6rx2

Fragment AZ-005 binding at the p53pT387/14-3-3 sigma interface

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 63.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

14-3-3 protein sigma

Homo sapiens

UniProt P31947

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–248 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) Cellular tumor antigen p53 × 2 (P04637) MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 KM2 7-[[(2~{S})-1-azanylpropan-2-yl]amino]-1-benzothiophene-2-carboximidamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;0.1M Hepes, pH7.5, 27%PEG, 5% Glycerol, 0.2M Calcium Chloride, 2mM DTT. 分辨率 1.82 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 523 个其他 PDB 条目、543 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 1433S_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–253; UniProt 1–248

Cellular tumor antigen p53

物种未注明

UniProt P04637

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 382–393 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) 14-3-3 protein sigma × 2 (P31947) MG MAGNESIUM ION × 6 CA CALCIUM ION × 2 KM2 7-[[(2~{S})-1-azanylpropan-2-yl]amino]-1-benzothiophene-2-carboximidamide × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;277 K;0.1M Hepes, pH7.5, 27%PEG, 5% Glycerol, 0.2M Calcium Chloride, 2mM DTT. 分辨率 1.82 Å R-free 0.220

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 291 个其他 PDB 条目、462 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P53_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–12; UniProt 382–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6rx2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6rx2
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6rx2
沉积日期 deposition_date2019-06-07
结构标题 titleFragment AZ-005 binding at the p53pT387/14-3-3 sigma interface
关键词 keywordsprotein protein interaction, fragment soaking, stabilization, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.53
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.38
零角强度 I(0) i013114300.00
分子量 molecular_weight26260.0 kDa
排除体积 excluded_volume32530 ų
包络体积 envelope_volume38279 ų
水化壳体积 shell_volume17721 ų
包络直径 envelope_diameter66.1
壳层 Rg shell_rg24.46
包络 Rg envelope_rg18.76
形状 Rg shape_rg18.35
总 Rg total_rg19.37
总原子数 total_atoms1832
残基数 n_residues229
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax63.9
Rg (实空间) rg_real19.46
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.41
I(0) (实空间) i0_real1.3110e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.47
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13110000.0000
解质量估计 total_estimate0.8081
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.3
偏度 Skewness skewness0.245
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2792000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.836; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)