9nvp

Structure of Nanchung-Inactive-Calmodulin in complex with Nicotinamide, EDTA

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 149.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Inactive

Halyomorpha halys

UniProt A0A9P0HI19

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 11–902 链 D; UniProt 11–902 未记录 Nanchung × 2 Calmodulin-1 × 2 (P0DP23) 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 14 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 NCA NICOTINAMIDE × 2 D39 (2~{S})-2-azanyl-3-[[(2~{R})-3-hexadecanoyloxy-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propanoic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.85 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A9P0HI19_NEZVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 93–984; UniProt 11–902 作者链 D; PDB构建体 93–984; UniProt 11–902

Inactive

Halyomorpha halys

UniProt A0A9P0MRC5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 78–139 链 D; UniProt 78–139 未记录 Nanchung × 2 Calmodulin-1 × 2 (P0DP23) 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 14 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 NCA NICOTINAMIDE × 2 D39 (2~{S})-2-azanyl-3-[[(2~{R})-3-hexadecanoyloxy-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propanoic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.85 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A9P0MRC5_NEZVI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 31–92; UniProt 78–139 作者链 D; PDB构建体 31–92; UniProt 78–139

Calmodulin-1

Homo sapiens

UniProt P0DP23

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–149 链 F; UniProt 1–149 未记录 Inactive × 2 (A0A9P0MRC5,A0A9P0HI19) Nanchung × 2 6OU [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate × 14 LBN 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine × 6 NCA NICOTINAMIDE × 2 D39 (2~{S})-2-azanyl-3-[[(2~{R})-3-hexadecanoyloxy-2-[(~{Z})-octadec-9-enoyl]oxy-propoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propanoic acid × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.85 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 213 个其他 PDB 条目、279 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149 作者链 F; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nvp

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nvp
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nvp
沉积日期 deposition_date2025-03-21
结构标题 titleStructure of Nanchung-Inactive-Calmodulin in complex with Nicotinamide, EDTA
关键词 keywordsMembrane protein, membrane channel, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier50.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron49.65
零角强度 I(0) i01609510000.00
分子量 molecular_weight351130.0 kDa
排除体积 excluded_volume445780 ų
包络体积 envelope_volume669490 ų
水化壳体积 shell_volume108380 ų
包络直径 envelope_diameter152.5
壳层 Rg shell_rg57.89
包络 Rg envelope_rg47.55
形状 Rg shape_rg49.68
总 Rg total_rg49.81
总原子数 total_atoms48920
残基数 n_residues3052
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax149.8
Rg (实空间) rg_real50.25
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.93
I(0) (实空间) i0_real1.6100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8800e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal50.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1611000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8774
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary67.7
偏度 Skewness skewness-0.049
峰度 Kurtosis kurtosis-0.545
角度范围 angular_range— – 0.1550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha108200000.0000
实空间数据点数 n_real_points32
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.946; Smooth: 0.665

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)