8wkq

Cryo-EM structure of the MS ring (C1) with export apparatus and proximal rod within the flagellar motor-hook complex in the CW state.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 279.3 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar M-ring protein

物种未注明

UniProt P15928

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 0; UniProt 1–560 链 1; UniProt 1–560 链 2; UniProt 1–560 链 3; UniProt 1–560 链 4; UniProt 1–560 链 5; UniProt 1–560 链 6; UniProt 1–560 链 7; UniProt 1–560 链 8; UniProt 1–560 链 9; UniProt 1–560 链 AA; UniProt 1–560 链 AB; UniProt 1–560 链 AC; UniProt 1–560 链 AD; UniProt 1–560 链 AE; UniProt 1–560 链 AF; UniProt 1–560 链 AG; UniProt 1–560 链 AH; UniProt 1–560 链 AI; UniProt 1–560 链 AJ; UniProt 1–560 链 AK; UniProt 1–560 链 AL; UniProt 1–560 链 AM; UniProt 1–560 链 AN; UniProt 1–560 链 AO; UniProt 1–560 链 AP; UniProt 1–560 链 AQ; UniProt 1–560 链 UI; UniProt 1–560 链 UJ; UniProt 1–560 链 UK; UniProt 1–560 链 UL; UniProt 1–560 链 UM; UniProt 1–560 链 UN; UniProt 1–560 链 UO; UniProt 1–560 链 UP; UniProt 1–560 链 WA; UniProt 1–560 链 WB; UniProt 1–560 链 WC; UniProt 1–560 链 WD; UniProt 1–560 链 WE; UniProt 1–560 链 WF; UniProt 1–560 链 WG; UniProt 1–560 链 WH; UniProt 1–560 链 WI; UniProt 1–560 链 WJ; UniProt 1–560 链 WK; UniProt 1–560 链 WL; UniProt 1–560 链 WM; UniProt 1–560 链 WN; UniProt 1–560 链 WO; UniProt 1–560 链 WP; UniProt 1–560 链 WQ; UniProt 1–560 链 WR; UniProt 1–560 链 WS; UniProt 1–560 链 WT; UniProt 1–560 链 WU; UniProt 1–560 链 WV; UniProt 1–560 链 WW; UniProt 1–560 链 b; UniProt 1–560 链 c; UniProt 1–560 链 d; UniProt 1–560 链 e; UniProt 1–560 链 f; UniProt 1–560 链 g; UniProt 1–560 链 h; UniProt 1–560 链 i; UniProt 1–560 链 j; UniProt 1–560 链 k; UniProt 1–560 链 l; UniProt 1–560 链 t; UniProt 1–560 链 u; UniProt 1–560 链 v; UniProt 1–560 链 w; UniProt 1–560 链 x; UniProt 1–560 链 y; UniProt 1–560 链 z; UniProt 1–560 未记录 Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIF_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 0; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 1; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 2; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 3; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 4; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 5; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 6; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 7; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 8; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 9; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AA; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AB; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AC; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AD; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AE; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AF; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AG; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AH; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AI; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AJ; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AK; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AL; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AM; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AN; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AO; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AP; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 AQ; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UI; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UJ; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UK; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UL; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UM; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UN; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UO; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 UP; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WA; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WB; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WC; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WD; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WE; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WF; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WG; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WH; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WI; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WJ; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WK; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WL; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WM; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WN; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WO; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WP; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WQ; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WR; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WS; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WT; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WU; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WV; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 WW; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 b; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 c; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 d; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 e; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 f; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 g; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 h; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 i; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 j; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 k; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 l; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 t; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 u; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 v; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 w; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 x; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 y; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560 作者链 z; PDB构建体 1–560; UniProt 1–560

Flagellar biosynthetic protein FliQ

物种未注明

UniProt P0A1L5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–89 链 B; UniProt 1–89 链 C; UniProt 1–89 链 D; UniProt 1–89 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIQ_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 B; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 C; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89 作者链 D; PDB构建体 1–89; UniProt 1–89

Flagellar biosynthetic protein FliR

物种未注明

UniProt P54702

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–264 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIR_SALTY
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–264; UniProt 1–264

Flagellar biosynthetic protein FliP

物种未注明

UniProt P54700

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–245 链 G; UniProt 1–245 链 H; UniProt 1–245 链 I; UniProt 1–245 链 J; UniProt 1–245 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIP_SALTY
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 G; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 H; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 I; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245 作者链 J; PDB构建体 1–245; UniProt 1–245

Flagellar hook-basal body complex protein FliE

物种未注明

UniProt P26462

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–104 链 L; UniProt 1–104 链 M; UniProt 1–104 链 N; UniProt 1–104 链 O; UniProt 1–104 链 P; UniProt 1–104 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIE_SALTY
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 L; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 M; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 N; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 O; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 P; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104

Flagellar basal body rod protein FlgB

物种未注明

UniProt P16437

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–138 链 R; UniProt 1–138 链 S; UniProt 1–138 链 T; UniProt 1–138 链 U; UniProt 1–138 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGB_SALTY
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 R; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 S; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 T; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 U; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138

Flagellar basal-body rod protein FlgC

物种未注明

UniProt P0A1I7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 103 PDB 声明:103-meric(103) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 1–134 链 W; UniProt 1–134 链 X; UniProt 1–134 链 Y; UniProt 1–134 链 Z; UniProt 1–134 链 a; UniProt 1–134 未记录 Flagellar M-ring protein × 76 (P15928) Flagellar biosynthetic protein FliQ × 4 (P0A1L5) Flagellar biosynthetic protein FliR × 1 (P54702) Flagellar biosynthetic protein FliP × 5 (P54700) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;Blot time: 4 Blot force: 10 Wait time: 30 Blot total: 1 Drain time: 2 分辨率 3.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGC_SALTY
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 W; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 X; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 Y; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 Z; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 a; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8wkq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8wkq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8wkq
沉积日期 deposition_date2023-09-28
结构标题 titleCryo-EM structure of the MS ring (C1) with export apparatus and proximal rod within the flagellar motor-hook complex in the CW state.
关键词 keywordsFlagellum, Flagellar motor, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier79.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron78.54
零角强度 I(0) i028229700000.00
分子量 molecular_weight1409900.0 kDa
排除体积 excluded_volume1758700 ų
包络体积 envelope_volume2861100 ų
水化壳体积 shell_volume287680 ų
包络直径 envelope_diameter255.8
壳层 Rg shell_rg88.55
包络 Rg envelope_rg76.37
形状 Rg shape_rg78.57
总 Rg total_rg78.53
总原子数 total_atoms99073
残基数 n_residues12998
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax279.3
Rg (实空间) rg_real81.53
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.37
I(0) (实空间) i0_real2.8030e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.5870e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal80.45
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28320000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9057
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary97.8
偏度 Skewness skewness0.388
峰度 Kurtosis kurtosis0.109
角度范围 angular_range— – 0.1000 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1600
最高正则化参数 α highest_alpha5441000000.0000
实空间数据点数 n_real_points21
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.759; Stabil: 0.909; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.840

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)