6kjv

Structure of thermal-stabilised(M9) human GLP-1 receptor transmembrane domain

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 123.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–161 突变:S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 97Y N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid 分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–161 突变:S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 97Y N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid 分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、845 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ENLYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 125–284; UniProt 2–161 作者链 B; PDB构建体 125–284; UniProt 2–161

Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor

Homo sapiens

UniProt P43220

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 128–257 链 A; UniProt 261–431 突变:S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 97Y N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid 分辨率 2.80 Å R-free 0.280
2 信息不足 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 128–257 链 B; UniProt 261–431 突变:S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 97Y N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine × 1 OLC (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;293 K;0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid 分辨率 2.80 Å R-free 0.280

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 69 个其他 PDB 条目、78 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLP1R_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–124; UniProt 128–257 作者链 A; PDB构建体 285–455; UniProt 261–431 作者链 B; PDB构建体 2–124; UniProt 128–257 作者链 B; PDB构建体 285–455; UniProt 261–431

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6kjv

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6kjv
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6kjv
沉积日期 deposition_date2019-07-23
结构标题 titleStructure of thermal-stabilised(M9) human GLP-1 receptor transmembrane domain
关键词 keywordsGPCR, seven-transmembrane, allosteric modulators, diabetes, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.69
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.56
零角强度 I(0) i0119565000.00
分子量 molecular_weight95208.0 kDa
排除体积 excluded_volume122290 ų
包络体积 envelope_volume169080 ų
水化壳体积 shell_volume40452 ų
包络直径 envelope_diameter127.6
壳层 Rg shell_rg40.75
包络 Rg envelope_rg35.42
形状 Rg shape_rg35.54
总 Rg total_rg36.05
总原子数 total_atoms6731
残基数 n_residues847
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax123.0
Rg (实空间) rg_real36.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.23
I(0) (实空间) i0_real1.1960e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.74
I(0) (倒空间) i0_reciprocal119600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8793
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary45.8
偏度 Skewness skewness0.384
峰度 Kurtosis kurtosis-0.364
角度范围 angular_range— – 0.2150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13140000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.843

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6kjvA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40
结构域编号 domain_id6kjvB01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)