2ff6

Crystal structure of Gelsolin domain 1:ciboulot domain 2 hybrid in complex with actin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gelsolin

Homo sapiens

UniProt P06396

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 51–178 片段:Gelsolin domain 1 CG4944-PC, isoform C × 1 (Q8IRS7) Actin, alpha skeletal muscle × 1 (P68135) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;7% PEG 3000, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K 分辨率 2.05 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 60 个其他 PDB 条目、94 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GELS_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 23–150; UniProt 51–178

CG4944-PC, isoform C

Drosophila melanogaster

UniProt Q8IRS7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 72–97 片段:ciboulot domain 2 Gelsolin × 1 (P06396) Actin, alpha skeletal muscle × 1 (P68135) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;7% PEG 3000, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K 分辨率 2.05 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q8IRS7_DROME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–26; UniProt 72–97

Actin, alpha skeletal muscle

物种未注明

UniProt P68135

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 3–377 未记录 Gelsolin × 1 (P06396) CG4944-PC, isoform C × 1 (Q8IRS7) CA CALCIUM ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;293.15 K;7% PEG 3000, 0.1M Hepes, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K 分辨率 2.05 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 293 个其他 PDB 条目、353 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTS_RABIT
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–375; UniProt 3–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2ff6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2ff6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2ff6
沉积日期 deposition_date2005-12-19
结构标题 titleCrystal structure of Gelsolin domain 1:ciboulot domain 2 hybrid in complex with actin
关键词 keywordsProtein-Protein complex, STRUCTURAL PROTEIN-CONTRACTILE PROTEIN COMPLEX; STRUCTURAL PROTEIN/CONTRACTILE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.03
零角强度 I(0) i052306600.00
分子量 molecular_weight56160.0 kDa
排除体积 excluded_volume70202 ų
包络体积 envelope_volume82364 ų
水化壳体积 shell_volume28368 ų
包络直径 envelope_diameter86.2
壳层 Rg shell_rg31.62
包络 Rg envelope_rg24.47
形状 Rg shape_rg24.05
总 Rg total_rg24.80
总原子数 total_atoms3945
残基数 n_residues496
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.5
Rg (实空间) rg_real24.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.68
I(0) (实空间) i0_real5.2310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.8020e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal52310000.0000
解质量估计 total_estimate0.7948
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary28.2
偏度 Skewness skewness0.329
峰度 Kurtosis kurtosis-0.293
角度范围 angular_range— – 0.3200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha16970000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.796; Stabil: 0.990; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2ff6a1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd2ff6a2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.55 — Ribonuclease H-like motif
超家族 Superfamily superfamilyc.55.1 — Actin-like ATPase domain
家族 Family familyc.55.1.1 — Actin/HSP70
结构域编号 domain_idd2ff6g_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.109 — Gelsolin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.109.1 — Actin depolymerizing proteins
家族 Family familyd.109.1.1 — Gelsolin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2ff6A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id2ff6A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — ATPase, nucleotide binding domain
结构域编号 domain_id2ff6A03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology640 — Actin; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ATPase, substrate binding domain, subdomain 4
结构域编号 domain_id2ff6G00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology20 — Severin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Severin

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)