4phu

Crystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Free fatty acid receptor 1,Lysozyme

Homo sapiens

UniProt O14842

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–211 链 A; UniProt 214–300 片段:UNP O14842 residues 2-213, UNP P00720 residues 2-161, UNP O14842 residues 214-300 突变:L42A,F88A,G103A,Y202F,S211G,G212S,C1154T,C1197A 2YB [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 8;294 K;29-31% Peg 400,100 mM Tris pH 8.0. 0.2 M Na Malonate,200 uM TAK-875 X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.2;294 K;39.8 % Peg 400, 100 mM Bis-Tris-Propane pH 7.2, 0.1 Ammonium Phosphate (monobasic), 200 uM TAK-875 分辨率 2.33 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FFAR1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 14–224; UniProt 1–211 作者链 A; PDB构建体 389–475; UniProt 214–300

Free fatty acid receptor 1,Lysozyme

Homo sapiens

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 片段:UNP O14842 residues 2-213, UNP P00720 residues 2-161, UNP O14842 residues 214-300 突变:L42A,F88A,G103A,Y202F,S211G,G212S,C1154T,C1197A 2YB [(3S)-6-({2',6'-dimethyl-4'-[3-(methylsulfonyl)propoxy]biphenyl-3-yl}methoxy)-2,3-dihydro-1-benzofuran-3-yl]acetic acid × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 8;294 K;29-31% Peg 400,100 mM Tris pH 8.0. 0.2 M Na Malonate,200 uM TAK-875 X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.2;294 K;39.8 % Peg 400, 100 mM Bis-Tris-Propane pH 7.2, 0.1 Ammonium Phosphate (monobasic), 200 uM TAK-875 分辨率 2.33 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 227–386; UniProt 2–161

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4phu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4phu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4phu
沉积日期 deposition_date2014-05-07
结构标题 titleCrystal structure of Human GPR40 bound to allosteric agonist TAK-875
关键词 keywords;GPR40, fatty acid binding protein, class A, g-protein coupled receptor, type II diabetes, TAK-875, fasiglifam, Fatty acid binding protein-Hydrolase complex ;; Fatty acid binding protein/Hydrolase
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.32
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.04
零角强度 I(0) i032579400.00
分子量 molecular_weight48163.0 kDa
排除体积 excluded_volume61885 ų
包络体积 envelope_volume79294 ų
水化壳体积 shell_volume23305 ų
包络直径 envelope_diameter112.5
壳层 Rg shell_rg34.82
包络 Rg envelope_rg31.16
形状 Rg shape_rg31.03
总 Rg total_rg31.46
总原子数 total_atoms3399
残基数 n_residues434
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.4
Rg (实空间) rg_real31.77
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.24
I(0) (实空间) i0_real3.2580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.58
I(0) (倒空间) i0_reciprocal32570000.0000
解质量估计 total_estimate0.7655
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.0
偏度 Skewness skewness0.499
峰度 Kurtosis kurtosis-0.601
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4800000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.607; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.278; Smooth: 0.847

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4phuA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)