3odu

The 2.5 A structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist IT1t

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 113.0 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1002–1161 链 B; UniProt 1002–1161 片段:CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 突变:L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 OLA OLEIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.5;293 K;Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Taurine, 0.1M Sodium citrate, pH 5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K 分辨率 2.50 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 242–401; UniProt 1002–1161 作者链 B; PDB构建体 242–401; UniProt 1002–1161

C-X-C chemokine receptor type 4, Lysozyme Chimera

Enterobacteria phage T4

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–229 链 A; UniProt 230–319 链 B; UniProt 2–229 链 B; UniProt 230–319 片段:CXCR4 residues 2-229, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 230-319 突变:L125W, C1054T, C1097T ITD (6,6-dimethyl-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazol-3-yl)methyl N,N'-dicyclohexylimidothiocarbamate × 2 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 OLA OLEIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.5;293 K;Lipidic cubic phase made of monoolein and cholesterol, 20% PEG400, 0.3M Sodium malonate, 5mM Taurine, 0.1M Sodium citrate, pH 5.5, LIPIDIC CUBIC PHASE, temperature 293K 分辨率 2.50 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–239; UniProt 2–229 作者链 A; PDB构建体 404–493; UniProt 230–319 作者链 B; PDB构建体 12–239; UniProt 2–229 作者链 B; PDB构建体 404–493; UniProt 230–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3odu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3odu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3odu
沉积日期 deposition_date2010-08-11
结构标题 titleThe 2.5 A structure of the CXCR4 chemokine receptor in complex with small molecule antagonist IT1t
关键词 keywords;Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Accelerated Technologies Center for Gene to 3D Structure, ATCG3D, 7TM, G protein-coupled receptor, GPCR, Signal transduction, Hydrolase, Cancer, HIV-1 co-receptor, chemokine, CXCL12, SDF1, isothiourea, Chimera, T4L Fusion, Membrane protein, Transmembrane, SINGNALING PROTEIN, PSI-Biology, GPCR Network, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.16
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.03
零角强度 I(0) i0151238000.00
分子量 molecular_weight108120.0 kDa
排除体积 excluded_volume139470 ų
包络体积 envelope_volume189480 ų
水化壳体积 shell_volume45322 ų
包络直径 envelope_diameter122.2
壳层 Rg shell_rg41.14
包络 Rg envelope_rg34.94
形状 Rg shape_rg35.03
总 Rg total_rg35.53
总原子数 total_atoms7635
残基数 n_residues922
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.0
Rg (实空间) rg_real36.03
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83
I(0) (实空间) i0_real1.5120e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.11
I(0) (倒空间) i0_reciprocal151200000.0000
解质量估计 total_estimate0.9127
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary46.2
偏度 Skewness skewness0.124
峰度 Kurtosis kurtosis-0.632
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha15060000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.967; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.961

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3oduA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id3oduA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id3oduB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
结构域编号 domain_id3oduB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)