7oky

Structure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1(composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 172.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1

物种未注明

UniProt P11414

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–1970 未记录 DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 RPB1_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–1970; UniProt 1–1970

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

物种未注明

UniProt I3LGP4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–1251 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 50 个其他 PDB 条目、50 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I3LGP4_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1251; UniProt 1–1251

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3

物种未注明

UniProt I3LCH3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–275 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 85 个其他 PDB 条目、85 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I3LCH3_PIG
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–275; UniProt 1–275

RNA polymerase II subunit D

物种未注明

UniProt A0A287ADR4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 D; UniProt 1–184 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 58 个其他 PDB 条目、58 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 A0A287ADR4_PIG
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–184; UniProt 1–184

DNA-directed RNA polymerase II subunit E

物种未注明

UniProt I3LSI7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 1–210 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 66 个其他 PDB 条目、66 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 I3LSI7_PIG
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–210; UniProt 1–210

DNA-directed RNA polymerase II subunit F

物种未注明

UniProt F1SKN8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 1–127 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 F1SKN8_PIG
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 F; PDB构建体 1–127; UniProt 1–127

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7

物种未注明

UniProt I3LJZ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 G; UniProt 1–172 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I3LJZ9_PIG
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–172; UniProt 1–172

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

物种未注明

UniProt A0A4X1ULF2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 H; UniProt 1–150 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4X1ULF2_PIG
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–150; UniProt 1–150

DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9

物种未注明

UniProt P60899

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 I; UniProt 1–125 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 111 个其他 PDB 条目、111 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB9_PIG
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–125; UniProt 1–125

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

物种未注明

UniProt A0A4X1VYD0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 J; UniProt 1–67 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、53 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4X1VYD0_PIG
Isoform
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–67; UniProt 1–67

RNA_pol_L_2 domain-containing protein

物种未注明

UniProt A0A4X1UK25

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–117 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A4X1UK25_PIG
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117

RNA polymerase II subunit K

物种未注明

UniProt I3LN51

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 L; UniProt 1–58 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 42 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 I3LN51_PIG
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–58; UniProt 1–58

RNA polymerase II elongation factor ELL2

Homo sapiens

UniProt O00472

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 M; UniProt 1–640 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ELL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 M; PDB构建体 1–640; UniProt 1–640

ELL-associated factor 1

Homo sapiens

UniProt Q96JC9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 O; UniProt 1–268 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EAF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 O; PDB构建体 1–268; UniProt 1–268

Transcription elongation factor SPT5

Homo sapiens

UniProt O00267

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 Z; UniProt 1–1087 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT4 × 1 (P63272) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 53 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPT5H_HUMAN
Isoform
PDB实体 18
链与序列区间 作者链 Z; PDB构建体 1–1087; UniProt 1–1087

Transcription elongation factor SPT4

Homo sapiens

UniProt P63272

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 16 DNA 2 RNA 1 PDB 声明:nonadecameric(19) 与全部聚合物数一致 链 Y; UniProt 1–117 未记录 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB1 × 1 (P11414) DNA-directed RNA polymerase subunit beta × 1 (I3LGP4) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB3 × 1 (I3LCH3) RNA polymerase II subunit D × 1 (A0A287ADR4) DNA-directed RNA polymerase II subunit E × 1 (I3LSI7) DNA-directed RNA polymerase II subunit F × 1 (F1SKN8) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 × 1 (I3LJZ9) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 × 1 (A0A4X1ULF2) DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB9 × 1 (P60899) DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 × 1 (A0A4X1VYD0) RNA_pol_L_2 domain-containing protein × 1 (A0A4X1UK25) RNA polymerase II subunit K × 1 (I3LN51) RNA polymerase II elongation factor ELL2 × 1 (O00472) Non-template DNA × 1 ELL-associated factor 1 × 1 (Q96JC9) RNA × 1 Template DNA × 1 Transcription elongation factor SPT5 × 1 (O00267) MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 9 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 4.14 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPT4H_HUMAN
Isoform
PDB实体 19
链与序列区间 作者链 Y; PDB构建体 1–117; UniProt 1–117

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 7oky

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 7oky
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id7oky
沉积日期 deposition_date2021-05-18
结构标题 titleStructure of active transcription elongation complex Pol II-DSIF-ELL2-EAF1(composite structure)
关键词 keywordsPol II, Super elongation complex, ELL2, EAF1, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron53.34
零角强度 I(0) i04537010000.00
分子量 molecular_weight547800.0 kDa
排除体积 excluded_volume678220 ų
包络体积 envelope_volume949960 ų
水化壳体积 shell_volume139800 ų
包络直径 envelope_diameter182.0
壳层 Rg shell_rg62.35
包络 Rg envelope_rg52.98
形状 Rg shape_rg53.37
总 Rg total_rg53.45
总原子数 total_atoms38320
残基数 n_residues4675
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax172.7
Rg (实空间) rg_real53.32
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.53
I(0) (实空间) i0_real4.5370e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.72
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4540000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8778
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary65.5
偏度 Skewness skewness0.187
峰度 Kurtosis kurtosis-0.400
角度范围 angular_range— – 0.1450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha868200000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.865

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (21)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)