7dw9

Cryo-EM structure of human V2 vasopressin receptor in complex with an Gs protein

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 126.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

UniProt P30518

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–371 未记录 Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody35 × 1 scFv16 × 1 CYS-TYR-PHE-GLN-ASN-CYS-PRO-ARG-GLY-NH2 × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 36 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 V2R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 117–487; UniProt 1–371

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Rattus norvegicus

UniProt P54311

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Vasopressin V2 receptor × 1 (P30518) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P63212) Nanobody35 × 1 scFv16 × 1 CYS-TYR-PHE-GLN-ASN-CYS-PRO-ARG-GLY-NH2 × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 161 个其他 PDB 条目、162 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_RAT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Bos taurus

UniProt P63212

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 7 PDB 声明:heptameric(7) 与蛋白拷贝数一致 链 Y; UniProt 1–71 未记录 Vasopressin V2 receptor × 1 (P30518) Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P54311) Nanobody35 × 1 scFv16 × 1 CYS-TYR-PHE-GLN-ASN-CYS-PRO-ARG-GLY-NH2 × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 215 个其他 PDB 条目、216 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_BOVIN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7dw9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7dw9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7dw9
沉积日期 deposition_date2021-01-15
结构标题 titleCryo-EM structure of human V2 vasopressin receptor in complex with an Gs protein
关键词 keywordsV2R, GPCR, Cryo-EM, AVP, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.78
零角强度 I(0) i0311537000.00
分子量 molecular_weight143740.0 kDa
排除体积 excluded_volume180070 ų
包络体积 envelope_volume238650 ų
水化壳体积 shell_volume52509 ų
包络直径 envelope_diameter128.9
壳层 Rg shell_rg43.22
包络 Rg envelope_rg38.49
形状 Rg shape_rg38.77
总 Rg total_rg39.10
总原子数 total_atoms10105
残基数 n_residues1283
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax126.0
Rg (实空间) rg_real38.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real3.1150e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal311500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8954
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.1
偏度 Skewness skewness0.261
峰度 Kurtosis kurtosis-0.543
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49740000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.839

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id7dw9B01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id7dw9N01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)