4zwj

Crystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 223.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chimera protein of human Rhodopsin, mouse S-arrestin, and T4 Endolysin

Mus musculus

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–161 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 2–161 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 2–161 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、843 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–160; UniProt 2–161 作者链 B; PDB构建体 1–160; UniProt 2–161 作者链 C; PDB构建体 1–160; UniProt 2–161 作者链 D; PDB构建体 1–160; UniProt 2–161

Chimera protein of human Rhodopsin, mouse S-arrestin, and T4 Endolysin

Mus musculus

UniProt P08100

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–348 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–348 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–348 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–348 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OPSD_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 161–508; UniProt 1–348 作者链 B; PDB构建体 161–508; UniProt 1–348 作者链 C; PDB构建体 161–508; UniProt 1–348 作者链 D; PDB构建体 161–508; UniProt 1–348

Chimera protein of human Rhodopsin, mouse S-arrestin, and T4 Endolysin

Mus musculus

UniProt P20443

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 10–392 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 10–392 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
3 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 10–392 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293
4 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 10–392 突变:R12G, C54T, C97A , I137R,N2C, E113Q, M257Y, N282C,L374A, V375A, F376A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5;293 K;PEG400, sodium acetate, magnesium acetate 分辨率 3.30 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRS_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 524–906; UniProt 10–392 作者链 B; PDB构建体 524–906; UniProt 10–392 作者链 C; PDB构建体 524–906; UniProt 10–392 作者链 D; PDB构建体 524–906; UniProt 10–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4zwj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4zwj
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4zwj
沉积日期 deposition_date2015-05-19
结构标题 titleCrystal structure of rhodopsin bound to arrestin by femtosecond X-ray laser
关键词 keywords;GPCR, rhodopsin, visual arrestin, X-ray free electron laser, serial femtosecond crystallography, SIGNALING PROTEIN, Structural Genomics, GPCR Network ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier72.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron73.18
零角强度 I(0) i01538690000.00
分子量 molecular_weight350190.0 kDa
排除体积 excluded_volume446350 ų
包络体积 envelope_volume775050 ų
水化壳体积 shell_volume97296 ų
包络直径 envelope_diameter269.4
壳层 Rg shell_rg62.11
包络 Rg envelope_rg70.34
形状 Rg shape_rg73.21
总 Rg total_rg72.81
总原子数 total_atoms24665
残基数 n_residues3128
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax223.9
Rg (实空间) rg_real72.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51
I(0) (实空间) i0_real1.5310e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3140e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal71.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1533000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8333
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary85.3
偏度 Skewness skewness0.462
峰度 Kurtosis kurtosis-0.123
角度范围 angular_range— – 0.1050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0198
最高正则化参数 α highest_alpha44070000.0000
实空间数据点数 n_real_points22
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 0.993; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.385

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4zwjA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id4zwjD01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)