SAXSdb — 9cfv

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9cfv
沉积日期 deposition_date	2024-06-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of delta-NTR myosin-1c bound to F-actin
关键词 keywords	F-actin, myosin, myosin-1c, cellular motility, cryo-EM, actomyosin., STRUCTURAL PROTEIN, MOTOR PROTEIN; MOTOR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	49.73 Å
零角强度 I(0) i0	737033000.00
分子量 molecular_weight	223030.0 kDa
排除体积 excluded_volume	278310 Å³
包络体积 envelope_volume	382850 Å³
水化壳体积 shell_volume	67065 Å³
包络直径 envelope_diameter	195.5 Å
壳层 Rg shell_rg	50.05 Å
包络 Rg envelope_rg	50.59 Å
形状 Rg shape_rg	49.73 Å
总 Rg total_rg	49.75 Å
总原子数 total_atoms	15664
残基数 n_residues	1961
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	181.8 Å
Rg (实空间) rg_real	50.01 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6560e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	736400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5785
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	51.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.661
峰度 Kurtosis kurtosis	0.113
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	64730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.658; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.799; Smooth: 0.704

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Actin, alpha skeletal muscle
分子量 formula_weight	41862.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D
原子数 atom_count	15664

DEDETTALVCDNGSGLVKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRHQGVMVGMGQKDSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPTLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNVPAMYVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVTHNVPIYEGYALPHAIMRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFVTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFENEMATAASSSSLEKSYELPDGQVITIGNERFRCPETLFQPSFIGMESAGIHETTYNSIMKCDIDIRKDLYANNVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTMKIKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWITKQEYDEAGPSIVHRKCF

Entity 2 polymer

描述 description	Unconventional myosin-Ic
分子量 formula_weight	92064.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MESALTARDRVGVQDFVLLENFTSEAAFIENLRRRFRENLIYTYIGPVLVSVNPYRDLQIYSRQHMERYRGVSFYEVPPHLFAVADTVYRALRTERRDQAVMISGESGAGKTEATKRLLQFYAETCPAPERGGAVRDRLLQSNPVLEAFGNAKTLRNDNSSRFGKYMDVQFDFKGAPVGGHILSYLLEKSRVVHQNHGERNFHVFYQLLEGGEEETLRRLGLERNPQSYLYLVKGQCAKVSSINDKSDWKVMRKALSVIDFTEDEVEDLLSIVASVLHLGNIHFAADEDSNAQVTTENQLKYLTRLLGVEGTTLREALTHRKIIAKGEELLSPLNLEQAAYARDALAKAVYSRTFTWLVRKINRSLASKDAESPSWRSTTVLGLLDIYGFEVFQHNSFEQFCINYCNEKLQQLFIELTLKSEQEEYEAEGIAWEPVQYFNNKIICDLVEEKFKGIISILDEECLRPGEATDLTFLEKLEDTVKPHPHFLTHKLADQKTRKSLDRGEFRLLHYAGEVTYSVTGFLDKNNDLLFRNLKETMCSSMNPIMAQCFDKSELSDKKRPETVATQFKMSLLQLVEILRSKEPAYIRCIKPNDAKQPGRFDEVLIRHQVKYLGLMENLRVRRAGFAYRRKYEAFLQRYKSLCPETWPMWAGRPQDGVAVLVRHLGYKPEEYKMGRTKIFIRFPKTLFATEDSLEVRRQSLATKIQAAWRGFHWRQKFLRVKRSAICIQSWWRGTLGRRKAAKRKWAAQTIRRLIRGFILRHSPRCGGLNDIFEAQKIEWHEAADYKDDDDK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 3 polymer

描述 description	Calmodulin-1
分子量 formula_weight	16723.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MADQLTEEQIAEFKEAFSLFDKDGDGTITTKELGTVMRSLGQNPTEAELQDMINEVDADGNGTIDFPEFLTMMARKMKDTDSEEEIREAFRVFDKDGNGYISAAELRHVMTNLGEKLTDEEVDEMIREADIDGDGQVNYEEFVQMMTA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	unidentified baculovirus

Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2548251

fit	/app/data/saxs_computation/cf/9cfv/9cfv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cf/9cfv/9cfv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cf/9cfv/9cfv.dat

Cryo-EM structure of delta-NTR myosin-1c bound to F-actin

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)