7f8x

Crystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with NN9056

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 106.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholecystokinin receptor type A,Endolysin

Homo sapiens

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 突变:F130W,C1251G,C1336A,C1293T,I1376R ASP-SMF-NLE-GLY-TRP-NLE-OEM-MEA-NH2 (NN9056) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM HEPES,7.5, 10 (v/v) PPG400 and 100 mM ammonium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 250–409; UniProt 2–161

Cholecystokinin receptor type A,Endolysin

Homo sapiens

UniProt P32238

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–240 链 A; UniProt 302–406 突变:F130W,C1251G,C1336A,C1293T,I1376R ASP-SMF-NLE-GLY-TRP-NLE-OEM-MEA-NH2 (NN9056) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;100 mM HEPES,7.5, 10 (v/v) PPG400 and 100 mM ammonium acetate 分辨率 3.00 Å R-free 0.261

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CCKAR_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–249; UniProt 2–240 作者链 A; PDB构建体 410–514; UniProt 302–406

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7f8x

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7f8x
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7f8x
沉积日期 deposition_date2021-07-02
结构标题 titleCrystal structure of the cholecystokinin receptor CCKAR in complex with NN9056
关键词 keywordsG protein-coulped receptor, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.50
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.04
零角强度 I(0) i038081200.00
分子量 molecular_weight51181.0 kDa
排除体积 excluded_volume65455 ų
包络体积 envelope_volume84494 ų
水化壳体积 shell_volume25206 ų
包络直径 envelope_diameter110.6
壳层 Rg shell_rg34.26
包络 Rg envelope_rg30.91
形状 Rg shape_rg31.06
总 Rg total_rg31.30
总原子数 total_atoms3597
残基数 n_residues446
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax106.0
Rg (实空间) rg_real31.91
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.52
I(0) (实空间) i0_real3.8080e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal38080000.0000
解质量估计 total_estimate0.7955
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.496
峰度 Kurtosis kurtosis-0.583
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha8014000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.636; Stabil: 0.992; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.574; Smooth: 0.882

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)