1h26

CDK2/CyclinA in complex with an 11-residue recruitment peptide from p53

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 135.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2

HOMO SAPIENS

UniProt P24941

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–298 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CYCLIN A2 × 1 (P20248) CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53 × 1 (P04637) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML 分辨率 2.24 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–298 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CYCLIN A2 × 1 (P20248) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML 分辨率 2.24 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 518 个其他 PDB 条目、663 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CDK2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–303; UniProt 1–298 作者链 C; PDB构建体 6–303; UniProt 1–298

CYCLIN A2

HOMO SAPIENS

UniProt P20248

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 175–432 片段:CYCLIN FOLD, RESIDUES 175-432 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53 × 1 (P04637) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML 分辨率 2.24 Å R-free 0.268
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 175–432 片段:CYCLIN FOLD, RESIDUES 175-432 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML 分辨率 2.24 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、211 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CGA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–259; UniProt 175–432 作者链 D; PDB构建体 2–259; UniProt 175–432

CELLULAR TUMOR ANTIGEN P53

物种未注明

UniProt P04637

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 376–386 片段:RESIDUES 376-386 CELL DIVISION PROTEIN KINASE 2 × 1 (P24941) CYCLIN A2 × 1 (P20248) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7;0.8M KCL, 1.2M (NH4)2SO4, 40MM HEPES PH 7.0. PROTEIN CONCENTRATION = 10MG/ML 分辨率 2.24 Å R-free 0.268

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 291 个其他 PDB 条目、462 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 P53_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–11; UniProt 376–386

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1h26

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1h26
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1h26
沉积日期 deposition_date2002-07-31
结构标题 titleCDK2/CyclinA in complex with an 11-residue recruitment peptide from p53
关键词 keywordsCELL CYCLE, PROTEIN KINASE, CYCLIN, CDK2, RECRUITMENT, PEPTIDE SPECIFICITY; CELL CYCLE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.59
回转半径 Rg (电子) rg_electron40.66
零角强度 I(0) i0209417000.00
分子量 molecular_weight124630.0 kDa
排除体积 excluded_volume158770 ų
包络体积 envelope_volume208970 ų
水化壳体积 shell_volume44247 ų
包络直径 envelope_diameter141.5
壳层 Rg shell_rg44.40
包络 Rg envelope_rg40.08
形状 Rg shape_rg40.62
总 Rg total_rg41.01
总原子数 total_atoms8788
残基数 n_residues1090
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax135.8
Rg (实空间) rg_real40.81
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.31
I(0) (实空间) i0_real2.0940e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.59
I(0) (倒空间) i0_reciprocal209400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8409
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.8
偏度 Skewness skewness0.421
峰度 Kurtosis kurtosis-0.565
角度范围 angular_range— – 0.1950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha33190000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.840; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.751; Smooth: 0.655

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1h26a1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd1h26a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1h26b1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd1h26b2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd1h26c1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit
结构域编号 domain_idd1h26c2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1h26d1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin
结构域编号 domain_idd1h26d2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamilya.74.1 — Cyclin-like
家族 Family familya.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1h26A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id1h26A02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id1h26B01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id1h26B02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id1h26C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1
结构域编号 domain_id1h26C02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id1h26D01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like
结构域编号 domain_id1h26D02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclin-like

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)