3l2x

Crystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 60.9 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysozyme

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–164 突变:C54T, C97A, T115C, R119C RXR [2,2,5,5-tetramethyl-3,4-bis(sulfanylmethyl)-2,5-dihydro-1H-pyrrol-1-yl]oxidanyl radical × 1 AZI AZIDE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 HED 2-HYDROXYETHYL DISULFIDE × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;277 K;2.0M dibasic potassium phosphate and monobasic sodium phosphate, 0.25M sodium chloride, 0.04% sodium azide, saturated with bis(2-hydroxyethyl) disulfide, pH 6.4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K 分辨率 1.80 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–164; UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3l2x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3l2x
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3l2x
沉积日期 deposition_date2009-12-15
结构标题 titleCrystal Structure of Spin Labeled T4 Lysozyme Mutant 115-119RX
关键词 keywordsHydrolase, NITROXIDE SPIN LABEL, EPR, MODIFIED CYSTEINE, Antimicrobial, Bacteriolytic enzyme, Glycosidase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.66
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.61
零角强度 I(0) i07061380.00
分子量 molecular_weight19135.0 kDa
排除体积 excluded_volume23877 ų
包络体积 envelope_volume27245 ų
水化壳体积 shell_volume14280 ų
包络直径 envelope_diameter59.8
壳层 Rg shell_rg22.01
包络 Rg envelope_rg16.74
形状 Rg shape_rg16.55
总 Rg total_rg17.70
总原子数 total_atoms1334
残基数 n_residues164
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax60.9
Rg (实空间) rg_real17.65
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36
I(0) (实空间) i0_real7.0610e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.2290e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal7061000.0000
解质量估计 total_estimate0.6535
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary60.1
偏度 Skewness skewness0.342
峰度 Kurtosis kurtosis-0.253
角度范围 angular_range— – 0.4500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1551000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.756; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.424; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd3l2xa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.3 — Phage lysozyme

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3l2xA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)