9di0

Cryo-EM structure of Kif18A bound to a microtubule

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 108.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Kinesin-like protein KIF18A, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase chimera

Homo sapiens

UniProt E5BBQ0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 5–181 未记录 Tubulin beta chain × 1 (P02554) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 E5BBQ0_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 382–558; UniProt 5–181

Kinesin-like protein KIF18A, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase chimera

Homo sapiens

UniProt Q8NI77

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–374 未记录 Tubulin beta chain × 1 (P02554) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KI18A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 8–380; UniProt 2–374

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 1–445 未记录 Kinesin-like protein KIF18A, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase chimera × 1 (Q8NI77,E5BBQ0) Tubulin alpha-1B chain × 1 (Q2XVP4) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

Tubulin alpha-1B chain

物种未注明

UniProt Q2XVP4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–451 未记录 Kinesin-like protein KIF18A, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase chimera × 1 (Q8NI77,E5BBQ0) Tubulin beta chain × 1 (P02554) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 TA1 TAXOL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 230 个其他 PDB 条目、243 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1B_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9di0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9di0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9di0
沉积日期 deposition_date2024-09-04
最后修订 last_revision2025-07-16
结构标题 titleCryo-EM structure of Kif18A bound to a microtubule
关键词 keywordsKif18A, Tubulin, K-fiber, mitosis, spindle, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.58
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.97
零角强度 I(0) i0287987000.00
分子量 molecular_weight133390.0 kDa
排除体积 excluded_volume165480 ų
包络体积 envelope_volume207080 ų
水化壳体积 shell_volume50938 ų
包络直径 envelope_diameter116.0
壳层 Rg shell_rg40.96
包络 Rg envelope_rg33.24
形状 Rg shape_rg32.96
总 Rg total_rg33.56
总原子数 total_atoms9361
残基数 n_residues1175
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.8
Rg (实空间) rg_real33.51
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real2.8800e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1760e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal288000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8955
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.4
偏度 Skewness skewness0.276
峰度 Kurtosis kurtosis-0.420
角度范围 angular_range— – 0.2350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84300000.0000
实空间数据点数 n_real_points48
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.957

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)