8x30

Structure of piccolo NuA4 and H2A.Z nucleosome 2:1 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 193.6 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone acetyltransferase

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q414

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–445 链 O; UniProt 1–445 未记录 glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A6A5Q414_YEASX
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 25–469; UniProt 1–445 作者链 O; PDB构建体 25–469; UniProt 1–445

glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H8UL58

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 50–400 链 Q; UniProt 50–400 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8H8UL58_YEASX
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 236–586; UniProt 50–400 作者链 Q; PDB构建体 236–586; UniProt 50–400

glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q540A3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 1–218 链 Q; UniProt 1–218 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 Q540A3_SCHJA
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218 作者链 Q; PDB构建体 1–218; UniProt 1–218

Chromatin modification-related protein

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4C0Q6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 N; UniProt 1–120 链 R; UniProt 1–120 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A8H4C0Q6_YEASX
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 N; PDB构建体 1–120; UniProt 1–120 作者链 R; PDB构建体 1–120; UniProt 1–120

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PYU5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 1–113 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PYU5_YEASX
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 425–537; UniProt 1–113

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 1–392 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–392; UniProt 1–392

Histone H3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q536

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–136 链 E; UniProt 1–136 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A6A5Q536_YEASX
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136 作者链 E; PDB构建体 1–136; UniProt 1–136

Histone H4

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q1V3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–102 链 F; UniProt 1–102 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q1V3_YEASX
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102 作者链 F; PDB构建体 1–102; UniProt 1–102

Histone H2A

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5Q818

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–134 链 G; UniProt 1–134 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2B × 2 (A0A6A5PZQ7) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5Q818_YEASX
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134 作者链 G; PDB构建体 1–134; UniProt 1–134

Histone H2B

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A6A5PZQ7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 15 DNA 2 PDB 声明:heptadecameric(17) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–131 链 H; UniProt 1–131 未记录 Histone acetyltransferase × 2 (A0A6A5Q414) glutathione transferase,Enhancer of polycomb-like protein × 2 (Q540A3,A0A8H8UL58) Chromatin modification-related protein × 2 (A0A8H4C0Q6) Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Chromatin modification-related protein EAF6 × 1 (P0AEX9,A0A6A5PYU5) DNA (146-MER) × 2 Histone H3 × 2 (A0A6A5Q536) Histone H4 × 2 (A0A6A5Q1V3) Histone H2A × 2 (A0A6A5Q818) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A6A5PZQ7_YEASX
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131 作者链 H; PDB构建体 1–131; UniProt 1–131

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8x30

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8x30
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8x30
沉积日期 deposition_date2023-11-10
结构标题 titleStructure of piccolo NuA4 and H2A.Z nucleosome 2:1 complex
关键词 keywordsNua4, nucleosome, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.62
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.82
零角强度 I(0) i01956560000.00
分子量 molecular_weight311580.0 kDa
排除体积 excluded_volume366490 ų
包络体积 envelope_volume583700 ų
水化壳体积 shell_volume95124 ų
包络直径 envelope_diameter212.4
壳层 Rg shell_rg53.50
包络 Rg envelope_rg52.81
形状 Rg shape_rg53.89
总 Rg total_rg53.61
总原子数 total_atoms21579
残基数 n_residues2196
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax193.6
Rg (实空间) rg_real52.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.12
I(0) (实空间) i0_real1.9570e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2090e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1956000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8273
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary64.5
偏度 Skewness skewness0.540
峰度 Kurtosis kurtosis0.317
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha216800000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.633; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.852

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)