1qz5

Structure of rabbit actin in complex with kabiramide C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 72.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68135

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–377 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 KAB KABIRAMIDE C × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:Batch;pH 5.5;293 K;Crystals of the actin-kabiramide C complex were grown by small-scale batch by mixing equal volumes of the complex and 100 mM MES, 18% (w/v) polyethylene glycol 1500, 12% (w/v) 1,6-hexanediol, 100 mM CaCl2, 1 mM sodium azide, 1 mM TCEP, pH 5.5, Batch, temperature 293K 分辨率 1.45 Å R-free 0.187

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 293 个其他 PDB 条目、353 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_RABIT
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1qz5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1qz5
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1qz5
沉积日期 deposition_date2003-09-15
结构标题 titleStructure of rabbit actin in complex with kabiramide C
关键词 keywordsactin, trisoxazole, toxin, kabiramide C, Structural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.92
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.06
零角强度 I(0) i028944500.00
分子量 molecular_weight41370.0 kDa
排除体积 excluded_volume51738 ų
包络体积 envelope_volume58874 ų
水化壳体积 shell_volume23176 ų
包络直径 envelope_diameter76.2
壳层 Rg shell_rg27.94
包络 Rg envelope_rg21.39
形状 Rg shape_rg21.09
总 Rg total_rg21.82
总原子数 total_atoms2899
残基数 n_residues358
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.8
Rg (实空间) rg_real21.87
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real2.8940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9330e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.88
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28940000.0000
解质量估计 total_estimate0.8052
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.306
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9214000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1qz5a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd1qz5a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1qz5A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1qz5A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology36 — Actin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70 — Actin; Chain A, domain 2
结构域编号 domain_id1qz5A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id1qz5A04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)