3jak

Cryo-EM structure of GTPgammaS-microtubule co-polymerized with EB3 (merged dataset with and without kinesin bound)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 224.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt Q2XVP4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 链 C; UniProt 1–451 链 E; UniProt 1–451 链 J; UniProt 1–451 链 K; UniProt 1–451 链 L; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta chain × 6 (P02554) Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 × 2 (Q9UPY8) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:BRB80;pH 6.8;80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.05% Nonidet P-40 cryo-EM玻璃化条件:Blot once for 4 seconds before plunging.;90.4 K;冷冻剂 ETHANE;Blot once for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II). 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 230 个其他 PDB 条目、243 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 C; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 E; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 J; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 K; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 L; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 链 D; UniProt 1–445 链 F; UniProt 1–445 链 G; UniProt 1–445 链 H; UniProt 1–445 链 I; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1B chain × 6 (Q2XVP4) Microtubule-associated protein RP/EB family member 3 × 2 (Q9UPY8) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:BRB80;pH 6.8;80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.05% Nonidet P-40 cryo-EM玻璃化条件:Blot once for 4 seconds before plunging.;90.4 K;冷冻剂 ETHANE;Blot once for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II). 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 D; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 F; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 G; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 H; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445 作者链 I; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Microtubule-associated protein RP/EB family member 3

Homo sapiens

UniProt Q9UPY8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 14 PDB 声明:tetradecameric(14) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 1–200 链 N; UniProt 1–200 片段:UNP residues 1-200 Tubulin alpha-1B chain × 6 (Q2XVP4) Tubulin beta chain × 6 (P02554) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:BRB80;pH 6.8;80 mM PIPES, 1 mM EGTA, 1 mM MgCl2, 1 mM DTT, 0.05% Nonidet P-40 cryo-EM玻璃化条件:Blot once for 4 seconds before plunging.;90.4 K;冷冻剂 ETHANE;Blot once for 4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK II). 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MARE3_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 4–203; UniProt 1–200 作者链 N; PDB构建体 4–203; UniProt 1–200

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3jak

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3jak
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3jak
沉积日期 deposition_date2015-06-16
结构标题 titleCryo-EM structure of GTPgammaS-microtubule co-polymerized with EB3 (merged dataset with and without kinesin bound)
关键词 keywordsmicrotubule, EB3, GTPgammaS, kinesin, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier65.48
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.42
零角强度 I(0) i05538310000.00
分子量 molecular_weight613640.0 kDa
排除体积 excluded_volume760360 ų
包络体积 envelope_volume1053200 ų
水化壳体积 shell_volume132700 ų
包络直径 envelope_diameter243.1
壳层 Rg shell_rg65.98
包络 Rg envelope_rg64.47
形状 Rg shape_rg65.43
总 Rg total_rg65.41
总原子数 total_atoms43066
残基数 n_residues5428
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax224.9
Rg (实空间) rg_real65.52
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.83
I(0) (实空间) i0_real5.5380e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3440e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.39
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5537000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8753
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.0
偏度 Skewness skewness0.288
峰度 Kurtosis kurtosis-0.439
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha206700000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.864; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.784

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 38 domains

CATH v4.4 (38 domains)

结构域编号 domain_id3jakA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakC03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakE03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakF03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakG02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakG03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakH02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakH03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakI01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakI02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakI03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakJ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakJ02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakJ03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakK02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakK03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1440 — Tubulin/FtsZ, GTPase domain
结构域编号 domain_id3jakL02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Tubulin/FtsZ, C-terminal domain
结构域编号 domain_id3jakL03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily600 — Helix hairpin bin
结构域编号 domain_id3jakM00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
结构域编号 domain_id3jakN00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)