|
10QM
E.coli 50S ribosomal subunit bound to compound 48a
提交 2026-02-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:31-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.49 Å
|
|
11BQ
Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA (EC-S3.5)
提交 2026-02-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:53-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 307
SPD SPERMIDINE × 14
SPM SPERMINE × 1
C CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1
G GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
11DG
Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved Vibrio cholerae 16S rRNA (VC-S4.4)
提交 2026-02-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:53-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 272
SPD SPERMIDINE × 14
SPM SPERMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
11EL
Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Vibrio cholerae (VC-ST)
提交 2026-02-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:53-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 308
SPD SPERMIDINE × 16
SPM SPERMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
11FV
Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Pseudomonas aeruginosa (PA-S3.3)
提交 2026-02-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 307
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
11GG
Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Pseudomonas aeruginosa (PA-ST)
提交 2026-02-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 307
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å
|
|
28UH
E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 274
K POTASSIUM ION × 65
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å
|
|
28UI
E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
SCM SPECTINOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 270
VAL VALINE × 1
K POTASSIUM ION × 11
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å
|
|
28UJ
E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 251
SCM SPECTINOMYCIN × 1
K POTASSIUM ION × 47
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.16 Å
|
|
28UK
E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 227
K POTASSIUM ION × 74
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å
|
|
28UL
E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 212
K POTASSIUM ION × 77
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å
|
|
28UM
E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 238
K POTASSIUM ION × 109
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.15 Å
|
|
28UN
E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA
提交 2026-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 183
K POTASSIUM ION × 65
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å
|
|
2J28
MODEL OF E. COLI SRP BOUND TO 70S RNCS
提交 2006-08-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:34-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 111
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.50 Å
|
|
2RDO
50S subunit with EF-G(GDPNP) and RRF bound
提交 2007-09-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
PolyMix;pH 7.5;PolyMix
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Rapid-freezing in liquid ethane by Vitrobot
|
分辨率 9.10 Å
|
|
30QZ
E. coli 50S ribosome with peptidyl-tRNA and Hsp15
提交 2026-05-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:33-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 204
ZN ZINC ION × 1
ASP ASPARTIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.23 Å
|
|
30RA
E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA, mRNA and Hsp15
提交 2026-05-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 281
ASP ASPARTIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å
|
|
30RB
E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA and Hsp15
提交 2026-05-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:53-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 210
K POTASSIUM ION × 2
ASP ASPARTIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å
|
|
3BBX
The Hsp15 protein fitted into the low resolution Cryo-EM map of the 50S.nc-tRNA.Hsp15 complex
提交 2007-11-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:30-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 110
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.00 Å
|
|
3IY9
Leishmania Tarentolae Mitochondrial Large Ribosomal Subunit Model
提交 2009-04-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:eicosameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris HCL, pH 7.5, 100mM KCL, 10mM MgCl2, 3mM DTT, 0.1mM EDTA, 0.05% dodecyl maltoside;pH 7.5;50 mM Tris HCL, pH 7.5, 100mM KCL, 10mM MgCl2, 3mM DTT, 0.1mM EDTA, 0.05% dodecyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 14.10 Å
|
|
3J5L
Structure of the E. coli 50S subunit with ErmBL nascent chain
提交 2013-10-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:34-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
UNL UNKNOWN LIGAND × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 6.60 Å
|
|
3J7Z
Structure of the E. coli 50S subunit with ErmCL nascent chain
提交 2014-08-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:35-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).
|
分辨率 3.90 Å
|
|
3J8G
Electron cryo-microscopy structure of EngA bound with the 50S ribosomal subunit
提交 2014-10-24
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å
|
|
3J9Y
Cryo-EM structure of tetracycline resistance protein TetM bound to a translating E.coli ribosome
提交 2015-03-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol;pH 7.4;50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.90 Å
|
|
3J9Z
Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G
提交 2015-03-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 LH
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K;冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å
|
|
3JA1
Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G
提交 2015-03-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 LN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K;冷冻剂 ETHANE;Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å
|
|
3JBU
Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps
提交 2015-10-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose;pH 7;20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å
|
|
3JBV
Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps
提交 2015-10-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose;pH 7;20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å
|
|
3JCD
Structure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosomes (Post EF4)
提交 2015-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
3JCE
Structure of Escherichia coli EF4 in pretranslocational ribosomes (Pre EF4)
提交 2015-12-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PHE PHENYLALANINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
3JCJ
Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association
提交 2015-12-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 195
ZN ZINC ION × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine;pH 7.5;20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging;冷冻剂 ETHANE;Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 3.70 Å
|
|
3JCN
Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association: Initiation Complex I
提交 2016-01-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine;pH 7.5;20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging;冷冻剂 ETHANE;Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.60 Å
|
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4CSU
Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with ObgE
提交 2014-03-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:33-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2;pH 7.5;20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL,10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHANE
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分辨率 5.50 Å
|
|
4U1U
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.282
|
|
4U1U
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å
R-free 0.282
|
|
4U1V
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.274
|
|
4U1V
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.274
|
|
4U20
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
VIF Flopristin × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.279
|
|
4U20
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
VIF Flopristin × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.279
|
|
4U24
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.264
|
|
4U24
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 226
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.264
|
|
4U25
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.265
|
|
4U25
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.265
|
|
4U26
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.271
|
|
4U26
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.271
|
|
4U27
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
VIF Flopristin × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.260
|
|
4U27
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin.
提交 2014-07-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
VIF Flopristin × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.260
|
|
4UY8
Molecular basis for the ribosome functioning as a L-tryptophan sensor - Cryo-EM structure of a TnaC stalled E.coli ribosome
提交 2014-08-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:35-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 143
ZN ZINC ION × 1
TRP TRYPTOPHAN × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;VITRIFICATION 1 --CRYOGEN- ETHANE,INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV
|
分辨率 3.80 Å
|
|
4V47
Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome
提交 2003-05-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 43
PDB 声明:46-meric
|
链 AJ
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Tris;pH 7.5;Tris
cryo-EM玻璃化条件
Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 12.30 Å
|
|
4V48
Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the initiation-like state of E. coli 70S ribosome
提交 2003-05-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 44
PDB 声明:48-meric
|
链 AJ
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
hepes;pH 7.5;hepes
cryo-EM玻璃化条件
Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 11.50 Å
|
|
4V4H
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution.
提交 2006-08-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1
MG MAGNESIUM ION × 170
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å
R-free 0.331
|
|
4V4H
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution.
提交 2006-08-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1
MG MAGNESIUM ION × 173
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å
R-free 0.331
|
|
4V4Q
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution.
提交 2005-08-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å
R-free 0.331
|
|
4V4Q
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution.
提交 2005-08-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å
R-free 0.331
|
|
4V4V
Structure of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056
提交 2006-05-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:52-meric
|
链 BJ
4–143(140 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å
|
|
4V4W
Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143
提交 2006-05-09
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 46
PDB 声明:52-meric
|
链 BJ
4–143(140 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å
|
|
4V50
Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA.
提交 2006-08-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 181
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å
R-free 0.320
|
|
4V50
Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA.
提交 2006-08-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 177
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å
R-free 0.320
|
|
4V52
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin.
提交 2007-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
NMY NEOMYCIN × 2
MG MAGNESIUM ION × 170
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å
R-free 0.309
|
|
4V52
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin.
提交 2007-06-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
NMY NEOMYCIN × 2
MG MAGNESIUM ION × 173
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å
R-free 0.309
|
|
4V53
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin.
提交 2007-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å
R-free 0.320
|
|
4V53
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin.
提交 2007-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å
R-free 0.320
|
|
4V54
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.304
|
|
4V54
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.304
|
|
4V55
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å
R-free 0.305
|
|
4V55
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å
R-free 0.305
|
|
4V56
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin.
提交 2007-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
SCM SPECTINOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å
R-free 0.311
|
|
4V56
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin.
提交 2007-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
SCM SPECTINOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å
R-free 0.311
|
|
4V57
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin.
提交 2007-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
NMY NEOMYCIN × 2
MG MAGNESIUM ION × 170
SCM SPECTINOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.306
|
|
4V57
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin.
提交 2007-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
NMY NEOMYCIN × 2
MG MAGNESIUM ION × 170
SCM SPECTINOMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.306
|
|
4V5B
Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome.
提交 2007-11-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 AL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;pH 7.5
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.323
|
|
4V5B
Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome.
提交 2007-11-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
信息不足
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5;pH 7.5
|
分辨率 3.74 Å
R-free 0.323
|
|
4V5H
E.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide.
提交 2009-10-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
片段:RESIDUES 2-144
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT;pH 8;50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;CRYOGEN- ETHANE,
|
分辨率 5.80 Å
|
|
4V5Y
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
PAR PAROMOMYCIN × 2
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å
R-free 0.309
|
|
4V5Y
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF).
提交 2007-06-19
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
PAR PAROMOMYCIN × 2
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å
R-free 0.309
|
|
4V64
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B.
提交 2008-06-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
HYG HYGROMYCIN B × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.318
|
|
4V64
Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B.
提交 2008-06-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 173
HYG HYGROMYCIN B × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch;pH 7.5;277 K;MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å
R-free 0.318
|
|
4V65
Structure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state
提交 2008-08-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 BE
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å
|
|
4V66
Structure of the E. coli ribosome and the tRNAs in Post-accommodation state
提交 2008-08-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 BE
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å
|
|
4V69
Ternary complex-bound E.coli 70S ribosome.
提交 2008-12-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Vitrification using FEI Vitrobot; blot 3 seconds before plunging with an offset of -1mm
|
分辨率 6.70 Å
|
|
4V6C
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 184
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å
R-free 0.252
|
|
4V6C
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å
R-free 0.252
|
|
4V6D
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 184
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 7;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å
R-free 0.253
|
|
4V6D
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 7;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å
R-free 0.253
|
|
4V6E
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 184
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 7;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å
R-free 0.268
|
|
4V6E
Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting
提交 2009-06-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 7;291 K;4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å
R-free 0.268
|
|
4V6K
Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding.
提交 2011-01-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 AM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.25 Å
|
|
4V6L
Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding.
提交 2011-01-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 13.20 Å
|
|
4V6M
Structure of the ribosome-SecYE complex in the membrane environment
提交 2011-02-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:60-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 101
PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 32
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol;pH 7.2;20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;liquid ethane was used as a cryogen
|
分辨率 7.10 Å
|
|
4V6N
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes)
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
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链 AN
1–144(144 aa)
|
未记录
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FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
TRP TRYPTOPHAN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 12.10 Å
|
|
4V6O
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4a of the six classes)
提交 2011-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
TRP TRYPTOPHAN × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 14.70 Å
|
|
4V6P
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4b of the six classes)
提交 2011-12-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
TRP TRYPTOPHAN × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 6 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 6 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.50 Å
|
|
4V6Q
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 5 of the six classes)
提交 2011-12-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
TRP TRYPTOPHAN × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å
|
|
4V6R
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 6 of the six classes)
提交 2011-12-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
TRP TRYPTOPHAN × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å
|
|
4V6S
Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 3 of the six classes)
提交 2011-12-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 AN
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2);pH 7.5;HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds;80 K;冷冻剂 NITROGEN;Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.10 Å
|
|
4V6T
Structure of the bacterial ribosome complexed by tmRNA-SmpB and EF-G during translocation and MLD-loading
提交 2012-01-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging;96.15 K;冷冻剂 ETHANE;blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot)
|
分辨率 8.30 Å
|
|
4V6V
Tetracycline resistance protein Tet(O) bound to the ribosome
提交 2013-02-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 BP
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.80 Å
|
|
4V6Y
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1a)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å
|
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4V6Z
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1b)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.00 Å
|
|
4V70
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre3)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å
|
|
4V71
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre2)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 20.00 Å
|
|
4V72
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre4)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 13.00 Å
|
|
4V73
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5a)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å
|
|
4V74
70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5b)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å
|
|
4V75
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic post-translocation state (post1)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å
|
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4V76
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2a)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å
|
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4V77
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2b)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 17.00 Å
|
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4V78
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å
|
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4V79
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3b)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 15.00 Å
|
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4V7A
E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal post-translocation complex (post4)
提交 2013-10-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
VAL VALINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine;pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds;冷冻剂 ETHANE;Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
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分辨率 9.00 Å
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4V7B
Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation
提交 2013-10-27
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
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链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
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FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME;pH 7.6;80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging;96 K;冷冻剂 ETHANE;Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
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分辨率 6.80 Å
|
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4V7C
Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA structure)
提交 2013-11-20
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 BN
1–144(144 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer;pH 7.6;10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.;冷冻剂 ETHANE;Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
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分辨率 7.60 Å
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4V7D
Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure)
提交 2013-11-21
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:60-meric
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链 AO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer;pH 7.6;10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.;冷冻剂 ETHANE;Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
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分辨率 7.60 Å
|
|
4V7I
Ribosome-SecY complex.
提交 2009-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:56-meric
|
链 AL
1–144(144 aa)
|
未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM;pH 7.5;50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;THE SPECIMENS WERE PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE AT 4 DEGREES C AT AN RH OF ~90-95%.
|
分辨率 9.60 Å
|
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4V7S
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin.
提交 2010-08-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 181
TEL TELITHROMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.245
|
|
4V7S
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin.
提交 2010-08-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å
R-free 0.245
|
|
4V7T
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol.
提交 2010-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 183
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å
R-free 0.252
|
|
4V7T
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol.
提交 2010-08-14
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å
R-free 0.252
|
|
4V7U
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin.
提交 2010-08-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 182
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.254
|
|
4V7U
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin.
提交 2010-08-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.254
|
|
4V7V
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin.
提交 2010-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 182
CLY CLINDAMYCIN × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å
R-free 0.241
|
|
4V7V
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin.
提交 2010-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å
R-free 0.241
|
|
4V89
Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin)
提交 2011-11-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:58-meric
|
链 BP
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;295 K;Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.70 Å
R-free 0.290
|
|
4V9C
Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics
提交 2012-07-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 224
NMY NEOMYCIN × 10
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;291 K;PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.255
|
|
4V9C
Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics
提交 2012-07-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 DL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 266
NMY NEOMYCIN × 8
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5;291 K;PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å
R-free 0.255
|
|
4V9D
Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding
提交 2012-07-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 CL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.260
|
|
4V9D
Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding
提交 2012-07-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 227
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.260
|
|
4V9O
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:56-meric
|
链 AL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 187
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.272
|
|
4V9O
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 CL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 187
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.272
|
|
4V9O
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 EL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 187
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.272
|
|
4V9O
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 GL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 187
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.272
|
|
4V9P
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 AL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 185
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.267
|
|
4V9P
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 CL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 185
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.267
|
|
4V9P
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 3
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 EL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 185
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.267
|
|
4V9P
Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G
提交 2013-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 4
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 GL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 185
ZN ZINC ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.267
|
|
4WF1
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin.
提交 2014-09-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 BL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 271
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å
R-free 0.244
|
|
4WF1
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin.
提交 2014-09-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 228
ZN ZINC ION × 1
NEG NEGAMYCIN × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å
R-free 0.244
|
|
4WOI
4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2
提交 2014-10-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 269
PAR PAROMOMYCIN × 6
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.253
|
|
4WOI
4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2
提交 2014-10-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 CL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 226
PAR PAROMOMYCIN × 7
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.253
|
|
4WWW
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101
提交 2014-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 RL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 182
EM1 (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.252
|
|
4WWW
Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101
提交 2014-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 YL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 179
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.252
|
|
4YBB
High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome
提交 2015-02-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 263
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
ACY ACETIC ACID × 3
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.234
|
|
4YBB
High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome
提交 2015-02-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 200
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å
R-free 0.234
|
|
5ADY
Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX
提交 2015-08-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2;pH 7.5;20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
5AFI
2.9A Structure of E. coli ribosome-EF-TU complex by cs-corrected cryo-EM
提交 2015-01-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 333
CL CHLORIDE ION × 2
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
KIR KIRROMYCIN × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
NA SODIUM ION × 2
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN;pH 7.5;50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUIDE ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
5AKA
EM structure of ribosome-SRP-FtsY complex in closed state
提交 2015-03-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:34-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 110
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO;pH 7.5;50MM HEPES-KOH, 100MM KOAC, 8MM MG(OAC)2, 500UG/ML CHLORAMPHENICO
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;LIQUID ETHAN
|
分辨率 5.70 Å
|
|
5GAD
RNC-SRP-SR complex early state
提交 2015-11-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:37-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 433
ZN ZINC ION × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
5GAE
RNC in complex with a translocating SecYEG
提交 2015-11-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:36-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 323
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.33 Å
|
|
5GAF
RNC in complex with SRP
提交 2015-11-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:36-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 431
ZN ZINC ION × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
5GAG
RNC in complex with SRP-SR in the closed state
提交 2015-11-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:36-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 431
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
5GAH
RNC in complex with SRP with detached NG domain
提交 2015-11-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:36-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 431
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
5H5U
Mechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2
提交 2016-11-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å
|
|
5IQR
Structure of RelA bound to the 70S ribosome
提交 2016-03-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 299
ZN ZINC ION × 3
PAR PAROMOMYCIN × 1
MET METHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 5 s
|
分辨率 3.00 Å
|
|
5IT8
High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome
提交 2016-03-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 266
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å
R-free 0.220
|
|
5IT8
High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome
提交 2016-03-16
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 200
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å
R-free 0.220
|
|
5J5B
Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline
提交 2016-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 267
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
TAC TETRACYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.219
|
|
5J5B
Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline
提交 2016-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 202
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
TAC TETRACYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å
R-free 0.219
|
|
5J7L
Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline
提交 2016-04-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 268
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
TAC TETRACYCLINE × 2
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.193
|
|
5J7L
Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline
提交 2016-04-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 204
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
TAC TETRACYCLINE × 2
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å
R-free 0.193
|
|
5J88
Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA
提交 2016-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 266
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å
R-free 0.219
|
|
5J88
Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA
提交 2016-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 200
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å
R-free 0.219
|
|
5J8A
Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline
提交 2016-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 268
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.192
|
|
5J8A
Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline
提交 2016-04-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 204
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å
R-free 0.192
|
|
5J91
Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline
提交 2016-04-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 267
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.221
|
|
5J91
Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline
提交 2016-04-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 202
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
T1C TIGECYCLINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å
R-free 0.221
|
|
5JC9
Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA
提交 2016-04-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:53-meric
|
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 267
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
ZN ZINC ION × 2
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9
SPD SPERMIDINE × 4
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
GUN GUANINE × 1
TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å
R-free 0.200
|
|
5JC9
Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA
提交 2016-04-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:52-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 202
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1
ZN ZINC ION × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å
R-free 0.200
|
|
5JTE
Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with A-, P-, and E-tRNA
提交 2016-05-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:58-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
LYS LYSINE × 1
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5JU8
Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with P-, and E-tRNA
提交 2016-05-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5KCR
Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Avilamycin C, mRNA and P-site tRNA at 3.6A resolution
提交 2016-06-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 1P
1–144(144 aa)
|
未记录
|
6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件
pH 7.4
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5KCS
Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution
提交 2016-06-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 1P
1–144(144 aa)
|
未记录
|
EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5KPS
Structure of RelA bound to ribosome in absence of A/R tRNA (Structure I)
提交 2016-07-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5KPV
Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure II)
提交 2016-07-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 4.10 Å
|
|
5KPW
Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure III)
提交 2016-07-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5KPX
Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure IV)
提交 2016-07-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5L3P
Cryo-EM structure of stringent response factor RelA bound to ErmCL-stalled ribosome complex
提交 2016-05-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 P
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
5LZA
Structure of the 70S ribosome with SECIS-mRNA and P-site tRNA (Initial complex, IC)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5LZB
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the initial binding state (IB)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
SEC SELENOCYSTEINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å
|
|
5LZC
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the codon reading state (CR)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
SEC SELENOCYSTEINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å
|
|
5LZD
Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the GTPase activated state (GA)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
CL CHLORIDE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 147
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
SEC SELENOCYSTEINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
5LZE
Structure of the 70S ribosome with Sec-tRNASec in the classical pre-translocation state (C)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
5LZF
Structure of the 70S ribosome with fMetSec-tRNASec in the hybrid pre-translocation state (H)
提交 2016-09-29
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
5MDV
Structure of ArfA and RF2 bound to the 70S ribosome (accommodated state)
提交 2016-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 440
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å
|
|
5MDW
Structure of ArfA(A18T) and RF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state)
提交 2016-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 438
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å
|
|
5MDY
Structure of ArfA and TtRF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state)
提交 2016-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:62-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 450
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å
|
|
5MDZ
Structure of the 70S ribosome (empty A site)
提交 2016-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 437
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
5MGP
Structural basis for ArfA-RF2 mediated translation termination on stop-codon lacking mRNAs
提交 2016-11-21
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
5NCO
Quaternary complex between SRP, SR, and SecYEG bound to the translating ribosome
提交 2017-03-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 36
PDB 声明:40-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
ALF TETRAFLUOROALUMINATE ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å
|
|
5NP6
70S structure prior to bypassing
提交 2017-04-13
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 j
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5NWY
2.9 A cryo-EM structure of VemP-stalled ribosome-nascent chain complex
提交 2017-05-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
5O2R
Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide Api137 bound to the terminating ribosome
提交 2017-05-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
5U4I
Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome
提交 2016-12-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 124
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
5UYK
70S ribosome bound with cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5UYL
70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon (Structure II)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.60 Å
|
|
5UYM
70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 383
ZN ZINC ION × 2
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.20 Å
|
|
5UYN
70S ribosome bound with near-cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I-nc)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 4.00 Å
|
|
5UYP
70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, open 30S (Structure II-nc)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
LYS LYSINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å
|
|
5UYQ
70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III-nc)
提交 2017-02-24
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
LYS LYSINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.80 Å
|
|
5WDT
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp
提交 2017-07-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–143(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1904
K POTASSIUM ION × 5
PHE PHENYLALANINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.00 Å
|
|
5WE4
70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp
提交 2017-07-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–143(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1618
K POTASSIUM ION × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.10 Å
|
|
5WE6
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and cognate tRNA
提交 2017-07-07
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
2–143(142 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 662
K POTASSIUM ION × 8
PHE PHENYLALANINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å
|
|
5WFK
70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C3)
提交 2017-07-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–143(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1413
K POTASSIUM ION × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å
|
|
6BU8
70S ribosome with S1 domains 1 and 2 (Class 1)
提交 2017-12-08
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 14
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6BY1
E. coli pH03H9 complex
提交 2017-12-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 CL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 225
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å
R-free 0.269
|
|
6BY1
E. coli pH03H9 complex
提交 2017-12-19
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 2
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 DL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 220
ZN ZINC ION × 2
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;289 K;PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å
R-free 0.269
|
|
6C4I
Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination
提交 2018-01-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 317
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Grids were blotted for 3.5 seconds.
|
分辨率 3.24 Å
|
|
6DNC
E.coli RF1 bound to E.coli 70S ribosome in response to UAU sense A-site codon
提交 2018-06-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 P
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7;20 mM Tris-HCl, 100 mM NH4Cl, 20.5 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA, 6 mM beta-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6ENF
Cryo-EM structure of a polyproline-stalled ribosome in the absence of EF-P
提交 2017-10-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6ENJ
Polyproline-stalled ribosome in the presence of A+P site tRNA and elongation-factor P (EF-P)
提交 2017-10-05
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6ENU
Polyproline-stalled ribosome in the presence of elongation-factor P (EF-P)
提交 2017-10-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PRO PROLINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6GBZ
50S ribosomal subunit assembly intermediate state 5
提交 2018-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 27
PDB 声明:29-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6GC0
50S ribosomal subunit assembly intermediate state 4
提交 2018-04-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6GC4
50S ribosomal subunit assembly intermediate state 3
提交 2018-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 24
PDB 声明:26-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
6GC6
50S ribosomal subunit assembly intermediate state 2
提交 2018-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 18
PDB 声明:nonadecameric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
6GC7
50S ribosomal subunit assembly intermediate state 1
提交 2018-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:heptadecameric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
6GC8
50S ribosomal subunit assembly intermediate - 50S rec*
提交 2018-04-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 27
PDB 声明:29-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6GWT
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I)
提交 2018-06-25
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6GXM
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II)
提交 2018-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
6GXN
Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III)
提交 2018-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6GXO
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV)
提交 2018-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6GXP
Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only)
提交 2018-06-27
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
6H4N
Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - 70S Hibernating E. coli Ribosome
提交 2018-07-22
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;B100S buffer (25 mM Hepes pH 7.5, 100 mM KOAc, 15 mM Mg(OAc)2, 1 mM dithiothreitol)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
6H58
Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - Full 100S Hibernating E. coli Ribosome
提交 2018-07-24
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 104
PDB 声明:112-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
链 LL
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å
|
|
6HRM
E. coli 70S d2d8 stapled ribosome
提交 2018-09-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:53-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 436
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å
|
|
6I0Y
TnaC-stalled ribosome complex with the titin I27 domain folding close to the ribosomal exit tunnel
提交 2018-10-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:36-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 143
ZN ZINC ION × 1
TRP TRYPTOPHAN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6I7V
Ribosomal protein paralogs bL31 and bL36
提交 2018-11-19
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验方法不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 99
PDB 声明:105-meric
|
链 CM
1–144(144 aa)
链 DM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 453
PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8
MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 13
PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5
SPD SPERMIDINE × 3
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7
1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2
ACY ACETIC ACID × 3
PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9
EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12
GUN GUANINE × 1
|
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH;pH 6.5;291 K;PEG8k, MPD, KSCN
|
分辨率 2.90 Å
R-free 0.255
|
|
6OFX
Non-rotated ribosome (Structure I)
提交 2019-04-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6OG7
70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Non-rotated ribosome with RF2 bound (Structure II)
提交 2019-04-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6Q97
Structure of tmRNA SmpB bound in A site of E. coli 70S ribosome
提交 2018-12-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 439
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6Q98
Structure of tmRNA SmpB bound in P site of E. coli 70S ribosome
提交 2018-12-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:57-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 429
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
6Q9A
Structure of tmRNA SmpB bound past E site of E. coli 70S ribosome
提交 2018-12-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–143(143 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 437
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6QUL
Structure of a bacterial 50S ribosomal subunit in complex with the novel quinoxolidinone antibiotic cadazolid
提交 2019-02-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:31-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 382
AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1
JJH cadazolid × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
6S0K
Ribosome nascent chain in complex with SecA
提交 2019-06-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:35-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 68
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6SZS
Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis
提交 2019-10-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å
|
|
6TBV
Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 2)
提交 2019-11-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 L151
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 339
K POTASSIUM ION × 147
UNX UNKNOWN LIGAND × 1201
ZN ZINC ION × 3
ORN L-ornithine × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
6TC3
Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 1)
提交 2019-11-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 L151
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 339
K POTASSIUM ION × 147
UNX UNKNOWN LIGAND × 1201
ZN ZINC ION × 3
ORN L-ornithine × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
6VWL
70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P/E tRNA (rotated conformation)
提交 2020-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 J
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 34
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6VWM
70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure I)
提交 2020-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 J
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 53
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
6VWN
70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure II)
提交 2020-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 J
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 55
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
6WD6
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure II-C2)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6WDB
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-A)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6WDC
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-B)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
6WDD
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-A)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6WDE
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-B)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PHE PHENYLALANINE × 1
MET METHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
6WDF
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-A)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6WDG
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-B)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6WDH
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B1)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å
|
|
6WDI
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B2)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
6WDJ
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A1)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6WDK
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A2)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
6WDL
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B1)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PHE PHENYLALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6WDM
Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B2)
提交 2020-03-31
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PHE PHENYLALANINE × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å
|
|
6WNT
50S ribosomal subunit without free 5S rRNA and perturbed PTC
提交 2020-04-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:31-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6WNV
70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC
提交 2020-04-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:52-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
6WNW
Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA
提交 2020-04-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6XZ7
E. coli 50S ribosomal subunit in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet).
提交 2020-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:33-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 178
DI0 Dirithromycin × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å
|
|
6XZA
E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylated tRNA(iMet) (focused classification).
提交 2020-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:53-meric
|
链 L2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
DI0 Dirithromycin × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å
|
|
6XZB
E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet) (focused classification).
提交 2020-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 L2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
DI0 Dirithromycin × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å
|
|
6Y69
Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic TetracenomycinX
提交 2020-02-26
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:54-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
OCW Tetracenomycin X × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å
|
|
6YSR
Structure of the P+9 stalled ribosome complex
提交 2020-04-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 332
ZN ZINC ION × 2
CL CHLORIDE ION × 1
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å
|
|
6YSS
Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state
提交 2020-04-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 387
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.60 Å
|
|
6YST
Structure of the P+9 ArfB-ribosome complex with P/E hybrid tRNA in the post-hydrolysis state
提交 2020-04-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 253
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.20 Å
|
|
6YSU
Structure of the P+0 ArfB-ribosome complex in the post-hydrolysis state
提交 2020-04-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 356
ZN ZINC ION × 1
NA SODIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4;50 mM HEPES, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.1 % w/v DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
6ZTJ
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA)
提交 2020-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:66-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 479
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
6ZTM
E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG
提交 2020-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:60-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 421
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
6ZTN
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA)
提交 2020-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:63-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 487
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
6ZTO
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1
提交 2020-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:62-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 487
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
6ZTP
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6
提交 2020-07-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:62-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 487
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
6ZU1
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2
提交 2020-07-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:62-meric
|
链 BM
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 487
PHE PHENYLALANINE × 1
ZN ZINC ION × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7ABZ
Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
提交 2020-09-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 192
KIR KIRROMYCIN × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.21 Å
|
|
7AC7
Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli stalled ribosome.
提交 2020-09-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 441
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.08 Å
|
|
7ACJ
Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
提交 2020-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:55-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 308
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7ACR
Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome.
提交 2020-09-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:55-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 212
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.44 Å
|
|
7B5K
E. coli 70S containing suppressor tRNA in the A-site stabilized by a Negamycin analogue and P-site tRNA-nascent chain.
提交 2020-12-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 359
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
SY5 2-[[[(3~{R},5~{R})-3-azanyl-6-(3-azanylpropylamino)-5-oxidanyl-hexanoyl]amino]-methyl-amino]ethanoic acid × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7BL2
pre-50S-ObgE particle state 1
提交 2021-01-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:31-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7BL3
pre-50S-ObgE particle state 2
提交 2021-01-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:31-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7BL4
in vitro reconstituted 50S-ObgE-GMPPNP-RsfS particle
提交 2021-01-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:33-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 6
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
7BL5
pre-50S-ObgE particle
提交 2021-01-18
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:35-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
MG MAGNESIUM ION × 2
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7BL6
50S-ObgE-GMPPNP particle
提交 2021-01-18
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 2
GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7BV8
Mature 50S ribosomal subunit from RrmJ knock out E.coli strain
提交 2020-04-09
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Solutions were made fresh form concentrated to avoid microbial contamination.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 2 seconds before plunging
|
分辨率 3.14 Å
|
|
7D6Z
Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase and trigger factor
提交 2020-10-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7D80
Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase, trigger factor, and methionine aminopeptidase
提交 2020-10-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å
|
|
7JSS
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-II)
提交 2020-08-15
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7JSW
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III)
提交 2020-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
7JSZ
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-IV)
提交 2020-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7JT1
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound (+9-III)
提交 2020-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7JT2
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB bound in the A site
提交 2020-08-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7JT3
Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound in the A site (+9-IV)
提交 2020-08-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
7K50
Pre-translocation non-frameshifting(CCA-A) complex (Structure I)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7K51
Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7K52
Near post-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å
|
|
7K53
Pre-translocation +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure I-FS)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7K54
Mid-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II-FS)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7K55
Near post-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III-FS)
提交 2020-09-16
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.30 Å
|
|
7LV0
Pre-translocation rotated ribosome +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure Irot-FS)
提交 2021-02-23
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7N1P
Elongating 70S ribosome complex in a classical pre-translocation (PRE-C) conformation
提交 2021-05-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 18
MG MAGNESIUM ION × 405
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3
SPD SPERMIDINE × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å
|
|
7N2C
Elongating 70S ribosome complex in a fusidic acid-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) (INT2)
提交 2021-05-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:61-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21
MG MAGNESIUM ION × 197
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
SPD SPERMIDINE × 3
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.72 Å
|
|
7N2U
Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H1 pre-translocation (PRE-H1) conformation
提交 2021-05-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16
MG MAGNESIUM ION × 368
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
SPD SPERMIDINE × 5
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.53 Å
|
|
7N2V
Elongating 70S ribosome complex in a spectinomycin-stalled intermediate state of translocation bound to EF-G in an active, GTP conformation (INT1)
提交 2021-05-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SCM SPECTINOMYCIN × 3
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 17
MG MAGNESIUM ION × 344
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
SPD SPERMIDINE × 2
GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å
|
|
7N30
Elongating 70S ribosome complex in a hybrid-H2* pre-translocation (PRE-H2*) conformation
提交 2021-05-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11
MG MAGNESIUM ION × 296
ZN ZINC ION × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
SPD SPERMIDINE × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å
|
|
7N31
Elongating 70S ribosome complex in a post-translocation (POST) conformation
提交 2021-05-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 209
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9
SPD SPERMIDINE × 4
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å
|
|
7NBU
Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome.
提交 2021-01-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
信息不足
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 313
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;blot for 2s before plunging
|
分辨率 3.11 Å
|
|
7NSO
Structure of ErmDL-Erythromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with P-tRNA
提交 2021-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7NSP
Structure of ErmDL-Erythromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with A and P-tRNA
提交 2021-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7NSQ
Structure of ErmDL-Telithromycin-stalled 70S E. coli ribosomal complex with A and P-tRNA
提交 2021-03-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
TEL TELITHROMYCIN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7NWT
Initiated 70S ribosome in complex with 2A protein from encephalomyocarditis virus (EMCV)
提交 2021-03-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 437
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Initiated 70S ribosomes in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2 were diluted tenfold into 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate, 1.5 mM MgCl2, 2.0 mM DTT. 2A protein was dialysed (3K MWCO, 277K, 16 h) into the same buffer.
Crosslinking reactions of 50 microliters comprising 75 nM ribosomes, 3.0 micromolar 2A and 2.0 mM bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) were performed on ice (30 min) immediately prior to grid preparation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Quantifoil R 2/2 400-mesh copper supports were coated with an additional ~ 60 angstrom layer of amorphous, evaporated carbon by flotation and thoroughly dried before use. Grids were made hydrophilic by glow-discharge in air for 30 s. Three microliters of crosslinking reaction was applied to grids which were then blotted for 4.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot MK IV (FEI) at 277K, 100% relative humidity.
|
分辨率 2.66 Å
|
|
7NWW
CspA-27 cotranslational folding intermediate 1
提交 2021-03-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 413
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.05 Å
|
|
7O19
Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan
提交 2021-03-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 170
ZN ZINC ION × 3
TRP TRYPTOPHAN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7O1A
Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan
提交 2021-03-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 326
K POTASSIUM ION × 147
ZN ZINC ION × 3
TRP TRYPTOPHAN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
7O1C
Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome-RF2 complex stalled in response to L-tryptophan
提交 2021-03-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 339
K POTASSIUM ION × 147
ZN ZINC ION × 3
TRP TRYPTOPHAN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
7OIF
CspA-27 cotranslational folding intermediate 2
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 416
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7OIG
CspA-27 cotranslational folding intermediate 3
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 400
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
7OII
CspA-70 cotranslational folding intermediate 2
提交 2021-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 422
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7OIZ
Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide
提交 2021-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 308
TRP TRYPTOPHAN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7OJ0
Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide and RF2
提交 2021-05-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:59-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 308
TRP TRYPTOPHAN × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å
|
|
7OT5
CspA-70 cotranslational folding intermediate 1
提交 2021-06-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 K
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 394
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 8 mM putrescine, 0.5 mM spermidine, 1 mM DTT, 1 mM GTP, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7P3K
Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide (control)
提交 2021-07-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 308
CLM CHLORAMPHENICOL × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
7PJS
Structure of the 70S ribosome with tRNAs in the classical pre-translocation state and apramycin (C)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 363
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
AM2 APRAMYCIN × 4
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 2.35 Å
|
|
7PJT
Structure of the 70S ribosome with tRNAs in hybrid state 1 (H1)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
AM2 APRAMYCIN × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.00 Å
|
|
7PJV
Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP-Pi)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 369
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
AM2 APRAMYCIN × 3
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å
|
|
7PJW
Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G-GDP-Pi)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
AM2 APRAMYCIN × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 4.00 Å
|
|
7PJX
Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
AM2 APRAMYCIN × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 6.50 Å
|
|
7PJY
Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP)
提交 2021-08-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 318
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 1
AM2 APRAMYCIN × 4
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å
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7PJZ
Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 2 (CHI2-EF-G-GDP)
提交 2021-08-24
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
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链 L
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
AM2 APRAMYCIN × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
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分辨率 6.00 Å
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7Q4K
Erythromycin-stalled Escherichia coli 70S ribosome with streptococcal MsrDL nascent chain
提交 2021-10-31
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
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链 BL
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 172
ERY ERYTHROMYCIN A × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.00 Å
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7QG8
Structure of the collided E. coli disome - VemP-stalled 70S ribosome
提交 2021-12-07
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:57-meric
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链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.97 Å
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7QGH
Structure of the E. coli disome - collided 70S ribosome
提交 2021-12-08
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.48 Å
|
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7QGN
Structure of the SmrB-bound E. coli disome - stalled 70S ribosome
提交 2021-12-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:58-meric
|
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.37 Å
|
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7QGR
Structure of the SmrB-bound E. coli disome - collided 70S ribosome
提交 2021-12-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 2
K POTASSIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å
|
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7QQ3
Cryo-EM structure of the E.coli 50S ribosomal subunit in complex with the antibiotic Myxovalargin A.
提交 2022-01-06
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 27
PDB 声明:29-meric
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链 T
1–143(143 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 145
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;Solutions were made fresh, pH was adjusted with potassium hydroxide at 4 degrees celcius and sterile filtered.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE;2 seconds blotting before plunging.
|
分辨率 2.10 Å
|
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7SS9
Late translocation intermediate with EF-G partially dissociated (Structure V)
提交 2021-11-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
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7SSD
Mid translocation intermediate with EF-G bound with GDP (Structure IV)
提交 2021-11-10
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
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7SSL
Pre translocation intermediate with EF-G bound to GDP and Pi (Structure III)
提交 2021-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
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7SSN
Pre translocation 70S ribosome with A/P* and P/E tRNA (Structure II-B)
提交 2021-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
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7SSO
Pre translocation 70S ribosome with A/A and P/E tRNA (Structure II-A)
提交 2021-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
PRO PROLINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
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7SSW
Late translocation intermediate with EF-G dissociated (Structure VI)
提交 2021-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
7ST2
Post translocation, non-rotated 70S ribosome with EF-G dissociated (Structure VII)
提交 2021-11-11
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
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7ST6
Pre translocation, non-rotated 70S ribosome (Structure I)
提交 2021-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
PRO PROLINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
7ST7
Pre translocation intermediate stalled with viomycin and bound with EF-G in a GDP and Pi state (Structure III-vio)
提交 2021-11-12
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 l
2–144(143 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
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7Y7C
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(G34) and mRNA(GAU)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 283
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å
|
|
7Y7D
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(Q34) and mRNA(GAU)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 258
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å
|
|
7Y7E
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAU)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 248
MAN alpha-D-mannopyranose × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å
|
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7Y7F
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAC)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 259
MAN alpha-D-mannopyranose × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å
|
|
7Y7G
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 256
GAL beta-D-galactopyranose × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.34 Å
|
|
7Y7H
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAC)
提交 2022-06-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 263
GAL beta-D-galactopyranose × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å
|
|
7YLA
Cryo-EM structure of 50S-HflX complex
提交 2022-07-25
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
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GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1
MG MAGNESIUM ION × 3
NA SODIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.52 Å
|
|
7Z20
70S E. coli ribosome with an extended uL23 loop from Candidatus marinimicrobia and a stalled filamin domain 5 nascent chain
提交 2022-02-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.29 Å
|
|
7ZOD
70S E. coli ribosome with an extended uL23 loop from Candidatus marinimicrobia
提交 2022-04-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:31-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.56 Å
|
|
7ZP8
70S E. coli ribosome with a stalled filamin domain 5 nascent chain
提交 2022-04-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
7ZQ5
70S E. coli ribosome with truncated uL23 and uL24 loops
提交 2022-04-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:30-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
7ZQ6
70S E. coli ribosome with truncated uL23 and uL24 loops and a stalled filamin domain 5 nascent chain
提交 2022-04-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å
|
|
7ZTA
Structure of an Escherichia coli 70S ribosome stalled by Tetracenomycin X during translation of an MAAAPQK(C) peptide
提交 2022-05-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 L151
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 289
K POTASSIUM ION × 115
ZN ZINC ION × 3
OCW Tetracenomycin X × 1
CYS CYSTEINE × 1
GLN GLUTAMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Waiting 30 sec
Blotting 2.5 sec
Blot force 5
|
分辨率 2.70 Å
|
|
8A3L
Structural insights into the binding of bS1 to the ribosome
提交 2022-06-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 313
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å
|
|
8AKN
Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide drosocin bound to the terminating ribosome
提交 2022-07-30
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1
MG MAGNESIUM ION × 305
SPM SPERMINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.30 Å
|
|
8AM9
Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide drosocin bound to the elongating ribosome
提交 2022-08-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 293
SPM SPERMINE × 1
A2G 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.80 Å
|
|
8AP4
Structure of Escherischia coli heat shock protein Hsp15 in complex with ribosomal 50S subunits bearing peptidyl-tRNA
提交 2022-08-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:33-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.46
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
8AYE
E. coli 70S ribosome bound to thermorubin and fMet-tRNA
提交 2022-09-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 308
T8B Thermorubin × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.96 Å
|
|
8B0X
Translating 70S ribosome in the unrotated state (P and E, tRNAs)
提交 2022-09-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
K POTASSIUM ION × 168
MG MAGNESIUM ION × 361
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å
|
|
8B7Y
Cryo-EM structure of the E.coli 70S ribosome in complex with the antibiotic Myxovalargin B.
提交 2022-10-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:52-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 237
ZN ZINC ION × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
SPD SPERMIDINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å
|
|
8BF7
Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site
提交 2022-10-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å
|
|
8BGE
Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation
提交 2022-10-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å
|
|
8BGH
Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation
提交 2022-10-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å
|
|
8BH4
Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site
提交 2022-10-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å
|
|
8BHJ
Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site
提交 2022-10-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å
|
|
8BHL
Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation
提交 2022-10-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å
|
|
8BHN
Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site
提交 2022-10-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å
|
|
8BHP
Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation
提交 2022-10-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å
|
|
8BIL
Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAA codon in the A-site.
提交 2022-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å
|
|
8BIM
Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAm6A codon in the A-site
提交 2022-11-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 I
1–144(144 aa)
|
未记录
|
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å
|
|
8C8X
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å
|
|
8C8Y
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 23
PDB 声明:25-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.03 Å
|
|
8C8Z
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 22
PDB 声明:24-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.12 Å
|
|
8C90
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:22-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.15 Å
|
|
8C91
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:octadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.19 Å
|
|
8C92
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:heptadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.79 Å
|
|
8C93
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:heptadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å
|
|
8C94
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:21-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å
|
|
8C95
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:hexadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.92 Å
|
|
8C96
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 15
PDB 声明:hexadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.43 Å
|
|
8C98
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 11
PDB 声明:dodecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.66 Å
|
|
8C99
Cryo-EM captures early ribosome assembly in action
提交 2023-01-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:undecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.29 Å
|
|
8CAM
Evernimicin bound to the 50S subunit
提交 2023-01-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
ACT ACETATE ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 246
K POTASSIUM ION × 72
6O1 Evernimicin × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.86 Å
|
|
8CEU
Retapamulin and Capreomycin bound to the 50S subunit
提交 2023-02-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 36
PDB 声明:38-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
G34 Retapamulin × 1
MG MAGNESIUM ION × 220
K POTASSIUM ION × 81
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.83 Å
|
|
8CGD
Clindamycin bound to the 50S subunit
提交 2023-02-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:30-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
ACT ACETATE ION × 1
CLY CLINDAMYCIN × 1
AM2 APRAMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 254
K POTASSIUM ION × 85
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.98 Å
|
|
8CGK
Lincomycin and Avilamycin bound to the 50S subunit
提交 2023-02-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
ACT ACETATE ION × 1
3QB LINCOMYCIN × 1
6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1
MG MAGNESIUM ION × 260
K POTASSIUM ION × 81
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.64 Å
|
|
8CGV
Tiamulin bound to the 50S subunit
提交 2023-02-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 27
PDB 声明:29-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
P8F Pentacycline × 2
MUL TIAMULIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 219
K POTASSIUM ION × 83
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.66 Å
|
|
8HSP
E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and t6A37 in classical state
提交 2022-12-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 315
K POTASSIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å
|
|
8HTZ
E. coli 70S ribosome complexed with H. marismortui tRNA_Ile2 bearing agm2C34 in classical state
提交 2022-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 317
K POTASSIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
8HU1
E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and ct6A37 in classical state
提交 2022-12-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 314
K POTASSIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å
|
|
8IFB
Dibekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system
提交 2023-02-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 406
SPD SPERMIDINE × 14
84D Dibekacin × 13
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å
|
|
8IFC
Arbekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system
提交 2023-02-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 460
SPD SPERMIDINE × 16
84G Arbekacin × 10
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8J1Z
The global structure of pre50S related to DbpA in state3
提交 2023-04-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 25
PDB 声明:27-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 210
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;20mM HEPES-KOH,pH7.5;140mM NH4Cl;10mM Mg2+,1mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
8P16
E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure I)
提交 2023-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 330
SPD SPERMIDINE × 13
K POTASSIUM ION × 128
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å
|
|
8P17
E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure II)
提交 2023-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 325
SPD SPERMIDINE × 13
K POTASSIUM ION × 128
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å
|
|
8P18
E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure III)
提交 2023-05-11
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 321
SPD SPERMIDINE × 13
K POTASSIUM ION × 127
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å
|
|
8PEG
Escherichia coli paused disome complex (queueing 70S non-rotated closed PRE state)
提交 2023-06-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:61-meric
|
链 o
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 260
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.30 Å
|
|
8PHJ
cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome
提交 2023-06-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:61-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 241
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å
|
|
8PKL
Escherichia coli paused disome complex (leading 70S non-rotated closed PRE state)
提交 2023-06-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:60-meric
|
链 o
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
SPD SPERMIDINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 287
ALA ALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.09 Å
|
|
8PVA
Structure of bacterial ribosome determined by cryoEM at 100 keV
提交 2023-07-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
8QBT
E. coli ApdP-stalled ribosomal complex
提交 2023-08-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 45
PDB 声明:52-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 248
K POTASSIUM ION × 127
PRO PROLINE × 1
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
8QK7
E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UAA
提交 2023-09-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 332
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21
K POTASSIUM ION × 126
SPD SPERMIDINE × 10
SPM SPERMINE × 2
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å
|
|
8QOA
Structure of SecM-stalled Escherichia coli 70S ribosome
提交 2023-09-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 132
MG MAGNESIUM ION × 288
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.00 Å
|
|
8R3V
Escherichia coli paused disome complex (non-rotated disome interface)
提交 2023-11-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:65-meric
|
链 o2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
SPD SPERMIDINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 297
ALA ALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celsius.
|
分辨率 3.28 Å
|
|
8R6C
70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with A- and P-site tRNA.
提交 2023-11-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 308
K POTASSIUM ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
8R8M
70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with hybrid A/P- and hybrid P/E-tRNA.
提交 2023-11-29
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 307
K POTASSIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
8RCL
Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 1)
提交 2023-12-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:65-meric
|
链 o2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
SPD SPERMIDINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 296
ALA ALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.49 Å
|
|
8RCM
Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 2)
提交 2023-12-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:65-meric
|
链 o2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
MG MAGNESIUM ION × 296
ALA ALANINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.59 Å
|
|
8RCS
Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 1)
提交 2023-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:65-meric
|
链 o2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
SPD SPERMIDINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 269
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 4.46 Å
|
|
8RCT
Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 2)
提交 2023-12-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 55
PDB 声明:65-meric
|
链 o2
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2
SPD SPERMIDINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 268
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 5.32 Å
|
|
8RPY
Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api137
提交 2024-01-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:33-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.64 Å
|
|
8RPZ
Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation I
提交 2024-01-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å
|
|
8RQ0
Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation II
提交 2024-01-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å
|
|
8RQ2
Escherichia coli 50S subunit in complex with the antimicrobial peptide Api88 - conformation III
提交 2024-01-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.44 Å
|
|
8VOS
Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 60 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site
提交 2024-01-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
|
链 u
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
8W51
Structure of YchF(H114A) on E.coli 50S ribosomal subunit
提交 2023-08-25
|
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 M
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 104
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
8Y5K
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å
|
|
8Y5L
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å
|
|
8Y5M
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
8Y5N
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
8Y5O
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å
|
|
8Y5P
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å
|
|
8Y5Q
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 59
PDB 声明:66-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å
|
|
8Y5R
E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:66-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
8Y5S
E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:66-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å
|
|
8Y5T
E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid
提交 2024-01-31
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:66-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å
|
|
8YDE
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å
|
|
8YDF
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
8YDG
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å
|
|
8YDH
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å
|
|
8YDI
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 58
PDB 声明:67-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å
|
|
8YDJ
E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin
提交 2024-02-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å
|
|
8YUO
E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 at the A-site and P-site
提交 2024-03-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 309
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å
|
|
8YUP
E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and A4 mRNA
提交 2024-03-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 309
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å
|
|
8YUQ
E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and dA4 mRNA
提交 2024-03-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 309
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å
|
|
8YUR
E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and Am4 mRNA
提交 2024-03-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 309
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å
|
|
8YUS
E. coli 70S ribosome complexed with P.putida tRNAIle2 and A(F)4 mRNA
提交 2024-03-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 309
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å
|
|
8ZEJ
Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide
提交 2024-05-06
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 m
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.69 Å
|
|
8ZFF
Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications
提交 2024-05-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 457
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å
|
|
8ZFG
Structure of the Bacterial Ribosome with hypoxia-induced rRNA modifications
提交 2024-05-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 471
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å
|
|
8ZFI
Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor
提交 2024-05-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
|
链 m
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8ZTU
70S ribosome arrested by PepNL
提交 2024-06-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 300
K POTASSIUM ION × 47
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
8ZTV
70S ribosome arrested by PepNL with RF2
提交 2024-06-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 301
K POTASSIUM ION × 47
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å
|
|
9FBV
70S Escherichia coli ribosome with P-site initiatior tRNA.
提交 2024-05-14
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 306
K POTASSIUM ION × 3
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9GFT
Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class I
提交 2024-08-12
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 105
PDB 声明:116-meric
|
链 Ag
1–144(144 aa)
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9GGR
Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class II
提交 2024-08-14
|
构建体不同
突变/修饰不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 106
PDB 声明:117-meric
|
链 Ag
1–144(144 aa)
链 Y
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9GHA
Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G and a tRNA in pe/E chimeric state (CHI)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 94
MG MAGNESIUM ION × 271
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å
|
|
9GHB
Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G in post-translocational state (POST)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 111
MG MAGNESIUM ION × 303
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å
|
|
9GHC
Pre-release fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococus aureus EF-G and FusB (FusB-EF-G-70S)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 109
MG MAGNESIUM ION × 301
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
FUA FUSIDIC ACID × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å
|
|
9GHD
Escherichia coli 70S ribosome in complex with Staphylococcus aureus FusB-EF-G (FusB-EF-G-70S*)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 112
MG MAGNESIUM ION × 303
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å
|
|
9GHE
Staphylococcus aureus FusB bound to the small subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:SSU)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 112
MG MAGNESIUM ION × 303
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å
|
|
9GHF
Staphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:LSU)
提交 2024-08-15
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 3
K POTASSIUM ION × 112
MG MAGNESIUM ION × 303
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9GXX
70S ribosome with doublet-decoding tRNASer3 bound to A-site GCA codon
提交 2024-10-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 288
SPD SPERMIDINE × 7
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7
SPM SPERMINE × 1
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
9H0L
70S ribosome with cognate tRNASer3 bound to A-site AGC codon
提交 2024-10-08
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 314
SPD SPERMIDINE × 6
SPM SPERMINE × 1
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 6
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å
|
|
9H3K
50S subunit precursor d126_(L29)-/(L22)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:nonameric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.62 Å
|
|
9H3L
50S subunit precursor C_(L29)-/(L22)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.84 Å
|
|
9H3M
50S subunit precursor C_(L22)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 13
PDB 声明:14-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.41 Å
|
|
9H3N
50S subunit precursor C_(L22)-~H61
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.69 Å
|
|
9H3O
50S subunit precursor C_(L22)-_GAC
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 16
PDB 声明:17-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.54 Å
|
|
9H3P
50S subunit precursor C-CP_(L22)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 20
PDB 声明:22-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.06 Å
|
|
9H3Q
50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)-~H61
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 21
PDB 声明:23-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.02 Å
|
|
9H3R
50S subunit precursor C-CP_YjgA_(L22)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 23
PDB 声明:25-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å
|
|
9H3S
50S subunit precursor C-CP_YjgA_L22
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 25
PDB 声明:27-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.16 Å
|
|
9H3T
50S subunit precursor C_L2
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:20-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.85 Å
|
|
9H3U
50S subunit precursor C_H68
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:20-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.47 Å
|
|
9H3V
50S subunit precursor C-CP_L2-L28
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 23
PDB 声明:25-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.55 Å
|
|
9H3W
50S subunit precursor C-CP_H68
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 23
PDB 声明:25-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.38 Å
|
|
9H3X
50S subunit precursor C-CP_H68_L35
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 25
PDB 声明:27-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.12 Å
|
|
9H3Y
50S subunit precursor 50S_(L16)-
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.09 Å
|
|
9H3Z
mature 50S subunit
提交 2024-10-17
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 28
PDB 声明:30-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å
|
|
9HA1
Pooled 50S subunit C_(L22)- precursor states supplemented with Api137 - Canonical PET exit Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:15-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å
|
|
9HA2
Pooled 50S subunit C_(L22)- precursor states supplemented with Api137 - Alternative PET exit Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 14
PDB 声明:15-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.17 Å
|
|
9HA3
Pooled 50S subunit C_(L22)-~H61 precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 13
PDB 声明:14-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.62 Å
|
|
9HA4
Pooled 50S subunit C-CP_(L22)- precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 19
PDB 声明:21-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.26 Å
|
|
9HA5
Pooled 50S subunit C_L2 precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 18
PDB 声明:19-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9HA6
mature 50S subunit supplemented with Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 30
PDB 声明:32-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.08 Å
|
|
9HA7
Pooled 50S subunit C-CP_(L22)-~H61 precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-01
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:19-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.37 Å
|
|
9HAI
Pooled 50S subunit C-CP_L2-L28 precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:18-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å
|
|
9HAL
Pooled 50S subunit d126_(L29)-/(L22)- precursor states supplemented with Api137
提交 2024-11-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 8
PDB 声明:nonameric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.49 Å
|
|
9HAM
C_(L29)-/(L22)- precursor supplemented with Api137
提交 2024-11-04
|
构建体不同
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 12
PDB 声明:13-meric
|
链 L
2–144(143 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.06 Å
|
|
9HUQ
Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 47, with P-site tRNA
提交 2024-12-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å
|
|
9HUS
Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 31, with P-site tRNAs
提交 2024-12-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9HY6
Structure of E.coli ribosome with nascent chain at linker length of 31 amino acids, with mRNA, P-site and A-site tRNAs
提交 2025-01-09
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:34-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
9HYM
Structure of WT E.coli ribosome with complexed filament nascent chain at length 34, with mRNA, P-site and A-site tRNAs, and mRNA
提交 2025-01-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:34-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
9I3L
Structure of E.coli ribosome with filamin mutant Y719E nascent chain at linker length of 47 amino acids, with tRNA
提交 2025-01-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:32-meric
|
链 l
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9JMK
50S Ribosomal Subunit precursor state III
提交 2024-09-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 26
PDB 声明:28-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
9JNS
50S precursor - Erm complex (C-II)
提交 2024-09-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:octadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.70 Å
|
|
9JPM
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAA)
提交 2024-09-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 391
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å
|
|
9JPO
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAA)
提交 2024-09-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 448
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å
|
|
9JPP
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAG)
提交 2024-09-26
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 443
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.26 Å
|
|
9JQ2
Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAG)
提交 2024-09-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 438
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å
|
|
9JSR
50S precursor - Erm complex (C-I)
提交 2024-10-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 17
PDB 声明:octadecameric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
AN6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å
|
|
9MKK
Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome
提交 2024-12-17
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 47
PDB 声明:52-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
84G Arbekacin × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9MOR
Damaged 70S ribosome with PrfH bound
提交 2024-12-27
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 439
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.65 Å
|
|
9MQ4
Damaged 70S ribosome with PrfH bound
提交 2025-01-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:58-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 439
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å
|
|
9N2B
Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsB ribosome (BBB-70S)
提交 2025-01-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9
SPD SPERMIDINE × 5
MG MAGNESIUM ION × 276
K POTASSIUM ION × 56
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
9N2C
Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S)
提交 2025-01-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 LO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 10
SPD SPERMIDINE × 5
MG MAGNESIUM ION × 283
K POTASSIUM ION × 49
ZN ZINC ION × 3
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9NJV
E. coli 70S initiation complex (bL33 absent)
提交 2025-02-28
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:53-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 152
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9NKL
E. coli 70S initiation complex
提交 2025-03-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 161
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9NL6
E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 1/PtIM(a) conformation
提交 2025-03-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 252
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9NL7
E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Non-hydrolytic 2/PtIM(b) conformation
提交 2025-03-02
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 250
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9NLF
E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Hydrolytic 2/PtIM(a) conformation
提交 2025-03-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 245
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å
|
|
9NLJ
E.coli Initiation complex with Uup-EQ2
提交 2025-03-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 277
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å
|
|
9NLQ
E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Hydrolytic 1/PtIM(a) conformation
提交 2025-03-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 241
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9NLS
E. coli initiation complex with EQ2-YbiT in Intermediate/PtIM(b) conformation
提交 2025-03-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:56-meric
|
链 15
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 248
ZN ZINC ION × 1
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2
NA SODIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å
|
|
9O2X
Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (S)-betahydroxyBocK charged NH-tRNAPyl
提交 2025-04-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 320
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
K POTASSIUM ION × 10
PAR PAROMOMYCIN × 1
SPD SPERMIDINE × 14
SPM SPERMINE × 1
A1B71 (2S)-6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-(hydroxymethyl)hexanoic acid × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.29 Å
|
|
9O2Y
Structure of WT E.coli ribosome 70S subunit with complexed with mRNA, P-site fMet-NH-tRNAfMet and A-site (R) beta-2-hydroxy-BocLysine acid charged NH-tRNAPyl
提交 2025-04-04
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
PAR PAROMOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 320
SPD SPERMIDINE × 13
FME N-FORMYLMETHIONINE × 1
SPM SPERMINE × 1
K POTASSIUM ION × 10
ZN ZINC ION × 2
A1B70 (2R)-6-[(tert-butoxycarbonyl)amino]-2-(hydroxymethyl)hexanoic acid × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.14 Å
|
|
9PIH
E. coli 70S ribosome bound to Doxycycline
提交 2025-07-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 276
K POTASSIUM ION × 92
DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 6
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9PII
E. coli 70S ribosome bound to Sarecycline
提交 2025-07-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 281
K POTASSIUM ION × 100
V7A Sarecycline × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9PIJ
E. coli 70S ribosome bound to Minocycline
提交 2025-07-10
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 1
MG MAGNESIUM ION × 340
K POTASSIUM ION × 148
MIY (4S,4AS,5AR,12AS)-4,7-BIS(DIMETHYLAMINO)-3,10,12,12A-TETRAHYDROXY-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2- CARBOXAMIDE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
9Q87
Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angstrom resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+
提交 2025-02-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 235
MG MAGNESIUM ION × 415
CU1 COPPER (I) ION × 5
ZN ZINC ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å
|
|
9QQQ
Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the major state (vacant A-site, canon)
提交 2025-04-01
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
A1JA7 [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-carbamimidamido-2-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1
MG MAGNESIUM ION × 312
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.26 Å
|
|
9QSJ
Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state.
提交 2025-04-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1
MG MAGNESIUM ION × 311
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.62 Å
|
|
9R3A
Structure of Stalled Beta-Galactosidase 70S Ribosome Nascent Chain
提交 2025-05-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
K POTASSIUM ION × 131
MG MAGNESIUM ION × 287
PRO PROLINE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.86 Å
|
|
9RBF
Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC
提交 2025-05-22
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 54
PDB 声明:61-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
|
分辨率 2.44 Å
|
|
9RFW
Manikomycin bound to the Escherichia coli 50S ribosomal subunit
提交 2025-06-05
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:35-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 213
K POTASSIUM ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å
|
|
9RJA
Manikomycin bound to the Escherichia coli 70S ribosome
提交 2025-06-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:57-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 309
K POTASSIUM ION × 2
PAR PAROMOMYCIN × 1
SPD SPERMIDINE × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.45 Å
|
|
9RTU
Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G(P610L)-GDP-Pi)
提交 2025-07-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 369
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
AM2 APRAMYCIN × 3
PO4 PHOSPHATE ION × 1
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.00 Å
|
|
9RTV
Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G(P610L)-GDP-Pi)
提交 2025-07-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 53
PDB 声明:59-meric
|
链 L
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 369
ZN ZINC ION × 2
NA SODIUM ION × 2
AM2 APRAMYCIN × 3
GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1
PO4 PHOSPHATE ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.60 Å
|
|
9SLG
Doxycycline Bound E. coli Ribosome with Rearranged Peptidyl Transferase Centre
提交 2025-09-03
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 51
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 447
K POTASSIUM ION × 77
DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;BS100 ribosomal resuspension buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE;Blot time 4 s, blot force 1, blot total 1
|
分辨率 2.16 Å
|
|
9SRO
Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the rotated state with hybrid tRNAs
提交 2025-09-24
|
聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 48
PDB 声明:54-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 309
A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
9SS4
pre-50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (-H68)
提交 2025-09-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 33
PDB 声明:35-meric
|
链 BO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
9SS5
50S ribosomal subunit in rimM-KO with RsfS (+H68)
提交 2025-09-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 32
PDB 声明:34-meric
|
链 BO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å
|
|
9SS6
70S ribosome from RimM-KO
提交 2025-09-25
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 52
PDB 声明:55-meric
|
链 BO
1–144(144 aa)
|
未记录
|
未记录非水小分子
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å
|
|
9SYH
E. coli 70S ribosome from deltaRlmE strain
提交 2025-10-12
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 148
MG MAGNESIUM ION × 351
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.89 Å
|
|
9T0Y
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain
提交 2025-10-20
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 143
MG MAGNESIUM ION × 337
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å
|
|
9T19
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 0
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 99
K POTASSIUM ION × 42
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å
|
|
9T1A
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 1
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å
|
|
9T1B
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 2
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å
|
|
9T1C
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 3
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
MG MAGNESIUM ION × 1
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.07 Å
|
|
9T1E
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 4
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.28 Å
|
|
9T1F
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 5
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 40
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å
|
|
9T1G
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 6
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 100
K POTASSIUM ION × 42
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.29 Å
|
|
9T1H
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 7
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å
|
|
9T1I
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 8
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.30 Å
|
|
9T1J
E. coli 70S ribosome from delta-RlmE strain, PTC class 9
提交 2025-10-21
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 102
K POTASSIUM ION × 43
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.23 Å
|
|
9T2J
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 0
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:12-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 39
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.02 Å
|
|
9T2K
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 1
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 40
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å
|
|
9T2L
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 2
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 40
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.07 Å
|
|
9T2M
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 3
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 39
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å
|
|
9T2N
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 4
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 36
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å
|
|
9T2O
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 5
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 39
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.07 Å
|
|
9T2P
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 6
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 36
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.08 Å
|
|
9T2Q
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 7
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 40
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.08 Å
|
|
9T2R
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 8
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 101
K POTASSIUM ION × 40
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å
|
|
9T2S
E. coli 70S ribosome from delta-9 strain, PTC class 9
提交 2025-10-23
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 10
PDB 声明:14-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1
MG MAGNESIUM ION × 100
K POTASSIUM ION × 39
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.07 Å
|
|
9T6M
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain
提交 2025-11-07
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
K POTASSIUM ION × 132
MG MAGNESIUM ION × 316
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 5
PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 8
ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å
|
|
9T8K
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 0
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:11-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.18 Å
|
|
9T8L
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 1
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:11-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å
|
|
9T8M
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 2
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:11-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å
|
|
9T8N
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 3
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 33
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å
|
|
9T8O
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 4
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:11-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.19 Å
|
|
9T8P
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 5
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:12-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å
|
|
9T8Q
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 6
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:12-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.23 Å
|
|
9T8R
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 7
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:12-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å
|
|
9T8S
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 8
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:12-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 2
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.22 Å
|
|
9T8T
E. coli 70S ribosome from delta-10 strain, PTC class 9
提交 2025-11-13
|
聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
|
Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 9
PDB 声明:13-meric
|
链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
|
SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 1
MG MAGNESIUM ION × 34
K POTASSIUM ION × 21
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5;HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.23 Å
|
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9TEW
DalDro bound to the initiating Escherichia coli 70S ribosome
提交 2025-11-26
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聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 2.90 Å
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9TEX
Dal2 bound to the Escherichia coli 70S ribosome
提交 2025-11-26
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聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 2.54 Å
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9TEZ
DalDroS bound to the Escherichia coli 50S ribosomal subunit
提交 2025-11-26
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聚集状态不同
配体/离子不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 31
PDB 声明:34-meric
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链 k
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
SPM SPERMINE × 1
MG MAGNESIUM ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
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分辨率 2.88 Å
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9TMI
E. coli 70S ribosome with A- and P-site tRNA
提交 2025-12-13
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
MG MAGNESIUM ION × 258
SCM SPECTINOMYCIN × 1
VAL VALINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.08 Å
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9TNL
E. coli 70S ribosome with A/P- and P/E-site tRNA
提交 2025-12-16
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
SCM SPECTINOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 266
K POTASSIUM ION × 52
VAL VALINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.11 Å
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9TQA
E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA
提交 2025-12-19
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 2
SCM SPECTINOMYCIN × 1
MG MAGNESIUM ION × 238
VAL VALINE × 1
K POTASSIUM ION × 6
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.06 Å
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9WNQ
Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide
提交 2025-09-05
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 49
PDB 声明:56-meric
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链 m
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
PRO PROLINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 2.59 Å
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9WNR
Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor
提交 2025-09-05
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:57-meric
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链 m
1–144(144 aa)
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未记录
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ZN ZINC ION × 1
PRO PROLINE × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6;20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
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分辨率 2.76 Å
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9XFK
In situ structure of bacterial 50S ribosomes
提交 2025-10-29
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:31-meric
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链 T
1–144(144 aa)
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未记录
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MG MAGNESIUM ION × 166
NA SODIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.98 Å
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9XFL
In vitro structure of bacterial 50S ribosomes
提交 2025-10-29
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 29
PDB 声明:31-meric
|
链 T
1–144(144 aa)
|
未记录
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MG MAGNESIUM ION × 176
NA SODIUM ION × 1
ZN ZINC ION × 1
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ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 3.16 Å
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9Y79
Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC^walked) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site
提交 2025-09-09
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
其他组合
异源复合物;蛋白 × 60
PDB 声明:68-meric
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链 u
1–144(144 aa)
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未记录
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未记录非水小分子
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ELECTRON MICROSCOPY
mmCIF 未提供已读取条件
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分辨率 3.20 Å
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9ZTL
Single Particle Cryo EM Analysis of a Ribosome Nascent Globin Complex
提交 2025-12-23
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聚集状态不同
配体/离子不同
实验环境不同
结构质量不同
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Assembly 1
蛋白–RNA
异源复合物;蛋白 × 50
PDB 声明:55-meric
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链 k
1–144(144 aa)
|
未记录
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ZN ZINC ION × 2
|
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
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分辨率 2.91 Å
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