5gxv

Crystal structure of PigG

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.9 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein,PigG

Serratia

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–392 未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.5;277 K;MgCl2,Tris-HCl, pH 8.5, PEG 4000 分辨率 2.10 Å R-free 0.232

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–368; UniProt 27–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5gxv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5gxv
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5gxv
沉积日期 deposition_date2016-09-20
结构标题 titleCrystal structure of PigG
关键词 keywordsPigG, Prodigiosin, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.68
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.66
零角强度 I(0) i039423900.00
分子量 molecular_weight49842.0 kDa
排除体积 excluded_volume62864 ų
包络体积 envelope_volume76908 ų
水化壳体积 shell_volume26252 ų
包络直径 envelope_diameter82.0
壳层 Rg shell_rg31.69
包络 Rg envelope_rg24.56
形状 Rg shape_rg24.62
总 Rg total_rg25.60
总原子数 total_atoms3522
残基数 n_residues455
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.9
Rg (实空间) rg_real25.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49
I(0) (实空间) i0_real3.9420e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.63
I(0) (倒空间) i0_reciprocal39420000.0000
解质量估计 total_estimate0.9136
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.0
偏度 Skewness skewness0.181
峰度 Kurtosis kurtosis-0.614
角度范围 angular_range— – 0.3100 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7497000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.970

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5gxvA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id5gxvA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1200 — Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ACP-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)