4rws

Crystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein

Enterobacteria phage T4

UniProt P00720

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1002–1161 片段:CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 突变:L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T Viral macrophage inflammatory protein 2 × 1 (Q98157) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.5;293 K;100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 721 个其他 PDB 条目、846 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYS_BPT4
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 238–397; UniProt 1002–1161

C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein

Enterobacteria phage T4

UniProt P61073

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–228 链 A; UniProt 231–319 片段:CXCR4 residues 2-228, LYSOZYME residues 1002-1161, CXCR4 residues 231-319 突变:L125W, T240P, D187C, C1054T, C1097T Viral macrophage inflammatory protein 2 × 1 (Q98157) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.5;293 K;100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、34 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 11–237; UniProt 2–228 作者链 A; PDB构建体 401–489; UniProt 231–319

Viral macrophage inflammatory protein 2

Human herpesvirus 8 strain GK18

UniProt Q98157

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 24–94 突变:W5C C-X-C chemokine receptor type 4/Endolysin chimeric protein × 1 (P61073,P00720) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:LIPIDIC CUBIC PHASE;pH 5.5;293 K;100 mM sodium citrate pH 5.5, 28% PEG 400, 120 mM ammonium phosphate dibasic, 2-6% polypropylene P400, Lipidic cubic phase, temperature 293K 分辨率 3.10 Å R-free 0.274

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VMI2_HHV8P
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–71; UniProt 24–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4rws

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4rws
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4rws
沉积日期 deposition_date2014-12-05
结构标题 titleCrystal structure of CXCR4 and viral chemokine antagonist vMIP-II complex (PSI Community Target)
关键词 keywords;Human chemokine-chemokine receptor complex, GPCR signaling, PSI-Biology, GPCR network, membrane protein, GPCR, CXCR4, viral antagonist chemokine vMIP-II, membrane, lipidic cubic phase, T4L, Structural Genomics, SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE ;; SIGNALING PROTEIN, HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.08
零角强度 I(0) i045088900.00
分子量 molecular_weight56018.0 kDa
排除体积 excluded_volume71411 ų
包络体积 envelope_volume97123 ų
水化壳体积 shell_volume27235 ų
包络直径 envelope_diameter113.3
壳层 Rg shell_rg36.03
包络 Rg envelope_rg31.86
形状 Rg shape_rg32.06
总 Rg total_rg32.54
总原子数 total_atoms3953
残基数 n_residues508
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.8
Rg (实空间) rg_real32.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.12
I(0) (实空间) i0_real4.5090e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.4800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45080000.0000
解质量估计 total_estimate0.8131
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary24.9
偏度 Skewness skewness0.441
峰度 Kurtosis kurtosis-0.584
角度范围 angular_range— – 0.2450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6369000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.732; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.583; Smooth: 0.786

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd4rwsc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.9 — IL8-like
超家族 Superfamily superfamilyd.9.1 — Interleukin 8-like chemokines
家族 Family familyd.9.1.1 — Interleukin 8-like chemokines

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4rwsC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)