7e82

Cryo-EM structure of the flagellar rod with partial hook from Salmonella

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 248.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Flagellar basal-body rod protein FlgG

物种未注明

UniProt P0A1J3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 链 B; UniProt 1–260 链 C; UniProt 1–260 链 D; UniProt 1–260 链 E; UniProt 1–260 链 F; UniProt 1–260 链 G; UniProt 1–260 链 H; UniProt 1–260 链 I; UniProt 1–260 链 J; UniProt 1–260 链 K; UniProt 1–260 链 L; UniProt 1–260 链 M; UniProt 1–260 链 N; UniProt 1–260 链 O; UniProt 1–260 链 P; UniProt 1–260 链 Q; UniProt 1–260 链 R; UniProt 1–260 链 S; UniProt 1–260 链 T; UniProt 1–260 链 U; UniProt 1–260 链 V; UniProt 1–260 链 W; UniProt 1–260 链 X; UniProt 1–260 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGG_SALTY
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 B; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 C; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 E; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 F; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 G; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 H; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 I; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 J; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 K; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 L; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 M; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 N; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 O; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 P; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 Q; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 R; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 S; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 T; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 U; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 V; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 W; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 X; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

Flagellar basal-body rod protein FlgF

物种未注明

UniProt P16323

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–251 链 b; UniProt 1–251 链 c; UniProt 1–251 链 d; UniProt 1–251 链 e; UniProt 1–251 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGF_SALTY
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–251; UniProt 1–251 作者链 b; PDB构建体 1–251; UniProt 1–251 作者链 c; PDB构建体 1–251; UniProt 1–251 作者链 d; PDB构建体 1–251; UniProt 1–251 作者链 e; PDB构建体 1–251; UniProt 1–251

Flagellar MS ring L1

物种未注明

UniProt P15928

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 5; UniProt 311–331 链 6; UniProt 311–331 链 7; UniProt 311–331 链 8; UniProt 311–331 链 9; UniProt 311–331 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、47 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIF_SALTY
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 5; PDB构建体 1–21; UniProt 311–331 作者链 6; PDB构建体 1–21; UniProt 311–331 作者链 7; PDB构建体 1–21; UniProt 311–331 作者链 8; PDB构建体 1–21; UniProt 311–331 作者链 9; PDB构建体 1–21; UniProt 311–331

Flagellar basal-body rod protein FlgC

物种未注明

UniProt P0A1I7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 f; UniProt 1–134 链 g; UniProt 1–134 链 h; UniProt 1–134 链 i; UniProt 1–134 链 j; UniProt 1–134 链 p; UniProt 1–134 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGC_SALTY
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 f; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 g; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 h; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 i; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 j; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 p; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134

Flagellar basal body rod protein FlgB

物种未注明

UniProt P16437

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 k; UniProt 1–138 链 l; UniProt 1–138 链 m; UniProt 1–138 链 n; UniProt 1–138 链 o; UniProt 1–138 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGB_SALTY
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 k; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 l; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 m; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 n; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138 作者链 o; PDB构建体 1–138; UniProt 1–138

Flagellar hook-basal body complex protein FliE

物种未注明

UniProt P26462

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 q; UniProt 1–104 链 r; UniProt 1–104 链 s; UniProt 1–104 链 t; UniProt 1–104 链 u; UniProt 1–104 链 v; UniProt 1–104 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook protein FlgE × 11 (P0A1J1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLIE_SALTY
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 q; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 r; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 s; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 t; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 u; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104 作者链 v; PDB构建体 1–104; UniProt 1–104

Flagellar hook protein FlgE

物种未注明

UniProt P0A1J1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 67 PDB 声明:67-meric(67) 与蛋白拷贝数一致 链 DA; UniProt 1–403 链 DB; UniProt 1–403 链 DC; UniProt 1–403 链 DD; UniProt 1–403 链 DE; UniProt 1–403 链 DF; UniProt 1–403 链 DG; UniProt 1–403 链 DH; UniProt 1–403 链 DI; UniProt 1–403 链 DJ; UniProt 1–403 链 DK; UniProt 1–403 未记录 Flagellar basal-body rod protein FlgG × 24 (P0A1J3) Flagellar basal-body rod protein FlgF × 5 (P16323) Flagellar MS ring L2 × 5 Flagellar MS ring L1 × 5 (P15928) Flagellar basal-body rod protein FlgC × 6 (P0A1I7) Flagellar basal body rod protein FlgB × 5 (P16437) Flagellar hook-basal body complex protein FliE × 6 (P26462) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;blot for 6 seconds before plunging 分辨率 3.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 20 个其他 PDB 条目、22 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FLGE_SALTY
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 DA; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DB; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DC; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DD; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DE; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DF; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DG; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DH; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DI; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DJ; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403 作者链 DK; PDB构建体 1–403; UniProt 1–403

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7e82

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7e82
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7e82
沉积日期 deposition_date2021-02-28
结构标题 titleCryo-EM structure of the flagellar rod with partial hook from Salmonella
关键词 keywordsFlagella, Rod, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier88.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron89.80
零角强度 I(0) i031192800000.00
分子量 molecular_weight1446700.0 kDa
排除体积 excluded_volume1788100 ų
包络体积 envelope_volume2702200 ų
水化壳体积 shell_volume256660 ų
包络直径 envelope_diameter361.6
壳层 Rg shell_rg83.78
包络 Rg envelope_rg92.72
形状 Rg shape_rg89.76
总 Rg total_rg89.88
总原子数 total_atoms101606
残基数 n_residues13700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax248.8
Rg (实空间) rg_real82.94
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.95
I(0) (实空间) i0_real2.9760e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8270e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30860000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9087
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary82.9
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.359
角度范围 angular_range— – 0.0900 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.5477
最高正则化参数 α highest_alpha3338000000.0000
实空间数据点数 n_real_points19
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.002; Oscil: 0.952; Stabil: 0.984; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.021

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)