GTPase KRas
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 1–168 链 B； UniProt 1–169 链 C； UniProt 1–168 链 D； UniProt 1–168 链 E； UniProt 1–169 链 F； UniProt 1–168 | 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 6 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 6 D2Z 2-[4-[[(3~{R})-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methylcarbamoyl]phenoxy]ethyl-dimethyl-azanium × 3 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate | 分辨率 1.97 Å R-free 0.207 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6FA1 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10JT CRYSTAL STRUCTURE OF KIRSTEN RAT SARCOMA G12C COMPLEXED WITH GMPPNP AND COVALENTLY BOUND TO 1-[(2R,3R)-3-{[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{ [(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d] pyrimidin-4-yl](methyl)amino}-2-methylpyrrolidin-1-yl]-3-(pyrazin-2-yl)propan-1-one 提交 2026-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1C5K 1-[(2R,3R)-3-{[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl](methyl)amino}-2-methylpyrrolidin-1-yl]-3-(pyrazin-2-yl)propan-1-one × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 MM HEPES, pH 7.5, 30% (w/v) PEG 4000, 200 MM calcium chloride dihyrate
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.227 |
| 10JT CRYSTAL STRUCTURE OF KIRSTEN RAT SARCOMA G12C COMPLEXED WITH GMPPNP AND COVALENTLY BOUND TO 1-[(2R,3R)-3-{[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{ [(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d] pyrimidin-4-yl](methyl)amino}-2-methylpyrrolidin-1-yl]-3-(pyrazin-2-yl)propan-1-one 提交 2026-01-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1C5K 1-[(2R,3R)-3-{[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl](methyl)amino}-2-methylpyrrolidin-1-yl]-3-(pyrazin-2-yl)propan-1-one × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；100 MM HEPES, pH 7.5, 30% (w/v) PEG 4000, 200 MM calcium chloride dihyrate
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.227 |
| 10NU Structure of kRas G12C bound to Inhibitor 13ab 提交 2026-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C; C51S; C80L; C118S | CA CALCIUM ION × 2 A1C6Y 1-((2R,5S)-4-((S)-6-chloro-7-(1,6-dimethyl-1H-indazol-7-yl)-8-fluoro-2-(((S)-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)quinazolin-4-yl)-2,5-dimethylpiperazin-1-yl)prop-2-en-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；25-29% PEG4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.269 |
| 10NU Structure of kRas G12C bound to Inhibitor 13ab 提交 2026-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C; C51S; C80L; C118S | CA CALCIUM ION × 2 A1C6Y 1-((2R,5S)-4-((S)-6-chloro-7-(1,6-dimethyl-1H-indazol-7-yl)-8-fluoro-2-(((S)-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)quinazolin-4-yl)-2,5-dimethylpiperazin-1-yl)prop-2-en-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；25-29% PEG4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.269 |
| 10NV Structure of kRas G12C Bound to Inhibitor 13ba 提交 2026-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C; C51S; C80L; C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1C60 4-((2S,5R)-4-Acryloyl-2,5-dimethylpiperazin-1-yl)-7-(1,6-dimethyl-1H-indazol-7-yl)-8-fluoro-2-(((S)-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)quinazoline-6-carbonitrile × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；25-29% PEG4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.203 |
| 10NV Structure of kRas G12C Bound to Inhibitor 13ba 提交 2026-01-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C; C51S; C80L; C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1C60 4-((2S,5R)-4-Acryloyl-2,5-dimethylpiperazin-1-yl)-7-(1,6-dimethyl-1H-indazol-7-yl)-8-fluoro-2-(((S)-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)quinazoline-6-carbonitrile × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；25-29% PEG4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.203 |
| 11QE Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/I55E: Suppressing G12D oncogenicity via second-site I55E mutation 提交 2026-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, I55E | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M (NH4)2SO4; 0.2 K Acetate
|
分辨率 1.23 Å R-free 0.203 |
| 1D8D CO-CRYSTAL STRUCTURE OF RAT PROTEIN FARNESYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH A K-RAS4B PEPTIDE SUBSTRATE AND FPP ANALOG AT 2.0A RESOLUTION 提交 1999-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
178–188（11 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 4 FII [(3,7,11-TRIMETHYL-DODECA-2,6,10-TRIENYLOXYCARBAMOYL)-METHYL]-PHOSPHONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；290 K；Peg 8000, ammonium acetate, DTT, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.200 |
| 1D8E Zinc-depleted FTase complexed with K-RAS4B peptide substrate and FPP analog. 提交 1999-10-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
178–188（11 aa）
|
未记录 | ACT ACETATE ION × 1 FII [(3,7,11-TRIMETHYL-DODECA-2,6,10-TRIENYLOXYCARBAMOYL)-METHYL]-PHOSPHONIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；290 K；Peg 8000, ammonium acetate, DTT , pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.249 |
| 24HR Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP6252 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 FMT FORMIC ACID × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Sodium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.270 |
| 24HR Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP6252 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 FMT FORMIC ACID × 9 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Sodium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.270 |
| 24HR Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP6252 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FMT FORMIC ACID × 4 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Sodium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.270 |
| 24HR Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP6252 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；4.0M Sodium formate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.270 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HS Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP4959 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 H
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；60.0% v/v Tacsimate
|
分辨率 2.53 Å R-free 0.290 |
| 24HT Human KRAS G12D (GDP-bound) in complex with macrocyclic peptide inhibitor AP2527 提交 2026-03-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 ACY ACETIC ACID × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate trihydrate (pH 4.6), 8.0 %w/v Polyethylene glycol 4000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.239 |
| 2MSC NMR data-driven model of GTPase KRas-GDP tethered to a lipid-bilayer nanodisc 提交 2014-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–185（185 aa）
片段：UNP residues 1-185
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.105；压力 ambient
NMR样品组成
20 mM TRIS-1, 100 mM sodium chloride-2, 2 mM TCEP-3, 5 mM MgCl2-4, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-5, 0.6 mM membrane scaffold protein-6, 0.6 mM GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-7, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-8, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-9, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
20 mM TRIS-11, 100 mM sodium chloride-12, 2 mM TCEP-13, 5 mM Magnesium-14, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-15, 0.6 mM membrane scaffold protein-16, 0.6 mM GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE-17, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-18, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-19, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-20, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MSD NMR data-driven model of GTPase KRas-GNP tethered to a lipid-bilayer nanodisc 提交 2014-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–185（185 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-185
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.105；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-1, 0.6 mM membrane scaffold protein-2, 20 mM TRIS-3, 100 mM sodium chloride-4, 2 mM TCEP-5, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-6, 5 mM Magnesium-7, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-8, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-9, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-11, 0.6 mM membrane scaffold protein-12, 20 mM TRIS-13, 100 mM sodium chloride-14, 5 mM Magnesium-15, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-16, 2 mM TCEP-17, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-18, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-19, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-20, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2MSE NMR data-driven model of GTPase KRas-GNP:ARafRBD complex tethered to a lipid-bilayer nanodisc 提交 2014-07-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–185（185 aa）
片段：UNP residues 1-185
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.105；压力 ambient
NMR样品组成
0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-1, 0.6 mM membrane scaffold protein-2, 0.7 mM A-RafRBD-3, 100 mM sodium chloride-4, 5 mM Magnesium-5, 20 mM TRIS-6, 2 mM TCEP-7, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-8, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-9, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-10, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-11, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM K-Ras-12, 0.7 mM membrane scaffold protein-13, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C A-RafRBD-14, 5 mM Magnesium-15, 20 mM TRIS-16, 100 mM sodium chloride-17, 2 mM TCEP-18, 0.7 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-19, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-20, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-21, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-22, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C K-Ras-23, 0.7 mM A-RafRBD-24, 0.6 mM membrane scaffold protein-25, 20 mM TRIS-26, 100 mM sodium chloride-27, 5 mM Magnesium-28, 2 mM TCEP-29, 0.6 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-30, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-31, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-32, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-33, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-34, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7 mM K-Ras-35, 0.6 mM U-15N, Ile C-delta-13C A-RafRBD-36, 0.7 mM membrane scaffold protein-37, 20 mM TRIS-38, 100 mM sodium chloride-39, 5 mM Magnesium-40, 2 mM TCEP-41, 0.7 mM PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER-42, 18.75 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine-43, 5 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phospho-L-serine-44, 1.25 mM 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-[4-(p-maleimidomethyl)cyclohexane-carboxamide]-45, 0.65 mM 1,2-distearoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine-N-diethylenetriaminepentaacetic acid (gadolinium salt)-46, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 3GFT Human K-Ras (Q61H) in complex with a GTP analogue 提交 2009-02-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–169（169 aa）
片段：Isoform 2, residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 4.5；291 K；20% PEG 3350, 0.2M Lithium citrate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.267 |
| 4DSN Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity 提交 2012-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–188（187 aa）
|
突变：G12D | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 uL + 0.2 uL drops containing 40 mg/mL KRas, 0.1 M TrisCl, 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaOAc, 2% benzamidine-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.206 |
| 4DSO Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity 提交 2012-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–188（187 aa）
|
突变：G12D | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEN BENZAMIDINE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 uL + 0.2 uL drops containing 40 mg/mL KRas, 0.1 M TrisCl, 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaOAc, 2% benzamidine-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.207 |
| 4DST Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity 提交 2012-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–188（187 aa）
|
突变：G12D | 9LI 2-(4,6-dichloro-2-methyl-1H-indol-3-yl)ethanamine × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 uL + 0.2 uL drops containing 40 mg/mL KRas, 0.1 M TrisCl, 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaOAc, 2% benzamidine-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.209 |
| 4DSU Small-molecule ligands bind to a distinct pocket in Ras and inhibit SOS-mediated nucleotide exchange activity 提交 2012-02-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–188（187 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BZI BENZIMIDAZOLE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2 uL + 0.2 uL drops containing 40 mg/mL KRas, 0.1 M TrisCl, 25% polyethylene glycol 4000, 0.2 M NaOAc, 2% benzamidine-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 4EPR Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-Mediated Activation. 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；291 K；30% PEG4000, 0.1 M sodium phosphate, 0.2 M Li2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 4EPT Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-mediated Activation 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：Catalytic
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 0QW (2-hydroxyphenyl)(pyrrolidin-1-yl)methanethione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；30% PEG8000, 0.1 M MES, 0.2 M sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.274 |
| 4EPV Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-mediated Activation 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 0QX 2-(1H-indol-3-ylmethyl)-1H-imidazo[4,5-c]pyridine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；291 K；25% PEG1500, 0.1 M MMT, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.194 |
| 4EPW Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-mediated Activation 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：Catalytic
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 0QV (4-hydroxypiperidin-1-yl)(1H-indol-3-yl)methanethione × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；32% PEG1500, 0.7% 1-Butanol, pH 6.1-8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.240 |
| 4EPX Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-mediated Activation 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 0QR N-(6-aminopyridin-2-yl)-4-fluorobenzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；28% PEG8000, 0.1 M sodium acetate, 5% DMSO, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.201 |
| 4EPY Discovery of Small Molecules that Bind to K-Ras and Inhibit Sos-mediated Activation 提交 2012-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 0QY N-[2-(1H-indol-3-ylmethyl)-1H-benzimidazol-5-yl]-L-prolinamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；28% PEG4000, 0.1 M MMT, 0.2 M ammonium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.199 |
| 4L8G Crystal Structure of K-Ras G12C, GDP-bound 提交 2013-06-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；21% PEG3350, 0.2M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.52 Å R-free 0.180 |
| 4LDJ Crystal Structure of a GDP-bound G12C Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2013-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 28% PEG 3350, Vapor Diffusion, Hanging Drop, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
|
分辨率 1.15 Å R-free 0.162 |
| 4LPK Crystal Structure of K-Ras WT, GDP-bound 提交 2013-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；19% PEG3350, 0.2M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 4LPK Crystal Structure of K-Ras WT, GDP-bound 提交 2013-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；19% PEG3350, 0.2M CaCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.192 |
| 4LRW Crystal Structure of K-Ras G12C (cysteine-light), GDP-bound 提交 2013-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG4000, 0.2M MgSO4, 0.1M TRIS, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.204 |
| 4LRW Crystal Structure of K-Ras G12C (cysteine-light), GDP-bound 提交 2013-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG4000, 0.2M MgSO4, 0.1M TRIS, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.204 |
| 4LRW Crystal Structure of K-Ras G12C (cysteine-light), GDP-bound 提交 2013-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG4000, 0.2M MgSO4, 0.1M TRIS, pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.204 |
| 4LUC Crystal Structure of small molecule disulfide 6 bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 20G N-{1-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]piperidin-4-yl}-4-sulfanylbutanamide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG8000, 0.1M CaCl2, 0.1M TRIS, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.169 |
| 4LV6 Crystal Structure of small molecule disulfide 4 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 4 20H 1-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]-N-(2-sulfanylethyl)piperidine-4-carboxamide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22% PEG8000, 0.1M CaCl2, 0.1M TRIS, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.187 |
| 4LV6 Crystal Structure of small molecule disulfide 4 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 20H 1-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]-N-(2-sulfanylethyl)piperidine-4-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22% PEG8000, 0.1M CaCl2, 0.1M TRIS, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.187 |
| 4LV6 Crystal Structure of small molecule disulfide 4 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | CA CALCIUM ION × 2 20H 1-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]-N-(2-sulfanylethyl)piperidine-4-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；22% PEG8000, 0.1M CaCl2, 0.1M TRIS, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.187 |
| 4LYF Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 8 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 21C N-{1-[N-(4,5-dichloro-2-hydroxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.192 |
| 4LYH Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 21F N-{1-[N-(4-chloro-5-iodo-2-methoxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.9M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.188 |
| 4LYH Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.9M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.188 |
| 4LYH Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21F N-{1-[N-(4-chloro-5-iodo-2-methoxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.9M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.188 |
| 4LYH Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21F N-{1-[N-(4-chloro-5-iodo-2-methoxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1.9M (NH4)2SO4, 0.2M NaCl, 0.1M Na-cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.188 |
| 4LYJ Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 9 covalently bound to K-Ras G12C, alternative space group 提交 2013-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 21F N-{1-[N-(4-chloro-5-iodo-2-methoxyphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.207 |
| 4M1O Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 7 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.202 |
| 4M1O Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 7 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21J N-(1-{[(5,7-dichloro-2,2-dimethyl-1,3-benzodioxol-4-yl)oxy]acetyl}piperidin-4-yl)ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.202 |
| 4M1O Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 7 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.202 |
| 4M1S Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 13 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；32% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.197 |
| 4M1S Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 13 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21K N-{1-[N-(2,4-dichlorophenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；32% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.197 |
| 4M1S Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 13 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；32% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.197 |
| 4M1T Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 14 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.202 |
| 4M1T Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 14 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21M N-{1-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.202 |
| 4M1T Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 14 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；30% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.202 |
| 4M1W Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 21R N-{1-[N-(4,5-dichloro-2-ethylphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.190 |
| 4M1W Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | 21R N-{1-[N-(4,5-dichloro-2-ethylphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.190 |
| 4M1W Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | 21R N-{1-[N-(4,5-dichloro-2-ethylphenyl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.190 |
| 4M1Y Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 15 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.191 |
| 4M1Y Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 15 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21S N-{1-[N-(5,7-dichloro-2,1,3-benzothiadiazol-4-yl)glycyl]piperidin-4-yl}ethanesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.191 |
| 4M1Y Crystal Structure of small molecule vinylsulfonamide 15 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；31% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.191 |
| 4M21 Crystal Structure of small molecule acrylamide 11 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；29% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.226 |
| 4M21 Crystal Structure of small molecule acrylamide 11 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 21Y 1-(4-{[(4,5-dichloro-2-methoxyphenyl)amino]acetyl}piperazin-1-yl)propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；29% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.226 |
| 4M21 Crystal Structure of small molecule acrylamide 11 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；293 K；29% PEG4000, 0.2M NH4CH3COO, 0.1M Na-citrate, pH 5.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.226 |
| 4M22 Crystal Structure of small molecule acrylamide 16 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；31% PEG3000, 0.2M NaCl, 0.1M TRIS, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.216 |
| 4M22 Crystal Structure of small molecule acrylamide 16 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 22C 1-{4-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；31% PEG3000, 0.2M NaCl, 0.1M TRIS, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.216 |
| 4M22 Crystal Structure of small molecule acrylamide 16 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2013-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 22C 1-{4-[(2,4-dichlorophenoxy)acetyl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；31% PEG3000, 0.2M NaCl, 0.1M TRIS, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
|
分辨率 2.09 Å R-free 0.216 |
| 4NMM Crystal Structure of a G12C Oncogenic Variant of Human KRas Bound to a Novel GDP Competitive Covalent Inhibitor 提交 2013-11-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 Y9Z 5'-O-[(S)-{[(S)-[2-(acetylamino)ethoxy](hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]guanosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 4；277 K；0.2M MMT pH4.0, 28% PEG 6,000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.237 |
| 4OBE Crystal Structure of GDP-bound Human KRas 提交 2014-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.169 |
| 4OBE Crystal Structure of GDP-bound Human KRas 提交 2014-01-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 26% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.169 |
| 4PZY Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, Q70C, C118S 突变：G12V, Q70C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 2XR 2-chloro-1-(1H-indol-3-yl)ethanone × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.238 |
| 4PZY Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, Q70C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.238 |
| 4PZY Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, Q70C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XR 2-chloro-1-(1H-indol-3-yl)ethanone × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；30% PEG MME 2000, 0.1M KSCN, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.238 |
| 4PZZ Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, S39C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；24% PEG 4000, 0.1 M MMT pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.156 |
| 4Q01 Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, S39C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XH naphthalene-1-thiol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.213 |
| 4Q01 Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, S39C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XH naphthalene-1-thiol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；22% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.213 |
| 4Q02 Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, S39C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XG 3,4-difluorobenzenethiol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；28% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.196 |
| 4Q03 Second-site screening of K-Ras in the presence of covalently attached first-site ligands 提交 2014-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, S39C, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 2XE 4-bromobenzenethiol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；24% PEG 4000, 0.1 M MMT, pH4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.188 |
| 4QL3 Crystal Structure of a GDP-bound G12R Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2014-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 28% PEG 3,350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.162 |
| 4TQ9 Crystal Structure of a GDP-bound G12V Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2014-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.194 |
| 4TQ9 Crystal Structure of a GDP-bound G12V Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2014-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.194 |
| 4TQA Crystal Structure of a GDP-bound G13D Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2014-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 1.13 Å R-free 0.169 |
| 4TQA Crystal Structure of a GDP-bound G13D Oncogenic Mutant of Human GTPase KRas 提交 2014-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Sodium Acetate pH4.5, 0.1M Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 1.13 Å R-free 0.169 |
| 4WA7 Crystal Structure of a GDP-bound Q61L Oncogenic Mutant of Human GT- Pase KRas 提交 2014-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61L | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.1M MMT pH 4.0, 24% PEG6000
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.233 |
| 5F2E Crystal Structure of small molecule ARS-853 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2015-12-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：GTPase domain
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S, R151G, E153D, Q165K, Y166H, R167K, L168E | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 5UT 1-[3-[4-[2-[[4-chloranyl-5-(1-methylcyclopropyl)-2-oxidanyl-phenyl]amino]ethanoyl]piperazin-1-yl]azetidin-1-yl]prop-2-en-1-one × 1 GLY GLYCINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 10.5；293 K；2.2 M 3:2 NaH2PO4/K2HPO4, 0.2 M Li2SO4, 0.1 M glycine pH=10.5
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.176 |
| 5KYK Covalent GTP-competitive inhibitors of KRAS G12C: Guanosine bisphosphonate Analogs 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
未记录 | 6ZD 5'-O-[(R)-[({2-[(chloroacetyl)amino]ethyl}sulfamoyl)methyl](hydroxy)phosphoryl]guanosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；Protein was purified in buffer: 20 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 0.5 mM DTT. Crystals grew in five days at room temperature from hanging vapor diffusion drops with following condition: 0.1 M Citric acid pH 4.0, 20% PEG 3350. Crystals were cryoprotected in mother liquid with 40% PEG 3350 and flash frozen in liquid nitrogen.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.314 |
| 5KYK Covalent GTP-competitive inhibitors of KRAS G12C: Guanosine bisphosphonate Analogs 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
未记录 | 6ZD 5'-O-[(R)-[({2-[(chloroacetyl)amino]ethyl}sulfamoyl)methyl](hydroxy)phosphoryl]guanosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；Protein was purified in buffer: 20 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 0.5 mM DTT. Crystals grew in five days at room temperature from hanging vapor diffusion drops with following condition: 0.1 M Citric acid pH 4.0, 20% PEG 3350. Crystals were cryoprotected in mother liquid with 40% PEG 3350 and flash frozen in liquid nitrogen.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.314 |
| 5KYK Covalent GTP-competitive inhibitors of KRAS G12C: Guanosine bisphosphonate Analogs 提交 2016-07-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
未记录 | 6ZD 5'-O-[(R)-[({2-[(chloroacetyl)amino]ethyl}sulfamoyl)methyl](hydroxy)phosphoryl]guanosine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；Protein was purified in buffer: 20 mM Hepes pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM MgCl2 and 0.5 mM DTT. Crystals grew in five days at room temperature from hanging vapor diffusion drops with following condition: 0.1 M Citric acid pH 4.0, 20% PEG 3350. Crystals were cryoprotected in mother liquid with 40% PEG 3350 and flash frozen in liquid nitrogen.
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.314 |
| 5MLA Crystal structure of human RAS in complex with darpin K55 提交 2016-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；18% PEG8000, 200mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH6.5
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.229 |
| 5MLB Crystal structure of human RAS in complex with darpin K27 提交 2016-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30% PEGMME 2000, 299mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5MLB Crystal structure of human RAS in complex with darpin K27 提交 2016-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30% PEGMME 2000, 299mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5MLB Crystal structure of human RAS in complex with darpin K27 提交 2016-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30% PEGMME 2000, 299mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5MLB Crystal structure of human RAS in complex with darpin K27 提交 2016-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；30% PEGMME 2000, 299mM Calcium Acetate, 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5O2S Human KRAS in complex with darpin K27 提交 2017-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% (w/v) PEG-MME 2000, 200mM ammonium sulphate, 100mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5O2S Human KRAS in complex with darpin K27 提交 2017-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% (w/v) PEG-MME 2000, 200mM ammonium sulphate, 100mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5O2S Human KRAS in complex with darpin K27 提交 2017-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% (w/v) PEG-MME 2000, 200mM ammonium sulphate, 100mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5O2S Human KRAS in complex with darpin K27 提交 2017-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% (w/v) PEG-MME 2000, 200mM ammonium sulphate, 100mM sodium citrate pH 5.6
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.235 |
| 5O2T Human KRAS in complex with darpin K27 提交 2017-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；18% (w/v) PEG8000, 200mM calcium acetate, 100mM sodium cacodylate pH 6.5
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.229 |
| 5OCG Discovery of small molecules binding to KRAS via high affinity antibody fragment competition method. 提交 2017-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–188（187 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 9R5 [(2~{R})-6-chloranyl-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]methanamine × 1 GOL GLYCEROL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M TrisCl pH 8.0, 0.2 M NaOAc and 30-36 % PEG 4000
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.204 |
| 5OCO Discovery of small molecules binding to KRAS via high affinity antibody fragment competition method. 提交 2017-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
链 E
1–169（169 aa）
链 F
1–169（169 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 6 9RK ~{N}-[[(3~{R})-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]furan-2-carboxamide × 5 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 CIT CITRIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；8-15% w/v Polyethylene Glycol 3350 and 0.2 M lithium citrate
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.205 |
| 5OCT Discovery of small molecules binding to KRAS via high affinity antibody fragment competition method. 提交 2017-07-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
链 E
1–169（169 aa）
链 F
1–169（169 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 6 9R5 [(2~{R})-6-chloranyl-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-2-yl]methanamine × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MG MAGNESIUM ION × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；8-15% w/v PEG 3350 and 0.2 M lithium citrate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.218 |
| 5TAR Crystal structure of farnesylated and methylated kras4b in complex with PDE-delta (crystal form II - with ordered hypervariable region) 提交 2016-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–185（184 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FAR FARNESYL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M HEPES:NaOH pH 7.5 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.266 |
| 5TB5 Crystal structure of full-length farnesylated and methylated KRAS4b in complex with PDE-delta (crystal form I - with partially disordered hypervariable region) 提交 2016-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–185（184 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FAR FARNESYL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.0 and 20% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 5TB5 Crystal structure of full-length farnesylated and methylated KRAS4b in complex with PDE-delta (crystal form I - with partially disordered hypervariable region) 提交 2016-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
2–185（184 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FAR FARNESYL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M citrate pH 5.0 and 20% w/v PEG 6000
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 5UFE Wild-type K-Ras(GNP)/R11.1.6 complex 提交 2017-01-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CA CALCIUM ION × 3 CD CADMIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；calcium chloride, cadmium chloride, cobalt(II)chloride, PEG 3350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.241 |
| 5UFQ K-RasG12D(GNP)/R11.1.6 complex 提交 2017-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CD CADMIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；calcium chloride, cadmium chloride, cobalt(II) chloride hexahydrate, PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.263 |
| 5UFQ K-RasG12D(GNP)/R11.1.6 complex 提交 2017-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CD CADMIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；calcium chloride, cadmium chloride, cobalt(II) chloride hexahydrate, PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.263 |
| 5UFQ K-RasG12D(GNP)/R11.1.6 complex 提交 2017-01-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–166（166 aa）
片段：UNP residues 1-166
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 CD CADMIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；calcium chloride, cadmium chloride, cobalt(II) chloride hexahydrate, PEG 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.263 |
| 5UK9 Wild-type K-Ras(GCP) pH 6.5 提交 2017-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；ammonium sulfate, sodium cacodylate, PEG 8000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.206 |
| 5UK9 Wild-type K-Ras(GCP) pH 6.5 提交 2017-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–166（166 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；ammonium sulfate, sodium cacodylate, PEG 8000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.206 |
| 5UQW Crystal structure of human KRAS G12V mutant in complex with GDP 提交 2017-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.153 |
| 5UQW Crystal structure of human KRAS G12V mutant in complex with GDP 提交 2017-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 6.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.153 |
| 5US4 Crystal structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；0.2 M sodium phosphate dibasic, 20% w/v PEG3350, pH 9.1
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.201 |
| 5US4 Crystal structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.1；293 K；0.2 M sodium phosphate dibasic, 20% w/v PEG3350, pH 9.1
|
分辨率 1.83 Å R-free 0.201 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5USJ Crystal Structure of human KRAS G12D mutant in complex with GDPNP 提交 2017-02-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Bis-Tris, 25% w/v PEG3350, pH 5.5
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.238 |
| 5V6S Crystal structure of small molecule acrylamide 1 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C/C51S/C80L/C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8YD 1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 8000, 0.1M Hepes pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, 293K
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.203 |
| 5V6V Crystal structure of small molecule aziridine 3 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C/C51S/C80L/C118S 突变：G12C/C51S/C80L/C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 CA CALCIUM ION × 6 8YA 3-amino-1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 2 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；28% PEG 4000, 0.1M Tris pH 8, 0.2M CaCl2, vapor diffusion, hanging drop, 293K
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.202 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V71 KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.9；277 K；1.8M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH6.9
|
分辨率 2.23 Å R-free 0.228 |
| 5V9L KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 91D N~3~-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)quinazolin-2-yl]-N,N-dimethyl-beta-alaninamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.1；277 K；1.6M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH7.1
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.226 |
| 5V9L KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 91D N~3~-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)quinazolin-2-yl]-N,N-dimethyl-beta-alaninamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.1；277 K；1.6M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH7.1
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.226 |
| 5V9L KRAS G12C in bound to quinazoline based switch II pocket (SWIIP) binder 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 91D N~3~-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)quinazolin-2-yl]-N,N-dimethyl-beta-alaninamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 7.1；277 K；1.6M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH7.1
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.226 |
| 5V9O KRAS G12C inhibitor 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 91G N~3~-[6-chloro-7-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)quinazolin-2-yl]-N,N-dimethyl-beta-alaninamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 9；277 K；0.1M Tris pH9.0, ammonium sulfate 1.6M
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.199 |
| 5V9U Crystal Structure of small molecule ARS-1620 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：GTPase domain
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S, R151G, E153D, Q165K, Y166H, R167K, L168E | CA CALCIUM ION × 4 91S (S)-1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)quinazolin-4-yl] piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.189 |
| 5V9U Crystal Structure of small molecule ARS-1620 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：GTPase domain
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S, R151G, E153D, Q165K, Y166H, R167K, L168E | CA CALCIUM ION × 2 91S (S)-1-{4-[6-chloro-8-fluoro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)quinazolin-4-yl] piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.38 Å R-free 0.189 |
| 5VBM Crystal Structure of Small Molecule Disulfide 2C07 Bound to K-Ras Cys Light M72C GDP 提交 2017-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：M72C, C51S, C80L, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 92V 1-(4-methoxyphenyl)-N-(3-sulfanylpropyl)-5-(trifluoromethyl)-1H-pyrazole-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；298 K；33% PEG4000
.1 M Na Citrate (pH 4.6)
.2 M Ammonium Acetate
.22 M KCl (10% Additive of 2.2 M KCL)
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.196 |
| 5VP7 Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GDP 提交 2017-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol L-1 sodium acetate, 0.1 mol L-1 Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 5VP7 Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GDP 提交 2017-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol L-1 sodium acetate, 0.1 mol L-1 Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.207 |
| 5VPI Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GTP 提交 2017-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.216 |
| 5VPI Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GTP 提交 2017-05-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.216 |
| 5VPY Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GppNHp 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 9GM 2-amino-9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-xylofuranosyl}-1,9-dihydro-6H-purin-6-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 5VPY Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GppNHp 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 9GM 2-amino-9-{5-O-[(S)-hydroxy{[(R)-hydroxy(phosphonoamino)phosphoryl]oxy}phosphoryl]-alpha-L-xylofuranosyl}-1,9-dihydro-6H-purin-6-one × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.233 |
| 5VPZ Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GTP-gamma-S 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.234 |
| 5VPZ Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GTP-gamma-S 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.234 |
| 5VQ0 Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GDP (EDTA soaked) 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.273 |
| 5VQ0 Crystal structure of human KRAS G12A mutant in complex with GDP (EDTA soaked) 提交 2017-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12A, C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 26% PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.273 |
| 5VQ1 Crystal structure of human KRAS Q61A mutant in complex with GDP 提交 2017-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：Q61A, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 28% PEG 3,350
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.214 |
| 5VQ1 Crystal structure of human KRAS Q61A mutant in complex with GDP 提交 2017-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：Q61A, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 28% PEG 3,350
|
分辨率 1.78 Å R-free 0.214 |
| 5VQ2 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GTP 提交 2017-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 28% PEG 3,350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.231 |
| 5VQ2 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GTP 提交 2017-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 28% PEG 3,350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.231 |
| 5VQ6 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GTP-gamma-S 提交 2017-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：C118S | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.221 |
| 5VQ6 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GTP-gamma-S 提交 2017-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：C118S | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.221 |
| 5VQ8 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GDP (EDTA soaked) 提交 2017-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 5VQ8 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GDP (EDTA soaked) 提交 2017-05-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 3,350
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.266 |
| 5W22 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GDP 提交 2017-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 4,000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.204 |
| 5W22 Crystal structure of human WT-KRAS in complex with GDP 提交 2017-06-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；0.2 mol/L sodium acetate, 0.1 mol/L Tris pH 8.5, 24% PEG 4,000
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.204 |
| 5WHA KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.277 |
| 5WHA KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.277 |
| 5WHA KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.277 |
| 5WHA KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.04 Å R-free 0.277 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
链 J
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V 突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHB KRas G12V, bound to GDP and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
链 G
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V 突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25M CALCIUM CHLORIDE, 24% PEG 3350
|
分辨率 2.18 Å R-free 0.252 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
链 C
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P 突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHD Crystal structure of KRas G12V/D38P, bound to GDP 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V D38P 突变：G12V D38P | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M SODIUM FLUORIDE, 23% PEG 3350,
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.225 |
| 5WHE KRas G12V/D38P, bound to GppNHp and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V, D38P | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 21% PEG 3350,
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.227 |
| 5WHE KRas G12V/D38P, bound to GppNHp and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V, D38P | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CA CALCIUM ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 21% PEG 3350,
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.227 |
| 5WHE KRas G12V/D38P, bound to GppNHp and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 G
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V, D38P | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CA CALCIUM ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 21% PEG 3350,
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.227 |
| 5WHE KRas G12V/D38P, bound to GppNHp and miniprotein 225-11 提交 2017-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 J
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
突变：G12V, D38P | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.25 M CALCIUM CHLORIDE, 21% PEG 3350,
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.227 |
| 5WLB KRas G12V, bound to GppNHp and miniprotein 225-15a/b 提交 2017-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE, 26% PEG 3350,
0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.233 |
| 5WLB KRas G12V, bound to GppNHp and miniprotein 225-15a/b 提交 2017-07-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 D
1–166（166 aa）
片段：UNP RESIDUES 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；0.2 M AMMONIUM SULFATE, 26% PEG 3350,
0.1M HEPES PH 7.5
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.233 |
| 5WPM KRas G12V, bound to GppNHp and miniprotein 225-11(A30R) 提交 2017-08-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：residues 1-166
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M calcium chloride and 20% PEG3350
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.285 |
| 5XCO Crystal structure of human K-Ras G12D Mutant in complex with GDP and Cyclic Inhibitory Peptide 提交 2017-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.1M Hepes, 50% PEG 200
|
分辨率 1.25 Å R-free 0.194 |
| 5YXZ Co-crystal Structure of KRAS (G12C) covalently bound with Quinazoline based inhibitor JBI484 提交 2017-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 94C 1-[4-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.15M K Bromide, 30% w/v PEG MME 2000
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.237 |
| 5YY1 Co-crystal Structure of KRAS (G12C) covalently bound with Quinazoline based inhibitor JBI739 提交 2017-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 94F 1-[4-[6-chloranyl-8-fluoranyl-7-[2-(trifluoromethyl)phenyl]quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.01M tri-Sodium citrate, 33% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.235 |
| 6ARK Crystal Structure of compound 10 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-08-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BQD (3R)-N-(6-bromonaphthalen-2-yl)-3-hydroxy-1-propanoyl-L-prolinamide × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；5% PEG 400, 2M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.231 |
| 6ASA KRAS mutant-D33E in GDP-bound 提交 2017-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
片段：UNP residues 1-168
|
突变：D33E | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.1 M Tris pH 8.5, 200 mM MgCl2, 25 % PEG 3350
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.264 |
| 6ASE KRAS mutant-A59G in GDP-bound 提交 2017-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：A59G | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；293 K；0.15 M Cesium chloride, 15 % PEG 3350, 40 mM MgCl2
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.226 |
| 6B0V Crystal Structure of small molecule ARS-107 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | CA CALCIUM ION × 2 C8G 1-[3-(4-{[(4,5-dichloro-2-hydroxyphenyl)amino]acetyl}piperazin-1-yl)azetidin-1-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.218 |
| 6B0V Crystal Structure of small molecule ARS-107 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | CA CALCIUM ION × 2 C8G 1-[3-(4-{[(4,5-dichloro-2-hydroxyphenyl)amino]acetyl}piperazin-1-yl)azetidin-1-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；29% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.218 |
| 6B0Y Crystal Structure of small molecule ARS-917 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | CA CALCIUM ION × 2 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.207 |
| 6B0Y Crystal Structure of small molecule ARS-917 covalently bound to K-Ras G12C 提交 2017-09-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：UNP residues 1-169
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | CA CALCIUM ION × 2 8ZG 1-{4-[6-chloro-7-(2-fluorophenyl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GOL GLYCEROL × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；27% PEG 4000, 0.2 M CaCl2, 0.1 M Tris pH=8.5
|
分辨率 1.43 Å R-free 0.207 |
| 6BOF Crystal structure of KRAS A146T-GDP demonstrating open switch 1 conformation 提交 2017-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–169（168 aa）
链 B
2–169（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；1.4 M sodium malonate, pH 7.0, 0.1 M Bis-Tris propane, pH 7.0
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.145 |
| 6BP1 Crystal structure of human KRAS A59G mutant in complex with GCP 提交 2017-11-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：A59G | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；293 K；4% MPD, 0.1 M citric acid, pH 3.5, 20% PEG1500
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.223 |
| 6CC9 NMR data-driven model of GTPase KRas-GMPPNP:Cmpd2 complex tethered to a nanodisc 提交 2018-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–185（185 aa）
|
突变：G12V | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EWS (2R,4S)-4-[(5-bromo-1H-indole-3-carbonyl)amino]-2-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-ium × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 ambient
NMR样品组成
0.2 mM U-15N, Ile, Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-15N, Ile, Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 1 mM Cmpd2, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [U-15N] GTPase KRas isoform b, 1 mM Cmpd2, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CCH NMR data-driven model of GTPase KRas-GMPPNP tethered to a nanodisc (E3 state) 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–185（185 aa）
|
突变：G12V | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）105；压力 1
NMR样品组成
0.2 mM U-15N, Ile, Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-15N, Ile, Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 0.4 mM PE-DTPA-Gd, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CCX NMR data-driven model of GTPase KRas-GMPPNP:Cmpd2 complex tethered to a nanodisc 提交 2018-02-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–185（185 aa）
|
突变：G12V | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EWS (2R,4S)-4-[(5-bromo-1H-indole-3-carbonyl)amino]-2-[(4-chlorophenyl)methyl]piperidin-1-ium × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）105；压力 1
NMR样品组成
0.2 mM U-15N, Ile, Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM GTPase KRas isoform b, 0.4 mM Membrane Scaffold Protein, 100 mM sodium chloride, 20 mM TRIS, 5 mM magnesium chloride, 2 mM TCEP, 0.2 mM GMPPNP, 12 mM DOPC, 3.2 mM DOPS, 0.8 mM PE-MCC, 0.4 mM PE-DTPA-Gd, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6CU6 Crystal structure of GMPPNP-bound G12R mutant of human KRAS4b 提交 2018-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.1 M Sodium Malonate pH 7.5, 40 mM Dimethyloctylphosphine oxide
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.230 |
| 6CU6 Crystal structure of GMPPNP-bound G12R mutant of human KRAS4b 提交 2018-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.1 M Sodium Malonate pH 7.5, 40 mM Dimethyloctylphosphine oxide
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.230 |
| 6CU6 Crystal structure of GMPPNP-bound G12R mutant of human KRAS4b 提交 2018-03-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；2.1 M Sodium Malonate pH 7.5, 40 mM Dimethyloctylphosphine oxide
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.230 |
| 6E6F KRAS G13D bound to GppNHp (K13GNP) 提交 2018-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：residues 1-166
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291.15 K；5 mM Sodium acetate, 91 mM sodium citrate tribasic, 183 mM Ammonium acetate, 27.2% PEG 4000, 4.3% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), crystals grown 1uL by 1uL mother liquor to protein (22mg/mL), No cryoprotectant was used for diffraction
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.258 |
| 6E6F KRAS G13D bound to GppNHp (K13GNP) 提交 2018-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–166（166 aa）
片段：residues 1-166
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291.15 K；5 mM Sodium acetate, 91 mM sodium citrate tribasic, 183 mM Ammonium acetate, 27.2% PEG 4000, 4.3% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), crystals grown 1uL by 1uL mother liquor to protein (22mg/mL), No cryoprotectant was used for diffraction
|
分辨率 3.40 Å R-free 0.258 |
| 6E6G KRAS G13D bound to GDP (K13GDP) 提交 2018-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–166（166 aa）
片段：residues 1-166
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；291.15 K；27.5% PEG 3350, 125 mM Na(OAc), 122 mM sodium citrate, 4.0% stabilization buffer (20 mM HEPES, 50 mM NaCl, 20 mM MgCl2, at pH 7.5), Crystals grown in 1uL by 1uL drops of mother liquor to protein (18 mg/mL), No cryoprotectant used for diffraction
|
分辨率 1.93 Å R-free 0.225 |
| 6EPL Ras guanine exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) 提交 2017-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C118S, D126E, T127S, K128R | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (11.3 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100 mM NaCl) and reservoir solution (3.65 M sodium Formate). No cryo protectant added.
|
分辨率 2.55 Å R-free 0.224 |
| 6EPM Ras guanine nucleotide exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) and fragment screening hit F1 提交 2017-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C118S, D126E, T127S, K128R | GOL GLYCEROL × 1 BQ5 (1-phenyl-5,6-dihydro-4~{H}-cyclopenta[c]pyrazol-3-yl)methanamine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for one day using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.211 |
| 6EPN Ras guanine exchange factor SOS1 (Rem-cdc25) in complex with KRAS(G12C) and fragment screening hit F2 提交 2017-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C118S, D126E, T127S, K128R | GOL GLYCEROL × 1 BQ2 1-(3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-2-yl)-2-oxidanyl-ethanone × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for 2.5 days using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment.
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.218 |
| 6EPO RAS GUANINE EXCHANGE FACTOR SOS1 (REM-CDC25) IN COMPLEX WITH KRAS(G12C) AND FRAGMENT SCREENING HIT F3 提交 2017-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C118S, D126E, T127S, K128R | GOL GLYCEROL × 1 BPW 3-(4-chlorophenyl)propan-1-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for two days using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.214 |
| 6EPP RAS GUANINE EXCHANGE FACTOR SOS1 (REM-CDC25) IN COMPLEX WITH KRAS(G12C) AND FRAGMENT SCREENING HIT F4 提交 2017-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 R
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C118S, D126E, T127S, K128R | GOL GLYCEROL × 1 BOQ ethyl 2-(aminomethyl)-5-~{tert}-butyl-furan-3-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；Drops made from KRAS SOS1 complex (14.4 mg/ml in 5 mM Tris pH 7.5, 100mM NaCl) and reservoir solution (2.9 to 3.4 M sodium formate, 100 mM MES pH 6.5). Fragment soaked at 25 mM for three days at 277 K using a 500 mM fragment stock solution in DMSO. Cryo buffer 0.1 M MES pH 6.5, 3.5 M sodium formate, 20 glycerol, 25 mM fragment
|
分辨率 2.40 Å R-free 0.201 |
| 6F76 Antibody derived (Abd-8) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
链 E
1–169（169 aa）
链 F
1–169（169 aa）
|
突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 6 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 6 CVK 4-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-aniline × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.249 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA2 Antibody derived (Abd-5) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D2W 4-[2-(dimethylamino)ethoxy]-~{N}-[[(3~{R})-5-(6-methoxypyridin-2-yl)-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 2.60 Å R-free 0.233 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1Z ~{N}-[[(3~{R})-5-[5-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]-6-methoxy-pyridin-2-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1Z ~{N}-[[(3~{R})-5-[5-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]-6-methoxy-pyridin-2-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1Z ~{N}-[[(3~{R})-5-[5-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]-6-methoxy-pyridin-2-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA3 Antibody derived (Abd-6) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1Z ~{N}-[[(3~{R})-5-[5-[[3-[(dimethylamino)methyl]phenyl]amino]-6-methoxy-pyridin-2-yl]-2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-3-yl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M lithium citrate
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.207 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1W 6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1W 6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1W 6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6FA4 Antibody derived (Abd-7) small molecule binding to KRAS. 提交 2017-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 D1W 6-(2,3-dihydro-1,4-benzodioxin-5-yl)-~{N}-[4-[(dimethylamino)methyl]phenyl]-2-methoxy-pyridin-3-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.02 Å R-free 0.232 |
| 6GJ5 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH 15 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F0N (3~{S})-3-[2-[(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG3350, 0.2 M potassium acetate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.203 |
| 6GJ5 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH 15 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F0N (3~{S})-3-[2-[(2~{R})-pyrrolidin-2-yl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；30% PEG3350, 0.2 M potassium acetate
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.203 |
| 6GJ6 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH 18 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NO3 NITRATE ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 EZZ (3~{S})-3-[2-[(dimethylamino)methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG3350, 0.2M ammonium nitrate
|
分辨率 1.76 Å R-free 0.211 |
| 6GJ7 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH 22 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 F0B (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[[1-(phenylmethyl)indol-6-yl]methylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；Molecular Dimensions Morpheus Screen with 30% Precipitant Mix1, 0.1M Morpheus buffer system 2 pH 7.5 and 10% nitrate phosphate sulfate mix
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.257 |
| 6GJ8 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH BI 2852 提交 2018-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | F0K (3~{S})-3-[2-[[[1-[(1-methylimidazol-4-yl)methyl]indol-6-yl]methylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；25% PEG3350, 0.2M ammonium sulfate and 0.1M bis-TRIS buffer at pH 6
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.198 |
| 6GOD KRAS full length wild-type GPPNHP 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–172（171 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1 M TrisCl, 0.2 M NaOAc and 30-35 % PEG 4000
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.231 |
| 6GOE KRAS full length G12V GPPNHP 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–171（170 aa）
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277 K；0.1 M TrisCl, 0.2 M NaOAc and 30-35 % PEG 4000
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.220 |
| 6GOF KRAS full length G12D GPPNHP 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–172（171 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M, TrisCl, 0.2 M NaOAc and 30-35 % PEG 4000
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.252 |
| 6GOG KRAS-169 Q61H GPPNHP 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
链 E
1–169（169 aa）
链 F
1–169（169 aa）
|
突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H 突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 6 MG MAGNESIUM ION × 6 CIT CITRIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.05 Å R-free 0.191 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 F6E (6~{S})-1-(1~{H}-imidazol-4-ylcarbonyl)-6-[(4-phenylphenyl)methyl]-4-propyl-1,4-diazepan-5-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GOM KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-1 提交 2018-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.207 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F8N ~{N}-(3-imidazol-1-ylpropyl)-4-[[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F8N ~{N}-(3-imidazol-1-ylpropyl)-4-[[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1 F8N ~{N}-(3-imidazol-1-ylpropyl)-4-[[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQT KRAS-169 Q61H GPPNHP + PPIN-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–168（168 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 F8N ~{N}-(3-imidazol-1-ylpropyl)-4-[[3-(3-methoxyphenyl)phenyl]methyl]oxane-4-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 1.69 Å R-free 0.214 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8T [4-[[4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8T [4-[[4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8T [4-[[4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQW KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-1 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8T [4-[[4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v Polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.224 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8K [4-[[2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8K [4-[[2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8K [4-[[2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQX KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-2 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2 M Lithium citrate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.230 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8Q [4-[[3-fluoranyl-2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8Q [4-[[3-fluoranyl-2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8Q [4-[[3-fluoranyl-2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 F8Q [4-[[3-fluoranyl-2-methoxy-4-(3-methoxyphenyl)phenyl]amino]phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6GQY KRAS-169 Q61H GPPNHP + CH-3 提交 2018-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–167（167 aa）
|
突变：Q61H | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；8-15% w/v polyethylene glycol 3350 and 0.2M Lithium citrate
|
分辨率 2.75 Å R-free 0.247 |
| 6H46 Human KRAS in complex with darpin K13 提交 2018-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5-1.0M lithium sulfate
0.5-1.0M ammonium sulfate
100mM tri-sodium citrate pH5.5
|
分辨率 2.22 Å R-free 0.230 |
| 6H47 Human KRAS in complex with darpin K19 提交 2018-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.5-1.0M lithium sulfate
0.5-1.0M ammonium sulfate
100mM tri-solium citrate pH 5.5
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.208 |
| 6M9W Structure of Mg-free KRAS4b (2-169) bound to GDP with the switch-I in fully open conformation 提交 2018-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M NaPO4.H2O, 1.344 M K2PO4, pH 8.2
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.181 |
| 6M9W Structure of Mg-free KRAS4b (2-169) bound to GDP with the switch-I in fully open conformation 提交 2018-08-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.2；293 K；0.056 M NaPO4.H2O, 1.344 M K2PO4, pH 8.2
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.181 |
| 6MBQ Crystal structure of Mg-free wild-type KRAS (2-166) bound to GMPPNP in the state 1 conformation 提交 2018-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–166（165 aa）
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；200 mM Ammonium Fluoride, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.179 |
| 6MBT Crystal structure of wild-type KRAS bound to GDP and Mg (Space group C2) 提交 2018-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% 2-Propanol, 0.1 M Na acetate pH 4.5,
26% PEG MME 550
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 6MBT Crystal structure of wild-type KRAS bound to GDP and Mg (Space group C2) 提交 2018-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；6% 2-Propanol, 0.1 M Na acetate pH 4.5,
26% PEG MME 550
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 6MBU Crystal structure of wild-type KRAS (1-169) bound to GDP and Mg (Space group P3) 提交 2018-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5,
30% PEG 4K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.181 |
| 6MBU Crystal structure of wild-type KRAS (1-169) bound to GDP and Mg (Space group P3) 提交 2018-08-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5,
30% PEG 4K
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.181 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 E
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MNX Structural basis of impaired hydrolysis in KRAS Q61H mutant 提交 2018-10-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 F
1–169（169 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1M MMT, 24% PEG 6000 and 1% 1,2-butanediol, pH 6.5
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.254 |
| 6MQG Crystal structure of KRAS V14I-GDP demonstrating open switch 1 conformation - Form 1 提交 2018-10-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
3–169（167 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K Phosphate, pH 8.2
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.195 |
| 6MQN Crystal structure of KRAS V14I-GDP demonstrating disorder switch 1 conformation - Form 2 提交 2018-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8M Na/K Phosphate pH 8.2
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 6MQN Crystal structure of KRAS V14I-GDP demonstrating disorder switch 1 conformation - Form 2 提交 2018-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8M Na/K Phosphate pH 8.2
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 6MQN Crystal structure of KRAS V14I-GDP demonstrating disorder switch 1 conformation - Form 2 提交 2018-10-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8M Na/K Phosphate pH 8.2
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 6MS9 GDP-bound KRAS P34R mutant 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.3
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.232 |
| 6MS9 GDP-bound KRAS P34R mutant 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.3
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.232 |
| 6MS9 GDP-bound KRAS P34R mutant 提交 2018-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.3
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.232 |
| 6MTA KRAS P34R mutant structure in complex with GTP analogue 提交 2018-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.2-8.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.243 |
| 6MTA KRAS P34R mutant structure in complex with GTP analogue 提交 2018-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.2-8.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.243 |
| 6MTA KRAS P34R mutant structure in complex with GTP analogue 提交 2018-10-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.8 M Na/K-phosphate pH 8.2-8.5
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.243 |
| 6N2J Tetrahydropyridopyrimidines as Covalent Inhibitors of KRAS-G12C 提交 2018-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C,C51S,C80L,C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K9M 1-{4-[7-(naphthalen-1-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；0.1M Na Citrate, pH 5.0
29% PEG8000
0.2M Amm Acetate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.204 |
| 6N2K Tetrahydropyridopyrimidines as Covalent Inhibitors of KRAS-G12C 提交 2018-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C,C51S,C80L,C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 K9J 1-{4-[2-{[(2R)-1-(dimethylamino)propan-2-yl]oxy}-7-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；277 K；0.1M Na Citrate, pH 4.2
25% PEG 8000
0.2M Amm Acetate
|
分辨率 1.72 Å R-free 0.172 |
| 6O36 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP 提交 2019-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.6-1.8 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 6O36 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP 提交 2019-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.6-1.8 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 6O36 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP 提交 2019-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.6-1.8 M sodium/potassium phosphate, pH 8.2
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.222 |
| 6O46 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP and Phosphate 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8-2.0 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0-8.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 6O46 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP and Phosphate 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–168（168 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8-2.0 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0-8.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 6O46 Crystal structure of human KRAS P34R mutant in complex with GNP and Phosphate 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–168（168 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.8-2.0 M sodium/potassium phosphate, pH 8.0-8.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.210 |
| 6OB2 Crystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IMD IMIDAZOLE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 19% PAA-co-maleic acid
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 6OB2 Crystal structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.0 and 19% PAA-co-maleic acid
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.247 |
| 6OB3 Crystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6.0 and 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.226 |
| 6OB3 Crystal structure of G13D-KRAS (GMPPNP-bound) in complex with GAP-related domain (GRD) of neurofibromin (NF1) 提交 2019-03-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；0.1 M MES pH 6.0 and 25% Pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH)
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.226 |
| 6OIM Crystal Structure of human KRAS G12C covalently bound to AMG 510 提交 2019-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；1mM MgCl2, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.215 |
| 6P0Z Crystal structure of N-acetylated KRAS (2-169) bound to GDP and Mg 提交 2019-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM BS1 pH 6.5, 100mM AminoAcids, 30% PEG500MME_P20K
|
分辨率 1.01 Å R-free 0.166 |
| 6P0Z Crystal structure of N-acetylated KRAS (2-169) bound to GDP and Mg 提交 2019-05-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–169（168 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ACE ACETYL GROUP × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100mM BS1 pH 6.5, 100mM AminoAcids, 30% PEG500MME_P20K
|
分辨率 1.01 Å R-free 0.166 |
| 6P8W Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O67 N-(5-bromo-2-{2-oxo-2-[(1-propanoylazetidin-3-yl)amino]ethoxy}phenyl)-3-methyl-1,2-oxazole-5-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.277 |
| 6P8W Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O67 N-(5-bromo-2-{2-oxo-2-[(1-propanoylazetidin-3-yl)amino]ethoxy}phenyl)-3-methyl-1,2-oxazole-5-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2M Calcium chloride, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG4000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.277 |
| 6P8X Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5V 2-[4-bromo-2-(3-phenyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-1-carbonyl)phenoxy]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Calcium chloride, 20% PEG3350
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.313 |
| 6P8X Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5V 2-[4-bromo-2-(3-phenyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-1-carbonyl)phenoxy]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Calcium chloride, 20% PEG3350
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.313 |
| 6P8X Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5V 2-[4-bromo-2-(3-phenyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-1-carbonyl)phenoxy]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Calcium chloride, 20% PEG3350
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.313 |
| 6P8X Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5V 2-[4-bromo-2-(3-phenyl-2,5-dihydro-1H-pyrrole-1-carbonyl)phenoxy]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M Calcium chloride, 20% PEG3350
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.313 |
| 6P8Y Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5Y 2-[5-bromo-3-(5-methoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbonyl)-1H-indol-1-yl]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate pH5.6, 32% PEG4000, 0.005M Magnesium chloride
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.269 |
| 6P8Y Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor. 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5Y 2-[5-bromo-3-(5-methoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbonyl)-1H-indol-1-yl]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate pH5.6, 32% PEG4000, 0.005M Magnesium chloride
|
分辨率 2.31 Å R-free 0.269 |
| 6P8Z Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5S 2-[5-chloro-2-cyclopropyl-3-(5-methoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbonyl)-7-methyl-1H-indol-1-yl]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Calcium chloride, 0.1M TRIS pH8.5, 20% PEG 4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.269 |
| 6P8Z Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to an acryloylazetidine acetamide inhibitor 提交 2019-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O5S 2-[5-chloro-2-cyclopropyl-3-(5-methoxy-3,4-dihydroisoquinoline-2(1H)-carbonyl)-7-methyl-1H-indol-1-yl]-N-(1-propanoylazetidin-3-yl)acetamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.2M Calcium chloride, 0.1M TRIS pH8.5, 20% PEG 4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.269 |
| 6PGO Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to a phthalazine inhibitor 提交 2019-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJ1 1-{4-[7-chloro-6-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-phenylphthalazin-1-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH5.6, 32% PEG 400, 5mM magnesium chloride
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.231 |
| 6PGO Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to a phthalazine inhibitor 提交 2019-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 OJ1 1-{4-[7-chloro-6-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-phenylphthalazin-1-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH5.6, 32% PEG 400, 5mM magnesium chloride
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.231 |
| 6PGP Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to a quinazolinone inhibitor 提交 2019-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 OHY 6-chloro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)-1-[2-(propan-2-yl)phenyl]quinazolin-2(1H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M calcium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.216 |
| 6PGP Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to a quinazolinone inhibitor 提交 2019-06-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2 OHY 6-chloro-7-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-(4-propanoylpiperazin-1-yl)-1-[2-(propan-2-yl)phenyl]quinazolin-2(1H)-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M calcium acetate, 25% PEG 3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.216 |
| 6PQ3 Crystal structure of GDP-bound KRAS with ten residues long internal tandem duplication in the switch II region 提交 2019-07-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Internal tandem duplication of 10 amino acid (55-64) | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM lithium acetate and 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.217 |
| 6PTS NMR data-driven model of KRas-GMPPNP:RBD-CRD complex tethered to a nanodisc (state A) 提交 2019-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–185（185 aa）
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C KRAS, 0.2 mM U-12C, 14N, 1H RBD-CRD, 0.4 mM U-12C, 14N, 1H MSP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 0.4 mM U-12C, 14N, 1H MSP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM U-12C, 14N, 1H KRAS, 0.2 mM U-2H; U-15N; Ile Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C RBD-CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM U-15N; Ile C-delta-13C, Met methyl-13C KRAS, 0.5 mM Leu C-delta-13C, Val C-gamma-13C, RBD-CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-99% 15N]; [U-13C]; RBD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.3 mM [U-99% 15N]; [U-13C]; CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6PTW NMR data-driven model of KRas-GMPPNP:RBD-CRD complex tethered to a nanodisc (state B) 提交 2019-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
1–185（185 aa）
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）450；压力 1
NMR测量条件
pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1
NMR样品组成
0.2 mM [Ile, Leu C-delta-13C; Val C-gamma-13C; U-15N; U-2H] KRAS, 0.2 mM [U-12C; U-14N; U-1H] RBD-CRD, 0.4 mM [U-12C; U-14N; U-1H] MSP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [U-12C; U-14N; U-1H] KRAS, 0.2 mM [Ile, Leu C-delta-13C; Val C-gamma-13C; U-15N; U-2H] RBD-CRD, 0.4 mM [U-12C; U-14N; U-1H] MSP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [Ile, Leu C-delta-13C; Val C-gamma-13C; U-15N] RBD-CRD, 0.2 mM [U-12C; U-14N; U-1H] KRAS Q43C, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.2 mM [Ile, Leu C-delta-13C; Val C-gamma-13C; U-15N] RBD-CRD, 0.2 mM [U-12C; U-14N; U-1H] KRAS N-term C, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-15N; Ile C-delta-13C; Met methyl-13C] KRAS, 0.5 mM [Leu C-delta-13C; Val C-gamma-13C] RBD-CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] RBD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.5 mM [U-13C; U-15N] CRD, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6QUU Crystal Structure of KRAS-G12D in complex with GMP-PCP 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；277 K；52% MPD, 0.06M MES
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.204 |
| 6QUU Crystal Structure of KRAS-G12D in complex with GMP-PCP 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；277 K；52% MPD, 0.06M MES
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.204 |
| 6QUV Crystal Structure of KRAS-G12D in complex with GMP-PCP and compound 15R 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 JJN (6~{a}~{R},11~{b}~{S})-6~{a}-(1,4-dimethylpiperidin-4-yl)-7,11~{b}-dihydro-6~{H}-indolo[2,3-c]isoquinolin-5-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；277 K；52% MPD, 0.06 M MES
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.208 |
| 6QUW Crystal Structure of KRAS-G12D in Complex with Natural Product-Like Compound 9b 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 JJQ (3~{a}~{R},8~{b}~{S})-2,2,3~{a},8~{b}-tetramethyl-3,4-dihydro-1~{H}-pyrrolo[2,3-b]indole × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；277 K；52% MPD, 0.06 M MES
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.210 |
| 6QUX Crystal Structure of KRAS-G12D in Complex with Natural Product-Like Compound 15 提交 2019-02-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 JJN (6~{a}~{R},11~{b}~{S})-6~{a}-(1,4-dimethylpiperidin-4-yl)-7,11~{b}-dihydro-6~{H}-indolo[2,3-c]isoquinolin-5-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；pH 6.4；277 K；52% MPD, 0.06 M MES
|
分辨率 1.62 Å R-free 0.223 |
| 6T5B KRasG12C ligand complex 提交 2019-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 O7K pyrazinoquinolinone × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50mM HEPES pH 7.4, 100mM NaCl, 2mM MgSO4
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.231 |
| 6T5V KRasG12C ligand complex 提交 2019-10-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MKZ 1-[4-[6-chloranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50mM HEPES
100mM NaCl
2mM MgSO4
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.205 |
| 6TAM X-RAY STRUCTURE OF HUMAN K-RAS G12C IN COMPLEX WITH COVALENT ISOQUINOLINONE INHIBITOR (COMPOUND 3) 提交 2019-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MZQ 7-[2,4-bis(fluoranyl)phenyl]-3-[(3~{R})-1-propanoylpyrrolidin-3-yl]-4~{H}-isoquinolin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；100 mM MES pH 6.9 and 34% PEG 4000
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.201 |
| 6TAN X-RAY STRUCTURE OF HUMAN K-RAS G12C IN COMPLEX WITH COVALENT ISOQUINOLINONE INHIBITOR (COMPOUND 17) 提交 2019-10-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MZN 7-(2-fluoranyl-6-oxidanyl-phenyl)-3-[(3~{R})-1-propanoylpyrrolidin-3-yl]-4~{H}-2,6-naphthyridin-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；293 K；100 NANOLITER COVALENTLY MODIFIED KRAS (CONCENTRATION 18.8 MG/ML, IN 0.02 M HEPES PH 7.5, 0.15 M NACL, 0.001 M MGCL2) ADDED TO 100 NANOLITER RESERVOIR (0.1 M NA-MES PH 6.3, 31 % PEG 4000)
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.183 |
| 6USX Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1R 1-{4-[2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-7-(naphthalen-1-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；29% PEG8K 0.1M
NaCitrate pH 5.4
0.2M Amm Acetate
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.250 |
| 6USX Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1R 1-{4-[2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-7-(naphthalen-1-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.4；293 K；29% PEG8K 0.1M
NaCitrate pH 5.4
0.2M Amm Acetate
|
分辨率 2.27 Å R-free 0.250 |
| 6USZ Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QH4 {(2S)-4-[2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-7-(naphthalen-1-yl)-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-propanoylpiperazin-2-yl}acetonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；23% PEG8K
0.1M NaCitrate pH 4.6
0.2M Amm Acetate
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.226 |
| 6UT0 Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1X {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2S)-2-fluoropropanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4K
0.1M NaOAc (unbuffered)
8% 2-Propanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.222 |
| 6UT0 Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1X {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2S)-2-fluoropropanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4K
0.1M NaOAc (unbuffered)
8% 2-Propanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.222 |
| 6UT0 Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1X {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2S)-2-fluoropropanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4K
0.1M NaOAc (unbuffered)
8% 2-Propanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.222 |
| 6UT0 Identification of the Clinical Development Candidate MRTX849, a Covalent KRASG12C Inhibitor for the Treatment of Cancer 提交 2019-10-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 M1X {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2S)-2-fluoropropanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4K
0.1M NaOAc (unbuffered)
8% 2-Propanol
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.222 |
| 6V5L The HADDOCK structure model of GDP KRas in complex with its allosteric inhibitor E22 提交 2019-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QPD (2R)-2-[2-(1H-indole-3-carbonyl)hydrazinyl]-2-phenylacetamide × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KRAS, 1.0 mM E22, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 25 mM nature abundance sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM MAGNESIUM ION, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KRas, 1.0 mM E22, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM MAGNESIUM ION, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6V65 Crystal structure of KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1 complex 提交 2019-12-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；100 mM Tris pH7.8
100 mM ammonium sulfate
300 mM sodium formate
3% PEG3350, 3.5% PGA-LM
10% detergent ANAPOE-80
|
分辨率 2.76 Å R-free 0.241 |
| 6V6F Crystal structure of Q61L KRAS(GMPPNP)-NF1(GRD)-SPRED1(EVH1) complex 提交 2019-12-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：Q61L | ZN ZINC ION × 1 FMT FORMIC ACID × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；277 K；100 mM Tris pH 7.8,
100 mM ammonium sulfate,
300 mM sodium formate,
3% PEG3350,
3.5% PGA-LM
10% detergent ANAPOE-80
|
分辨率 2.54 Å R-free 0.265 |
| 6VC8 Crystal structure of wild-type KRAS4b(1-169) in complex with GMPPNP and Mg ion 提交 2019-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4000, 800 mM LiCl, 100 mM Magnesium Chloride and 100 mM Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 6VC8 Crystal structure of wild-type KRAS4b(1-169) in complex with GMPPNP and Mg ion 提交 2019-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4000, 800 mM LiCl, 100 mM Magnesium Chloride and 100 mM Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 6VC8 Crystal structure of wild-type KRAS4b(1-169) in complex with GMPPNP and Mg ion 提交 2019-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；32% PEG 4000, 800 mM LiCl, 100 mM Magnesium Chloride and 100 mM Tris pH 8.5
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.277 |
| 6VJJ Crystal Structure of wild-type KRAS4b (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) of RAF1/CRAF 提交 2020-01-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 CL CHLORIDE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.09M Halogens, 0.1M Imidazole.MES pH 6.5, 37.5% MPD, PEG 1000 and PEG 3350
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.195 |
| 6W4E NMR-driven structure of KRAS4B-GTP homodimer on a lipid bilayer nanodisc 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
2–185（184 aa）
链 C
2–185（184 aa）
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
80 uM ILV 13C-methyl; Lys 15N-amide KRAS4B, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6W4F NMR-driven structure of KRAS4B-GDP homodimer on a lipid bilayer nanodisc 提交 2020-03-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 B
2–185（184 aa）
链 C
2–185（184 aa）
|
未记录 | PCW 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 64 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 16 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
80 uM ILV 13C-methyl; Lys 15N-amide KRAS4B, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6WGN Crystal structure of K-Ras(G12D) GppNHp bound to cyclic peptide ligand KD2 提交 2020-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 4000, Tris, Lithium sulfate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 6WGN Crystal structure of K-Ras(G12D) GppNHp bound to cyclic peptide ligand KD2 提交 2020-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 4000, Tris, Lithium sulfate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 6WGN Crystal structure of K-Ras(G12D) GppNHp bound to cyclic peptide ligand KD2 提交 2020-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；PEG 4000, Tris, Lithium sulfate
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.214 |
| 6WS2 Crystal structure of KRAS-K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.195 |
| 6WS2 Crystal structure of KRAS-K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.195 |
| 6WS2 Crystal structure of KRAS-K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.195 |
| 6WS2 Crystal structure of KRAS-K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Tris pH 8.5 and 2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.195 |
| 6WS4 Crystal structure of KRAS-G12D/K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；3.0 % Xylitol, 0.2 M ammonium acetate and 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.158 |
| 6WS4 Crystal structure of KRAS-G12D/K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 TCE 3,3',3''-phosphanetriyltripropanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；3.0 % Xylitol, 0.2 M ammonium acetate and 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.158 |
| 6WS4 Crystal structure of KRAS-G12D/K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；3.0 % Xylitol, 0.2 M ammonium acetate and 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.158 |
| 6WS4 Crystal structure of KRAS-G12D/K104Q mutant, GDP-bound 提交 2020-04-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, K104Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；3.0 % Xylitol, 0.2 M ammonium acetate and 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.158 |
| 6XGU Crystal Structure of KRAS-Q61R (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF 提交 2020-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；100 mM Tris 7.8, 200 mM KBr, 200 mM KSCN, 3% PGA, 0.35 mM D-myo-phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.236 |
| 6XGV Crystal Structure of KRAS-G13D (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF 提交 2020-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 700 mM sodium acetate, 0.35 mM D-myo-phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate
|
分辨率 2.11 Å R-free 0.204 |
| 6XHB Crystal Structure of wild-type KRAS (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) and cysteine-rich domain (CRD) of RAF1/CRAF (crystal form II) 提交 2020-06-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；100 mM sodium cacodylate pH 6.5, 200 mM sodium citrate, 15% 2-propanol, 0.25% (w/v) n-octyl-beta-D-glucoside, 0.35 mM D-myo-phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate, and 0.25% (w/v) n-dodecyl-beta-D-maltoside
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.221 |
| 6YR8 Affimer K6 - KRAS protein complex 提交 2020-04-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；0.1M sodium acetate, 25% w/v PEG 4000, 0.2M ammonium sulfate, 5% MPD
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.246 |
| 6YXW Affimer K3 - KRAS protein complex 提交 2020-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.278 |
| 6YXW Affimer K3 - KRAS protein complex 提交 2020-05-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–167（167 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；2M ammonium sulfate, 0.2M potassium sodium tartrate, 0.1M tri-sodium citrate
|
分辨率 2.06 Å R-free 0.278 |
| 6ZL5 CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12D(C118S) IN COMPLEX WITH BI-2852 AND GDP 提交 2020-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 F0K (3~{S})-3-[2-[[[1-[(1-methylimidazol-4-yl)methyl]indol-6-yl]methylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-5-oxidanyl-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；2M Ammonium sulfate
100mM Sodium cacodylate
200mM Sodium cloride
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.209 |
| 6ZLI CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12D IN COMPLEX WITH COMPOUND 13 AND GCP 提交 2020-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；51.8% MPD
50mM MES PH= 6.4
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.220 |
| 6ZLI CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12D IN COMPLEX WITH COMPOUND 13 AND GCP 提交 2020-06-30 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QME 2-[(2~{R})-piperidin-2-yl]-1~{H}-indole × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；51.8% MPD
50mM MES PH= 6.4
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.220 |
| 7A1X KRASG12C GDP form in complex with Cpd1 提交 2020-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 QWB 3-(imidazol-1-ylmethyl)-1~{H}-indole × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；TRIS 100mM - PEG 4K 23% - Na Acet 100mM - pH8.5
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.174 |
| 7A1Y KRASG12C GDP form in complex with Cpd2 提交 2020-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12C | QWH ~{N}-(3-bromanyl-2,6-dimethyl-pyridin-4-yl)propanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；HEPES 100mM - (NH4)2SO4 2.25M - pH7.5
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.210 |
| 7ACA CRYSTAL STRUCTURE OF AN ACTIVE KRAS G12D (GPPCP) DIMER IN COMPLEX WITH BI-5747 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Morpheus Screen D12
Morpheus Alcohol 10%
Morpheus Buffer 3
MPD_P1K_P3350 37.5% w/v
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.205 |
| 7ACA CRYSTAL STRUCTURE OF AN ACTIVE KRAS G12D (GPPCP) DIMER IN COMPLEX WITH BI-5747 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；294 K；Morpheus Screen D12
Morpheus Alcohol 10%
Morpheus Buffer 3
MPD_P1K_P3350 37.5% w/v
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.205 |
| 7ACF CRYSTAL STRUCTURE OF CRYSTAL FORM 2 OF AN ACTIVE KRAS G12D (GPPCP) DIMER IN COMPLEX WITH BI-5747 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；Morpheus Screen E9
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.198 |
| 7ACF CRYSTAL STRUCTURE OF CRYSTAL FORM 2 OF AN ACTIVE KRAS G12D (GPPCP) DIMER IN COMPLEX WITH BI-5747 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；Morpheus Screen E9
|
分辨率 1.91 Å R-free 0.198 |
| 7ACH CRYSTAL STRUCTURE OF ACTIVE KRAS G12D (GPPCP) IN COMPLEX WITH THE SOAKED DIMERIC INHIBITOR BI-5747 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；MPD 51% v/v
50mM MES pH 6.4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 7ACQ CRYSTAL STRUCTURE OF INACTIVE KRAS G12D (GDP) IN COMPLEX WITH THE SOAKED DIMERIC INHIBITOR BI-5747 提交 2020-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 R6W (3~{S})-5-oxidanyl-3-[2-[[6-[[3-[(1~{S})-6-oxidanyl-3-oxidanylidene-1,2-dihydroisoindol-1-yl]-1~{H}-indol-2-yl]methylamino]hexylamino]methyl]-1~{H}-indol-3-yl]-2,3-dihydroisoindol-1-one × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；278 K；200 mM CaCl2
100 mM MES pH6
PEG6000 20% W/v
|
分辨率 1.86 Å R-free 0.210 |
| 7C40 MgGDP bound KRAS G12V 提交 2020-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Polyethylene glycol 3,350, 0.2M potassium nitrate (pH 6.8)
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.226 |
| 7C41 KRAS G12V and H-REV107 peptide complex 提交 2020-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.283 |
| 7C41 KRAS G12V and H-REV107 peptide complex 提交 2020-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 J
1–168（168 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.283 |
| 7C41 KRAS G12V and H-REV107 peptide complex 提交 2020-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 M
1–168（168 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.283 |
| 7C41 KRAS G12V and H-REV107 peptide complex 提交 2020-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 G
1–168（168 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；polyethylene glycol 3350, 0.2 M potassium nitrate at pH 6.8
|
分辨率 2.28 Å R-free 0.283 |
| 7EW9 GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z816 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 05C 7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-4-[(2~{R})-2-methylpiperazin-1-yl]-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；293.15 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.257 |
| 7EW9 GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z816 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 05C 7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-4-[(2~{R})-2-methylpiperazin-1-yl]-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；293.15 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.257 |
| 7EW9 GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z816 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；293.15 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.13 Å R-free 0.257 |
| 7EWA GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z827 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 05F 4-[(1~{R},5~{S})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.258 |
| 7EWA GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z827 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 05F 4-[(1~{R},5~{S})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.258 |
| 7EWA GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z827 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8.5；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.25 Å R-free 0.258 |
| 7EWB GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z835 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 05I 4-[(1~{S},5~{R})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.246 |
| 7EWB GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z835 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 05I 4-[(1~{S},5~{R})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.246 |
| 7EWB GDP-bound KRAS G12D in complex with TH-Z835 提交 2021-05-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 05I 4-[(1~{S},5~{R})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-7-(8-methylnaphthalen-1-yl)-2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]-6,8-dihydro-5~{H}-pyrido[3,4-d]pyrimidine × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；297 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26 % (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.246 |
| 7KFZ Structure of a ternary KRas(G13D)-SOS complex 提交 2020-10-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G13D 突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å |
| 7KMR Crystal structure analysis of human KRAS mutant 提交 2020-11-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–185（185 aa）
|
突变：A59E | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；300 K；1.5 M sodium malonate, 0.1 M HEPES, pH 7.5
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.197 |
| 7KYZ Solution structures of full-length K-RAS bound to GDP 提交 2020-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–188（188 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15；压力 1
NMR样品组成
0.7-0.9 mM [U-100% 15N] GTPase KRas, 20 mM [U-2H] MES, 100 mM potassium chloride, 50 mM sodium chloride, 2 mM MgCl2, 1 mM [U-2H] TCEP, 7 mM [U-2H] D2O, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.7-0.9 mM [U-13C; U-15N] GTPase KRas, 20 mM [U-2H] MES, 100 mM potassium chloride, 50 mM sodium chloride, 2 mM MgCl2, 1 mM [U-2H] TCEP, 7 mM [U-2H] D2O, 0.05 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7LC1 Crystal Structure of KRAS4b (GMPPNP-bound) in complex with the RBD-PH domains of SIN1 提交 2021-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q25A | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES (N-2-hydroxyethyl piperazine-N-ethane sulfonic acid) pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.279 |
| 7LC1 Crystal Structure of KRAS4b (GMPPNP-bound) in complex with the RBD-PH domains of SIN1 提交 2021-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：Q25A | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；200 mM ammonium sulfate, 100 mM HEPES (N-2-hydroxyethyl piperazine-N-ethane sulfonic acid) pH 7.5, 25% PEG 3350
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.279 |
| 7LC2 Crystal Structure of KRAS4b-Q61R (GMPPNP-bound) in complex with the RAS-binding domain (RBD) of SIN1 提交 2021-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100mM MMT buffer (DL-malic acid, MES and Tris base in 1:2:2 ratio) pH 5, 25% PEG (polyethylene glycol) 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.287 |
| 7LC2 Crystal Structure of KRAS4b-Q61R (GMPPNP-bound) in complex with the RAS-binding domain (RBD) of SIN1 提交 2021-01-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；100mM MMT buffer (DL-malic acid, MES and Tris base in 1:2:2 ratio) pH 5, 25% PEG (polyethylene glycol) 1500
|
分辨率 2.70 Å R-free 0.287 |
| 7LGI The haddock model of GDP KRas in complex with promazine using chemical shift perturbations and intermolecular NOEs 提交 2021-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 P2Z Promazine × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1 PA
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1 PA
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KRAS, 1.0 mM P2Z, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] KRAS, 1.0 mM P2Z, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7MQU The haddock model of GDP KRas in complex with promethazine using NMR chemical shift perturbations 提交 2021-05-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZM7 (2R)-N,N-dimethyl-1-(10H-phenothiazin-10-yl)propan-2-amine × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1
NMR测量条件
pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）115；压力 1
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTPase KRas, 1.0 mM PMZ, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 5 mM MAGNESIUM ION, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成
0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GTPase KRas, 1.0 mM PMZ, 5 mM [U-99% 2H] DTT, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 5 mM MAGNESIUM ION, 10 uM [U-99% 2H] DSS, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7NY8 Affimer K69 - KRAS protein complex 提交 2021-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–167（167 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M imidazole, 0.1M MES monohydrate, 20% w/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, 0.12M 1,6-hexanediol, 0.12M 1,2-propanediol, 0.12M 1,4-butanediol, 0.12M 1-butanol, 0.12M 2-propanol, 0.12M 1,3-propanediol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 7NY8 Affimer K69 - KRAS protein complex 提交 2021-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–167（167 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1M imidazole, 0.1M MES monohydrate, 20% w/v PEG 500 MME, 10% w/v PEG 20000, 0.12M 1,6-hexanediol, 0.12M 1,2-propanediol, 0.12M 1,4-butanediol, 0.12M 1-butanol, 0.12M 2-propanol, 0.12M 1,3-propanediol
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.210 |
| 7O70 KRasG12C ligand complex 提交 2021-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | V4T 1-[(4R,7S)-12-chloro-14-fluoro-13-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-methyl-10-oxa-2,5,16,18-tetrazatetracyclo[9.7.1.0^(2,7).0^(15,19)]nonadeca-1(18),11,13,15(19),16-pentaen-5-en-1-one-yl]prop-2 × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50mM HEPES pH 7.4, 100mM NaCl, 2mM MgSO4
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.257 |
| 7O70 KRasG12C ligand complex 提交 2021-04-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | V4T 1-[(4R,7S)-12-chloro-14-fluoro-13-(2-fluoro-6-hydroxyphenyl)-4-methyl-10-oxa-2,5,16,18-tetrazatetracyclo[9.7.1.0^(2,7).0^(15,19)]nonadeca-1(18),11,13,15(19),16-pentaen-5-en-1-one-yl]prop-2 × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；50mM HEPES pH 7.4, 100mM NaCl, 2mM MgSO4
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.257 |
| 7OO7 KRasG12C ligand complex 提交 2021-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 VLE 1-[(6aS)-3-chloro-2-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)-5,6,6a,7,9,10-hexahydro-8H-pyrazino[1',2':5,6][1,5]oxazocino[4,3,2-de]quinazolin-8-yl]-2-propen-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50mM HEPES 100mM NaCl 2mM MgSO4
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.226 |
| 7OO7 KRasG12C ligand complex 提交 2021-05-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–164（164 aa）
|
突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 VLE 1-[(6aS)-3-chloro-2-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)-5,6,6a,7,9,10-hexahydro-8H-pyrazino[1',2':5,6][1,5]oxazocino[4,3,2-de]quinazolin-8-yl]-2-propen-1-one × 1 CA CALCIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293 K；50mM HEPES 100mM NaCl 2mM MgSO4
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.226 |
| 7Q9U Crystal structure of the high affinity KRas mutant PDE6D complex 提交 2021-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 AAA
1–185（185 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FAR FARNESYL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium sulphate, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.6, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.255 |
| 7Q9U Crystal structure of the high affinity KRas mutant PDE6D complex 提交 2021-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 BBB
1–185（185 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FAR FARNESYL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M Ammonium sulphate, 0.1 M tri sodium citrate pH 5.6, 15 % w/v PEG 4000
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.255 |
| 7R0M KRasG12C in complex with GDP and JDQ443 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 H2T 1-[6-[4-(5-chloranyl-6-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-5-methyl-3-(1-methylindazol-5-yl)pyrazol-1-yl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 4000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M CaCl2
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.249 |
| 7R0M KRasG12C in complex with GDP and JDQ443 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 H2T 1-[6-[4-(5-chloranyl-6-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-5-methyl-3-(1-methylindazol-5-yl)pyrazol-1-yl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG 4000, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M CaCl2
|
分辨率 1.61 Å R-free 0.249 |
| 7R0N KRasG12C in complex with GDP and compound 2 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 H40 ~{N}-[4-[2-bromanyl-6-(2-hydroxyethylamino)pyridin-4-yl]sulfanylphenyl]propanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；33% PEG 6000, 0.01 M NaCitrate
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.222 |
| 7R0Q KRasG12C in complex with GDP and compound 3 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 H0O ~{N}-[4-[3,5-dimethyl-4-(5-methyl-2~{H}-indazol-4-yl)pyrazol-1-yl]phenyl]propanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 4000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5, 0.2 M CaCl2
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.292 |
| 7R0Q KRasG12C in complex with GDP and compound 3 提交 2022-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 H0O ~{N}-[4-[3,5-dimethyl-4-(5-methyl-2~{H}-indazol-4-yl)pyrazol-1-yl]phenyl]propanamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 4000, 0.1 M TRIS HCl pH 8.5, 0.2 M CaCl2
|
分辨率 1.95 Å R-free 0.292 |
| 7ROV KRAS G12D Mutant in complex with GMPPCP and cyclic peptide MP-9903 提交 2021-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–188（188 aa）
|
突变：G12D | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；100mM Bis-Tris and 25% PEG 4000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.216 |
| 7ROV KRAS G12D Mutant in complex with GMPPCP and cyclic peptide MP-9903 提交 2021-08-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–188（188 aa）
|
突变：G12D | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；100mM Bis-Tris and 25% PEG 4000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.216 |
| 7RP2 Crystal structure of Kas G12C in complex with 2H11 CLAMP 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CAC CACODYLATE ION × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 40% 2-methyl 2,4-pentanediol (MPD), 7% PEG 8000, 0.5% ethyl acetate, 10 mM spermine tetrahydrochloride
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.225 |
| 7RP4 Crystal structure of KRAS G12C in complex with GNE-1952 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
突变：G12C | MKZ 1-[4-[6-chloranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.10% n-Octyl-B-D-glucoside, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 22% PEG 3350
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.253 |
| 7RP4 Crystal structure of KRAS G12C in complex with GNE-1952 提交 2021-08-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–169（168 aa）
|
突变：G12C | MKZ 1-[4-[6-chloranyl-7-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；0.10% n-Octyl-B-D-glucoside, 0.1 M sodium citrate pH 5.5, 22% PEG 3350
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.253 |
| 7RSC NMR-driven structure of the KRAS4B-G12D "alpha-alpha" dimer on a lipid bilayer nanodisc 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–185（184 aa）
链 B
2–185（184 aa）
|
突变：G12D 突变：G12D | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 7Q9 [(2~{R})-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 128 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 32 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
80 uM ILV 13C-methyl; Lys 15N-amide KRAS4B, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7RSE NMR-driven structure of the KRAS4B-G12D "alpha-beta" dimer on a lipid bilayer nanodisc 提交 2021-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–185（184 aa）
链 B
2–185（184 aa）
|
突变：G12D 突变：G12D | GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 7Q9 [(2~{R})-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-2-propanoyloxy-propyl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 128 17F O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 32 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 7.4；288 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 1
NMR样品组成
80 uM ILV 13C-methyl; Lys 15N-amide KRAS4B, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7SCW KRAS full length wild-type in complex with RGL1 Ras association domain 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–188（188 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.05M Magnesium acetate tetrahydrate, 0.1M MES (pH 6.5), 26% v/v PEG 400
|
分辨率 1.98 Å R-free 0.192 |
| 7SCX KRAS full-length G12V in complex with RGL1 Ras association domain 提交 2021-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–188（188 aa）
|
突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 2 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；298 K；0.1M BIS-TRIS (pH 5.5), 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.214 |
| 7T47 KRAS G12D (GppCp) with MRTX-1133 提交 2021-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
片段：UNP residues 1-164
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 0.1 M sodium acetate, 8% v/v isopropanol, 22% PEG4000
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.172 |
| 7TLE Crystal Structure of small molecule beta-lactone 1 covalently bound to K-Ras(G12S) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12S | MG MAGNESIUM ION × 1 I6T (3R,4R)-1-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-3-hydroxypiperidine-4-carbaldehyde × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；0.1 M sodium acetate, 30% w/v PEG MME 2K, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.99 Å R-free 0.234 |
| 7TLG Crystal Structure of small molecule beta-lactone 5 covalently bound to K-Ras(G12S) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 I7H (3R,4R)-1-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4S,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-hydroxypiperidine-4-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, 30% PEG 4K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 7TLG Crystal Structure of small molecule beta-lactone 5 covalently bound to K-Ras(G12S) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
突变：G12S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 I7H (3R,4R)-1-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4S,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-hydroxypiperidine-4-carbaldehyde × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES, 30% PEG 4K
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.233 |
| 7TLK Crystal Structure of K-Ras(G12S) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G12S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2, 25% PEG 4K
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.205 |
| 7TLK Crystal Structure of K-Ras(G12S) 提交 2022-01-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
突变：G12S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；0.1 M Tris, 0.2 M CaCl2, 25% PEG 4K
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.205 |
| 7U8H Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit 提交 2022-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LX6 2-amino-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291.15 K；30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.199 |
| 7U8H Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit 提交 2022-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LX6 2-amino-4,5,6,7-tetrahydro-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291.15 K；30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.199 |
| 7U8H Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit 提交 2022-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291.15 K；30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.199 |
| 7U8H Discovery of a KRAS G12V Inhibitor in vivo Tool Compound starting from an HSQC-NMR based Fragment Hit 提交 2022-03-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291.15 K；30% PEG3350, 0.1 M bicine pH 8.5, 0.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.199 |
| 7VVB Crystal Structure of KRas4A(GMPPNP-bound) in complex with the Ras-binding domain(RBD) of SIN1 提交 2021-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–189（189 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；278 K；PEG 5000 MME
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 7YUZ Human K-Ras G12D (GDP-bound) in complex with cyclic peptide inhibitor AP8784 提交 2022-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 IOD IODIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium iodide, 20.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25%v/v Ethylene glycol as a cryoprotectant
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.298 |
| 7YV1 Human K-Ras G12D (GDP-bound) in complex with cyclic peptide inhibitor LUNA18 and KA30L Fab 提交 2022-08-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 %v/v Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M tri-Sodium citrate (pH 5.6), 16.0 %w/v Polyethylene glycol 3,350, and 25 %v/v Ethylene glycerol as a cryoprotectant
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.277 |
| 8AFB CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12C IN COMPLEX WITH COMPOUND 23 (BI-0474) 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LXD (4~{S})-2-azanyl-4-[3-[6-[(2~{S})-2,4-dimethylpiperazin-1-yl]-4-(4-prop-2-enoylpiperazin-1-yl)pyridin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；10% PEG8000, 10% PEG1000
|
分辨率 1.12 Å R-free 0.222 |
| 8AFC CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12C IN COMPLEX WITH COMPOUND 12 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LXK 2-azanyl-4,4-dimethyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM NaAc pH 5, 1.5M Ammoniumsulfate
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.266 |
| 8AFC CRYSTAL STRUCTURE OF KRAS-G12C IN COMPLEX WITH COMPOUND 12 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM NaAc pH 5, 1.5M Ammoniumsulfate
|
分辨率 2.41 Å R-free 0.266 |
| 8AFD CRYSTAL STRUCTURE OF BIT-BLOCKED KRAS-G12V-S39C IN COMPLEX WITH COMPOUND 20a 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LXU (4~{S})-4-[3-(4-aminophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-2-azanyl-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；100mM PCB pH 5.9, 20% PEG 1500
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.265 |
| 8AFD CRYSTAL STRUCTURE OF BIT-BLOCKED KRAS-G12V-S39C IN COMPLEX WITH COMPOUND 20a 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 LXU (4~{S})-4-[3-(4-aminophenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-2-azanyl-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；100mM PCB pH 5.9, 20% PEG 1500
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.265 |
| 8AFD CRYSTAL STRUCTURE OF BIT-BLOCKED KRAS-G12V-S39C IN COMPLEX WITH COMPOUND 20a 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；100mM PCB pH 5.9, 20% PEG 1500
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.265 |
| 8AFD CRYSTAL STRUCTURE OF BIT-BLOCKED KRAS-G12V-S39C IN COMPLEX WITH COMPOUND 20a 提交 2022-07-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 2XO 1H-benzimidazol-2-ylmethanethiol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；297 K；100mM PCB pH 5.9, 20% PEG 1500
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.265 |
| 8AQ5 KRAS G12C IN COMPLEX WITH GDP AND COMPOUND 16 提交 2022-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NZ6 1-[6-[4-(5-chloranyl-6-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-5-methyl-3-phenyl-pyrazol-1-yl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；25% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.215 |
| 8AQ7 KRAS G12C IN COMPLEX WITH GDP AND COMPOUND 9 提交 2022-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 NZX 1-[6-[3-cyclohexyl-5-methyl-4-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)pyrazol-1-yl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.253 |
| 8AQ7 KRAS G12C IN COMPLEX WITH GDP AND COMPOUND 9 提交 2022-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 NZX 1-[6-[3-cyclohexyl-5-methyl-4-(5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)pyrazol-1-yl]-2-azaspiro[3.3]heptan-2-yl]propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M MgCl2
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.253 |
| 8AZR KRAS in complex with precursor 1 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 LR4 (4~{S})-2-azanyl-4-[3-[6-[(2~{S})-2,4-dimethylpiperazin-1-yl]pyridin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesiumchloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.232 |
| 8AZV KRAS in complex with BI-2865 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 OFU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[4-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-1-ium-2-yl]ethoxy]pyrimidin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.05 Å R-free 0.173 |
| 8AZX KRAS-G12C in complex with BI-2865 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 OFU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[4-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-1-ium-2-yl]ethoxy]pyrimidin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.197 |
| 8AZY KRAS-G12D in complex with BI-2865 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 OFU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[4-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-1-ium-2-yl]ethoxy]pyrimidin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.09 Å R-free 0.197 |
| 8AZZ KRAS-G12V in complex with BI-2865 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 OFU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[4-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-1-ium-2-yl]ethoxy]pyrimidin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.02 Å R-free 0.167 |
| 8B00 KRAS-G13D in complex with BI-2865 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 OFU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[4-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-1-ium-2-yl]ethoxy]pyrimidin-2-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.04 Å R-free 0.161 |
| 8B6I KRasG12C ligand complex 提交 2022-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PQI 1-[(4~{a}~{S})-7-chloranyl-8-(5-methyl-2~{H}-indazol-4-yl)-1,2,4,4~{a},5,11-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-3-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
LITHIUM SULFATE
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 8B6I KRasG12C ligand complex 提交 2022-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PQI 1-[(4~{a}~{S})-7-chloranyl-8-(5-methyl-2~{H}-indazol-4-yl)-1,2,4,4~{a},5,11-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-3-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
LITHIUM SULFATE
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.241 |
| 8B78 KRasG12C ligand complex 提交 2022-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PUO 1-[(4~{a}~{R})-8-(2-chloranyl-6-oxidanyl-phenyl)-7-fluoranyl-9-prop-1-ynyl-1,2,4,4~{a},5,11-hexahydropyrazino[2,1-c][1,4]benzoxazepin-3-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 3350
LITHIUM SULFATE
|
分辨率 1.11 Å R-free 0.236 |
| 8BLR G13D mutant of KRAS4b (2-169) bound to GDP with the switch-I in fully open conformation 提交 2022-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
突变：G13D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；2.4M sodium malonate pH 7
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.144 |
| 8CPR G13D mutant of KRAS4b (2-169) bound to GDP with the switch-I in fully open conformation crystallized in sodium potassium phosphate buffer 提交 2023-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 NA SODIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.4 M Na/K Phosphate pH around 8.8
OR
0.9 M Na/K Phosphate pH 9.1 (sodium potassium phosphate), 0.5 M Na/K Phosphate pH 8.3
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.248 |
| 8DNI Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound with Araxes WO2020/028706A1 compound I-1 提交 2022-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 U4L (4P)-4-(5-methyl-1H-indazol-4-yl)-6-(2-propanoyl-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-2-(pyrrolidin-1-yl)pyrimidine-5-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.001M MgCl2, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG4000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.254 |
| 8ECR KRAS4B 1-185 (C185S) bound to GDP-Mg2+ 提交 2022-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–185（185 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；20% PEG8000, 200 mM Magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.169 |
| 8ECR KRAS4B 1-185 (C185S) bound to GDP-Mg2+ 提交 2022-09-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–185（185 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；20% PEG8000, 200 mM Magnesium chloride, 100 mM Tris-HCl pH 8.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.169 |
| 8EDY KRAS4b A146T 1-185 bound to GDP 提交 2022-09-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–185（185 aa）
|
突变：A146T | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；22% PEG3350, 200 mM lithium citrate, 10 uM GDP, 1 mM magnesium chloride, 2 mM DTT, 20 mM sodium chloride, 10 mM Tris-HCl, pH 8
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.172 |
| 8EER KRAS4B A146V 1-185 bound to GDP 提交 2022-09-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–185（185 aa）
|
突变：A146V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；22% PEG3350, 200 mM lithium citrate, 10 mM Tris-HCl pH 8, 20 mM NaCl, 2 mM DTT, 1 mM magnesium chloride, 10 uM GDP, 12.8 mg/mL KRAS4B A146V
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.172 |
| 8EIE KRAS4b K117N 1-185 bound to GNP-Mg2+ 提交 2022-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–185（185 aa）
|
突变：K117N | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293.15 K；30% PEG4000, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl pH 8.5, 20 mM sodium chloride, 1 mM magnesium chloride, 2 mM DTT, 2 mM GNP, 15 mg/ml KRAS K117N
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.205 |
| 8EPW Crystal Structure of KRAS4b-G13D (GMPPNP-bound) in complex with RAS-binding domain (RBD) of RAF1/CRAF 提交 2022-10-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M potassium bromide, 30% PEG 2000 MME
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.253 |
| 8EZG Monobody 12D1 bound to KRAS(G12D) 提交 2022-10-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–168（168 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；2.8 M sodium acetate trihydrate
|
分辨率 2.52 Å R-free 0.213 |
| 8FMJ Crystal structure of human KRAS in space group R32 提交 2022-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Tris 0.1 M pH 7.8 - 8.0
NaAc 0.2 M
PEG3350 30-34%
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.167 |
| 8FMK Crystal structure of human KRAS with extended switch I loop 提交 2022-12-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；(NH)4Cl 0.2 M
PEG3350 20-24%
|
分辨率 1.48 Å R-free 0.237 |
| 8G42 KRAS G12C complex with GDP imaged on a cryo-EM imaging scaffold 提交 2023-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 8G47 KRAS G12C complex with GDP and AMG 510 imaged on a cryo-EM imaging scaffold 提交 2023-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.19 Å |
| 8G4F KRAS G12V complex with GDP imaged on a cryo-EM imaging scaffold 提交 2023-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–166（166 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 8G4H KRAS G13C complex with GDP imaged on a cryo-EM imaging scaffold 提交 2023-02-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G13C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.87 Å |
| 8G9P Tricomplex of RMC-4998, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 YV2 (2S)-2-{(5S)-7-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8G9P Tricomplex of RMC-4998, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 YV2 (2S)-2-{(5S)-7-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8G9Q Tricomplex of Compound-1, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 YV6 methyl (3S)-1-[N-(4-sulfanylbutanoyl)-L-valyl-3-hydroxy-L-phenylalanyl]-1,2-diazinane-3-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG 3350, 100 mM NaCl, 100 mM Bis-Tris pH 5.5
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.214 |
| 8I5E Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS peptide (VVGAGGVGK) 提交 2023-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 P
8–16（9 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.1 M Tris. 8.0. 25% v/v PEG 350 MME.
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.235 |
| 8JGD GDP-bound KRAS G12C in complex with YK-8S 提交 2023-05-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DWI (2~{S})-1-[4-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl]-2-oxidanyl-propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；200mM calcium acetate,100mM MES(PH 5.5-6.5),PEG 8000 16%-24%
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.201 |
| 8JHL GDP-bound KRAS G12D in complex with YK-8S 提交 2023-05-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DNU 1-[4-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl]-3-oxidanyl-propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；200mM calcium acetate,100mM MES(PH 5.5-6.5),PEG 8000 16%-24%
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.208 |
| 8JJS Human K-Ras G12D (GDP-bound) in complex with cyclic peptide inhibitor AP10343 提交 2023-05-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
2–174（173 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.0 M Ammonium sulfate, 25 %(v/v) Ethylene glycol as cryoprotectant
|
分辨率 1.53 Å R-free 0.242 |
| 8K4T Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12C peptide (VVVGACGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate,Sodium cacodylate pH 6.0, PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.316 |
| 8K4T Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12C peptide (VVVGACGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
7–16（10 aa）
|
突变：G12C | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate,Sodium cacodylate pH 6.0, PEG 4000
|
分辨率 2.30 Å R-free 0.316 |
| 8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.347 |
| 8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
7–16（10 aa）
|
突变：G12R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.347 |
| 8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
7–16（10 aa）
|
突变：G12R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.347 |
| 8K4V Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12R peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
7–16（10 aa）
|
突变：G12R | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.347 |
| 8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 F
7–16（10 aa）
|
突变：G12V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 I
7–16（10 aa）
|
突变：G12V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 8K50 Crystal structure of HLA-A*11:01 in complex with KRAS G12V peptide (VVVGARGVGK) 提交 2023-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 L
7–16（10 aa）
|
突变：G12V | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；293.15 K；Ammonium sulfate, Sodium cacodylate, PEG 4000
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.281 |
| 8ONV KRAS-G13D in complex with BI-2493 提交 2023-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 VU6 (7~{S})-2'-azanyl-3-[2-[(2~{S})-2-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-4-yl]spiro[5,6-dihydro-4~{H}-1,2-benzoxazole-7,4'-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene]-3'-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；278 K；0.2mM MgCl2, 15-27% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH=4.4
|
分辨率 1.01 Å R-free 0.157 |
| 8QU8 PROTAC-mediated complex of KRAS with VHL/Elongin-B/Elongin-C/Cullin-2/Rbx1 提交 2023-10-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric |
链 F
1–164（164 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WYL (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 8QUG KRAS-G12C in Complex with Compound 1 提交 2023-10-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 WYU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[2-[(2S)-2-methyl-1,4-diazepan-1-yl]pyrimidin-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；25% PEG3350, 0.1 M BisTris, 0.27M NH4Ac
|
分辨率 1.56 Å R-free 0.222 |
| 8QVU Crystal Structure of ligand ACBI3 in complex with KRAS G12D C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB complex 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
1–188（188 aa）
|
未记录 | WYL (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% w/v PEG 8000, 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.287 |
| 8QVU Crystal Structure of ligand ACBI3 in complex with KRAS G12D C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB complex 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–188（188 aa）
|
未记录 | PO4 PHOSPHATE ION × 1 WYL (2S,4R)-1-[(2S)-2-[4-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2,3-triazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[(1R)-1-[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]-2-oxidanyl-ethyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；20% w/v PEG 8000, 0.2 M lithium chloride, 0.1 M Tris pH 8.0
|
分辨率 2.24 Å R-free 0.287 |
| 8QW6 Crystal Structure of compound 3 in complex with KRAS G12V C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X4R (2S,4R)-1-[(2S)-2-[6-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]hexanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；200 mM sodium citrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 8QW6 Crystal Structure of compound 3 in complex with KRAS G12V C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X4R (2S,4R)-1-[(2S)-2-[6-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]hexanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；200 mM sodium citrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 8.5, 20% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.295 |
| 8QW7 Crystal Structure of compound 4 in complex with KRAS G12V C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | X53 (2S,4R)-1-[(2R)-2-[3-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2-oxazol-5-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；200 mM Lithium sulfate monohydrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.273 |
| 8QW7 Crystal Structure of compound 4 in complex with KRAS G12V C118S GDP and pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 E
1–169（169 aa）
|
突变：G12V, C118S | X53 (2S,4R)-1-[(2R)-2-[3-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2-oxazol-5-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；200 mM Lithium sulfate monohydrate, 100 mM BIS-TRIS propane pH 5.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
|
分辨率 2.36 Å R-free 0.273 |
| 8R7W Kras G12D in complex with compound 3 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 YLE 8-(furan-3-yl)-2,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；53.4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.05 M MES pH 6.4
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.202 |
| 8R7W Kras G12D in complex with compound 3 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 YLE 8-(furan-3-yl)-2,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；53.4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.05 M MES pH 6.4
|
分辨率 1.16 Å R-free 0.202 |
| 8R7X Kras G12D in complex with compound 4 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；53.4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.05 M MES pH 6.4
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.192 |
| 8R7X Kras G12D in complex with compound 4 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 YFJ 8-pyridin-4-yl-2,3,4,9-tetrahydropyrido[3,4-b]indol-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；53.4 % (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol and 0.05 M MES pH 6.4
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.192 |
| 8RNI HLA-A*03:01 with KRAS-G12V-10mer 提交 2024-01-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 6 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.1M ammonium citrate tribasic pH7, 12% PEG 3350
|
分辨率 2.49 Å R-free 0.276 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 E
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 J
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 O
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 T
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 Y
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 d
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 7 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 i
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8RRO G12V-TCR complex with HLA-A3 提交 2024-01-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 n
7–16（10 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1M Bis-Tris Propane (pH 6.5), 0.2M Na2SO4, 14-20% PEG 3350
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.286 |
| 8S8C Structure of Kras in complex with inhibitor MK-1084 提交 2024-03-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1H5U (5aSa,17aRa)- 20-Chloro-2-[(2S,5R)-2,5-dimethyl-4-(prop-2-enoyl)piperazin-1-yl]-14,17-difluoro-6-(propan-2-yl)-11,12-dihydro-4H-1,18-(ethanediylidene)pyrido[4,3-e]pyrimido[1,6-g][1,4,7,9]benzodioxadiazacyclododecin-4-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；30% PEG 3350
0.1M pH=9 NaH2PO4/Na2HPO4
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.225 |
| 8STM Crystal structure of KRAS-G75A mutant, GDP-bound 提交 2023-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G75A 突变：G75A 突变：G75A 突变：G75A | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.192 |
| 8STN Crystal structure of KRAS-G12D/G75A mutant, GDP-bound 提交 2023-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, G75A 突变：G12D, G75A | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.183 |
| 8STN Crystal structure of KRAS-G12D/G75A mutant, GDP-bound 提交 2023-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, G75A | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.03 Å R-free 0.183 |
| 8T4V Crystal structure of compound 1 bound to K-Ras(G12D) 提交 2023-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y63 4-{(1R,5S)-3-[(7P)-7-(8-ethynylnaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4s,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-4-oxobutanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES 6.5, 25% PEG4K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.211 |
| 8T4V Crystal structure of compound 1 bound to K-Ras(G12D) 提交 2023-06-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y63 4-{(1R,5S)-3-[(7P)-7-(8-ethynylnaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(4s,7as)-tetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl}-4-oxobutanoic acid × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M MES 6.5, 25% PEG4K
|
分辨率 1.47 Å R-free 0.211 |
| 8T71 Crystal Structure of WT KRAS4a with bound GDP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–177（177 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium iodide, 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.211 |
| 8T71 Crystal Structure of WT KRAS4a with bound GDP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–177（177 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium iodide, 2.2 M ammonium sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.211 |
| 8T72 Crystal structure of WT KRAS4a with bound GMPPNP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.236 |
| 8T72 Crystal structure of WT KRAS4a with bound GMPPNP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.236 |
| 8T72 Crystal structure of WT KRAS4a with bound GMPPNP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NaBr, 20% PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.236 |
| 8T73 Crystal structure of KRAS4a-R151G with bound GDP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：R151G | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM HEPES pH 7.4, 2 M ammonium sulfate , 0.1 M MgCl2.6H2O
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8T73 Crystal structure of KRAS4a-R151G with bound GDP and Mg ion 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：R151G | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM HEPES pH 7.4, 2 M ammonium sulfate , 0.1 M MgCl2.6H2O
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.188 |
| 8T74 Crystal structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD) 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–177（177 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M DL-malic acid (pH 7.0), 20% PEG 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.196 |
| 8T75 Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M sodium formate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.219 |
| 8T75 Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M sodium formate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.219 |
| 8T75 Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M sodium formate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.219 |
| 8T75 Crystal Structure of KRAS4a (GMPPNP) in complex with RAF1 (RBD-CRD) 提交 2023-06-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–177（177 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 2 M sodium formate
|
分辨率 2.65 Å R-free 0.219 |
| 8TBF Tricomplex of RMC-7977, KRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 8TBF Tricomplex of RMC-7977, KRAS WT, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 8TBH Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12R, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；17% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 8TBH Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12R, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；17% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 8.0
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.225 |
| 8TBJ Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12A, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12A | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 8TBJ Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12A, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12A | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；24% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.45 Å R-free 0.215 |
| 8TBK Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；27% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7.0
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.184 |
| 8TBK Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12C, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；27% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7.0
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.184 |
| 8TBL Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12D, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.227 |
| 8TBL Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12D, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；25% PEG4000, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0
|
分辨率 1.88 Å R-free 0.227 |
| 8TBM Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12V, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.211 |
| 8TBM Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12V, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.211 |
| 8TBN Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12S, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；22% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.197 |
| 8TBN Tricomplex of RMC-7977, KRAS G12S, and CypA 提交 2023-06-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；22% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.46 Å R-free 0.197 |
| 8TXE Crystal structure of KRAS G12D in complex with GDP and compound 5 提交 2023-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VM9 (6M)-6-(6-chloro-4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-7-yl)-4-methyl-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 40% PEG 400
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.215 |
| 8TXE Crystal structure of KRAS G12D in complex with GDP and compound 5 提交 2023-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VM9 (6M)-6-(6-chloro-4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-7-yl)-4-methyl-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 40% PEG 400
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.215 |
| 8TXG Crystal structure of KRAS G12D in complex with GDP and compound 8 提交 2023-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VQT (4M)-4-(6-chloro-4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-7-yl)-7-fluoro-1,3-benzothiazol-2-amine × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；286.15 K；2.0 M Ammonium Sulfate, 15% ethylene glycol, 0.1 M Tris pH 8.5
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.223 |
| 8TXH Crystal structure of KRAS G12D in complex with GDP and compound 14 提交 2023-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VR5 (4P)-2-amino-4-{4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-7-yl}-7-fluoro-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 40% PEG 400
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.203 |
| 8TXH Crystal structure of KRAS G12D in complex with GDP and compound 14 提交 2023-08-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 VR5 (4P)-2-amino-4-{4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-7-yl}-7-fluoro-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；286.15 K；0.1 M Sodium Acetate pH 4.5, 40% PEG 400
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.203 |
| 8UDR Structure of the P1B7 antibody bound to the Sotorasib-modified KRas G12C peptide presented by the A*03:01 MHC I complex 提交 2023-09-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；20mM HEPES ph 7.5, 100 mM KCl
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8UN3 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
突变：G13D | XOI 1-[(5M,8aS,13R)-5-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-2-{[(2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-8a,9,11,12-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-10(8H)-yl]prop-2-en-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；277 K；0.2M Sodium Chloride, 0.1M Imidazole pH8.0, 0.4M Sodium di-hydrogen Phosphate, 1.6M Di-potassium Hydrogen Phosphate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.191 |
| 8UN3 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
突变：G13D | XOI 1-[(5M,8aS,13R)-5-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-2-{[(2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-8a,9,11,12-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-10(8H)-yl]prop-2-en-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；277 K；0.2M Sodium Chloride, 0.1M Imidazole pH8.0, 0.4M Sodium di-hydrogen Phosphate, 1.6M Di-potassium Hydrogen Phosphate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.191 |
| 8UN3 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
突变：G13D | XOI 1-[(5M,8aS,13R)-5-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-2-{[(2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-8a,9,11,12-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-10(8H)-yl]prop-2-en-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；277 K；0.2M Sodium Chloride, 0.1M Imidazole pH8.0, 0.4M Sodium di-hydrogen Phosphate, 1.6M Di-potassium Hydrogen Phosphate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.191 |
| 8UN3 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd5 (1-((S)-10-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-11-chloro-7-(((2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl)methoxy)-3,4,13,13a-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-2(1H)-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
突变：G13D | XOI 1-[(5M,8aS,13R)-5-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-2-{[(2S,4R)-4-fluoro-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-8a,9,11,12-tetrahydropyrazino[2',1':3,4][1,4]oxazepino[5,6,7-de]quinazolin-10(8H)-yl]prop-2-en-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 8；277 K；0.2M Sodium Chloride, 0.1M Imidazole pH8.0, 0.4M Sodium di-hydrogen Phosphate, 1.6M Di-potassium Hydrogen Phosphate
|
分辨率 2.07 Å R-free 0.191 |
| 8UN4 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd36 ((E)-1-((3S)-4-(7-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-6-chloro-8-fluoro-2-(((S)-2-methylenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl)methoxy)quinazolin-4-yl)-3-methylpiperazin-1-yl)-3-(4-((dimethylamino)methyl)-5-methylpyridin-2-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
片段：residues 2-169
|
突变：G13D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 XV3 (2E)-1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(4R,7aS)-2-methylidenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}-3-{4-[(dimethylamino)methyl]-5-methylpyridin-2-yl}prop-2-en-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；291 K；0.1M MMT pH 5.0, 25 % w/v Polyethylene glycol 1,500
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.215 |
| 8UN5 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd38 ((E)-1-((3S)-4-(7-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-6-chloro-8-fluoro-2-(((S)-2-methylenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl)methoxy)quinazolin-4-yl)-3-methylpiperazin-1-yl)-3-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-8-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 XQ6 (2E)-1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(4R,7aS)-2-methylidenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}-3-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-8-yl)prop-2-en-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 4.5；277 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 30% w/v PEG 5,000MME
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.212 |
| 8UN5 KRAS-G13D-GDP in complex with Cpd38 ((E)-1-((3S)-4-(7-(6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl)-6-chloro-8-fluoro-2-(((S)-2-methylenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl)methoxy)quinazolin-4-yl)-3-methylpiperazin-1-yl)-3-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-8-yl)prop-2-en-1-one) 提交 2023-10-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–168（167 aa）
片段：GTPase, residues 2-168
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 XQ6 (2E)-1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(4R,7aS)-2-methylidenetetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}-3-(1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-8-yl)prop-2-en-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 4.5；277 K；0.1 M Sodium acetate pH 4.5, 30% w/v PEG 5,000MME
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.212 |
| 8V39 Crystal structure of active KRAS-G12C (GMPPNP-bound) in complex with BBO-8520 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y8N BBO-8520 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；56.36 mM NaH2PO4, 1343 mM K2HPO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.312 |
| 8V39 Crystal structure of active KRAS-G12C (GMPPNP-bound) in complex with BBO-8520 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y8N BBO-8520 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；56.36 mM NaH2PO4, 1343 mM K2HPO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.312 |
| 8V39 Crystal structure of active KRAS-G12C (GMPPNP-bound) in complex with BBO-8520 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12C C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y8N BBO-8520 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；56.36 mM NaH2PO4, 1343 mM K2HPO4
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.312 |
| 8V3A Crystal structure of KRAS-G12C (GDP-bound) in complex with BBO-8520 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y8N BBO-8520 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na3 citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 10% isopropanol
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.186 |
| 8V3A Crystal structure of KRAS-G12C (GDP-bound) in complex with BBO-8520 提交 2023-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 Y8N BBO-8520 (bound form) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Na3 citrate pH 5.5, 20% PEG 4000, 10% isopropanol
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.186 |
| 8VGQ CryoEM structure of GNE-1952-alkylated KRAS G12C in complex with engineered conformationally rigid Fab 2H11.4DS 提交 2023-12-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C118S | A1AAW 1-{4-[(7M)-6-methyl-7-(5-methyl-2H-indazol-4-yl)quinazolin-4-yl]piperazin-1-yl}propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 8VJZ HLA-A*03:01 with WT KRAS-10mer 提交 2024-01-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.1M ammonium citrate tribasic pH7, 12% PEG 3350
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.214 |
| 8VR9 Structure of a synthetic antibody in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
8–16（9 aa）
片段：residues 8-16
|
突变：G12C | MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 8VRA Structure of a synthetic antibody in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12C | MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å |
| 8VRB Structure of a synthetic antibody in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2024-01-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
7–16（10 aa）
片段：residues 7-16
|
突变：G12C | MOV AMG 510 (bound form) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.25 Å |
| 9AX6 Tricomplex of RMC-6236, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25% PEG4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.227 |
| 9AX6 Tricomplex of RMC-6236, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-03-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25% PEG4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.227 |
| 9BAI Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 WMU 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridin-4-yl-benzenesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%.
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.225 |
| 9BAI Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C118S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 WMU 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridin-4-yl-benzenesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%.
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.225 |
| 9BAI Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 WMU 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridin-4-yl-benzenesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%.
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.225 |
| 9BAI Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：C118S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 WMU 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridin-4-yl-benzenesulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%.
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.225 |
| 9BAJ Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AK8 3-(dioxo-lambda~6~-sulfanyl)-N-phenylbenzene-1-sulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.270 |
| 9BAJ Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C118S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AK8 3-(dioxo-lambda~6~-sulfanyl)-N-phenylbenzene-1-sulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.270 |
| 9BAJ Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：C118S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AK8 3-(dioxo-lambda~6~-sulfanyl)-N-phenylbenzene-1-sulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.270 |
| 9BAJ Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | MG MAGNESIUM ION × 1 A1AK8 3-(dioxo-lambda~6~-sulfanyl)-N-phenylbenzene-1-sulfonamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.49 Å R-free 0.270 |
| 9BAK Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WN3 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridazin-3-yl-benzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.289 |
| 9BAK Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WN3 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridazin-3-yl-benzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.289 |
| 9BAK Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WN3 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridazin-3-yl-benzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.289 |
| 9BAK Crystal structure of GDP-bound human K-RAS in a covalent complex with aryl sulfonyl fluoride compounds. 提交 2024-04-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 WN3 3-[bis(oxidanylidene)-$l^{5}-sulfanyl]-~{N}-pyridazin-3-yl-benzenesulfonamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Ammonium chloride 0.2 M and PEG 3350 20%
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.289 |
| 9BFV Tri-complex of Compound-23, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOV (3R)-1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2S)-1-{[(1P,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.189 |
| 9BFV Tri-complex of Compound-23, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOV (3R)-1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2S)-1-{[(1P,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.189 |
| 9BFW Tri-complex of Compound-4, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 A1AOM 1-acetyl-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10R,14S,20S)-22-cyano-4-hydroxy-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,20,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,21,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylazetidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.147 |
| 9BFX Tri-complex of Elironrasib (RMC-6291), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOD 1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2R)-1-{[(2S,6S,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-fluoro-N-methylpiperidine-4-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.209 |
| 9BFX Tri-complex of Elironrasib (RMC-6291), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOD 1-[(2E)-4-(dimethylamino)-4-methylpent-2-enoyl]-N-[(2R)-1-{[(2S,6S,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-4-fluoro-N-methylpiperidine-4-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM sodium chloride
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.209 |
| 9BFY Tri-complex of Compound-14, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOL (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.189 |
| 9BFY Tri-complex of Compound-14, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1AOL (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.26 Å R-free 0.189 |
| 9BFZ Tri-complex of Compound-5, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOK (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-[2-(2-methoxyethyl)phenyl]-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 9BFZ Tri-complex of Compound-5, KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOK (3R)-N-[(2S)-1-{[(1M,8R,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-[2-(2-methoxyethyl)phenyl]-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methyl-1-propanoylpyrrolidine-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.222 |
| 9BG1 Tri-complex of Compound-3, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOH (2R)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.226 |
| 9BG1 Tri-complex of Compound-3, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOH (2R)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.51 Å R-free 0.226 |
| 9BG2 Tri-complex of Compound-10, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOJ (1S,2R)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.228 |
| 9BG2 Tri-complex of Compound-10, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOJ (1S,2R)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.64 Å R-free 0.228 |
| 9BG4 Tri-complex of Compound-2, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 A1AOG (2R)-N-[(1P,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 nM NaCl
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.177 |
| 9BG4 Tri-complex of Compound-2, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 A1AOG (2R)-N-[(1P,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-3-methyl-2-(N-methylacetamido)butanamide (non-preferred name) × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 nM NaCl
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.177 |
| 9BG5 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G13D, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.266 |
| 9BG5 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G13D, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
突变：G13D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；24% PEG4000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.67 Å R-free 0.266 |
| 9BG6 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.240 |
| 9BG6 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.240 |
| 9BG7 Tri-complex of Compound-6, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOI N-[(2R)-1-{[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-3-methoxy-N-methylazetidine-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 9BG7 Tri-complex of Compound-6, KRAS G12V, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AOI N-[(2R)-1-{[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-3-methoxy-N-methylazetidine-1-carboxamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；28% PEG 3350, 0.1M Bis Tris, pH 5.5, 150 mM NaCl
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.203 |
| 9BG9 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.231 |
| 9BG9 Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS WT, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；291 K；25% PEG6000, 0.1 M imidazole, pH 7
|
分辨率 1.58 Å R-free 0.231 |
| 9BGA Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.229 |
| 9BGA Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12C, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；28% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.229 |
| 9BGB Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS Q61H, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.230 |
| 9BGB Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS Q61H, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–164（164 aa）
|
突变：Q61H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291 K；29% PEG4000, 0.1 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.230 |
| 9BGC Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG2000 MME, 0.10 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.272 |
| 9BGC Tri-complex of Daraxonrasib (RMC-6236), KRAS G12R, and CypA 提交 2024-04-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AHB (1R,2S)-N-[(1P,7S,9S,13R,20M)-21-ethyl-20-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]-5-(4-methylpiperazin-1-yl)pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-2-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22% PEG2000 MME, 0.10 M Tris, pH 8
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.272 |
| 9BHO Crystal structure of KRAS G12S in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12S 突变：G12S | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris pH 8.5, 15% PEG 20000
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.218 |
| 9BHP Crystal structure of KRAS G12C in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12C 突变：G12C | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 20% PEG 10000
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.253 |
| 9BHQ Crystal structure of KRAS G12A in a transition state mimetic complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12A 突变：G12A | ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 AF3 ALUMINUM FLUORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris pH 8.5, 15% PEG 10000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.232 |
| 9BI1 Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12D in complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D 突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 10000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.260 |
| 9BI2 Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-7977 提交 2024-04-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–169（169 aa）
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12C 突变：G12C | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZNI (1R,5S,6r)-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-21-ethyl-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-oxabicyclo[3.1.0]hexane-6-carboxamide × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Tris-HCl pH 8.5, 24% PEG 10000
|
分辨率 2.15 Å R-free 0.236 |
| 9BL0 KRAS G12D Mutant KRAS 1-169 at 298 K bound to MRTX-1133 提交 2024-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 8000,100 mM Sodium Citrate, 100 mM Ammonium Acetate pH 5.0
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.195 |
| 9BL0 KRAS G12D Mutant KRAS 1-169 at 298 K bound to MRTX-1133 提交 2024-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 8000,100 mM Sodium Citrate, 100 mM Ammonium Acetate pH 5.0
|
分辨率 1.66 Å R-free 0.195 |
| 9C15 Crystal structure of the KRAS-p110alpha complex with molecular glue D927 提交 2024-05-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1ATF 2-[3-fluoro-4-({(7P)-7-[2-(2-methoxyethoxy)phenyl]thieno[2,3-d]pyridazin-4-yl}amino)phenyl]acetamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 0.1 M NaCl, 15% PEG 20K
|
分辨率 2.81 Å R-free 0.234 |
| 9C3K Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/M67R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site M67R mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, M67R | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NH4 Acetate; 2.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.209 |
| 9C3K Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/M67R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site M67R mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, M67R | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M NH4 Acetate; 2.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.209 |
| 9C3M Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/F28K: Suppressing G12D oncogenicity via second-site F28K mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, F28K | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2 M (NH4)2SO4; 0.1 M Na3Cit pH 5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.222 |
| 9C3M Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/F28K: Suppressing G12D oncogenicity via second-site F28K mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, F28K | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；3.2 M (NH4)2SO4; 0.1 M Na3Cit pH 5
|
分辨率 1.74 Å R-free 0.222 |
| 9C3N Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/P34R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site P34R mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, P34R | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 2.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.217 |
| 9C3N Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/P34R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site P34R mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, P34R | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium Malonate, 2.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.217 |
| 9C3Q Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/R41Q: Suppressing G12D oncogenicity via second-site R41Q mutation 提交 2024-06-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, R41Q | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30% PEG MME 2K; 0.1 M KSCN
|
分辨率 1.22 Å R-free 0.190 |
| 9C3R Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V45E: Suppressing G12D oncogenicity via second-site V45E mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, V45E | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium Iodide, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 9C3R Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V45E: Suppressing G12D oncogenicity via second-site V45E mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, V45E | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium Iodide, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.20 Å R-free 0.209 |
| 9C3V Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/D54R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site D54R mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, D54R | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Di-sodium Phosphate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.268 |
| 9C3V Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/D54R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site D54R mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, D54R | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Di-sodium Phosphate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 2.51 Å R-free 0.268 |
| 9C3Z Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/G60R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site G60R mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, G60R | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium acetate, 2.2 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.174 |
| 9C3Z Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/G60R: Suppressing G12D oncogenicity via second-site G60R mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, G60R | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Lithium acetate, 2.2 M Ammonium sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.174 |
| 9C40 Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V103Y: Suppressing G12D oncogenicity via second-site V103Y mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, V103Y | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium Nitrate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.208 |
| 9C40 Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/V103Y: Suppressing G12D oncogenicity via second-site V103Y mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, V103Y | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Potassium Nitrate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.208 |
| 9C41 Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/E62Q: Suppressing G12D oncogenicity via second-site E62Q mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, E62Q | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium Formate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.161 |
| 9C41 Crystal structure of GDP-bound KRAS G12D/E62Q: Suppressing G12D oncogenicity via second-site E62Q mutation 提交 2024-06-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, E62Q | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Sodium Formate, 2.2 M Ammonium Sulfate
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.161 |
| 9C43 Crystal structure of GDP-bound KRAS E3K/G12D: Suppressing G12D oncogenicity via second-site E3K mutation 提交 2024-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, E3K | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M (NH4)2SO4; 0.2 NH4NO3
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.160 |
| 9C43 Crystal structure of GDP-bound KRAS E3K/G12D: Suppressing G12D oncogenicity via second-site E3K mutation 提交 2024-06-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, E3K | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；2.2 M (NH4)2SO4; 0.2 NH4NO3
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.160 |
| 9CMV Crystal structure of the KRAS-p110alpha complex in the presence of molecular glue D223 提交 2024-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 GOL GLYCEROL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；0.1 M Tris, 0.1 M NaCl, 10 % PEG 20K
|
分辨率 3.01 Å R-free 0.268 |
| 9CT7 Tricomplex of Compound 1, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZV (2R)-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-2-(N-methylacetamido)acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-23% PEG3350 + 0.11-0.2M NaCl + 0.10M Bis Tris pH 5.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.204 |
| 9CT7 Tricomplex of Compound 1, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZV (2R)-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10R,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]-2-(N-methylacetamido)acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；18-23% PEG3350 + 0.11-0.2M NaCl + 0.10M Bis Tris pH 5.5
|
分辨率 1.42 Å R-free 0.204 |
| 9CT8 Tricomplex of Compound 2, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZX (2R)-2-amino-N-(2-{[(1R)-1-cyclopentyl-2-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-2-oxoethyl](methyl)amino}-2-oxoethyl)-N-methylpropanamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22-27% PEG3350 + 0.11-0.20M NaCl + 0.10M MES pH 5.5
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.190 |
| 9CT8 Tricomplex of Compound 2, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZX (2R)-2-amino-N-(2-{[(1R)-1-cyclopentyl-2-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-2-oxoethyl](methyl)amino}-2-oxoethyl)-N-methylpropanamide (non-preferred name) × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；22-27% PEG3350 + 0.11-0.20M NaCl + 0.10M MES pH 5.5
|
分辨率 1.28 Å R-free 0.190 |
| 9CT9 Tricomplex of Compound 3, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZY (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-2-aminopropanoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10S,14R,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350 + 0.20M Sodium chloride + 0.10M MES pH 5.5 + 1.25% Glycerol
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.185 |
| 9CT9 Tricomplex of Compound 3, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZY (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-2-aminopropanoyl]-1-oxo-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-2-cyclopentyl-N-[(1M,8S,10S,14R,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% PEG 3350 + 0.20M Sodium chloride + 0.10M MES pH 5.5 + 1.25% Glycerol
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.185 |
| 9CTA Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZW (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES 5.5, NaCl, PEG3350
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTA Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1AZW (2R)-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；MES 5.5, NaCl, PEG3350
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTB Tri-complex of zoldonrasib (RMC-9805), KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZZ (2R)-2-cyclopentyl-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(2S,6R,8S,10R,14S,21M)-21-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-22-(2,2,2-trifluoroethyl)-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 5.5, 20% PEG3350, 0.1 M NaCl
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9CTB Tri-complex of zoldonrasib (RMC-9805), KRAS G12D, and CypA 提交 2024-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1AZZ (2R)-2-cyclopentyl-2-{(5S)-7-[(2R)-3-cyclopropyl-2-(methylamino)propanoyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(2S,6R,8S,10R,14S,21M)-21-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-22-(2,2,2-trifluoroethyl)-5,16-dioxa-2,10,22,28-tetraazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),20,23,26-tetraen-8-yl]acetamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 5.5, 20% PEG3350, 0.1 M NaCl
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.194 |
| 9DMM Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to Divarasib (GDC6036) 提交 2024-09-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：C-terminus (residues 170-188) deleted
|
突变：G12C, C51S, C80S, C118S | A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；1mM MgCl2, 0.1M MES, 30% PEG4000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.228 |
| 9E3S Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12N, and CypA 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1BEA (2R)-2-{(5S)-7-[(2R,3R)-3-cyclopropyl-1-methylaziridine-2-carbonyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 6 pH,
0.1-0.2 M NaCl,
21-26 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.178 |
| 9E3S Tricomplex of RMC-9945, KRAS G12N, and CypA 提交 2024-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 A1BEA (2R)-2-{(5S)-7-[(2R,3R)-3-cyclopropyl-1-methylaziridine-2-carbonyl]-2,7-diazaspiro[4.4]nonan-2-yl}-N-[(1P,7S,9S,13S,20M)-20-{5-(4-cyclopropylpiperazin-1-yl)-2-[(1R)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-17,17-dimethyl-8,14-dioxo-21-(2,2,2-trifluoroethyl)-15-oxa-4-thia-9,21,27,28-tetraazapentacyclo[17.5.2.1~2,5~.1~9,13~.0~22,26~]octacosa-1(24),2,5(28),19,22,25-hexaen-7-yl]-3-methylbutanamide (non-preferred name) × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M MES 6 pH,
0.1-0.2 M NaCl,
21-26 %w/v PEG 3350
|
分辨率 1.08 Å R-free 0.178 |
| 9E5D Discovery of an Orally Biovailable KRAS G12D Inhibitor 提交 2024-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1BEI methyl 3-[(7M)-1-[(1R,4R,5S)-2-azabicyclo[2.1.1]hexan-5-yl]-8-(2-cyanoethyl)-4-[3-(dimethylamino)azetidin-1-yl]-6-fluoro-7-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)-1H-imidazo[4,5-c]quinolin-2-yl]propanoate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2M (NH4)3 Citrate, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.193 |
| 9E5F Discovery of an Orally Bioavailable KRAS G12D Inhibitor 提交 2024-10-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
片段：residues 1-169
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1BEJ (4P)-4-{1-[(1R,4R,5S)-2-azabicyclo[2.1.1]hexan-5-yl]-8-chloro-4-[3-(dimethylamino)azetidin-1-yl]-6-fluoro-1H-imidazo[4,5-c]quinolin-7-yl}naphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M Sodium acetate, pH 4.6,30% PEG 4000 and 0.2M ammonium acetate
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.178 |
| 9E9H Crystal structure of human KRAS G12C covalently bound to DEL triazine compound 5 提交 2024-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C51S,C80L,C118S | CA CALCIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1BH6 (3S)-N,5-dimethyl-3-({4-[3-(morpholin-4-yl)phenyl]-6-(2-propanoyl-2,6-diazaspiro[3.4]octan-6-yl)-1,3,5-triazin-2-yl}amino)hexanamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.001M calcium chloride, 0.1M MES pH6.5, 30% PEG 4000
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.250 |
| 9E9I Crystal Structure of human KRAS G12C covalently bound to nopinone-derived naphthol compound 21 提交 2024-11-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1BH5 1-{6-[(4P,6R,8R)-3-fluoro-4-(3-hydroxynaphthalen-1-yl)-7,7-dimethyl-5,6,7,8-tetrahydro-6,8-methanoquinolin-2-yl]-2,6-diazaspiro[3.4]octan-2-yl}propan-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；293 K；0.2M ammonium acetate, 0.1M sodium citrate pH5.6, 32% PEG4000, 0.005M magnesium chloride
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.199 |
| 9G0Y Human KRas4A (GDP) in complex with compound 11 提交 2024-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1IH1 N-(7-chloro-4-hydroxybenzo[d]thiazol-2-yl)-4-hydroxybenzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；27.5% PEG 8000, 400 mM LiCl
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.169 |
| 9G4B Human KRas4A (GDP) in complex with compound 15 提交 2024-07-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A1IIU (3Z)-7-chloro-10,21-dihydroxy-2,2-dioxo-18-(4-piperidyl)-2-lambda-6,5-dithia-3,12,18-triazatetracyclo[18.3.1.04,12.06,11]tetracosa-1(23),3,6,8,10,20(24),21-heptaen-19-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；292 K；25% PEG 8000, 500 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.14 Å R-free 0.193 |
| 9GBJ KRAS G12D in complex with covalent inhibitor 提交 2024-07-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1IJ7 1-[(3S)-1-[2-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]-6-[(1S)-1-[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]ethoxy]pyrimidin-4-yl]pyrrolidin-3-yl]-3-[1-(methoxymethyl)cyclopropyl]urea × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.2 mM MgCl2, 15% PEG 2000, 100 mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.223 |
| 9GGT Human KRas4A (GDP) in complex with compound 8 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1IK7 N-(7-chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)-3-hydroxy-benzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；292 K；25% PEG 8000, 300 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.71 Å R-free 0.263 |
| 9GGU Human KRas4A (GDP) in complex with compound 9 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1IMC N-(7-chloro-1,3-benzothiazol-2-yl)-2-hydroxy-benzenesulfonamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；292 K；25% PEG 8000, 300 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.208 |
| 9GGV Human KRas4A (GDP) in complex with compound 14 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1IK9 5-[(7-chloranyl-3-ethyl-4-oxidanyl-1,3-benzothiazol-2-yl)sulfamoyl]-~{N}-(2-hydroxyethyl)-2-oxidanyl-~{N}-piperidin-4-yl-benzamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；27.5% PEG 8000, 400 mM LiCl
|
分辨率 1.19 Å R-free 0.178 |
| 9GGW Human KRas4A (GDP) in complex with compound 16 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1ILA 11-(4-aminocyclohexyl)-16-chloro-1,15-dihydroxy-10,10-dioxo-10lambda6-thia-2,11lambda6-diaza-1lambda6,15lambda6-diphospha-3-phosphoniapentacyclo[7.5.1.01,15.03,15.013,15]hexadecan-12-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；292 K；25% PEG 8000, 300 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.268 |
| 9GGW Human KRas4A (GDP) in complex with compound 16 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1ILA 11-(4-aminocyclohexyl)-16-chloro-1,15-dihydroxy-10,10-dioxo-10lambda6-thia-2,11lambda6-diaza-1lambda6,15lambda6-diphospha-3-phosphoniapentacyclo[7.5.1.01,15.03,15.013,15]hexadecan-12-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.9；292 K；25% PEG 8000, 300 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.82 Å R-free 0.268 |
| 9GGX Human KRas4A (GMPPNP) in complex with compound 19 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 1 A1IMB (3E,15S)-17-(cis-4-aminocyclohexyl)-7-chloro-10,15,20-trihydroxy-2,2-dioxo-2-lambda-6,5-dithia-3,12,17-triazatetracyclo[17.3.1.04,12.06,11]tricosa-1(22),3,6(11),7,9,19(23),20-heptaen-18-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；24% PEG 3350, 150 mM MgCl2, 10 mM CoCl2, 100 mM HEPES
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.224 |
| 9GGY Human KRas4A (GDP) in complex with compound 29 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1IK3 12-(1-aza-5-azanidaspiro[4.5]decan-8-yl)-18-[(1-chloro-3-hydroxy-1,2,3-benzothiadiazol-5-yl)-lambda4-sulfanylidene]-4-hydroxy-3,3-dioxo-3lambda6-thia-1,4,12,17-tetraza-2lambda6-thia-6,10,19-triaza-3 × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；25% PEG 8000, 300 mM LiCl, 100 mM bis-tris propane
|
分辨率 1.27 Å R-free 0.194 |
| 9GGZ Human KRas4A (GMPPNP) in complex with compound 31 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 2 A1IK8 (3Z)-18-(4-aminocyclohexyl)-7-chloro-10-hydroxy-2,2-dioxo-21-[[(3S)-pyrrolidin-3-yl]amino]-2-lambda-6,5-dithia-3,12,18,22-tetrazatetracyclo[18.3.1.04,12.06,11]tetracosa-1(23),3,6,8,10,20(24),21-heptaen-19-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；24% PEG 3350, 100 mM MgCl2, 10 mM CoCl2, 100 mM HEPES
|
分辨率 1.37 Å R-free 0.231 |
| 9GH0 Human KRas4A (GMPPNP) in complex with compound 32 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 2 A1IMA (3Z)-18-(4-aminocyclohexyl)-7-chloro-10-hydroxy-2,2-dioxo-21-piperazin-1-yl-2-lambda-6,5-dithia-3,12,18,22-tetrazatetracyclo[18.3.1.04,12.06,11]tetracosa-1(23),3,6,8,10,20(24),21-heptaen-19-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；24% PEG 3350, 100 mM MgCl2, 10 mM CoCl2, 100 mM HEPES
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.240 |
| 9GH1 Human KRas4A (GMPPNP) in complex with compound 34 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 1 A1IK5 (3Z)-18-(4-aminocyclohexyl)-21-[[4-(2-aminoethylamino)cyclohexyl]amino]-7-chloro-10-hydroxy-2,2-dioxo-2lambda6,5-dithia-3,12,18,22-tetrazatetracyclo[18.3.1.04,12.06,11]tetracosa-1(23),3,6,8,10,20(24),21-heptaen-19-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；20% PEG 3350, 150 mM MgCl2, 10 mM CoCl2, 100 mM HEPES
|
分辨率 1.33 Å R-free 0.247 |
| 9GH2 Human KRas4A (GMPPNP) in complex with compound 36 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CO COBALT (II) ION × 2 A1ILF (3Z)-18-(4-aminocyclohexyl)-21-[4-(4-amino-1-piperidyl)-1-piperidyl]-7-chloro-10-hydroxy-2,2-dioxo-2-lambda-6,5-dithia-3,12,18,22-tetrazatetracyclo[18.3.1.04,12.06,11]tetracosa-1(23),3,6,8,10,20(24),21-heptaen-19-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；292 K；24% PEG 3350, 150 mM MgCl2, 10 mM CoCl2, 100 mM HEPES
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.217 |
| 9GLU Crystal structure of KRasG12D-GDP in complex with the peptide MPB1 提交 2024-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.1 mM BisTris pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.215 |
| 9GLU Crystal structure of KRasG12D-GDP in complex with the peptide MPB1 提交 2024-08-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；295 K；25% PEG 3350, 0.1 mM BisTris pH 5.5
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.215 |
| 9GTK KRAS in complex with DARPin 784_F5 提交 2024-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–186（186 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Crystals grew within 25 days in 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.201 |
| 9GTK KRAS in complex with DARPin 784_F5 提交 2024-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–186（186 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 SRT S,R MESO-TARTARIC ACID × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Crystals grew within 25 days in 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.201 |
| 9GTK KRAS in complex with DARPin 784_F5 提交 2024-09-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–186（186 aa）
|
未记录 | EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；Crystals grew within 25 days in 0.2 M potassium sodium tartrate, 20% w/v PEG 3350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.201 |
| 9HMR KRAS-G12V-D92C covalently bound to BI-1830 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1IWE 1-[4-[2-[(4-bromanyl-2-methyl-phenyl)amino]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.239 |
| 9HMR KRAS-G12V-D92C covalently bound to BI-1830 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1IWE 1-[4-[2-[(4-bromanyl-2-methyl-phenyl)amino]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.239 |
| 9HMR KRAS-G12V-D92C covalently bound to BI-1830 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1IWE 1-[4-[2-[(4-bromanyl-2-methyl-phenyl)amino]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.239 |
| 9HMR KRAS-G12V-D92C covalently bound to BI-1830 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1IWE 1-[4-[2-[(4-bromanyl-2-methyl-phenyl)amino]ethanoyl]piperazin-1-yl]propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.5, 10% ethylene glycol, 20% PEG 3350, 0.2 M sodium fluoride
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.239 |
| 9I5E A Coiled Coil Module Strategy for High-Resolution Cryo-EM Structures of Small Proteins for Drug Discovery 提交 2025-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 A
1–164（164 aa）
链 B
1–164（164 aa）
|
未记录 | M1X {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2S)-2-fluoropropanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.77 Å |
| 9I7Y Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b 提交 2025-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1I08 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；30 % PEG4000, 100 mM NaAc pH 9.0, 200 mM Tris pH 9.0
followed by shrinking of the crystal in new drop with crytallization condition, SEC buffer and 20 % glycerol for 24 h.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.228 |
| 9I7Y Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b 提交 2025-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1I08 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；30 % PEG4000, 100 mM NaAc pH 9.0, 200 mM Tris pH 9.0
followed by shrinking of the crystal in new drop with crytallization condition, SEC buffer and 20 % glycerol for 24 h.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.228 |
| 9I7Y Crystal Structure of KRasG13C in Complex with Nucleotide-based Covalent Inhibitor 7b 提交 2025-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1I08 [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-4-oxidanyl-2-[[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]oxymethyl]oxolan-3-yl] (3~{S})-3-(propanoylamino)piperidine-1-carboxylate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION；291 K；30 % PEG4000, 100 mM NaAc pH 9.0, 200 mM Tris pH 9.0
followed by shrinking of the crystal in new drop with crytallization condition, SEC buffer and 20 % glycerol for 24 h.
|
分辨率 1.85 Å R-free 0.228 |
| 9IAP Structure of 1 in complex with GDP-KRAS 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1I1P (4~{S})-2-azanyl-4-methyl-4-[3-(3-piperazin-1-ylphenyl)-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.18 Å R-free 0.232 |
| 9IAW Structure of 5 in complex with GDP-KRAS 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 A1I1R (4~{S})-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[2-[(2~{S})-2-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.00 Å R-free 0.200 |
| 9IAY Structure of 10 in complex with GDP-KRAS 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 WYU (4S)-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[2-[(2S)-2-methyl-1,4-diazepan-1-yl]pyrimidin-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 0.95 Å R-free 0.191 |
| 9IB4 Structure of 12 in complex with GDP-KRAS 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 A1I1Z (4~{S})-2-azanyl-4-methyl-4-[3-[2-[[(2~{S})-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy]pyrimidin-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-5-yl]-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene-3-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.06 Å R-free 0.239 |
| 9IB5 Structure of 18 (BI-2493) in complex with GDP-KRAS 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–164（164 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 VU6 (7~{S})-2'-azanyl-3-[2-[(2~{S})-2-methylpiperazin-1-yl]pyrimidin-4-yl]spiro[5,6-dihydro-4~{H}-1,2-benzoxazole-7,4'-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophene]-3'-carbonitrile × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2mM Magnesium Chloride, 20% PEG 2000, 100mM sodium acetate pH 4.4
|
分辨率 1.01 Å R-free 0.191 |
| 9KFL KRAS G12V and peptide complex 提交 2024-11-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric |
链 A
1–168（168 aa）
链 D
1–168（168 aa）
链 E
1–168（168 aa）
链 H
1–168（168 aa）
链 K
1–168（168 aa）
|
突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V 突变：G12V | MG MAGNESIUM ION × 5 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；Polyethylene glycol 3350, 0.2M potassium nitrate (pH 6.8)
|
分辨率 3.45 Å R-free 0.233 |
| 9KPM Crystal structure of KRAS-G12C in complex with compound 16 (JAB-16) 提交 2024-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1L6C 7-[2-azanyl-3,5-bis(chloranyl)-6-fluoranyl-phenyl]-6-chloranyl-1-(4-methyl-2-propan-2-yl-pyridin-3-yl)-2-oxidanylidene-4-(4-prop-2-enoylpiperazin-1-yl)-1,8-naphthyridine-3-carbonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M Tris pH 8.3, 25% w/v PEG 3350
|
分辨率 1.41 Å R-free 0.194 |
| 9KPN Crystal structure of KRAS-G12C in complex with Compound 20 (JAB-20) 提交 2024-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1L6B Glecirasib bound form × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；0.1 M Sodium cacodylate, pH 5.3, 25% w/v PEG 4000
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.193 |
| 9KPN Crystal structure of KRAS-G12C in complex with Compound 20 (JAB-20) 提交 2024-11-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1L6B Glecirasib bound form × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；277 K；0.1 M Sodium cacodylate, pH 5.3, 25% w/v PEG 4000
|
分辨率 1.29 Å R-free 0.193 |
| 9L6A Crystal structure of KRas G12D (GDP) in complex with compound 1 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1L65 6-cyclopropyl-4-[(1~{S},4~{S})-2,5-diazabicyclo[2.2.1]heptan-2-yl]-7-(6-fluoranyl-5-methyl-1~{H}-indazol-4-yl)-2-(oxan-4-yloxy)-8-phenylmethoxy-quinazoline × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；Tris, magnesium chloride, NaCl, PEG3350
|
分辨率 1.36 Å R-free 0.245 |
| 9L6F Crystal structure of KRas G12D (GDP) in complex with ASP3082 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；bis-tris propane, sodium formate, PEG3350
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.305 |
| 9L6F Crystal structure of KRas G12D (GDP) in complex with ASP3082 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 H
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | A1L66 ASP3082 × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；bis-tris propane, sodium formate, PEG3350
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.305 |
| 9L6F Crystal structure of KRas G12D (GDP) in complex with ASP3082 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 L
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | A1L66 ASP3082 × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；bis-tris propane, sodium formate, PEG3350
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.305 |
| 9L6F Crystal structure of KRas G12D (GDP) in complex with ASP3082 提交 2024-12-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 8 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 P
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | A1L66 ASP3082 × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；296 K；bis-tris propane, sodium formate, PEG3350
|
分辨率 3.18 Å R-free 0.305 |
| 9MF0 Crystal structure of KRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：T35A, E62A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；8% w/v PGA-LM. 0.3M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.233 |
| 9MF0 Crystal structure of KRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：T35A, E62A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；8% w/v PGA-LM. 0.3M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.233 |
| 9MF0 Crystal structure of KRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–169（169 aa）
|
突变：T35A, E62A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；8% w/v PGA-LM. 0.3M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.233 |
| 9MF0 Crystal structure of KRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 G
1–169（169 aa）
|
突变：T35A, E62A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；8% w/v PGA-LM. 0.3M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.233 |
| 9MF0 Crystal structure of KRAS(GDP) bound to LZTR1(Kelch domain) 提交 2024-12-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 I
1–169（169 aa）
|
突变：T35A, E62A | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；277 K；8% w/v PGA-LM. 0.3M sodium malonate dibasic monohydrate, 0.1M sodium acetate pH 5.0.
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.233 |
| 9N44 Crystal structure of human KRAS-G12C covalent bound to Olomorasib 提交 2025-02-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 A1BV7 Olomorasib Bound Form × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；100mM Tris HCl pH 7.5 + 26.7% PEG 4K + 200mM Calcium Chloride
|
分辨率 1.11 Å R-free 0.189 |
| 9N9N Crystal structure of KRAS(G12C) bound to the cyclic peptide UNC10415730A 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.15 M Potassium Bromide, 30 % (w/v) PEG 2000 MME
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.198 |
| 9N9N Crystal structure of KRAS(G12C) bound to the cyclic peptide UNC10415730A 提交 2025-02-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.15 M Potassium Bromide, 30 % (w/v) PEG 2000 MME
|
分辨率 1.24 Å R-free 0.198 |
| 9NF2 KRAS G12D Mutant KRAS 1-169 at 298 K bound to MRTX-1133 and GMPPNP 提交 2025-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C51S, C80L, C118S | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；PEG4000, Bis-Tris, pH 5.5, sodium acetate, 2-propanol
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 9NFB Structure of the cross-HLA supertype antibody R302 bound to a class I MHC presenting a divarasib-modified KRAS-G12C peptide on HLA-A*02 提交 2025-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
5–14（10 aa）
|
突变：G12C | A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time 4 s
blot force 5
|
分辨率 3.23 Å |
| 9NFC Structure of the cross-HLA supertype antibody R302 bound to a class I MHC presenting a divarasib-modified KRAS-G12C peptide on HLA-A*03 提交 2025-02-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric |
链 C
7–16（10 aa）
|
突变：G12C | A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot time 4 s
blot force 5
|
分辨率 2.58 Å |
| 9NI3 Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 9NI4 Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas/HER3 phosphopeptide complex dimer on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–188（188 aa）
链 D
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9NI5 Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas/HER3 phosphopeptide complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.89 Å |
| 9NI6 Cryo-EM structure of the Class 1 PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 9NI7 Cryo-EM structure of the Class 3 PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å |
| 9NI8 Cryo-EM structure of the Class 2 PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS nanodiscs 提交 2025-02-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.23 Å |
| 9NID Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas/HER3 phosphopeptide complex dimer on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs low-pass filtered to 5 angstroms 提交 2025-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
1–188（188 aa）
链 D
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 9NIE Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas/HER3 phosphopeptide complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs low-pass filtered to 5 angstroms 提交 2025-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 9NIF Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs low-pass filtered to 5 angstroms 提交 2025-02-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 9NLC Cryo-EM structure of the Class 1 PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS nanodiscs low-pass filtered to 10 angstroms 提交 2025-03-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 C
1–188（188 aa）
|
未记录 | A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å |
| 9NZM Crystal Structure of Kirsten Rat Sarcoma G12C Complexed with GMPPNP and Covalently Bound to an Adduct of {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2Z)-2-fluoro-3-(pyridin-2-yl)prop-2-enoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile 提交 2025-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C121S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1B7P {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(3R)-3-fluoro-3-(pyridin-2-yl)propanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM Sodium cacodylate, pH 6.5, 1 M tri-sodium citrate dihydrate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.229 |
| 9NZM Crystal Structure of Kirsten Rat Sarcoma G12C Complexed with GMPPNP and Covalently Bound to an Adduct of {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(2Z)-2-fluoro-3-(pyridin-2-yl)prop-2-enoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile 提交 2025-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12C, C51S, C80L, C121S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1B7P {(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-[(3R)-3-fluoro-3-(pyridin-2-yl)propanoyl]piperazin-2-yl}acetonitrile × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；100 MM Sodium cacodylate, pH 6.5, 1 M tri-sodium citrate dihydrate
|
分辨率 1.59 Å R-free 0.229 |
| 9NZN Crystal Structure of Kirsten Rat Sarcoma G12C Complexed with GDP and Covalently Bound to an Adduct of (2S)-1-{4-[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoro-3-hydroxynaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}-2-fluoro-3-(1,3-thiazol-2-yl)propan-1-one 提交 2025-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1B7Q (2S)-1-{4-[(7P)-7-(8-ethynyl-7-fluoro-3-hydroxynaphthalen-1-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]piperazin-1-yl}-2-fluoro-3-(1,3-thiazol-2-yl)propan-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；277 K；100 MM Sodium acetate anhydrous, pH 4.6, 200 MM ammonium sulfate, 25% (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.224 |
| 9O0N Crystal structure of GDP-bound wild type KRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 CL CHLORIDE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；293 K；25% PEG 1500, 30% MPD, 0.1M sodium acetate, pH 4.5
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.198 |
| 9O0O Crystal structure of GMPPNP-bound wild type KRAS in complex with MRTX1133 提交 2025-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GOL GLYCEROL × 3 SO4 SULFATE ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；2M lithium sulfate, 15mM magnesium chloride, 5mM spermidine, 50mM sodium cacodylate pH 6.0
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.207 |
| 9O0R Crystal structure of wild-type KRAS (GDP-bound) in complex with MRTX849 (adagrasib) 提交 2025-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 A1B7W Adagrasib × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；45 mM zinc acetate, 18% PEG 3350, 40 mM trans-4-hydroxy-L-proline
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.247 |
| 9O0R Crystal structure of wild-type KRAS (GDP-bound) in complex with MRTX849 (adagrasib) 提交 2025-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 A1B7W Adagrasib × 1 ACT ACETATE ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；45 mM zinc acetate, 18% PEG 3350, 40 mM trans-4-hydroxy-L-proline
|
分辨率 1.81 Å R-free 0.247 |
| 9O0S Crystal structure of KRAS-Q61R mutant, GMPPNP-bound 提交 2025-04-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% PEG 8000, 20% PEG 400, 100 mM magnesium chloride, 100 mM Tris pH 8.5
|
分辨率 1.89 Å R-free 0.229 |
| 9O55 Structure of a synthetic antibody (RM010) in complex with a class I MHC presenting a hapten-peptide conjugate 提交 2025-04-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 C
7–16（10 aa）
|
未记录 | A1B8E [(2S)-4-[7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-4-yl]-1-(2-fluoroprop-2-enoyl)piperazin-2-yl]acetonitrile × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 9O65 Cryo-EM structure of SHOC2-KRAS-PP1CA (SKP) complex 提交 2025-04-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：Q61R | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9OEL KRAS Wild Type 1-169 at 293 K 提交 2025-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM sodium acetate, pH 3.6-5.6, 100 mM Tris, pH 8.5, 22-28% PEG3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.212 |
| 9OEL KRAS Wild Type 1-169 at 293 K 提交 2025-04-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM sodium acetate, pH 3.6-5.6, 100 mM Tris, pH 8.5, 22-28% PEG3350
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.212 |
| 9OEX K-Ras G12V at 293 K 提交 2025-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM sodium acetate, pH 4.5-4.7, 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG3350, 1 mM DTT
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 9OEX K-Ras G12V at 293 K 提交 2025-04-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12V | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；200 mM sodium acetate, pH 4.5-4.7, 100 mM Tris, pH 8.5, 20% PEG3350, 1 mM DTT
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.221 |
| 9P44 Crystal structure of KRAS-G12D (GDP-bound) in complex with BBO-11818 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CG4 methyl (3S)-3-{[(7P)-7-(2-amino-3-cyano-7-fluoro-1-benzothiophen-4-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl](ethyl)amino}pyrrolidine-1-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES pH 9.5, 1 M tri-sodium citrate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 9P44 Crystal structure of KRAS-G12D (GDP-bound) in complex with BBO-11818 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1CG4 methyl (3S)-3-{[(7P)-7-(2-amino-3-cyano-7-fluoro-1-benzothiophen-4-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl](ethyl)amino}pyrrolidine-1-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M CHES pH 9.5, 1 M tri-sodium citrate
|
分辨率 1.70 Å R-free 0.213 |
| 9P45 Crystal structure of KRAS-G12D (GMPPNP-bound) in complex with BBO-11818 提交 2025-06-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D, C118S | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 A1CG4 methyl (3S)-3-{[(7P)-7-(2-amino-3-cyano-7-fluoro-1-benzothiophen-4-yl)-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}-6-(trifluoromethyl)quinazolin-4-yl](ethyl)amino}pyrrolidine-1-carboxylate × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M MES pH 6, 45% PEG 200, 0.05 M CaCl2
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.194 |
| 9PIZ Structure of KRAS-G12C bound to 1-[(4aR,10P,13R)-10-[5-amino-4-fluoro-3-methyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]-11-chloro-9-fluoro-1,2,4a,5-tetrahydropyrazino[1',2':4,5][1,4]oxazino[2,3-c]quinolin-3(4H)-yl]prop-2-en-1-one (compound 15) 提交 2025-07-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CII 1-[(4aR,10P,13R)-10-[5-amino-4-fluoro-3-methyl-2-(trifluoromethyl)phenyl]-11-chloro-9-fluoro-1,2,4a,5-tetrahydropyrazino[1',2':4,5][1,4]oxazino[2,3-c]quinolin-3(4H)-yl]prop-2-en-1-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 7 GOL GLYCEROL × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 ACT ACETATE ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M sodium cacodylate, pH 6.4, 37% PEG300, 0.2 M calcium acetate, 0.4 mM TCEP
|
分辨率 1.94 Å R-free 0.218 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 D
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 E
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PVF KRAS complex with UM0152533 compound 提交 2025-08-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 F
1–166（166 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.9；293.15 K；0.1 M Bis-Tris, 0.2 M MgCl2, 25 % PEG 3,350
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.215 |
| 9PZF Structure of KRAS G12C bound to Compound 4 提交 2025-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
突变：G12C variant, C51S, C80L, C118S | A1CQ2 1-(4-{(7M)-7-[6-amino-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloroquinazolin-4-yl}piperazin-1-yl)propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Tris pH 8.3-8.7, 28%-32% PEG 3350, and 200mM MgCl2
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.204 |
| 9PZF Structure of KRAS G12C bound to Compound 4 提交 2025-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–169（168 aa）
|
突变：G12C variant, C51S, C80L, C118S | A1CQ2 1-(4-{(7M)-7-[6-amino-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloroquinazolin-4-yl}piperazin-1-yl)propan-1-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Tris pH 8.3-8.7, 28%-32% PEG 3350, and 200mM MgCl2
|
分辨率 1.84 Å R-free 0.204 |
| 9PZY Structure of KRAS G12C bound to Divarasib (GDC6036) 提交 2025-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
突变：G12C variant | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Tris pH 8.3-8.7, 28%-32% PEG 3350, 200mM MgCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.212 |
| 9PZY Structure of KRAS G12C bound to Divarasib (GDC6036) 提交 2025-08-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
2–169（168 aa）
|
突变：G12C variant | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 A1AWR 1-{(3S)-4-[(7M)-7-[6-amino-4-methyl-3-(trifluoromethyl)pyridin-2-yl]-6-chloro-8-fluoro-2-{[(2S)-1-methylpyrrolidin-2-yl]methoxy}quinazolin-4-yl]-3-methylpiperazin-1-yl}propan-1-one × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；292 K；100mM Tris pH 8.3-8.7, 28%-32% PEG 3350, 200mM MgCl2
|
分辨率 2.17 Å R-free 0.212 |
| 9QPZ KRAS-WT(1-169) - GDP IN COMPLEX WITH compound (R)-1 提交 2025-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 A1I89 (4~{R})-4-[[(1~{S},5~{R})-3-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]carbonyl]-3,3-dimethyl-oxetan-2-one × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20 % PEG 4000, 0.2 M (NH4)2SO4
|
分辨率 1.31 Å R-free 0.219 |
| 9QQ0 KRAS-G12D(1-169) - GDP IN covalent COMPLEX WITH compound (3R,4R)-3 提交 2025-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 A1I9E (2~{R})-2-ethyl-4-[(1~{R},5~{S})-3-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-2-methyl-4-oxidanylidene-butanoic acid × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % PEG 1000, 0.2 M MgSO4
|
分辨率 1.55 Å R-free 0.213 |
| 9QQ1 KRAS-G12D(1-169) - GDP IN covalent COMPLEX with compound (3S,4R)-8 提交 2025-03-31 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1I9F (2~{S})-4-[(1~{R},5~{S})-3-[7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-8-yl]-2-methyl-2-(oxan-4-ylmethyl)-4-oxidanylidene-butanoic acid × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；30 % PEG 1000 0.2 M NaH2PO4
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.207 |
| 9RK8 Crystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS G12V C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JH1 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[[1-[4-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butanoyl]cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10%w/v PEG 8000
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.263 |
| 9RK8 Crystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS G12V C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JH1 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[[1-[4-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butanoyl]cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M Tris pH 7.0, 0.2 M MgCl2, 10%w/v PEG 8000
|
分辨率 2.63 Å R-free 0.263 |
| 9RKC Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12D C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JHI (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Na2SO4, 15% w/v PEG 3,350, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.79
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.275 |
| 9RKC Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12D C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JHI (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.2 M Na2SO4, 15% w/v PEG 3,350, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.79
|
分辨率 2.19 Å R-free 0.275 |
| 9RKE Crystal Structure of compound 1-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 1 X53 (2S,4R)-1-[(2R)-2-[3-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2-oxazol-5-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis Tris pH 7.3, 0.3 M trisodium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.286 |
| 9RKE Crystal Structure of compound 1-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–169（169 aa）
|
未记录 | X53 (2S,4R)-1-[(2R)-2-[3-[4-[(3S)-4-[4-[5-[(4S)-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5H-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butoxy]-1,2-oxazol-5-yl]-3-methyl-butanoyl]-N-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 FLC CITRATE ANION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277.15 K；0.1 M Bis Tris pH 7.3, 0.3 M trisodium citrate, 20% PEG 3350
|
分辨率 2.83 Å R-free 0.286 |
| 9RKJ Crystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | FLC CITRATE ANION × 2 A1JH1 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[[1-[4-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butanoyl]cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M Bis Tris pH 7.3, 0.167 M trisodium citrate, 17%(w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.288 |
| 9RKJ Crystal Structure of compound 3-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JH1 (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[[1-[4-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]butanoyl]cyclopropyl]carbonylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.1 M Bis Tris pH 7.3, 0.167 M trisodium citrate, 17%(w/v) PEG 3350
|
分辨率 2.89 Å R-free 0.288 |
| 9RKN Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 D
1–169（169 aa）
|
未记录 | SO4 SULFATE ION × 3 A1JHI (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.14 M Ammonium sulfate, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1M BIS-TRIS pH 5.8
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.275 |
| 9RKN Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12R GCP with pVHL:ElonginC:ElonginB 提交 2025-06-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric |
链 H
1–169（169 aa）
|
未记录 | A1JHI (2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；0.14 M Ammonium sulfate, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350, 0.1M BIS-TRIS pH 5.8
|
分辨率 2.85 Å R-free 0.275 |
| 9TBM From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；containing 0.1M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 9, 30.0% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.254 |
| 9TBM From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1JU5 4-[4-[(1~{S},5~{R})-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-2-[[1-[(dimethylamino)methyl]cyclopropyl]methoxy]-6,8-bis(fluoranyl)quinazolin-7-yl]naphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；containing 0.1M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 9, 30.0% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.254 |
| 9TBM From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；containing 0.1M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 9, 30.0% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.254 |
| 9TBR From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1JU6 4-[6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]-4-[(1~{S},5~{R})-1-methyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]quinazolin-7-yl]naphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 9, 30.0% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.212 |
| 9TBW From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1 A1JU7 4-[6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]-4-(1,4-oxazepan-4-yl)quinazolin-7-yl]-5-chloranyl-naphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M sodium acetate pH 5.5, 30-35% PEG3350
|
分辨率 1.54 Å R-free 0.229 |
| 9TC0 From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1JU8 (6~{S})-4-[7-(8-ethynyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]quinazolin-4-yl]-6-methyl-1,4-oxazepan-6-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 5.5, 30-35% PEG3350
|
分辨率 1.60 Å R-free 0.227 |
| 9TC2 From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 A1JU3 (6~{R})-1-[7-(8-chloranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-2,3,4,5,6,7-hexahydro-1~{H}-pyrrolizin-4-ium-8-yl]methoxy]quinazolin-4-yl]-6-methyl-1,4-diazepan-4-ium-6-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 5.5, 30-35% PEG3350
|
分辨率 1.30 Å R-free 0.198 |
| 9TC5 From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1JU9 (1~{S},5~{S},6~{R})-3-[7-(8-ethynyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]quinazolin-4-yl]-1,5-dimethyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-6-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M sodium acetate pH 5.5, 30-35% PEG3350
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.212 |
| 9TC6 From KRASG12D to pan-KRAS inhibitors 提交 2025-11-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
2–169（168 aa）
|
突变：G12D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 A1JU2 4-[6,8-bis(fluoranyl)-2-[[(2~{R},8~{S})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]-4-[(1~{S},5~{S},6~{R})-6-methoxy-1,5-dimethyl-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]quinazolin-7-yl]-5-ethynyl-naphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；293 K；0.1M NaH2PO4/Na2HPO4 pH 9, 30.0-35% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.63 Å R-free 0.222 |
| 9U50 GDP-bound KRAS G12V in complex with MCB-294 提交 2025-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.228 |
| 9U50 GDP-bound KRAS G12V in complex with MCB-294 提交 2025-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.228 |
| 9U50 GDP-bound KRAS G12V in complex with MCB-294 提交 2025-03-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 1.87 Å R-free 0.228 |
| 9U5T GDP-bound KRAS G12D in complex with MCB-294 提交 2025-03-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate
|
分辨率 1.80 Å R-free 0.211 |
| 9U8L Crystal structure of KRAS-G12D/Y96S mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Y96S | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 5.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.23 Å R-free 0.176 |
| 9U8T Crystal structure of KRAS-G12D/R68M mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,R68M | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate, pH5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 1.40 Å R-free 0.183 |
| 9U8U Crystal structure of KRAS-G12D/Q61H mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q61H | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Ammonium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 1.32 Å R-free 0.180 |
| 9U8V Crystal structure of KRAS-G12D/Y96S mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Y96S | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.195 |
| 9U8W Crystal structure of KRAS-G12D/Q99L mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q99L | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.01 M Zinc chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 9U8W Crystal structure of KRAS-G12D/Q99L mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q99L | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.01 M Zinc chloride, 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 1.50 Å R-free 0.210 |
| 9U8X Crystal structure of KRAS-G12D/R68M mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,R68M | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium fluoride, 0.1 M Bis tris propane pH 6.5, 20% (w/v) PEG 3350
|
分辨率 1.65 Å R-free 0.256 |
| 9U8Y Crystal structure of KRAS-G12D/G13D mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,G13D | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MMT buffer pH 5.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.73 Å R-free 0.266 |
| 9U8Z Crystal structure of KRAS-G12D/Q61H mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q61H | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M MIB buffer pH 4.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.196 |
| 9U90 Crystal structure of KRAS-G12D/E62K mutant in complex with GDP 提交 2025-03-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,E62K | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 7.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.20 Å R-free 0.202 |
| 9U95 Crystal structure of KRAS-G12D/Q99L mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q99L | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 4.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.201 |
| 9U95 Crystal structure of KRAS-G12D/Q99L mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,Q99L | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 4.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.75 Å R-free 0.201 |
| 9U97 Crystal structure of KRAS-G12D/G13D mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,G13D | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.1 M SPG buffer pH 5.0, 25% (w/v) PEG 1500
|
分辨率 1.79 Å R-free 0.235 |
| 9U99 Crystal structure of KRAS-G12D/E62K mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,E62K | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 9U99 Crystal structure of KRAS-G12D/E62K mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,E62K | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 9U99 Crystal structure of KRAS-G12D/E62K mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,E62K | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 9U99 Crystal structure of KRAS-G12D/E62K mutant in complex with MRTX-1133 提交 2025-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 D
1–169（169 aa）
|
突变：G12D,E62K | 6IC 4-(4-[(1R,5S)-3,8-diazabicyclo[3.2.1]octan-3-yl]-8-fluoro-2-{[(2R,4R,7aS)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl]methoxy}pyrido[4,3-d]pyrimidin-7-yl)-5-ethynyl-6-fluoronaphthalen-2-ol × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Sodium acetate pH5.0, 20% (w/v) PEG 6000
|
分辨率 2.50 Å R-free 0.250 |
| 9USB GppNHp-bound KRAS G12D in complex with MCB-294 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.242 |
| 9USB GppNHp-bound KRAS G12D in complex with MCB-294 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.242 |
| 9USB GppNHp-bound KRAS G12D in complex with MCB-294 提交 2025-05-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 C
1–169（169 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 A1EN3 (3~{R})-1-[2-[[(8~{S})-6-[bis(fluoranyl)methylidene]-2,3,5,7-tetrahydro-1~{H}-pyrrolizin-8-yl]methoxy]-7-(8-ethynyl-7-fluoranyl-3-oxidanyl-naphthalen-1-yl)-8-fluoranyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-4-yl]-3-methyl-piperidin-3-ol × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris, pH 8.5, 26% (w/v) PEG 3350.
|
分辨率 2.35 Å R-free 0.242 |
| 9XZ1 KRAS(G12C)-RNK07311-HSP90(N-terminus) 提交 2025-08-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 B
1–169（169 aa）
|
未记录 | BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 A1CRY (5M)-4-{4-[(4-{4-[2-({7-(8-chloronaphthalen-1-yl)-4-[(3S)-3-(cyanomethyl)-4-propanoylpiperazin-1-yl]-5,6,7,8-tetrahydropyrido[3,4-d]pyrimidin-2-yl}oxy)ethyl]piperazine-1-carbonyl}piperidin-1-yl)methyl]phenyl}-5-[2,4-dihydroxy-5-(propan-2-yl)phenyl]-4H-1,2,4-triazole-3-carboxamide × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；KRAS(G/C)-RNK07311-HSP90a complex was crystallized by sitting drop with vapor diffusion against 0.05M CaCl2, 0.1M Bis-Tris pH6.5, 30% PEGMME550 (drop size: 200 nl protein + 180nl reservoir + 20nl lysozyme seed).
|
分辨率 1.96 Å R-free 0.249 |
| 9YGS Crystal structure of GMPPNP bound KRAS-Y71H in complex with RBD domain of CRAF(RAF1) 提交 2025-09-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
|
突变：Y71H | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；100 mM Potassium thiocyanate, 30% PEG monomethyl ether 2000.
|
分辨率 1.68 Å R-free 0.233 |
| 9YOW Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-4791 提交 2025-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
1–169（169 aa）
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突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1CYT 1-cyano-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000
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分辨率 1.57 Å R-free 0.245 |
| 9YOW Crystal structure of GMPPNP bound KRAS G12C in complex with CYPA and RMC-4791 提交 2025-10-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 C
1–169（169 aa）
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突变：G12C | MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 A1CYT 1-cyano-N-[(2S)-1-{[(1M,8S,10S,14S,21M)-22-ethyl-4-hydroxy-21-{2-[(1S)-1-methoxyethyl]pyridin-3-yl}-18,18-dimethyl-9,15-dioxo-16-oxa-10,22,28-triazapentacyclo[18.5.2.1~2,6~.1~10,14~.0~23,27~]nonacosa-1(25),2(29),3,5,20,23,26-heptaen-8-yl]amino}-3-methyl-1-oxobutan-2-yl]-N-methylcyclopropane-1-carboxamide × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298.15 K；0.1 M Tris pH 8.0, 0.2 M NaCl, 20% PEG 6000
|
分辨率 1.57 Å R-free 0.245 |
| 9ZO9 KRAS G13D Mutant in Complex with GDP and Compound 6. 提交 2025-12-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
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突变：G13D, C51S, C80L, C118S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.70 Å R-free 0.197 |
| 9ZPA KRAS G12V Mutant in Complex with GDP and Compound 12. 提交 2025-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
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突变：G12V, C51S, C80L, C118S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.68 Å R-free 0.255 |
| 9ZPA KRAS G12V Mutant in Complex with GDP and Compound 12. 提交 2025-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
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突变：G12V, C51S, C80L, C118S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.68 Å R-free 0.255 |
| 9ZPE KRAS G12V Mutant in Complex with GDP and Compound 8. 提交 2025-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
1–169（169 aa）
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突变：G12V, C51S, C80L, C118S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.91 Å R-free 0.244 |
| 9ZPE KRAS G12V Mutant in Complex with GDP and Compound 8. 提交 2025-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
1–169（169 aa）
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突变：G12V, C51S, C80L, C118S | 未记录非水小分子 | X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 1.91 Å R-free 0.244 |
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查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | RASK_HUMAN |
| Isoform | P01116-2 |
| PDB实体 | 1, 2, 3 |
| 链与序列区间 | 作者链 B； PDB构建体 5–173； UniProt 1–169 作者链 A； PDB构建体 5–172； UniProt 1–168 作者链 C； PDB构建体 5–172； UniProt 1–168 作者链 D； PDB构建体 5–172； UniProt 1–168 作者链 F； PDB构建体 5–172； UniProt 1–168 作者链 E； PDB构建体 5–173； UniProt 1–169 |
