9pq6

MBP-Mcl1 in complex with ligand 12

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 84.1 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt P0AEX9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 27–392 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 A1CMH 17-chloranyl-33-fluoranyl-5,13,14,22-tetramethyl-28-oxa-9-thia-5,6,12,13,24-pentazaheptacyclo[27.7.1.1^{4,7}.0^{11,15}.0^{16,21}.0^{20,24}.0^{30,35}]octatriaconta-1(36),4(38),6,11,14,16,18,20,22,29(37),30(35),31,33-tridecaene-23-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;285 K;19% (w/v) PEG3350, 0.17M Magnesium formate 分辨率 1.53 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 366 个其他 PDB 条目、491 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MALE_ECOLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–367; UniProt 27–392

Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein,Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 单体 蛋白 × 1 其他聚合物 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 173–321 未记录 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose × 1 A1CMH 17-chloranyl-33-fluoranyl-5,13,14,22-tetramethyl-28-oxa-9-thia-5,6,12,13,24-pentazaheptacyclo[27.7.1.1^{4,7}.0^{11,15}.0^{16,21}.0^{20,24}.0^{30,35}]octatriaconta-1(36),4(38),6,11,14,16,18,20,22,29(37),30(35),31,33-tridecaene-23-carboxylic acid × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;pH 7.5;285 K;19% (w/v) PEG3350, 0.17M Magnesium formate 分辨率 1.53 Å R-free 0.211

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、285 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 370–518; UniProt 173–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pq6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pq6
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pq6
沉积日期 deposition_date2025-07-22
最后修订 last_revision2025-10-08
结构标题 titleMBP-Mcl1 in complex with ligand 12
关键词 keywords;Myeloid cell leukemia 1, Mcl-1, B-cell lymphoma 2, Bcl-2, BH3 mimetic, Protein-protein interaction, Modulator, Apoptosis, Cancer, Leukemia, Myeloma, Lymphoma, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.08
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.31
零角强度 I(0) i0103469000.00
分子量 molecular_weight54108.0 kDa
排除体积 excluded_volume52624 ų
包络体积 envelope_volume87627 ų
水化壳体积 shell_volume29109 ų
包络直径 envelope_diameter87.0
壳层 Rg shell_rg32.46
包络 Rg envelope_rg25.34
形状 Rg shape_rg25.28
总 Rg total_rg25.94
总原子数 total_atoms4110
残基数 n_residues515
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax84.1
Rg (实空间) rg_real26.05
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real1.0350e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.06
I(0) (倒空间) i0_reciprocal103500000.0000
解质量估计 total_estimate0.9005
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6
偏度 Skewness skewness0.290
峰度 Kurtosis kurtosis-0.490
角度范围 angular_range— – 0.3050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23180000.0000
实空间数据点数 n_real_points62
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.910; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.981

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)