当前蛋白身份：Q6AZJ8
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| PDB 条目 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法 | 实验环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
链 G
2–120（119 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.243 |
| 21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å |
| 21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 2NZD Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2006-11-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
链 G
2–120（119 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 11 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.283 |
| 3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.402 |
| 3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.435 |
| 3KUY DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent 提交 2009-11-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
链 G
2–120（119 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 1 ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.286 |
| 3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–121（107 aa）
片段：UNP residues 15-121
链 G
15–121（107 aa）
片段：UNP residues 15-121
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.50 Å R-free 0.315 |
| 3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
|
分辨率 3.20 Å R-free 0.292 |
| 3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 15 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.300 |
| 3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 M
2–130（129 aa）
链 Q
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 19 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.300 |
| 3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.259 |
| 3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：residues 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：residues 2-120
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.318 |
| 3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：residues 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：residues 2-120
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.319 |
| 3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.44 Å R-free 0.282 |
| 3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
|
未记录 | NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.276 |
| 3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.267 |
| 3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G
2–120（119 aa）
片段：UNP RESIDUES 2-120
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 3.15 Å R-free 0.238 |
| 3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
链 G
2–120（119 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.215 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.241 |
| 3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.289 |
| 3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.266 |
| 3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.275 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.58 Å R-free 0.273 |
| 4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.275 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric（5） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 | Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.87 Å R-free 0.280 |
| 4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.69 Å R-free 0.282 |
| 4KHA Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT 提交 2013-04-30 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 B
15–103（89 aa）
片段：UNP residues 15-103
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；manual setup 1ul protein (15 mg / ml) plus 1 ul crystallization buffer (7.25% [vol/vol] PEG8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.229 |
| 4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
|
分辨率 3.31 Å R-free 0.295 |
| 4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
|
分辨率 3.28 Å R-free 0.245 |
| 4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
片段：UNP residues 2-126
链 G
2–130（129 aa）
片段：UNP residues 2-126
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.299 |
| 4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–121（107 aa）
片段：residues 15-121
链 G
15–121（107 aa）
片段：residues 15-121
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.299 |
| 4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–121（107 aa）
片段：residues 15-121
链 G
15–121（107 aa）
片段：residues 15-121
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.279 |
| 4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–121（107 aa）
链 G
15–121（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.296 |
| 5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.251 |
| 5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.241 |
| 5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.236 |
| 5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium
acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.242 |
| 5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
|
分辨率 4.50 Å R-free 0.397 |
| 5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
突变：N38C 突变：N38C | MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.32 Å R-free 0.259 |
| 5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.247 |
| 5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
突变：N38C 突变：N38C | MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.254 |
| 5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
链 M
1–130（130 aa）
链 Q
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
|
分辨率 6.72 Å R-free 0.352 |
| 5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric（34） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
链 K
1–130（130 aa）
链 O
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
链 W
1–130（130 aa）
链 a
1–130（130 aa）
链 e
1–130（130 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 8 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
|
分辨率 5.77 Å R-free 0.238 |
| 5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.69 Å |
| 5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.254 |
| 5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å |
| 5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å |
| 5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.31 Å |
| 5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.22 Å |
| 6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.30 Å |
| 6FQ5 Class 1 : canonical nucleosome 提交 2018-02-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
10–119（110 aa）
链 G
10–119（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6FQ6 Class 2 : distorted nucleosome 提交 2018-02-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
10–119（110 aa）
链 G
10–119（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6FQ8 Class 3 : translocated nucleosome 提交 2018-02-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
10–119（110 aa）
链 G
10–119（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
10–122（113 aa）
链 G
10–122（113 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
10–122（113 aa）
链 G
10–122（113 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–121（107 aa）
链 G
15–121（107 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.30 Å |
| 6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–130（116 aa）
链 G
15–130（116 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
|
分辨率 3.37 Å |
| 6K01 Crystal structure of xH2A-H2B 提交 2019-05-05 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白数一致 |
链 C
15–106（92 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.84 Å R-free 0.278 |
| 6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
|
分辨率 3.87 Å |
| 6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6KW3 The ClassA RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.13 Å |
| 6KW4 The ClassB RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.55 Å |
| 6KW5 The ClassC RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric（28） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–130（130 aa）
链 T
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.13 Å |
| 6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 B
1–130（130 aa）
片段：HISTONE H2A
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.238 |
| 6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白数一致 |
链 E
1–130（130 aa）
片段：HISTONE H2A
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.238 |
| 6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
18–130（113 aa）
链 G
18–130（113 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：G99R, A123S 突变：G99R, A123S | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
|
分辨率 3.50 Å |
| 6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.250 |
| 6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 | Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 O
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
|
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.250 |
| 6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
18–130（113 aa）
链 G
18–130（113 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
18–130（113 aa）
链 G
18–130（113 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–121（111 aa）
链 G
11–121（111 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.36 Å |
| 6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.61 Å |
| 6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å |
| 6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
|
分辨率 3.60 Å |
| 6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 6TEM CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM 提交 2019-11-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 C
13–119（107 aa）
链 G
13–119（107 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric（19） 与全部聚合物一致 |
链 C
13–119（107 aa）
链 G
13–119（107 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
|
分辨率 3.90 Å |
| 6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–130（129 aa）
链 M
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric（23） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
链 c
2–130（129 aa）
链 g
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 A
14–119（106 aa）
链 F
14–119（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 K
14–119（106 aa）
链 P
14–119（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 U
14–119（106 aa）
链 Z
14–119（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 3 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白数一致 |
链 e
14–119（106 aa）
链 j
14–119（106 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 4 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.233 |
| 6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
17–119（103 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å |
| 7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 F
2–130（129 aa）
链 J
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.75 Å |
| 7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.15 Å |
| 7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
|
分辨率 3.48 Å |
| 7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
突变：K16C 突变：K16C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
14–118（105 aa）
链 G
14–118（105 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
14–118（105 aa）
链 G
14–118（105 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–130（129 aa）
链 M
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.76 Å |
| 7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–130（129 aa）
链 M
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å |
| 7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric（17） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.25 Å |
| 7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric（32） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–130（130 aa）
链 g
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric（33） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–130（130 aa）
链 g
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.40 Å |
| 7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 N
1–130（130 aa）
链 S
1–130（130 aa）
|
未记录 | CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.80 Å |
| 7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
链 M
1–130（130 aa）
链 Q
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.40 Å |
| 7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–130（129 aa）
链 M
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 I
2–130（129 aa）
链 M
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.96 Å |
| 7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 c
2–130（129 aa）
链 g
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 c
2–130（129 aa）
链 g
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric（38） 与全部聚合物一致 |
链 c
2–130（129 aa）
链 g
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric（30） 与全部聚合物一致 |
链 c
17–119（103 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric（54） 与全部聚合物一致 |
链 t
2–130（129 aa）
链 x
2–130（129 aa）
|
未记录 | SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å |
| 8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 6.68 Å |
| 8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.16 Å |
| 8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.93 Å |
| 8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.48 Å |
| 8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.36 Å |
| 8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.41 Å |
| 8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8HXY Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.58 Å |
| 8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.72 Å |
| 8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric（24） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
链 c
2–130（129 aa）
链 g
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 7 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.93 Å |
| 8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å |
| 8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric（16） 与全部聚合物一致 |
链 Q
2–130（129 aa）
链 U
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å |
| 8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.04 Å |
| 8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
|
分辨率 2.29 Å |
| 8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.37 Å |
| 8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 R
1–130（130 aa）
链 U
1–130（130 aa）
|
未记录 | SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric（18） 与全部聚合物一致 |
链 c
1–130（130 aa）
链 g
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric（13） 与全部聚合物一致 |
链 K
1–130（130 aa）
链 R
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å |
| 8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.34 Å |
| 8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.36 Å |
| 8VMJ H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ119-450 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
13–119（107 aa）
链 R
13–119（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8VMN H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
13–119（107 aa）
链 R
13–119（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 K
13–119（107 aa）
链 R
13–119（107 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 I
15–106（92 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.261 |
| 8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白数一致 |
链 K
15–106（92 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION |
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
|
分辨率 3.35 Å R-free 0.261 |
| 8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric（110） 与全部聚合物一致 |
链 A
1–130（130 aa）
链 Ae
1–130（130 aa）
链 B
1–130（130 aa）
链 C
1–130（130 aa）
链 D
1–130（130 aa）
链 E
1–130（130 aa）
链 F
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
链 H
1–130（130 aa）
链 I
1–130（130 aa）
链 K
1–130（130 aa）
链 L
1–130（130 aa）
链 aj
1–130（130 aa）
链 ak
1–130（130 aa）
链 al
1–130（130 aa）
链 am
1–130（130 aa）
链 an
1–130（130 aa）
链 ao
1–130（130 aa）
链 ap
1–130（130 aa）
链 aq
1–130（130 aa）
链 ar
1–130（130 aa）
链 as
1–130（130 aa）
链 at
1–130（130 aa）
链 au
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.60 Å |
| 9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.99 Å |
| 9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 2.83 Å |
| 9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric（20） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 OTHER
|
分辨率 3.30 Å |
| 9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
15–119（105 aa）
链 G
15–119（105 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物一致 |
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
13–119（107 aa）
链 G
13–119（107 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 5 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–120（110 aa）
链 G
11–120（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–120（110 aa）
链 G
11–120（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
11–120（110 aa）
链 G
11–120（110 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | ARG ARGININE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–120（119 aa）
链 G
2–120（119 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.95 Å |
| 9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric（21） 与全部聚合物一致 |
链 O
12–118（107 aa）
链 S
12–118（107 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric（26） 与全部聚合物一致 |
链 B
12–118（107 aa）
链 M
12–118（107 aa）
链 O
12–118（107 aa）
链 S
12–118（107 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 5.90 Å |
| 9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.80 Å |
| 9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.90 Å |
| 9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric（16） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.70 Å |
| 9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.80 Å |
| 9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.30 Å |
| 9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric（12） 与全部聚合物一致 |
链 C
1–130（130 aa）
链 G
1–130（130 aa）
|
突变：K119C 突变：K119C | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY | mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.00 Å |
| 9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric（14） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 | Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric（11） 与全部聚合物一致 |
链 C
2–130（129 aa）
链 G
2–130（129 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY |
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |