8pr0

Cytoplasmic dynein-A heavy chain bound to dynactin-p150glued and IC-LC tower

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 214.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt Q13409

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–612 链 D; UniProt 1–612 未记录 Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) Dynactin subunit 1 × 2 (A0A287B8J2) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 1 (O43237) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DC1I2_HUMAN
Isoform Q13409-3
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612 作者链 D; PDB构建体 1–612; UniProt 1–612

Dynein light chain 1, cytoplasmic

Homo sapiens

UniProt P63167

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–89 链 F; UniProt 1–89 未记录 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) Dynactin subunit 1 × 2 (A0A287B8J2) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 1 (O43237) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DYL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 F; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

Dynein light chain Tctex-type 1

Homo sapiens

UniProt P63172

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–113 链 H; UniProt 1–113 未记录 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynactin subunit 1 × 2 (A0A287B8J2) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 1 (O43237) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DYLT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–113; UniProt 1–113 作者链 H; PDB构建体 1–113; UniProt 1–113

Dynactin subunit 1

物种未注明

UniProt A0A287B8J2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–1281 链 J; UniProt 1–1281 未记录 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 1 (O43237) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 DCTN1_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–1281; UniProt 1–1281 作者链 J; PDB构建体 1–1281; UniProt 1–1281

Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1

Homo sapiens

UniProt Q14204

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–4646 链 B; UniProt 1–4646 突变:R1567E, K1610E Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) Dynactin subunit 1 × 2 (A0A287B8J2) Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2 × 1 (O43237) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 96 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DYHC1_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–4646; UniProt 1–4646 作者链 B; PDB构建体 1–4646; UniProt 1–4646

Cytoplasmic dynein 1 light intermediate chain 2

Homo sapiens

UniProt O43237

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 11 PDB 声明:undecameric(11) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–492 未记录 Cytoplasmic dynein 1 intermediate chain 2 × 2 (Q13409) Dynein light chain 1, cytoplasmic × 2 (P63167) Dynein light chain Tctex-type 1 × 2 (P63172) Dynactin subunit 1 × 2 (A0A287B8J2) Cytoplasmic dynein 1 heavy chain 1 × 2 (Q14204) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 9.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 22 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DC1L2_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–492; UniProt 1–492

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8pr0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8pr0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8pr0
沉积日期 deposition_date2023-07-12
结构标题 titleCytoplasmic dynein-A heavy chain bound to dynactin-p150glued and IC-LC tower
关键词 keywordsDynein, AAA-Atpase, dynactin, p150, LC8, TCTEX1, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.69
零角强度 I(0) i0724252000.00
分子量 molecular_weight183720.0 kDa
排除体积 excluded_volume211970 ų
包络体积 envelope_volume542650 ų
水化壳体积 shell_volume78325 ų
包络直径 envelope_diameter243.6
壳层 Rg shell_rg59.43
包络 Rg envelope_rg58.46
形状 Rg shape_rg62.69
总 Rg total_rg62.57
总原子数 total_atoms13123
残基数 n_residues2649
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax214.2
Rg (实空间) rg_real62.47
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.77
I(0) (实空间) i0_real7.2410e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5410e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal62.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal723900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8707
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary85.7
偏度 Skewness skewness0.297
峰度 Kurtosis kurtosis-0.237
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0037
最高正则化参数 α highest_alpha44440000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.704

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)