9cf0

Parasitella parasitica Fanzor (PpFz) State 1

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 113.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P14832

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–162 未记录 DNA non-target strand × 1 Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1 × 1 (P0AEX9,A0A0B7NJM7) DNA target strand × 1 Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.47 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYPH_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–162; UniProt 1–162

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1

Parasitella parasitica

UniProt A0A0B7NJM7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 2–849 未记录 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase × 1 (P14832) DNA non-target strand × 1 DNA target strand × 1 Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.47 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A0B7NJM7_9FUNG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 412–1259; UniProt 2–849

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Parasitella parasitica Fanzor 1

Parasitella parasitica

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:pentameric(5) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 27–392 未记录 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase × 1 (P14832) DNA non-target strand × 1 DNA target strand × 1 Parasitella parasitica Fanzor 1 omegaRNA × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE-PROPANE 分辨率 3.47 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 19–384; UniProt 27–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9cf0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9cf0
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9cf0
沉积日期 deposition_date2024-06-27
结构标题 titleParasitella parasitica Fanzor (PpFz) State 1
关键词 keywordsFanzor, Eukaryotic, RNA-guided, nuclease, Gene editing, RNA BINDING PROTEIN-ISOMERASE-DNA complex; RNA BINDING PROTEIN/ISOMERASE/DNA
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.27
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.00
零角强度 I(0) i0311579000.00
分子量 molecular_weight127040.0 kDa
排除体积 excluded_volume152550 ų
包络体积 envelope_volume212690 ų
水化壳体积 shell_volume50729 ų
包络直径 envelope_diameter119.3
壳层 Rg shell_rg41.41
包络 Rg envelope_rg34.64
形状 Rg shape_rg35.00
总 Rg total_rg35.43
总原子数 total_atoms16982
残基数 n_residues962
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax113.8
Rg (实空间) rg_real35.20
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.76
I(0) (实空间) i0_real3.1160e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.25
I(0) (倒空间) i0_reciprocal311600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7101
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary43.0
偏度 Skewness skewness0.267
峰度 Kurtosis kurtosis-0.442
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha44680000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.915; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.186; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.924

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)