9cey

Spizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 5

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 113.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Spizellomyces punctatus Fanzor 1

Spizellomyces punctatus

UniProt A0A0L0H5U9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 2–638 未记录 DNA (26-MER) × 1 DNA (36-MER) × 1 RNA (76-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0L0H5U9_SPIPD
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 396–1032; UniProt 2–638

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Spizellomyces punctatus Fanzor 1

Spizellomyces punctatus

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 27–392 未记录 DNA (26-MER) × 1 DNA (36-MER) × 1 RNA (76-MER) × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.22 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 19–384; UniProt 27–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cey

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cey
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cey
沉积日期 deposition_date2024-06-27
结构标题 titleSpizellomyces punctatus Fanzor (SpuFz) State 5
关键词 keywordsFanzor, Eukaryotic, RNA-guided, nuclease, Gene editing, RNA BINDING PROTEIN-RNA-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.54
零角强度 I(0) i0292325000.00
分子量 molecular_weight109480.0 kDa
排除体积 excluded_volume125170 ų
包络体积 envelope_volume175130 ų
水化壳体积 shell_volume45807 ų
包络直径 envelope_diameter122.3
壳层 Rg shell_rg38.84
包络 Rg envelope_rg31.75
形状 Rg shape_rg31.48
总 Rg total_rg32.15
总原子数 total_atoms7528
残基数 n_residues728
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.2
Rg (实空间) rg_real32.54
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.30
I(0) (实空间) i0_real2.9230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1310e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.55
I(0) (倒空间) i0_reciprocal292300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8664
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.3
偏度 Skewness skewness0.376
峰度 Kurtosis kurtosis-0.162
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha37070000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.773; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.952

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)