3gup

T4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 突变:T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0PY pyridine × 2 CO3 CARBONATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.50 Å R-free 0.253
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–164 突变:T21C/S38D/L99A/M102E/E108V/S117V/T142C/N144D 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 0PY pyridine × 1 CO3 CARBONATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;277 K;30% PEG 8000, 0.14M magnesium/calcium sulfate, 0.1M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 1.50 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、845 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164 作者链 B; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3gup

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3gup
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3gup
沉积日期 deposition_date2009-03-30
结构标题 titleT4 lysozyme M102E/L99A mutant with buried charge in apolar cavity--pyridine binding
关键词 keywordsT4 lysozyme, apolar cavity, buried charge, ligand binding, Antimicrobial, Bacteriolytic enzyme, Glycosidase, Hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.96
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.08
零角强度 I(0) i046690400.00
分子量 molecular_weight34754.0 kDa
排除体积 excluded_volume33201 ų
包络体积 envelope_volume55207 ų
水化壳体积 shell_volume22088 ų
包络直径 envelope_diameter73.7
壳层 Rg shell_rg27.68
包络 Rg envelope_rg21.31
形状 Rg shape_rg21.08
总 Rg total_rg21.71
总原子数 total_atoms2617
残基数 n_residues322
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.4
Rg (实空间) rg_real21.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real4.6690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.3900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal46690000.0000
解质量估计 total_estimate0.8998
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary25.6
偏度 Skewness skewness0.209
峰度 Kurtosis kurtosis-0.519
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7585000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.902; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3gupa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme
结构域编号 domain_idd3gupb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3gupA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id3gupB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)