3ef7

ZP-N domain of mammalian sperm receptor ZP3 (crystal form III)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.2 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Zona pellucida protein 3

Mus musculus

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–393 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 27–393 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–393 链 B; UniProt 27–393 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 26 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、489 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–368; UniProt 27–393 作者链 B; PDB构建体 2–368; UniProt 27–393

Maltose-binding periplasmic protein, LINKER, Zona pellucida protein 3

Mus musculus

UniProt P10761

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–143 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 42–143 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 ZN ZINC ION × 8 CA CALCIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256
3 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 4 其他聚合物 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 42–143 链 B; UniProt 42–143 片段:ZP3 ZP-N domain, UNP residues 27-393, UNP residues 42-143 突变:I3T, E360A, K363A, D364A, R368N alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 4 ZN ZINC ION × 26 CA CALCIUM ION × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.8;293 K;Sample: 15mg/ml protein in 0.05M sodium chloride, 0.01M Tris-HCL, PH7.2, 0.001M Maltose. Reservoir: 12% PEG6000, 0.15M calcium chloride, 0.0025M zinc chloride, 0.1M Tris-HCL, PH8.2. Sample to reservoir ratio in drop: 1:1, PH8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293.0K, pH7.8 分辨率 3.10 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZP3_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 372–473; UniProt 42–143 作者链 B; PDB构建体 372–473; UniProt 42–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3ef7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3ef7
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3ef7
沉积日期 deposition_date2008-09-08
结构标题 titleZP-N domain of mammalian sperm receptor ZP3 (crystal form III)
关键词 keywords;Fertilization, oocyte, egg coat, zona pellucida, vitelline envelope, ZP domain, egg-sperm interaction, species-specific gamete recognition, speciation, biodiversity, infertility, extracellular matrix, immunoglobulin-like fold, glycoprotein, receptor, secreted, transmembrane, cell adhesion ;; CELL ADHESION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.83
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.22
零角强度 I(0) i0169599000.00
分子量 molecular_weight104350.0 kDa
排除体积 excluded_volume130730 ų
包络体积 envelope_volume165100 ų
水化壳体积 shell_volume43540 ų
包络直径 envelope_diameter104.0
壳层 Rg shell_rg38.79
包络 Rg envelope_rg30.73
形状 Rg shape_rg31.24
总 Rg total_rg31.82
总原子数 total_atoms7309
残基数 n_residues934
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.2
Rg (实空间) rg_real31.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real1.6960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4210e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.78
I(0) (倒空间) i0_reciprocal169600000.0000
解质量估计 total_estimate0.9009
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary38.4
偏度 Skewness skewness0.250
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.2500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha76410000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.946

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id3ef7A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3ef7A02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3ef7A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3210 — Zona pellucida, ZP-N domain
结构域编号 domain_id3ef7B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3ef7B02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3ef7B03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily3210 — Zona pellucida, ZP-N domain

8. 引用文献 (7)

9. 文件与曲线 (10)