5jqh

Structure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 143.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 片段:UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDEUS 30-348 突变:C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A Nanobody60, Nb60 × 1 CAU (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.5;293 K;100 mM HEPES pH 7.5, 20 mM EDTA, and 19-23% PEG300 分辨率 3.20 Å R-free 0.290
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–161 片段:UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDEUS 30-348 突变:C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A Nanobody60, Nb60 × 1 CAU (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.5;293 K;100 mM HEPES pH 7.5, 20 mM EDTA, and 19-23% PEG300 分辨率 3.20 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、845 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–175; UniProt 2–161 作者链 B; PDB构建体 16–175; UniProt 2–161

Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 30–348 片段:UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDEUS 30-348 突变:C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A Nanobody60, Nb60 × 1 CAU (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.5;293 K;100 mM HEPES pH 7.5, 20 mM EDTA, and 19-23% PEG300 分辨率 3.20 Å R-free 0.290
2 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 30–348 片段:UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDEUS 30-348 突变:C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A Nanobody60, Nb60 × 1 CAU (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol × 1 CLR CHOLESTEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 7.5;293 K;100 mM HEPES pH 7.5, 20 mM EDTA, and 19-23% PEG300 分辨率 3.20 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 143 个其他 PDB 条目、144 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADRB2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 179–471; UniProt 30–348 作者链 B; PDB构建体 179–471; UniProt 30–348

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5jqh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5jqh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5jqh
沉积日期 deposition_date2016-05-05
结构标题 titleStructure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60
关键词 keywordsGPCR, Signaling, Nanobody, Allostery, SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE, hydrolase-inhibitor complex; signaling protein, hydrolase/inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.95
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.94
零角强度 I(0) i0166120000.00
分子量 molecular_weight109080.0 kDa
排除体积 excluded_volume138140 ų
包络体积 envelope_volume194560 ų
水化壳体积 shell_volume40971 ų
包络直径 envelope_diameter151.9
壳层 Rg shell_rg44.88
包络 Rg envelope_rg38.98
形状 Rg shape_rg39.95
总 Rg total_rg40.25
总原子数 total_atoms7701
残基数 n_residues1030
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax143.9
Rg (实空间) rg_real41.09
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.94
I(0) (实空间) i0_real1.6610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal166100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8551
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary44.3
偏度 Skewness skewness0.360
峰度 Kurtosis kurtosis-0.358
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9396000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.815; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.816; Smooth: 0.852

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id5jqhB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id5jqhB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id5jqhC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id5jqhD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)