered.
分辨率 19.09 Å
7OMF Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I) 提交 2021-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-tris propane pH 7.4, 0.2M KSCN, 12% (w/v) PEG-3350, 10%(v/v) Glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
7ONB Structure of the U2 5' module of the A3'-SSA complex 提交 2021-05-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for 2s using a blot force of 7 and the grid was snap frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
分辨率 3.10 Å
7OPI Structure of a minimal SF3B core in complex with the inactive modulator spliceostatin E (form I) 提交 2021-05-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 07I Spliceostatin E (form I) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.15；277.15 K；0.1 M Bis-tris propane pH=7.15, 0.2 M KSCN, PEG-3350 11% (w/v), Glycerol (v/v) 10%
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
7Q3L Human 17S U2 snRNP 5' domain 提交 2021-10-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 E 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.21 Å
7Q4O Substrate-bound A-like U2 snRNP 提交 2021-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 E 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
7Q4P U2 snRNP after ATP-dependent remodelling 提交 2021-11-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 E 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.15 Å
7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 3.10 Å
7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 5.90 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2M 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2M 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 2M 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric
链 2M 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8H7G Cryo-EM structure of the human SAGA complex 提交 2022-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
8HK1 The cryo-EM structure of human pre-17S U2 snRNP 提交 2022-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 5 1–86（86 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.29 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.60 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y7E Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U12 snRNP part 提交 2024-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 7 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.66 Å
9K1O Structure of SF3B core in complex with the 22-nt histone mRNA(SF3B-22-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9K1Q Structure of SF3B core in complex with the 101-nt histone mRNA(SF3B-101-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9K1R Structure of SF3B core in complex with the intron-U2 snRNA (SF3B-intron-U2 snRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9K1W Structure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9K1Y Structure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.50 Å
9RDK Cryo-EM structure of the human SAGA co-activator complex 提交 2025-06-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：13-meric
链 B 1–86（86 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.41 Å
9ZE0 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state) 提交 2025-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9ZE2 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core) 提交 2025-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9ZE3 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state) 提交 2025-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9ZEC Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1) 提交 2025-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9ZED Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2) 提交 2025-11-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B5 1–86（86 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å

共 66 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SF3B5_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–85； UniProt 2–86

Splicing factor 3B subunit 1

Homo sapiens

UniProt O75533

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 453–1304 突变：deletion 1-452 Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 （Q7RTV0） ZN ZINC ION × 3 BGZ [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{S})-6-methyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM HEPES-NaOH, pH 7-7.4, 200 mM KCl, and 38-39% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) 分辨率 3.08 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EN4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2F9D 2.5 angstrom resolution structure of the spliceosomal protein p14 bound to region of SF3b155 提交 2005-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 373–415（43 aa） 片段：Residues: 373-415
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；14-18% PEG3350, MOPS buffer, 0.2M sodium formate selenomethionine derivatized SF3b155 protein, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
2F9D 2.5 angstrom resolution structure of the spliceosomal protein p14 bound to region of SF3b155 提交 2005-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 373–415（43 aa） 片段：Residues: 373-415
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；14-18% PEG3350, MOPS buffer, 0.2M sodium formate selenomethionine derivatized SF3b155 protein, pH 6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
2F9J 3.0 angstrom resolution structure of a Y22M mutant of the spliceosomal protein p14 bound to a region of SF3b155 提交 2005-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 381–415（35 aa） 片段：Residues: 381-415
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60% NaH2PO4/40% K2HPO4 0.5M beta-alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2F9J 3.0 angstrom resolution structure of a Y22M mutant of the spliceosomal protein p14 bound to a region of SF3b155 提交 2005-12-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 381–415（35 aa） 片段：Residues: 381-415
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；60% NaH2PO4/40% K2HPO4 0.5M beta-alanine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
2FHO NMR solution structure of the human spliceosomal protein complex p14-SF3b155 提交 2005-12-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 379–424（46 aa） 片段：residues in database 379-424
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient
NMR样品组成 20mM Sodium Phosphate buffer (pH 6.5), 100mM NaCl, 1mM d-DTT; 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2PEH Crystal structure of the UHM domain of human SPF45 in complex with SF3b155-ULM5 提交 2007-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 333–342（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% (w/v) PEG 1,500, 0.1 M Malonate, Imidazole, Borate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.11 Å R-free 0.273
2PEH Crystal structure of the UHM domain of human SPF45 in complex with SF3b155-ULM5 提交 2007-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 333–342（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% (w/v) PEG 1,500, 0.1 M Malonate, Imidazole, Borate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.11 Å R-free 0.273
2PEH Crystal structure of the UHM domain of human SPF45 in complex with SF3b155-ULM5 提交 2007-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 333–342（10 aa）
链 D 333–342（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；25% (w/v) PEG 1,500, 0.1 M Malonate, Imidazole, Borate buffer pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.11 Å R-free 0.273
3LQV Branch Recognition by SF3b14 提交 2010-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 377–415（39 aa） 片段：UNP residues 377-415
未记录 ADE ADENINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；PEG3350, 0.2M NaCl, 20mM Adenine, pH 6, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.38 Å R-free 0.258
3LQV Branch Recognition by SF3b14 提交 2010-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 377–415（39 aa） 片段：UNP residues 377-415
未记录 ADE ADENINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6；298 K；PEG3350, 0.2M NaCl, 20mM Adenine, pH 6, vapor diffusion, temperature 298K
分辨率 2.38 Å R-free 0.258
4OZ1 Crystal structure of human CAPERalpha UHM bound to SF3b155 ULM5 提交 2014-02-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 333–342（10 aa） 片段：333-342
未记录 K POTASSIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 LYS LYSINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.8 M sodium phosphate, 0.8 M potassium phosphate, 0.1 M HEPES pH 7.5
分辨率 1.74 Å R-free 0.180
5IFE Crystal structure of the human SF3b core complex 提交 2016-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.05 M HEPES-NaOH pH=6.91-7.05, 40% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2M KCl
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 v 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：46-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
5ZYA SF3b spliceosomal complex bound to E7107 提交 2018-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–1304（1304 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
分辨率 3.40 Å
6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6Y50 5'domain of human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Y53 human 17S U2 snRNP low resolution part 提交 2020-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：nonadecameric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
6Y5Q human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 u 1–1304（1304 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7B0I Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form II) 提交 2020-11-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.17；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.17, 0.2 M MgCl2, 25% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7B91 Structure of a minimal SF3B core in complex with pladienolide D (form I) 提交 2020-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 T2Z [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 7.63, PEG-3350 11%, Glycerol 15%, KSCN 0.2M
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
7B92 Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form II) 提交 2020-12-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.42, 0.2 M Magnesium chloride, 27.75% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
7B9C Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form I) 提交 2020-12-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 SJT spliceostatin A (form II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.1-7.45, 0.2 M Potassium thiocyanate (KSCN), 11-12% (w/v) PEG-3350, 10-15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
7EVN The cryo-EM structure of the DDX42-SF3b complex 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 C 452–1304（853 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7EVO The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7OMF Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I) 提交 2021-05-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-tris propane pH 7.4, 0.2M KSCN, 12% (w/v) PEG-3350, 10%(v/v) Glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
7ONB Structure of the U2 5' module of the A3'-SSA complex 提交 2021-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–1304（1304 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for 2s using a blot force of 7 and the grid was snap frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
分辨率 3.10 Å
7OPI Structure of a minimal SF3B core in complex with the inactive modulator spliceostatin E (form I) 提交 2021-05-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 07I Spliceostatin E (form I) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.15；277.15 K；0.1 M Bis-tris propane pH=7.15, 0.2 M KSCN, PEG-3350 11% (w/v), Glycerol (v/v) 10%
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
7Q3L Human 17S U2 snRNP 5' domain 提交 2021-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 A 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.21 Å
7Q4O Substrate-bound A-like U2 snRNP 提交 2021-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
7Q4P U2 snRNP after ATP-dependent remodelling 提交 2021-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 A 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.15 Å
7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric
链 C 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 3.10 Å
7SN6 U2AF65 UHM BOUND TO SF3B155 ULM5 提交 2021-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 333–351（19 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 15% V/V 2-PROPANOL, 20% PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7SN6 U2AF65 UHM BOUND TO SF3B155 ULM5 提交 2021-10-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 333–351（19 aa）
未记录 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1 M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE PH 5.6, 15% V/V 2-PROPANOL, 20% PEG 4000
分辨率 1.80 Å R-free 0.217
7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 C 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 5.90 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2G 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2G 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 2G 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric
链 2G 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8HK1 The cryo-EM structure of human pre-17S U2 snRNP 提交 2022-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 1 1–1304（1304 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.29 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.60 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y7E Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U12 snRNP part 提交 2024-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 1 1–1304（1304 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.66 Å
9K1O Structure of SF3B core in complex with the 22-nt histone mRNA(SF3B-22-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9K1Q Structure of SF3B core in complex with the 101-nt histone mRNA(SF3B-101-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9K1R Structure of SF3B core in complex with the intron-U2 snRNA (SF3B-intron-U2 snRNA) 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 453–1304（852 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9K1W Structure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 453–1304（852 aa）
突变：K700E ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9K1Y Structure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 C 453–1304（852 aa）
突变：R625H ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.50 Å
9ZE0 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state) 提交 2025-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9ZE2 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core) 提交 2025-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9ZE3 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state) 提交 2025-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9ZEC Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1) 提交 2025-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9ZED Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2) 提交 2025-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 B1 1–1304（1304 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å

共 71 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SF3B1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–852； UniProt 453–1304

PHD finger-like domain-containing protein 5A

Homo sapiens

UniProt Q7RTV0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–98 突变：deletion 99-110 Splicing factor 3B subunit 3 × 1 （Q15393） Splicing factor 3B subunit 5 × 1 （Q9BWJ5） Splicing factor 3B subunit 1 × 1 （O75533） ZN ZINC ION × 3 BGZ [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{S})-6-methyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM HEPES-NaOH, pH 7-7.4, 200 mM KCl, and 38-39% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) 分辨率 3.08 Å R-free 0.266

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6EN4 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5IFE Crystal structure of the human SF3b core complex 提交 2016-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.05 M HEPES-NaOH pH=6.91-7.05, 40% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.2M KCl
分辨率 3.10 Å R-free 0.260
5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
5SYB Crystal structure of human PHF5A 提交 2016-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–110（110 aa）
突变：C40S ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM CHES pH9.5 0.8mM Sodium Citrate 0.5% beta-OG
分辨率 1.82 Å R-free 0.203
5SYB Crystal structure of human PHF5A 提交 2016-08-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–110（110 aa）
突变：C40S ZN ZINC ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100mM CHES pH9.5 0.8mM Sodium Citrate 0.5% beta-OG
分辨率 1.82 Å R-free 0.203
5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：57-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.50 Å
5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：46-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.90 Å
5ZYA SF3b spliceosomal complex bound to E7107 提交 2018-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 7–91（85 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.95 Å
6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.70 Å
6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FF4 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：28-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot with blotting sensor
分辨率 3.40 Å
6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：61-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：71-meric
链 BP 1–104（104 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
6Y50 5'domain of human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6Y5Q human 17S U2 snRNP 提交 2020-02-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.10 Å
7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.80 Å
7ABH Human pre-Bact-2 spliceosome (SF3b/U2 snRNP portion) 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
7ABI Human pre-Bact-2 spliceosome 提交 2020-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 y 1–110（110 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.00 Å
7B0I Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form II) 提交 2020-11-19 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.17；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.17, 0.2 M MgCl2, 25% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.247
7B91 Structure of a minimal SF3B core in complex with pladienolide D (form I) 提交 2020-12-13 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 T2Z [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] ethanoate × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-Tris Propane pH 7.63, PEG-3350 11%, Glycerol 15%, KSCN 0.2M
分辨率 3.00 Å R-free 0.255
7B92 Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form II) 提交 2020-12-14 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M HEPES pH=7.42, 0.2 M Magnesium chloride, 27.75% (v/v) PEG-400
分辨率 3.00 Å R-free 0.258
7B9C Structure of a minimal SF3B core in complex with spliceostatin A (form I) 提交 2020-12-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SCN THIOCYANATE ION × 1 SJT spliceostatin A (form II) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis-Tris Propane pH 7.1-7.45, 0.2 M Potassium thiocyanate (KSCN), 11-12% (w/v) PEG-3350, 10-15% (v/v) Glycerol
分辨率 2.40 Å R-free 0.248
7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 45 PDB 声明：49-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
7EVN The cryo-EM structure of the DDX42-SF3b complex 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7EVO The cryo-EM structure of the human 17S U2 snRNP 提交 2021-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7OMF Structure of a minimal SF3B core in complex with sudemycin D6 (form I) 提交 2021-05-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 T2W [(~{Z},2~{S})-5-[[4-[(2~{E},4~{E})-3-methyl-5-[(2~{S},4~{R})-4,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl]penta-2,4-dienyl]cyclohexyl]amino]-5-oxidanylidene-pent-3-en-2-yl] ~{N}-methylcarbamate × 1 SCN THIOCYANATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1M Bis-tris propane pH 7.4, 0.2M KSCN, 12% (w/v) PEG-3350, 10%(v/v) Glycerol
分辨率 3.00 Å R-free 0.266
7ONB Structure of the U2 5' module of the A3'-SSA complex 提交 2021-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；The A3'-SSA complex was frozen in vitreous ice by applying ~2.2 uL crosslinked sample to both sides of a glow-discharged UltrAufoil R1.2/1.3 gold grid. The excess sample was blotted away for 2s using a blot force of 7 and the grid was snap frozen in liquid ethane cooled by liquid nitrogen.
分辨率 3.10 Å
7OPI Structure of a minimal SF3B core in complex with the inactive modulator spliceostatin E (form I) 提交 2021-05-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 1–98（98 aa）
未记录 07I Spliceostatin E (form I) × 1 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.15；277.15 K；0.1 M Bis-tris propane pH=7.15, 0.2 M KSCN, PEG-3350 11% (w/v), Glycerol (v/v) 10%
分辨率 3.10 Å R-free 0.269
7Q3L Human 17S U2 snRNP 5' domain 提交 2021-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：nonameric
链 G 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.21 Å
7Q4O Substrate-bound A-like U2 snRNP 提交 2021-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.10 Å
7Q4P U2 snRNP after ATP-dependent remodelling 提交 2021-11-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：octameric
链 G 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Sample after desalting may have also contained up to 5% glycerol.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.15 Å
7QTT Structural organization of a late activated human spliceosome (Baqr, core region) 提交 2022-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 33 PDB 声明：37-meric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI) operating at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 3.10 Å
7VPX The cryo-EM structure of the human pre-A complex 提交 2021-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：35-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SJT spliceostatin A (form II) × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：59-meric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
分辨率 5.90 Å
8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2L 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 2L 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：63-meric
链 2L 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric
链 2L 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8HK1 The cryo-EM structure of human pre-17S U2 snRNP 提交 2022-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 9B0 [(2~{S},3~{S},4~{E},6~{S},7~{R},10~{R})-3,7-dimethyl-2-[(2~{E},4~{E},6~{R})-6-methyl-6-oxidanyl-7-[(2~{R},3~{R})-3-[(2~{R},3~{S})-3-oxidanylpentan-2-yl]oxiran-2-yl]hepta-2,4-dien-2-yl]-7,10-bis(oxidanyl)-12-oxidanylidene-1-oxacyclododec-4-en-6-yl] 4-cycloheptylpiperazine-1-carboxylate × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：50-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric
链 7 1–110（110 aa）
未记录 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 66 PDB 声明：71-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.29 Å
8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：61-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 9.60 Å
8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：68-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：71-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.10 Å
8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：62-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.80 Å
8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric
链 BP 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
8Y7E Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U12 snRNP part 提交 2024-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 6 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 4.66 Å
9K1O Structure of SF3B core in complex with the 22-nt histone mRNA(SF3B-22-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9K1Q Structure of SF3B core in complex with the 101-nt histone mRNA(SF3B-101-nt histone mRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9K1R Structure of SF3B core in complex with the intron-U2 snRNA (SF3B-intron-U2 snRNA) 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9K1W Structure of the SF3B core, harboring the K700E mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9K1Y Structure of the SF3B core, harboring the R625H mutation in SF3B1, in complex with intron-U2 snRNA 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 D 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：63-meric
链 5A 1–110（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.50 Å
9ZE0 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state) 提交 2025-11-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 H 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.43 Å
9ZE2 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core) 提交 2025-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 H 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.26 Å
9ZE3 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state) 提交 2025-11-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 H 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.93 Å
9ZEC Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1) 提交 2025-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 H 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.61 Å
9ZED Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2) 提交 2025-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 H 1–110（110 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å

共 64 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PHF5A_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 11–108； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6en4

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6en4
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6en4
沉积日期 deposition_date2017-10-04
结构标题 titleSF3b core in complex with a splicing modulator
关键词 keywordsProtein complex, splicing modulator, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier43.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron42.90 Å
零角强度 I(0) i0858805000.00
分子量 molecular_weight245530.0 kDa
排除体积 excluded_volume309000 ų
包络体积 envelope_volume418530 ų
水化壳体积 shell_volume79469 ų
包络直径 envelope_diameter151.0 Å
壳层 Rg shell_rg49.57 Å
包络 Rg envelope_rg42.27 Å
形状 Rg shape_rg42.89 Å
总 Rg total_rg43.22 Å
总原子数 total_atoms17246
残基数 n_residues2180
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax139.8 Å
Rg (实空间) rg_real43.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real8.5880e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal43.39 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal859000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8981
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary54.4 Å
偏度 Skewness skewness0.147
峰度 Kurtosis kurtosis-0.484
角度范围 angular_range— – 0.1800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha104400000.0000
实空间数据点数 n_real_points37
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.967
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6en4d_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.101 — Triquetra knot
超家族 Superfamily superfamilyg.101.1 — Pre-mRNA splicing factor Phf5-like
家族 Family familyg.101.1.1 — Pre-mRNA splicing factor Phf5-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6en4A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6en4A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)