U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 52 RNA 4 PDB 声明:56-meric(56) 与全部聚合物数一致 | 链 D; UniProt 1–357 | 未记录 | Splicing factor 3B subunit 3 × 1 (Q15393) Small nuclear ribonucleoprotein F × 2 (P62306) ;U2 small nuclear ribonucleoprotein A' ; × 1 (P09661) Splicing factor 3B subunit 4 × 1 (Q15427) Small nuclear ribonucleoprotein G × 2 (P62308) Intron-binding protein aquarius × 1 (O60306) Splicing factor 3B subunit 5 × 1 (Q9BWJ5) U6 snRNA × 1 ;U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' ; × 1 (P08579) Splicing factor 3B subunit 6 × 1 (Q9Y3B4) Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) BUD13 homolog × 1 (Q9BRD0) Smad nuclear-interacting protein 1 × 1 (Q8TAD8) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) RNA-binding motif protein, X-linked 2 × 1 (Q9Y388) Cell division cycle 5-like protein × 1 (Q99459) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Beta-catenin-like protein 1 × 1 (Q8WYA6) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Spliceosome-associated protein CWC15 homolog × 1 (Q9P013) Serine/arginine repetitive matrix protein 1 × 1 (Q8IYB3) DNA/RNA-binding protein KIN17 × 1 (O60870) Pre-mRNA-splicing factor SYF1 × 1 (Q9HCS7) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Crooked neck-like protein 1 × 1 (Q9BZJ0) PHD finger-like domain-containing protein 5A × 1 (Q7RTV0) U2 snRNA × 1 Pleiotropic regulator 1 × 1 (O43660) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 × 2 (P62316) Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E × 1 (Q9UNP9) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) ;Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' ; × 2 (P14678) MINX M3 pre-mRNA × 1 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 × 2 (P62318) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Small nuclear ribonucleoprotein E × 2 (P62304) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 × 2 (P62314) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) U5 snRNA × 1 Splicing factor 3A subunit 1 × 1 (Q15459) Splicing factor 3A subunit 2 × 1 (Q15428) Splicing factor 3A subunit 3 × 1 (Q12874) Splicing factor 3B subunit 1 × 1 (O75533) Splicing factor 3B subunit 2 × 1 (Q13435) GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE | 分辨率 8.00 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 7ABI | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3JCR 3D structure determination of the human*U4/U6.U5* tri-snRNP complex 提交 2016-01-21 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 33 PDB 声明:36-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA;pH 7.9;20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 7.00 Å |
| 5MQF Cryo-EM structure of a human spliceosome activated for step 2 of splicing (C* complex) 提交 2016-12-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 41 PDB 声明:41-meric |
链 F
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 6.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.90 Å |
| 5O9Z Cryo-EM structure of a pre-catalytic human spliceosome primed for activation (B complex) 提交 2017-06-20 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:57-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 5XJC Cryo-EM structure of the human spliceosome just prior to exon ligation at 3.6 angstrom 提交 2017-04-30 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:50-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 11 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5YZG The Cryo-EM Structure of Human Catalytic Step I Spliceosome (C complex) at 4.1 angstrom resolution 提交 2017-12-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 51 PDB 声明:55-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 5Z56 cryo-EM structure of a human activated spliceosome (mature Bact) at 5.1 angstrom. 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 13 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;20 mM HEPES-KOH, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 5Z57 Cryo-EM structure of the human activated spliceosome (late Bact) at 6.5 angstrom 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:57-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ALA ALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 10 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 5Z58 Cryo-EM structure of a human activated spliceosome (early Bact) at 4.9 angstrom. 提交 2018-01-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 42 PDB 声明:46-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;20 mM HEPES-KOH, pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.90 Å |
| 6AH0 The Cryo-EM Structure of the Precusor of Human Pre-catalytic Spliceosome (pre-B complex) 提交 2018-08-15 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:57-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 6AHD The Cryo-EM Structure of Human Pre-catalytic Spliceosome (B complex) at 3.8 angstrom resolution 提交 2018-08-17 | 聚集状态不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:63-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6FF7 human Bact spliceosome core structure 提交 2018-01-03 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 57 PDB 声明:61-meric |
链 F
1–357(357 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 11 MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 6ICZ Cryo-EM structure of a human post-catalytic spliceosome (P complex) at 3.0 angstrom 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:51-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6ID0 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome prior to Prp43 loaded (ILS1 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 38 PDB 声明:42-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 6ID1 Cryo-EM structure of a human intron lariat spliceosome after Prp43 loaded (ILS2 complex) at 2.9 angstrom resolution 提交 2018-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 39 PDB 声明:43-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 6QDV Human post-catalytic P complex spliceosome 提交 2019-01-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:54-meric |
链 N
51–357(307 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;3 uL sample was applied to the grid, left for 25s, then blotted for 2.5-3.5s and immediately plunged into liquid ethane.
|
分辨率 3.30 Å |
| 6QW6 Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. 提交 2019-03-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:39-meric |
链 5O
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Wait 30s, blot for 2s to 3s.
|
分辨率 2.92 Å |
| 6QX9 Structure of a human fully-assembled precatalytic spliceosome (pre-B complex). 提交 2019-03-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 65 PDB 声明:71-meric |
链 5O
1–357(357 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.28 Å |
| 6ZYM Human C Complex Spliceosome - High-resolution CORE 提交 2020-08-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 21 PDB 声明:26-meric |
链 F
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 5 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7ABG Human pre-Bact-1 spliceosome 提交 2020-09-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:58-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTG 7-METHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.80 Å |
| 7DVQ Cryo-EM Structure of the Activated Human Minor Spliceosome (minor Bact Complex) 提交 2021-01-14 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 45 PDB 声明:49-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 K POTASSIUM ION × 2 G5J 5'-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy{[(S)-hydroxy(methoxy)phosphoryl]oxy}phosphoryl]oxy}phosphoryl]guanosine × 1 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 7W59 The cryo-EM structure of human pre-C*-I complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 45 PDB 声明:50-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5A The cryo-EM structure of human pre-C*-II complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:54-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 7W5B The cryo-EM structure of human C* complex 提交 2021-11-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 50 PDB 声明:55-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 9 ZN ZINC ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8C6J Human spliceosomal PM5 C* complex 提交 2023-01-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:63-meric |
链 N
1–357(357 aa)
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8CH6 Structure of a late-stage activated spliceosome (BAqr) arrested with a dominant-negative Aquarius mutant (state B complex). 提交 2023-02-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 55 PDB 声明:59-meric |
链 o
1–357(357 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 12 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9;All solutions were sterile-filtered using a 0.22um vacuum filtration unit.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Volumes of 4 ul of the concentrated sample were applied to one side of glow-discharged UltrAuFoil 200 2/2 grids (Quantifoil) in a Vitrobot Mark IV (FEI), operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity. The grids were blotted for 2s with blotting force 5 and immediately frozen by plunging into liquid ethane.
|
分辨率 5.90 Å |
| 8H6E Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the late pre-B state. 提交 2022-10-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:61-meric |
链 5E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8H6J Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature pre-B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:61-meric |
链 5E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 8H6K Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the mature B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:63-meric |
链 5E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 8H6L Cryo-EM structure of human exon-defined spliceosome in the early B state. 提交 2022-10-18 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:59-meric |
链 5E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 8I0P The cryo-EM structure of human pre-Bact complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:51-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8I0R The cryo-EM structure of human Bact-I complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 51 PDB 声明:55-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0S The cryo-EM structure of human Bact-II complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 46 PDB 声明:50-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8I0T The cryo-EM structure of human Bact-III complex 提交 2023-01-11 | 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 52 PDB 声明:56-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0U The cryo-EM structure of human Bact-IV complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 49 PDB 声明:53-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8I0V The cryo-EM structure of human post-Bact complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 47 PDB 声明:51-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 7 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8I0W The cryo-EM structure of human C complex 提交 2023-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 53 PDB 声明:58-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 7 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8Q7Q Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 2) 提交 2023-08-16 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:15-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8Q7V Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 1) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:15-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8Q7W Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 3) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:15-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Q7X Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 (State 4) 提交 2023-08-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:15-meric |
链 D
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8QO9 Cryo-EM structure of a human spliceosomal B complex protomer 提交 2023-09-28 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 66 PDB 声明:71-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.29 Å |
| 8QXD Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B complex 提交 2023-10-24 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:61-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.60 Å |
| 8QZS Cryo-EM structure of the cross-exon B-like complex 提交 2023-10-29 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 61 PDB 声明:68-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 8R08 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+AMPPNP complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 64 PDB 声明:71-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.10 Å |
| 8R09 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss+ATPgammaS complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:60-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 8R0A Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ss complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 56 PDB 声明:62-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.80 Å |
| 8R0B Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+ATP complex 提交 2023-10-31 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:60-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8RC0 Structure of the human 20S U5 snRNP 提交 2023-12-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 14 PDB 声明:15-meric |
链 G
1–357(357 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8RM5 Cryo-EM structure of the cross-exon pre-B+5'ssLNG+ATPyS complex 提交 2024-01-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 54 PDB 声明:60-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8RO2 Integrative Structure of the human intron lariat Spliceosome (ILS'') 提交 2024-01-11 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 36 PDB 声明:40-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8Y6O Cryo-EM Structure of the human minor pre-B complex (pre-precatalytic spliceosome) U11 and tri-snRNP part 提交 2024-02-02 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 41 PDB 声明:46-meric |
链 F
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 3.38 Å |
| 9FMD Integrative model of the human post-catalytic spliceosome (P-complex) 提交 2024-06-05 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 58 PDB 声明:63-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 6 K POTASSIUM ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 6 IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9R8V Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map) 提交 2025-05-17 | 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物;蛋白 × 59 PDB 声明:63-meric |
链 E
1–357(357 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 8.50 Å |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | SNR40_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 D; PDB构建体 1–357; UniProt 1–357 |