7o2l

Yeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibitor b-lactone (2R,3S)-3-isopropyl-4-oxo-2-oxetane-carboxylate (IOC)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 194.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A6L1BIF8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–250 链 O; UniProt 1–250 未记录 BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6L1BIF8_YEASX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–250; UniProt 1–250 作者链 O; PDB构建体 1–250; UniProt 1–250

BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A6A5PXC6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–258 链 P; UniProt 1–258 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PXC6_YEASX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258 作者链 P; PDB构建体 1–258; UniProt 1–258

HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A6A5Q273

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–254 链 Q; UniProt 1–254 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q273_YEASX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–254; UniProt 1–254 作者链 Q; PDB构建体 1–254; UniProt 1–254

20S proteasome

物种未注明

UniProt P32379

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–260 链 R; UniProt 1–260 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 373 个其他 PDB 条目、375 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSA5_YEAST
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 R; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A6A5PTH4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–234 链 S; UniProt 1–234 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PTH4_YEASX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234 作者链 S; PDB构建体 1–234; UniProt 1–234

Probable proteasome subunit alpha type-7

物种未注明

UniProt A0A6A5Q4M4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–288 链 T; UniProt 1–288 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q4M4_YEASX
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–288; UniProt 1–288 作者链 T; PDB构建体 1–288; UniProt 1–288

BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1

物种未注明

UniProt A0A6A5PYC9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–252 链 U; UniProt 1–252 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PYC9_YEASX
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–252; UniProt 1–252 作者链 U; PDB构建体 1–252; UniProt 1–252

Proteasome endopeptidase complex

物种未注明

UniProt A0A6A5Q449

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 30–261 链 V; UniProt 30–261 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q449_YEASX
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–232; UniProt 30–261 作者链 V; PDB构建体 1–232; UniProt 30–261

Proteasome endopeptidase complex

物种未注明

UniProt A0A6L0YA22

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–205 链 W; UniProt 1–205 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6L0YA22_YEASX
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205 作者链 W; PDB构建体 1–205; UniProt 1–205

Proteasome subunit beta

物种未注明

UniProt A0A6A5Q0W2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–198 链 X; UniProt 1–198 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q0W2_YEASX
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–198; UniProt 1–198 作者链 X; PDB构建体 1–198; UniProt 1–198

Proteasome subunit beta type-5

物种未注明

UniProt A0A6V8RU78

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 76–287 链 Y; UniProt 76–287 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6V8RU78_YEASX
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–212; UniProt 76–287 作者链 Y; PDB构建体 1–212; UniProt 76–287

Proteasome endopeptidase complex

物种未注明

UniProt A0A6A5Q0P3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 20–241 链 Z; UniProt 20–241 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q0P3_YEASX
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–222; UniProt 20–241 作者链 Z; PDB构建体 1–222; UniProt 20–241

Proteasome subunit beta type-7

物种未注明

UniProt P30657

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 21–266 链 a; UniProt 21–266 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0ZSP2) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 358 个其他 PDB 条目、359 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSB7_YEAST
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–246; UniProt 21–266 作者链 a; PDB构建体 1–246; UniProt 21–266

Proteasome endopeptidase complex

物种未注明

UniProt A0A6L0ZSP2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 28 PDB 声明:28-meric(28) 与蛋白拷贝数一致 链 N; UniProt 20–215 链 b; UniProt 20–215 未记录 HLJ1_G0039880.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6L1BIF8) BJ4_G0021480.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PXC6) HLJ1_G0048980.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5Q273) 20S proteasome × 2 (P32379) BJ4_G0043800.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PTH4) Probable proteasome subunit alpha type-7 × 2 (A0A6A5Q4M4) BJ4_G0020160.mRNA.1.CDS.1 × 2 (A0A6A5PYC9) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q449) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6L0YA22) Proteasome subunit beta × 2 (A0A6A5Q0W2) Proteasome subunit beta type-5 × 2 (A0A6V8RU78) Proteasome endopeptidase complex × 2 (A0A6A5Q0P3) Proteasome subunit beta type-7 × 2 (P30657) MG MAGNESIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 V08 (2 {R},3 {S})-3-methanoyl-4-methyl-2-hydroxy-pentanoic acid × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.8;293 K;20 mM MgAC2, 13% MPD, 0.1 M MES 分辨率 3.00 Å R-free 0.216

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6L0ZSP2_YEASX
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–196; UniProt 20–215 作者链 b; PDB构建体 1–196; UniProt 20–215

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7o2l

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7o2l
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7o2l
沉积日期 deposition_date2021-03-30
结构标题 titleYeast 20S proteasome in complex with the covalently bound inhibitor b-lactone (2R,3S)-3-isopropyl-4-oxo-2-oxetane-carboxylate (IOC)
关键词 keywordsHYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex, Proteasome, b-lactone, Binding Analysis, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier60.42
回转半径 Rg (电子) rg_electron59.96
零角强度 I(0) i06788000000.00
分子量 molecular_weight700790.0 kDa
排除体积 excluded_volume878950 ų
包络体积 envelope_volume1266200 ų
水化壳体积 shell_volume169430 ų
包络直径 envelope_diameter195.2
壳层 Rg shell_rg68.02
包络 Rg envelope_rg57.83
形状 Rg shape_rg59.95
总 Rg total_rg60.17
总原子数 total_atoms49366
残基数 n_residues6334
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax194.9
Rg (实空间) rg_real60.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.68
I(0) (实空间) i0_real6.7880e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4010e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal60.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6793000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7981
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.0
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.419
角度范围 angular_range— – 0.1300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1076000000.0000
实空间数据点数 n_real_points27
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id7o2lA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lF01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lH01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lK01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lL01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lO01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lP01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lQ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lR01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lT01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lV01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lY01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain
结构域编号 domain_id7o2lZ01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)