6znm

The pointed end complex of dynactin bound to BICDR1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 208.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARP1 actin related protein 1 homolog A

物种未注明

UniProt F2Z5G5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–376 链 I; UniProt 1–376 未记录 Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 F2Z5G5_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 I; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

UniProt Q6QAQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–375 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 24 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ACTB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

Arp11

物种未注明

UniProt I3LHK5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–417 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 21 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I3LHK5_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–417; UniProt 1–417

Dynactin subunit 2

物种未注明

UniProt A0A5G2QD80

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–405 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A5G2QD80_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–405; UniProt 1–405

Dynactin 6

物种未注明

UniProt D0G6S1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 1–190 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 D0G6S1_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–190; UniProt 1–190

Dynactin subunit 5

物种未注明

UniProt A0A286ZK88

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 1–182 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A286ZK88_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–182; UniProt 1–182

BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1

Mus musculus

UniProt A0JNT9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 X; UniProt 1–325 链 x; UniProt 1–325 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) Dynactin subunit 4 × 1 (A0A4X1TB62) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 BICL1_MOUSE
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–325; UniProt 1–325 作者链 x; PDB构建体 1–325; UniProt 1–325

Dynactin subunit 4

物种未注明

UniProt A0A4X1TB62

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–467 未记录 ARP1 actin related protein 1 homolog A × 2 (F2Z5G5) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (Q6QAQ1) Arp11 × 1 (I3LHK5) Dynactin subunit 2 × 1 (A0A5G2QD80) Dynactin 6 × 1 (D0G6S1) Dynactin subunit 5 × 1 (A0A286ZK88) BICD family-like cargo adapter 1,BICD family-like cargo adapter 1,BICDR1 × 2 (A0JNT9) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A4X1TB62_PIG
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–467; UniProt 1–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6znm

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6znm
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6znm
沉积日期 deposition_date2020-07-06
结构标题 titleThe pointed end complex of dynactin bound to BICDR1
关键词 keywordsDynactin, Complex, Scaffold, Cytoskeleton, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.71
回转半径 Rg (电子) rg_electron54.00
零角强度 I(0) i01103140000.00
分子量 molecular_weight273630.0 kDa
排除体积 excluded_volume341310 ų
包络体积 envelope_volume502220 ų
水化壳体积 shell_volume81669 ų
包络直径 envelope_diameter229.1
壳层 Rg shell_rg52.42
包络 Rg envelope_rg54.27
形状 Rg shape_rg54.07
总 Rg total_rg53.71
总原子数 total_atoms19253
残基数 n_residues2601
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax208.9
Rg (实空间) rg_real54.22
Rg 误差 (实空间) rg_real_error3.04
I(0) (实空间) i0_real1.1030e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1102000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7838
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary50.4
偏度 Skewness skewness0.674
峰度 Kurtosis kurtosis0.118
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha117300000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.493; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.810; Smooth: 0.897

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)