3puw

Crystal Structure of an outward-facing MBP-Maltose transporter complex bound to ADP-AlF4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 167.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose-binding periplasmic protein

Escherichia coli

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 27–396 片段:unp residues 27-396 Maltose transport system permease protein malF × 1 (P02916) Maltose transport system permease protein malG × 1 (P68183) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 2 (P68187) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;27 % PEG 400, 0.1 M HEPES, 10 mM magnesium chloride, 50 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5 分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–370; UniProt 27–396

Maltose transport system permease protein malF

Escherichia coli

UniProt P02916

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 1–514 未记录 Maltose-binding periplasmic protein × 1 (P0AEX9) Maltose transport system permease protein malG × 1 (P68183) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 2 (P68187) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;27 % PEG 400, 0.1 M HEPES, 10 mM magnesium chloride, 50 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5 分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALF_ECOLI
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–514; UniProt 1–514

Maltose transport system permease protein malG

Escherichia coli

UniProt P68183

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–296 未记录 Maltose-binding periplasmic protein × 1 (P0AEX9) Maltose transport system permease protein malF × 1 (P02916) Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK × 2 (P68187) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;27 % PEG 400, 0.1 M HEPES, 10 mM magnesium chloride, 50 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5 分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALG_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–296; UniProt 1–296

Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK

Escherichia coli

UniProt P68187

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 5 其他聚合物 1 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–371 链 B; UniProt 1–371 未记录 Maltose-binding periplasmic protein × 1 (P0AEX9) Maltose transport system permease protein malF × 1 (P02916) Maltose transport system permease protein malG × 1 (P68183) alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 10 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7.5;293 K;27 % PEG 400, 0.1 M HEPES, 10 mM magnesium chloride, 50 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K, pH 7.5 分辨率 2.30 Å R-free 0.255

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALK_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–371; UniProt 1–371 作者链 B; PDB构建体 1–371; UniProt 1–371

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3puw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3puw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3puw
沉积日期 deposition_date2010-12-06
结构标题 titleCrystal Structure of an outward-facing MBP-Maltose transporter complex bound to ADP-AlF4
关键词 keywords;ATP Binding Cassette Nucleotide Binding Domain Substrate Binding Protein Transmembrane Domain, ABC Transporter importer ATPase, ATP binding Maltodextrin binding, transmembrane integral membrane, HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN complex ;; HYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier48.49
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.09
零角强度 I(0) i0579057000.00
分子量 molecular_weight211200.0 kDa
排除体积 excluded_volume269500 ų
包络体积 envelope_volume363700 ų
水化壳体积 shell_volume65796 ų
包络直径 envelope_diameter170.6
壳层 Rg shell_rg48.81
包络 Rg envelope_rg48.02
形状 Rg shape_rg48.10
总 Rg total_rg48.05
总原子数 total_atoms14889
残基数 n_residues1881
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax167.1
Rg (实空间) rg_real49.06
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real5.7910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0830e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal48.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal578600000.0000
解质量估计 total_estimate0.5616
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.8
偏度 Skewness skewness0.496
峰度 Kurtosis kurtosis-0.553
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha147300000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.624; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.762; Smooth: 0.623

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_idd3puwa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like
结构域编号 domain_idd3puwa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.6 — MOP-like
家族 Family familyb.40.6.3 — ABC-transporter additional domain
结构域编号 domain_idd3puwa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3puwb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.12 — ABC transporter ATPase domain-like
结构域编号 domain_idd3puwb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.6 — MOP-like
家族 Family familyb.40.6.3 — ABC-transporter additional domain
结构域编号 domain_idd3puwe1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.94 — Periplasmic binding protein-like II
超家族 Superfamily superfamilyc.94.1 — Periplasmic binding protein-like II
家族 Family familyc.94.1.1 — Phosphate binding protein-like
结构域编号 domain_idd3puwe2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd3puwf1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.70 — MalF N-terminal region-like
超家族 Superfamily superfamilye.70.1 — MalF N-terminal region-like
家族 Family familye.70.1.1 — MalF N-terminal region-like
结构域编号 domain_idd3puwf2
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamilyf.58.1 — MetI-like
家族 Family familyf.58.1.1 — MetI-like
结构域编号 domain_idd3puwg_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.58 — MetI-like
超家族 Superfamily superfamilyf.58.1 — MetI-like
家族 Family familyf.58.1.1 — MetI-like

CATH v4.4 (13 domains)

结构域编号 domain_id3puwA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3puwA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3puwA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id3puwB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3puwB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain
结构域编号 domain_id3puwB03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id3puwE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3puwE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology190 — D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Periplasmic binding protein-like II
结构域编号 domain_id3puwF01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily370 — MalF N-terminal region-like
结构域编号 domain_id3puwF02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology650 — MalF N-terminal region-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MalF N-terminal region-like
结构域编号 domain_id3puwF03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology430 — Periplasmic binding protein-like II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — D-maltodextrin-binding protein, MBP
结构域编号 domain_id3puwF04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MetI-like
结构域编号 domain_id3puwG01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology3720 — MetI-like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — MetI-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)