4b2q

Model of the yeast F1Fo-ATP synthase dimer based on subtomogram average

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 274.3 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P07251

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 61–545 链 B; UniProt 60–545 链 C; UniProt 61–545 链 a; UniProt 61–545 链 b; UniProt 60–545 链 c; UniProt 61–545 片段:RESIDUES 61-545 片段:RESIDUES 60-545 ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPA_YEAST
Isoform
PDB实体 1, 2
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 C; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 a; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 c; PDB构建体 1–485; UniProt 61–545 作者链 B; PDB构建体 1–486; UniProt 60–545 作者链 b; PDB构建体 1–486; UniProt 60–545

ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P00830

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 39–508 链 E; UniProt 39–511 链 F; UniProt 39–511 链 d; UniProt 39–508 链 e; UniProt 39–511 链 f; UniProt 39–511 片段:RESIDUES 39-508 片段:RESIDUES 39-511 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 51 个其他 PDB 条目、64 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPB_YEAST
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–470; UniProt 39–508 作者链 d; PDB构建体 1–470; UniProt 39–508 作者链 E; PDB构建体 1–473; UniProt 39–511 作者链 F; PDB构建体 1–473; UniProt 39–511 作者链 e; PDB构建体 1–473; UniProt 39–511 作者链 f; PDB构建体 1–473; UniProt 39–511

ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P38077

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 34–311 链 g; UniProt 34–311 片段:RESIDUES 34-311 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 52 个其他 PDB 条目、65 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPG_YEAST
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–278; UniProt 34–311 作者链 g; PDB构建体 1–278; UniProt 34–311

ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt Q12165

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 29–160 链 h; UniProt 29–160 片段:RESIDUES 29-160 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATPD_YEAST
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–132; UniProt 29–160 作者链 h; PDB构建体 1–132; UniProt 29–160

ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P21306

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 2–60 链 i; UniProt 2–60 片段:RESIDUES 2-60 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、59 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 ATP5E_YEAST
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–59; UniProt 2–60 作者链 i; PDB构建体 1–59; UniProt 2–60

ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P61829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–76 链 K; UniProt 1–76 链 L; UniProt 1–76 链 M; UniProt 1–76 链 N; UniProt 1–76 链 O; UniProt 1–76 链 P; UniProt 1–76 链 Q; UniProt 1–76 链 R; UniProt 1–76 链 S; UniProt 1–76 链 j; UniProt 1–76 链 k; UniProt 1–76 链 l; UniProt 1–76 链 m; UniProt 1–76 链 n; UniProt 1–76 链 o; UniProt 1–76 链 p; UniProt 1–76 链 q; UniProt 1–76 链 r; UniProt 1–76 链 s; UniProt 1–76 未记录 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 48 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP9_YEAST
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 K; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 L; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 M; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 N; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 O; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 P; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 Q; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 R; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 S; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 j; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 k; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 l; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 m; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 n; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 o; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 p; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 q; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 r; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76 作者链 s; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P13619

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 T; UniProt 121–249 链 t; UniProt 121–249 片段:RESIDUES 121-249 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AT5F1_BOVIN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–129; UniProt 121–249 作者链 t; PDB构建体 1–129; UniProt 121–249

ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P13620

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 5–124 链 u; UniProt 5–124 片段:RESIDUES 5-124 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5H_BOVIN
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–120; UniProt 5–124 作者链 u; PDB构建体 1–120; UniProt 5–124

ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P02721

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 V; UniProt 36–101 链 v; UniProt 36–101 片段:RESIDUES 36-101 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL × 2 (P13621) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATP5J_BOVIN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 V; PDB构建体 1–66; UniProt 36–101 作者链 v; PDB构建体 1–66; UniProt 36–101

ATP SYNTHASE SUBUNIT O, MITOCHONDRIAL

物种未注明

UniProt P13621

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 46 PDB 声明:46-meric(46) 与蛋白拷贝数一致 链 W; UniProt 24–143 链 w; UniProt 24–143 片段:RESIDUES 24-143 ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 4 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT ALPHA, MITOCHONDRIAL × 2 (P07251) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 2 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT BETA, MITOCHONDRIAL × 4 (P00830) ATP SYNTHASE SUBUNIT GAMMA, MITOCHONDRIAL × 2 (P38077) ATP SYNTHASE SUBUNIT DELTA, MITOCHONDRIAL × 2 (Q12165) ATP SYNTHASE SUBUNIT EPSILON, MITOCHONDRIAL × 2 (P21306) ATP SYNTHASE SUBUNIT 9, MITOCHONDRIAL × 20 (P61829) ATP SYNTHASE SUBUNIT B, MITOCHONDRIAL × 2 (P13619) ATP SYNTHASE SUBUNIT D, MITOCHONDRIAL × 2 (P13620) ATP SYNTHASE-COUPLING FACTOR 6, MITOCHONDRIAL × 2 (P02721) ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 10 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4;pH 7.4;250MM TREHALOSE 10NM TRIS- HCL PH7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, TEMPERATURE- 100, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- SINGLE SIDE MANUAL BLOTTING FOR 5 SECONDS., 分辨率 37.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ATPO_BOVIN
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 W; PDB构建体 1–120; UniProt 24–143 作者链 w; PDB构建体 1–120; UniProt 24–143

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4b2q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4b2q
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4b2q
沉积日期 deposition_date2012-07-17
结构标题 titleModel of the yeast F1Fo-ATP synthase dimer based on subtomogram average
关键词 keywordsHYDROLASE, SUBTOMOGRAM AVERAGE; HYDROLASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron137.30
零角强度 I(0) i012069800000.00
分子量 molecular_weight973790.0 kDa
排除体积 excluded_volume1233100 ų
包络体积 envelope_volume2370500 ų
水化壳体积 shell_volume142880 ų
包络直径 envelope_diameter402.1
壳层 Rg shell_rg143.70
包络 Rg envelope_rg125.30
形状 Rg shape_rg137.30
总 Rg total_rg137.30
总原子数 total_atoms70304
残基数 n_residues9026
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax274.3
Rg (实空间) rg_real94.16
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.92
I(0) (实空间) i0_real8.7960e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7090e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal100.80
I(0) (倒空间) i0_reciprocal10590000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6877
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary74.8
偏度 Skewness skewness0.426
峰度 Kurtosis kurtosis-0.939
角度范围 angular_range— – 0.0550 −1
当前正则化参数 α current_alpha8.2200
最高正则化参数 α highest_alpha90090000.0000
实空间数据点数 n_real_points12
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.025; Oscil: 0.801; Stabil: 0.529; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)