5v9u

Crystal Structure of small molecule ARS-1620 covalently bound to K-Ras G12C

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 76.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GTPase KRas

Homo sapiens

UniProt P01116

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–169 片段:GTPase domain 突变:G12C, C51S, C80L, C118S, R151G, E153D, Q165K, Y166H, R167K, L168E CA CALCIUM ION × 4 91S (S)-1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)quinazolin-4-yl] piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5 分辨率 1.38 Å R-free 0.189
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–169 片段:GTPase domain 突变:G12C, C51S, C80L, C118S, R151G, E153D, Q165K, Y166H, R167K, L168E CA CALCIUM ION × 2 91S (S)-1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)quinazolin-4-yl] piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5 分辨率 1.38 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 445 个其他 PDB 条目、803 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASK_HUMAN
Isoform P01116-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–170; UniProt 1–169 作者链 B; PDB构建体 2–170; UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 5v9u

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 5v9u
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id5v9u
沉积日期 deposition_date2017-03-23
结构标题 titleCrystal Structure of small molecule ARS-1620 covalently bound to K-Ras G12C
关键词 keywordssmall GTPase domain, covalent inhibitor bound, switch II pocket, GDP bound, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.70
零角强度 I(0) i028580600.00
分子量 molecular_weight40006.0 kDa
排除体积 excluded_volume49535 ų
包络体积 envelope_volume57573 ų
水化壳体积 shell_volume21847 ų
包络直径 envelope_diameter79.0
壳层 Rg shell_rg28.86
包络 Rg envelope_rg22.82
形状 Rg shape_rg22.71
总 Rg total_rg23.39
总原子数 total_atoms2799
残基数 n_residues336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.8
Rg (实空间) rg_real23.33
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58
I(0) (实空间) i0_real2.8580e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.2710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28580000.0000
解质量估计 total_estimate0.8784
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.8
偏度 Skewness skewness0.440
峰度 Kurtosis kurtosis-0.334
角度范围 angular_range— – 0.3400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4670000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.829; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.960; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd5v9ua_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd5v9ub_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id5v9uA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id5v9uB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)