9fpz

Human NatA-MAP2 80S ribosome complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 217.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-alpha-acetyltransferase 10

Homo sapiens

UniProt P41227

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 2; UniProt 2–170 未记录 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAA10_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 2; PDB构建体 3–171; UniProt 2–170

Methionine aminopeptidase 2

Homo sapiens

UniProt P50579

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–478 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、39 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MAP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 7–484; UniProt 1–478

N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit

Homo sapiens

UniProt Q9BXJ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–841 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAA15_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–840; UniProt 1–841

60S ribosomal protein L4

物种未注明

UniProt P36578

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 LC; UniProt 1–427 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 178 个其他 PDB 条目、178 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RL4_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 LC; PDB构建体 1–427; UniProt 1–427

Large ribosomal subunit protein eL6

物种未注明

UniProt Q02878

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 LE; UniProt 1–288 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 176 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL6_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 LE; PDB构建体 1–288; UniProt 1–288

60S ribosomal protein L38

物种未注明

UniProt P63173

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 Lk; UniProt 1–70 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 167 个其他 PDB 条目、167 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL38_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 Lk; PDB构建体 1–70; UniProt 1–70

Large ribosomal subunit protein uL24

物种未注明

UniProt P61254

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 LY; UniProt 1–145 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 176 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL26_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 LY; PDB构建体 1–144; UniProt 1–145

60S ribosomal protein L35

物种未注明

UniProt P42766

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 Lh; UniProt 2–123 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 177 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL35_HUMAN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 Lh; PDB构建体 1–122; UniProt 2–123

60S ribosomal protein L23a

物种未注明

UniProt P62750

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 LX; UniProt 1–156 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 177 个其他 PDB 条目、177 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL23A_HUMAN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 LX; PDB构建体 1–156; UniProt 1–156

60S ribosomal protein L19

物种未注明

UniProt P84098

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 LR; UniProt 1–196 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L28 × 1 (P46779) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 169 个其他 PDB 条目、169 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL19_HUMAN
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 LR; PDB构建体 1–196; UniProt 1–196

60S ribosomal protein L28

物种未注明

UniProt P46779

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 11 RNA 2 PDB 声明:13-meric(13) 与全部聚合物数一致 链 Lr; UniProt 1–137 未记录 N-alpha-acetyltransferase 10 × 1 (P41227) 5.8S rRNA (58-MER) × 1 Methionine aminopeptidase 2 × 1 (P50579) N-alpha-acetyltransferase 15, NatA auxiliary subunit × 1 (Q9BXJ9) 28S rRNA × 1 60S ribosomal protein L4 × 1 (P36578) Large ribosomal subunit protein eL6 × 1 (Q02878) 60S ribosomal protein L38 × 1 (P63173) Large ribosomal subunit protein uL24 × 1 (P61254) 60S ribosomal protein L35 × 1 (P42766) 60S ribosomal protein L23a × 1 (P62750) 60S ribosomal protein L19 × 1 (P84098) CO COBALT (II) ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.69 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 171 个其他 PDB 条目、171 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RL28_HUMAN
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 Lr; PDB构建体 1–137; UniProt 1–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9fpz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9fpz
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9fpz
沉积日期 deposition_date2024-06-14
结构标题 titleHuman NatA-MAP2 80S ribosome complex
关键词 keywords;co-translational processing, ribosome associated factor (RAF), methionine aminopeptidase 2 (MAP2), N-terminal methionine excision (NME), N-acetyl-transferase A (NatA), N-termional acetylation (NTA), UBA domain, a-solenoid, protein-protein and protein-RNA interactions, TRANSLATION ;; TRANSLATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier67.45
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.99
零角强度 I(0) i03723150000.00
分子量 molecular_weight425810.0 kDa
排除体积 excluded_volume497700 ų
包络体积 envelope_volume968700 ų
水化壳体积 shell_volume123520 ų
包络直径 envelope_diameter252.0
壳层 Rg shell_rg62.85
包络 Rg envelope_rg68.29
形状 Rg shape_rg67.94
总 Rg total_rg68.01
总原子数 total_atoms29394
残基数 n_residues3024
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax217.6
Rg (实空间) rg_real67.58
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.72
I(0) (实空间) i0_real3.7210e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal66.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3716000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8462
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary66.2
偏度 Skewness skewness0.485
峰度 Kurtosis kurtosis-0.194
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0036
最高正则化参数 α highest_alpha145100000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.925; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.221

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)