6m94

Monophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide bound to b-TrCP/Skp1 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

F-box/WD repeat-containing protein 1A

Homo sapiens

UniProt Q9Y297

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 175–605 未记录 S-phase kinase-associated protein 1 × 1 (P63208) Catenin beta-1 × 1 (P35222) PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FBW1A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–432; UniProt 175–605

S-phase kinase-associated protein 1

Homo sapiens

UniProt P63208

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–163 未记录 F-box/WD repeat-containing protein 1A × 1 (Q9Y297) Catenin beta-1 × 1 (P35222) PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 71 个其他 PDB 条目、97 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SKP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–144; UniProt 2–163

Catenin beta-1

物种未注明

UniProt P35222

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 17–48 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) F-box/WD repeat-containing protein 1A × 1 (Q9Y297) S-phase kinase-associated protein 1 × 1 (P63208) PO4 PHOSPHATE ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;8% PEG 4000 0.1M BTP pH5.5 分辨率 2.70 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 46 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CTNB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–33; UniProt 17–48

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6m94

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6m94
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6m94
沉积日期 deposition_date2018-08-22
结构标题 titleMonophosphorylated pSer33 b-Catenin peptide bound to b-TrCP/Skp1 Complex
关键词 keywordsUbiquitin Molecular Glue Enhancer, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.12
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.47
零角强度 I(0) i057846800.00
分子量 molecular_weight59277.0 kDa
排除体积 excluded_volume73855 ų
包络体积 envelope_volume94718 ų
水化壳体积 shell_volume27239 ų
包络直径 envelope_diameter95.0
壳层 Rg shell_rg36.24
包络 Rg envelope_rg28.67
形状 Rg shape_rg29.45
总 Rg total_rg30.16
总原子数 total_atoms4163
残基数 n_residues543
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.0
Rg (实空间) rg_real30.18
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.62
I(0) (实空间) i0_real5.7850e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal57850000.0000
解质量估计 total_estimate0.8834
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary25.1
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.863
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha12970000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.877; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6m94A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1280 — Monooxygenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily50
结构域编号 domain_id6m94A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase
结构域编号 domain_id6m94B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)