3deg

Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein lepA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 8	A/L-tRNA × 1 P-tRNA × 1 30S RNA helix 8 × 1 30S RNA helix 14 × 1 50S RNA helix 42-44 × 1 50S RNA helix 95 × 1 50S RNA helix 71 × 1 50S RNA helix 92 × 1 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P0A7J7）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LEPA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–545； UniProt 1–545

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P0A7S3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 8	A/L-tRNA × 1 P-tRNA × 1 30S RNA helix 8 × 1 30S RNA helix 14 × 1 50S RNA helix 42-44 × 1 50S RNA helix 95 × 1 50S RNA helix 71 × 1 50S RNA helix 92 × 1 GTP-binding protein lepA × 1 （P60785） 50S ribosomal protein L11 × 1 （P0A7J7）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS12_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–123； UniProt 2–124

50S ribosomal protein L11

物种未注明

UniProt P0A7J7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 8	A/L-tRNA × 1 P-tRNA × 1 30S RNA helix 8 × 1 30S RNA helix 14 × 1 50S RNA helix 42-44 × 1 50S RNA helix 95 × 1 50S RNA helix 71 × 1 50S RNA helix 92 × 1 GTP-binding protein lepA × 1 （P60785） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–141； UniProt 2–142

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3deg
沉积日期 deposition_date	2008-06-10
结构标题 title	Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP
关键词 keywords	;ribosome, translation, LepA, EF4, GTP-binding, Membrane, Nucleotide-binding, Antibiotic resistance, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, tRNA-binding, Methylation ;; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3deg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3deg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3deg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.92 Å
Rg（电子密度）	46.51 Å
总 Rg	46.86 Å
原子数	12950
残基数	1107
排除体积	206490 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3deg__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	A/L-tRNA
分子量 formula_weight	24890.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12950

GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	P-tRNA
分子量 formula_weight	24816.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

CGCGGGGUGGAGCAGCCUGGUAGCUCGUCGGGCUCAUAACCCGAAGGUCGUCGGUUCAAAUCCGGCCCCCGCAACCA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S RNA helix 8
分子量 formula_weight	5161.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

CUACUGGAAACGGUAG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S RNA helix 14
分子量 formula_weight	3827.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

CUCCUACGGGAG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S RNA helix 42-44
分子量 formula_weight	22580.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CCCAGACAGCCAGGAUGUUGGCUUAGAAGCAGCCAUCAUUUAAAGAAAGCGUAAUAGCUCACUGGUCGAG

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	50S RNA helix 95
分子量 formula_weight	9394.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CUGCUCCUAGUACGAGAGGACCGGAGUGG

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	50S RNA helix 71
分子量 formula_weight	5765.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	J

UGUCGGGUAAGUUCCGAC

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	50S RNA helix 92
分子量 formula_weight	4745.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	K

AUGGCUGUUCGCCAU

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	GTP-binding protein lepA
分子量 formula_weight	60476.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKNIRNFSIIAHIDHGKSTLSDRIIQICGGLSDREMEAQVLDSMDLERERGITIKAQSVTLDYKASDGETYQLNFIDTPGHVDFSYEVSRSLAACEGALLVVDAGQGVEAQTLANCYTAMEMDLEVVPVLNKIDLPAADPERVAEEIEDIVGIDATDAVRCSAKTGVGVQDVLERLVRDIPPPEGDPEGPLQALIIDSWFDNYLGVVSLIRIKNGTLRKGDKVKVMSTGQTYNADRLGIFTPKQVDRTELKCGEVGWLVCAIKDIHGAPVGDTLTLARNPAEKALPGFKKVKPQVYAGLFPVSSDDYEAFRDALGKLSLNDASLFYEPESSSALGFGFRCGFLGLLHMEIIQERLEREYDLDLITTAPTVVYEVETTSREVIYVDSPSKLPAVNNIYELREPIAECHMLLPQAYLGNVITLCVEKRGVQTNMVYHGNQVALTYEIPMAEVVLDFFDRLKSTSRGYASLDYNFKRFQASDMVRVDVLINGERVDALALITHRDNSQNRGRELVEKMKDLIPRQQFDIAIQAAIGTHIIARSTVKQL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	13637.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

ATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L11
分子量 formula_weight	14763.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

AKKVQAYVKLQVAAGMANPSPPVGPALGQQGVNIMEFCKAFNAKTDSIEKGLPIPVVITVYADRSFTFVTKTPPAAVLLKKAAGIKSGSGKPNKDKVGKISRAQLQEIAQTKAADMTGADIEAMTRSIEGTARSMGLVVED

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3degd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family family	b.40.4.5 — Cold shock DNA-binding domain-like

结构域编号 domain_id	d3degh1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.7 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain
家族 Family family	a.4.7.1 — Ribosomal protein L11, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d3degh2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.47 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	d.47.1 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain
家族 Family family	d.47.1.1 — Ribosomal L11/L12e N-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	10.90 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	41294

Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTP-binding protein lepA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3deg__assembly_1__model_1

3deg__assembly_1__model_1 | I(q)

3deg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 10 Entity 10 polymer

聚合物 Polymer

实体 11 Entity 11 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

7. 引用文献 (1)