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1f66

2.6 A CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE VARIANT HISTONE H2A.Z

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HISTONE H3

Xenopus laevis

UniProt Q7ZT64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 1–136 链 E； UniProt 1–136 未记录 PALINDROMIC 146 BASE PAIR DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H4 × 2 （P62806） HISTONE H2A.Z × 2 （P17317） HISTONE H2B × 2 （P02281） MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.60 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F66 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1P34 Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1P3A Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
1P3B Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1P3F Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.272
1P3G Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1P3I Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
1P3K Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1P3L Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1P3M Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
1P3O Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.75 Å R-free 0.276
1P3P Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q7ZT64_9ZZZZ
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 E； PDB构建体 1–36； UniProt 1–136

HISTONE H4

Mus musculus

UniProt P62806

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 1–102 链 F； UniProt 1–102 未记录 PALINDROMIC 146 BASE PAIR DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （Q7ZT64） HISTONE H2A.Z × 2 （P17317） HISTONE H2B × 2 （P02281） MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.60 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F66 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–21（20 aa） 片段：RESIDUES 2-21
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.
分辨率 2.37 Å R-free 0.261
2WP2 Structure of Brdt bromodomain BD1 bound to a diacetylated histone H4 peptide. 提交 2009-08-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 Q 2–21（20 aa） 片段：RESIDUES 2-21
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；15 MG/ML BRDT-BD1 PROTEIN WAS MIXED WITH H4-ACK5/K8 PEPTIDE IN A 1:20 MOLAR RATIO. CRYSTALLIZATION WAS BY THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD FROM 2.4 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M HEPES PH 7.
分辨率 2.37 Å R-free 0.261
4AU7 The structure of the Suv4-20h2 ternary complex with histone H4 提交 2012-05-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 18–26（9 aa） 片段：RESIDUES 18-26
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 9% PEG 3350, 0.1 M HEPES PH 6.5
分辨率 2.07 Å R-free 0.240
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 15–26（12 aa） 片段：UNP residues 15-26
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.95 Å R-free 0.257
4DOW Structure of mouse ORC1 BAH domain bound to H4K20me2 提交 2012-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 15–26（12 aa） 片段：UNP residues 15-26
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；292 K；0.2 M sodium bromide, 25% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K
分辨率 1.95 Å R-free 0.257
5B1L The mouse nucleosome structure containing H3t 提交 2015-12-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 2.35 Å R-free 0.243
5B1M The mouse nucleosome structure containing H3.1 提交 2015-12-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 2.34 Å R-free 0.259
5XM0 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3.3, and H4 提交 2017-05-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 2.87 Å R-free 0.255
5XM1 The mouse nucleosome structure containing H2A, H2B type3-A, H3mm7, and H4 提交 2017-05-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 3.45 Å R-free 0.254
7DBH The mouse nucleosome structure containing H3mm18 提交 2020-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
7VBM The mouse nucleosome structure containing H3mm18 aided by PL2-6 scFv 提交 2021-08-31 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å
8PKI Cryo-EM structure of NR5A2-nucleosome complex SHL+5.5 提交 2023-06-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 B 1–103（103 aa）
链 F 1–103（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.58 Å

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H4_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–103； UniProt 1–102 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 1–102

HISTONE H2A.Z

Homo sapiens

UniProt P17317

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 1–127 链 G； UniProt 1–127 未记录 PALINDROMIC 146 BASE PAIR DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （Q7ZT64） HISTONE H4 × 2 （P62806） HISTONE H2B × 2 （P02281） MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.60 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2AZ_HUMAN
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 2–128； UniProt 1–127 作者链 G； PDB构建体 2–128； UniProt 1–127

HISTONE H2B

Xenopus laevis

UniProt P02281

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 8 DNA 2 PDB 声明：decameric（10） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 1–125 链 H； UniProt 1–125 未记录 PALINDROMIC 146 BASE PAIR DNA FRAGMENT × 2 HISTONE H3 × 2 （Q7ZT64） HISTONE H4 × 2 （P62806） HISTONE H2A.Z × 2 （P17317） MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K 分辨率 2.60 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1F66 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AOI COMPLEX BETWEEN NUCLEOSOME CORE PARTICLE (H3,H4,H2A,H2B) AND 146 BP LONG DNA FRAGMENT 提交 1997-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 27–125（99 aa） 片段：HISTONE H2B
链 H 27–125（99 aa） 片段：HISTONE H2B
突变：A7P 突变：A7P MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å R-free 0.302
1KX3 X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146, at 2.0 A Resolution 提交 2002-01-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 13 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.00 Å R-free 0.275
1KX4 X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP146b, at 2.6 A Resolution 提交 2002-01-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.60 Å R-free 0.300
1KX5 X-Ray Structure of the Nucleosome Core Particle, NCP147, at 1.9 A Resolution 提交 2002-01-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.94 Å R-free 0.275
1M18 LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA 提交 2002-06-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 1SZ N-[5-[[4-[[5-[[5-[[5-[[5-[[3-[3-(dimethylamino)propylamino]-3-oxidanylidene-propyl]carbamoyl]-1-methyl-pyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methyl-pyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methyl-pyrrol-3-yl]carbamoyl]-1-methyl-pyrrol-3-yl]amino]-4-oxidanylidene-butyl]carbamoyl]-1-methyl-pyrrol-3-yl]-1-methyl-4-[[1-methyl-4-[(1-methylimidazol-2-yl)carbonylamino]pyrrol-2-yl]carbonylamino]imidazole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.45 Å R-free 0.257
1P34 Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1P3A Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.260
1P3B Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1P3F Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.272
1P3G Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.265
1P3I Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.275
1P3K Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.291
1P3L Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.40 Å R-free 0.265
1P3M Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.270
1P3O Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.75 Å R-free 0.276
1P3P Crystallographic Studies of Nucleosome Core Particles containing Histone 'Sin' Mutants 提交 2003-04-17 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；MnCl2, KCl, Potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.70 Å R-free 0.268
1ZBB Structure of the 4_601_167 Tetranucleosome 提交 2005-04-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：36-meric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
链 d 1–125（125 aa）
链 h 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.75；294 K；magnesium chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, trisCl, pH 6.75, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 9.00 Å
2F8N 2.9 Angstrom X-ray structure of hybrid macroH2A nucleosomes 提交 2005-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 4–125（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；34 to 37.5mM KCl and 40-45mM MnCl2, 5mM Potassium Cacodylate, Sample concentration: 8-12 mg/ml, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.90 Å R-free 0.269
2FJ7 Crystal structure of Nucleosome Core Particle Containing a Poly (dA.dT) Sequence Element 提交 2005-12-31 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；20 to 35 mM KCl, 34 to 48 mM MnCl2, and 5mM K-cacodylate pH 6.0 , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 3.20 Å R-free 0.350
2NZD Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2006-11-23 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–125（125 aa）
链 H 1–125（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.283
3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.402
3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.435
3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 34–126（93 aa） 片段：UNP residues 34-126
链 H 34–126（93 aa） 片段：UNP residues 34-126
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 N 2–126（125 aa）
链 R 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.75 Å R-free 0.259
3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.318
3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.319
3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.44 Å R-free 0.282
3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.238
3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.215
3O62 Nucleosome core particle modified with a cisplatin 1,3-cis-{Pt(NH3)2}2+-d(GpTpG) intrastrand cross-link 提交 2010-07-28 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 CPT Cisplatin × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；40-46 mM MnCl2, 30-45 mM KCl, and 20 mM potassium cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 3.22 Å R-free 0.306
3REH 2.5 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) 提交 2011-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；289 K；KCl, MnCl2, K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
3REI 2.65 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 145 bp Alpha-Satellite DNA (NCP145) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 PT PLATINUM (II) ION × 49 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3REJ 2.55 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) 提交 2011-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 13 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.55 Å R-free 0.262
3REK 2.6 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Oxaliplatin 提交 2011-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 40 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å R-free 0.281
3REL 2.7 Angstrom Crystal Structure of the Nucleosome Core Particle Assembled with a 146 bp Alpha-Satellite DNA (NCP146b) Derivatized with Triamminechloroplatinum(II) Chloride 提交 2011-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 2 PT PLATINUM (II) ION × 48 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.70 Å R-free 0.302
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.289
3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4J8U X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 ELJ chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.38 Å R-free 0.280
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 D 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.41 Å R-free 0.275
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 D 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.69 Å R-free 0.282
4KHA Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT 提交 2013-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 34–126（93 aa） 片段：UNP residues 652-945 and 34-126
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；manual setup 1ul protein (15 mg / ml) plus 1 ul crystallization buffer (7.25% [vol/vol] PEG8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.229
4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
分辨率 3.28 Å R-free 0.245
4WU8 Structure of trPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
突变：S29T 突变：S29T CX3 [2-(3-{bis[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}propyl)-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(2-)]platinum(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
分辨率 2.45 Å R-free 0.263
4WU9 Structure of cisPtNAP-NCP145 提交 2014-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
突变：S29T 突变：S29T SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 CX8 [2-{3-[(2-{[2-(amino-kappaN)ethyl]amino-kappaN}ethyl)amino-kappaN]propyl}-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dionato(3-)]platinum × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291.15 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate
分辨率 2.60 Å R-free 0.273
4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa） 片段：UNP residues 2-126
链 H 2–126（125 aa） 片段：UNP residues 2-126
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
分辨率 3.18 Å R-free 0.299
4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 34–126（93 aa） 片段：residues 34-126
链 H 34–126（93 aa） 片段：residues 34-126
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.299
4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 34–126（93 aa） 片段：residues 34-126
链 H 34–126（93 aa） 片段：residues 34-126
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 33–126（94 aa）
链 H 33–126（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.296
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
4ZUX SAGA DUB module Ubp8/Sgf11/Sus1/Sgf73 bound to ubiqitinated nucleosome 提交 2015-05-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：eicosameric
链 N 5–126（122 aa）
链 R 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 16 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；50 mM Tris-acetate pH 7.4, 50 mM sodium acetate, 5 mM Mg-acetate, 5% sucrose and 5% 2-propanol
分辨率 3.82 Å R-free 0.256
5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.251
5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.81 Å R-free 0.241
5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.81 Å R-free 0.242
5F99 X-ray Structure of the MMTV-A Nucleosome Core Particle 提交 2015-12-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；sample was mixed 1:1 with 10 mM K-cacodylate, pH 6.0, 180 mM MgCl2, 50 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.63 Å R-free 0.252
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 L 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 H 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 T 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5G2E Structure of the Nap1 H2A H2B complex 提交 2016-04-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 10-15% W/V PEG3350; 200 MM LICL
分辨率 6.70 Å R-free 0.310
5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
分辨率 4.50 Å R-free 0.397
5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
分辨率 5.40 Å R-free 0.265
5NL0 Crystal structure of a 197-bp palindromic 601L nucleosome in complex with linker histone H1 提交 2017-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293.15 K；Mix of equal volumes of the nucleosome/H1 complex (25-30 microM) and a crystallization solution composed of MPD (6% v/v), 50 mM NaCl, and 50 mM sodium potassium phosphate pH 6.4.
分辨率 5.40 Å R-free 0.265
5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–125（121 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.32 Å R-free 0.259
5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
链 N 1–126（126 aa）
链 R 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
分辨率 6.72 Å R-free 0.352
5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
链 L 1–126（126 aa）
链 P 1–126（126 aa）
链 T 1–126（126 aa）
链 X 1–126（126 aa）
链 b 1–126（126 aa）
链 f 1–126（126 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
分辨率 5.77 Å R-free 0.238
5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
分辨率 2.63 Å R-free 0.254
5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
6I84 Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex 提交 2018-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：23-meric
链 R 5–126（122 aa）
链 W 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T, K117C 突变：S29T, K117C SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 34–126（93 aa）
链 H 34–126（93 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 34–126（93 aa）
链 H 34–126（93 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K01 Crystal structure of xH2A-H2B 提交 2019-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 28–126（99 aa）
突变：S30T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.84 Å R-free 0.278
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T/K117T 突变：S29T/K117T SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T/K117C 突变：S29T/K117C SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T/K117C 突变：S29T/K117C ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T/K117C 突变：S29T/K117C SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T/K117C 突变：S29T/K117C SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 5–126（122 aa） 片段：HISTONE H2B 1.1
突变：S33T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 5–126（122 aa） 片段：HISTONE H2B 1.1
突变：S33T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6NJ9 Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 2-to-1 complex 提交 2019-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T, K120C 突变：S32T, K120C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 2.96 Å
6NN6 Structure of Dot1L-H2BK120ub nucleosome complex 提交 2019-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T, K121C 突变：S33T, K121C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6NOG Poised-state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T, K120C 突变：S32T, K120C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing
分辨率 3.90 Å
6NQA Active state Dot1L bound to the H2B-Ubiquitinated nucleosome, 1-to-1 complex 提交 2019-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T, K120C 突变：S32T, K120C SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solutions were prepared on the day of freezing and filtered though a 0.2 um filter prior to use.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot once for 3.5 seconds before freezing.
分辨率 3.54 Å
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：K120C, S32T 突变：K120C, S32T SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
分辨率 3.50 Å
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S32T 突变：S32T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 P 1–126（126 aa）
链 T 1–126（126 aa）
突变：S32T 突变：S32T 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6PA7 The cryo-EM structure of the human DNMT3A2-DNMT3B3 complex bound to nucleosome. 提交 2019-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 3 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
6PWV Cryo-EM structure of MLL1 core complex bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
6PWW Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5 and WDR5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
6PWX Cryo-EM structure of RbBP5 bound to the nucleosome 提交 2019-07-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6RYR Nucleosome-CHD4 complex structure (single CHD4 copy) 提交 2019-06-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6RYU Nucleosome-CHD4 complex structure (two CHD4 copies) 提交 2019-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.00 Å
6TEM CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM 提交 2019-11-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 H 2–126（125 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6UXW SWI/SNF nucleosome complex with ADP-BeFx 提交 2019-11-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 U 5–126（122 aa）
链 Y 5–126（122 aa）
未记录 PO4 PHOSPHATE ION × 12 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；10 mM HEPES, pH 7.9, 10 mM MgCl2, 50 mM KCl, 1 mM DTT, 5% glycerol, 0.05% NP-40
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 8.96 Å
6VEN Yeast COMPASS in complex with a ubiquitinated nucleosome 提交 2020-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：K120C, S30T 突变：K120C, S30T ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot force 5 3.5 sec blot time
分辨率 3.37 Å
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T 突变：S32T FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
突变：S32T 突变：S32T FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6W4L The crystal structure of a single chain H2B-H2A histone chimera from Xenopus laevis 提交 2020-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 34–126（93 aa）
未记录 PPV PYROPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.9；291 K；0.2M sodium thiocyanate, 20% PEG3350
分辨率 1.31 Å R-free 0.206
6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
6W5M Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class02) 提交 2020-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.60 Å
6W5N Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class05) 提交 2020-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.00 Å
6WKR PRC2-AEBP2-JARID2 bound to H2AK119ub1 nucleosome 提交 2020-04-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric
链 M 1–126（126 aa）
链 S 1–126（126 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 2.50 Å
6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 D 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 3.00 Å
7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 G 5–126（122 aa）
链 K 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.40 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EG6 Snf5 Finger Helix bound to the nucleosome 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
7ENN The structure of ALC1 bound to the nucleosome 提交 2021-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7K6P Active state Dot1 bound to the unacetylated H4 nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 33–125（93 aa）
链 H 33–125（93 aa）
突变：K120C,S32T 突变：K120C,S32T SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7K6Q Active state Dot1 bound to the H4K16ac nucleosome 提交 2020-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 33–125（93 aa）
链 H 33–125（93 aa）
突变：K120C, S32T 突变：K120C, S32T SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7KBD Nucleosome in interphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.38 Å
7KBE Nucleosome isolated from metaphase chromosome formed in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
7KBF H1.8 bound nucleosome isolated from metaphase chromosome in Xenopus egg extract (oligo fraction) 提交 2020-10-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.42 Å
7M1X Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z 提交 2021-03-15 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
分辨率 3.70 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7NKX RNA polymerase II-Spt4/5-nucleosome-Chd1 structure 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7NKY RNA Polymerase II-Spt4/5-nucleosome-FACT structure 提交 2021-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：27-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7OTQ Cryo-EM structure of ALC1/CHD1L bound to a PARylated nucleosome 提交 2021-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 4.80 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T, K120C 突变：S32T, K120C SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 U 1–126（126 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 U 1–126（126 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
链 N 1–126（126 aa）
链 R 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XFC Structure of nucleosome-DI complex (-30I, Apo state) 提交 2022-04-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFH Structure of nucleosome-AAG complex (A-30I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFI Structure of nucleosome-DI complex (-50I, Apo state) 提交 2022-04-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XFJ Structure of nucleosome-AAG complex (T-50I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.00 Å
7XFL Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, free state) 提交 2022-04-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.80 Å
7XFM Structure of nucleosome-AAG complex (A-53I, post-catalytic state) 提交 2022-04-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.10 Å
7XFN Structure of nucleosome-DI complex (-55I, Apo state) 提交 2022-04-01 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.80 Å
7XNP Structure of nucleosome-AAG complex (A-55I, post-catalytic state) 提交 2022-04-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 2.90 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 J 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YRD histone methyltransferase 提交 2022-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 32–126（95 aa）
链 H 32–126（95 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YRG histone methyltransferase 提交 2022-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 32–126（95 aa）
链 H 32–126（95 aa）
突变：S33T 突变：S33T ZN ZINC ION × 2 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 d 2–126（125 aa）
链 h 2–126（125 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 d 2–126（125 aa）
链 h 2–126（125 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 d 2–126（125 aa）
链 h 2–126（125 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8BVW RNA polymerase II pre-initiation complex with the distal +1 nucleosome (PIC-Nuc18W) 提交 2022-12-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 40 PDB 声明：42-meric
链 d 1–126（126 aa）
链 h 1–126（126 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8BYQ RNA polymerase II pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (PIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 38 PDB 声明：40-meric
链 d 1–126（126 aa）
链 h 1–126（126 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 16 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8BZ1 RNA polymerase II core pre-initiation complex with the proximal +1 nucleosome (cPIC-Nuc10W) 提交 2022-12-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 d 1–126（126 aa）
链 h 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T, K120C 突变：S32T, K120C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 D 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8F86 SIRT6 bound to an H3K9Ac nucleosome 提交 2022-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T, K120C 突变：S33T, K120C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T, K120C 突变：S33T, K120C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8GPN Human menin in complex with H3K79Me2 nucleosome 提交 2022-08-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 R 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8SIY Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome 提交 2023-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 F 5–126（122 aa）
链 J 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8SVF BAP1/ASXL1 bound to the H2AK119Ub Nucleosome 提交 2023-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8T3T Structure of Bre1-nucleosome complex - state3 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.21 Å
8T3W Structure of Bre1-nucleosome complex - state2 提交 2023-06-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
8T3Y Structure of Bre1-nucleosome complex - state1 提交 2023-06-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES, pH 7.5, 50 mM NaCl, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8T9F Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8T9G Automethylated PRC2 dimer bound to nucleosome 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 S 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.20 Å
8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 S 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TB9 PRC2-J119-450 monomer bound to H1-nucleosome 提交 2023-06-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 S 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8THU Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-07-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 5–126（122 aa）
链 S 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8UXQ Structure of Heterochromatin Protein 1 (HP1) alpha in complex with an H2A.Z nucleosome 提交 2023-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 H 2–126（125 aa）
链 N 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T, K117C 突变：S29T, K117C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T, K117C 突变：S29T, K117C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T, K117C 突变：S29T, K117C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T, K117C 突变：S29T, K117C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8V4Y Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 1) 提交 2023-11-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8V6V Cryo-EM structure of doubly-bound SNF2h-nucleosome complex 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8V7L Cryo-EM structure of singly-bound SNF2h-nucleosome complex with SNF2h at inactive SHL2 (conformation 2) 提交 2023-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 60 mM KCl, 5 mM MgCl2, 2 mM ADP, 2 mM BeSO4, 10 mM NaF, 1.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 40–126（87 aa）
链 S 38–126（89 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VOB H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 31–126（96 aa）
链 S 31–126（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S29T 突变：S29T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 J 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 28–126（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 Aa 5–126（122 aa）
链 Ab 5–126（122 aa）
链 Ac 5–126（122 aa）
链 Ad 5–126（122 aa）
链 Af 5–126（122 aa）
链 Ag 5–126（122 aa）
链 At 5–126（122 aa）
链 J 5–126（122 aa）
链 M 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
链 O 5–126（122 aa）
链 P 5–126（122 aa）
链 Q 5–126（122 aa）
链 R 5–126（122 aa）
链 S 5–126（122 aa）
链 T 5–126（122 aa）
链 U 5–126（122 aa）
链 V 5–126（122 aa）
链 W 5–126（122 aa）
链 av 5–126（122 aa）
链 aw 5–126（122 aa）
链 ax 5–126（122 aa）
链 ay 5–126（122 aa）
链 az 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
8ZVY Alpha-Synuclein with H2a-H2b dimer complex structure. 提交 2024-06-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 34–126（93 aa）
链 B 34–126（93 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；291.15 K；100 mM Tris pH 8.0 and 10% PEG 8000.
分辨率 1.72 Å R-free 0.220
9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S33T 突变：S33T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9B3P The cryo-EM structure of the H2A.Z-H3.3 double-variant nucleosome 提交 2024-03-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Tris-HCl, 5mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Freezing condition: blot force 0, blot time 4.5 second
分辨率 3.00 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CA7 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the fully-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 2–126（125 aa）
链 T 2–126（125 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.35 Å
9CA8 Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the partially-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 2–126（125 aa）
链 T 2–126（125 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
9CAA Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the pre-engaged state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 2–126（125 aa）
链 T 2–126（125 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.04 Å
9CAB Cryo-EM structure of human SRCAP-nucleosome complex in the encounter state (composite structure) 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 R 2–126（125 aa）
链 T 2–126（125 aa）
未记录 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 5 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.94 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9CG9 Cryo-EM structure of an HMGB1 box bound to nucleosome at SHL-2 提交 2024-06-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
突变：S32T 突变：S32T 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL of sample was applied to grid.
分辨率 2.94 Å
9DBY ncPRC1RYBP bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-08-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S33T 突变：S33T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9DDE ncPRC1RYBP bound to H2AK119Ub/H1.4 chromatosome 提交 2024-08-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S33T 突变：S33T ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9DG3 ncPRC1RYBP Delta-linker mutant bound to singly modified H2AK119Ub nucleosome 提交 2024-09-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S33T 突变：S33T ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
9DGG ncPRC1RYBP bound to unmodified nucleosome 提交 2024-09-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
突变：S33T 突变：S33T ZN ZINC ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9E1L Snf2h bound nucleosome complex - ClassA1 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9E1M Snf2h bound nucleosome complex - ClassA2 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9E1N Snf2h bound nucleosome complex-ClassA3 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E1O Snf2h bound nucleosome complex - ClassB1 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
9E1P Snf2h bound nucleosome complex - ClassB2 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.25 Å
9E1Q Snf2h bound nucleosome complex - ClassB3 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1R Snf2h bound nucleosome complex - ClassB4 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1U Snf2h bound nucleosome complex - ClassC1 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1V Snf2h bound nucleosome complex - ClassC2 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9E1W Snf2h bound nucleosome complex - ClassC3 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9E1Y Empty Nucleosome with 601 widom sequence 提交 2024-10-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 d 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EIL SIRT6 bound to an H3K27Ac nucleosome 提交 2024-11-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZSL [(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxyoxolan-2-yl]methyl [(3aR,5R,6R,6aR)-6-hydroxytetrahydro-2H-furo[2,3-d][1,3]oxathiol-5-yl]methyl dihydrogen diphosphate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9F0O The molecular basis and modulation of lamin-specific chromatin interaction 提交 2024-04-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 30–126（97 aa）
链 H 30–126（97 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9FH9 Structure of CyclinB1 N-terminus bound to the NCP 提交 2024-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9GD0 Structure of a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9GD1 Structure of Chd1 bound to a hexasome-nucleosome complex with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
9GD2 Structure of Chd1 bound to a dinucleosome with a dyad-to-dyad distance of 103 bp. 提交 2024-08-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
链 Q 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
9GD3 Structure of a mononucleosome bound by one copy of Chd1 with the DBD on the exit-side DNA. 提交 2024-08-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9GEN Recombinant Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.76 Å
9GEO Nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.79 Å
9GEP Native monomeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.89 Å
9GEQ Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle; composite map 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.12 Å
9GER Native dimeric Myeloperoxidase bound to nucleosome core particle, intermediate state; composite map 提交 2024-08-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
9IGJ structure of two human ELF2 transcription factors in complex with a nucleosome 提交 2025-02-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；1 mM EDTA, 30 mM NaCl, 2 mM DTT in 20 mM HEPES, pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
9IHD Nucleosome core particle bound by one molecule of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.97 Å
9IHE Nucleosome core particle bound by two molecules of DTT-reduced native monomeric myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9IHF Nucleosome core particle bound by one monomer and one dimer of of DTT-reduced native myeloperoxidase 提交 2025-02-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 D 30–125（96 aa）
链 H 30–125（96 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.16 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9MPP The cryo-EM structure of nucleosome-bound DNA methyltransferases DNMT3A2 and DNMT3L 提交 2024-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 6 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 33–126（94 aa）
链 H 33–126（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 33–126（94 aa）
链 H 33–126（94 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ARG ARGININE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9NY4 USP21 bound to H2AK119ub nucleosome 提交 2025-03-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9QIK M2 nucleosome 提交 2025-03-17 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–126（126 aa）
链 D 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å
9R5K Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 4.20 Å
9R5S Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 3.80 Å
9R5W Structural characterisation of chromatin remodelling intermediates supports linker DNA dependent product inhibition as a mechanism for nucleosome spacing. 提交 2025-05-10 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM Hepes, 120mM Nacl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrified carried out in climate chamber with 100% humidity
分辨率 3.80 Å
9T4V ALC1/CHD1L in an intermediate conformation, bound to a PARylated nucleosome 提交 2025-11-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 uL were applied on grid and immediately blotted for 2.5 s at blot force 0.
分辨率 6.60 Å
9W74 Cryo-EM structure of the close-packed di-hexasome (CPDH) 提交 2025-08-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 N 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.94 Å
9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
9XYC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q 提交 2025-08-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 d 1–126（126 aa）
链 h 1–126（126 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 P 5–126（122 aa）
链 T 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 310 个其他 PDB 条目、327 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H2B1_XENLA
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125 作者链 H； PDB构建体 2–126； UniProt 1–125

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1f66

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1f66
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1f66
沉积日期 deposition_date2000-06-20
结构标题 title2.6 A CRYSTAL STRUCTURE OF A NUCLEOSOME CORE PARTICLE CONTAINING THE VARIANT HISTONE H2A.Z
关键词 keywords;NUCLEOSOME, CHROMATIN, HISTONE, HISTONE VARIANT, PROTEIN DNA INTERACTION, NUCLEOPROTEIN, SUPERCOILED DNA, COMPLEX (NUCLEOSOME CORE-DNA), STRUCTURAL PROTEIN-DNA COMPLEX ;; STRUCTURAL PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier39.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron37.44 Å
零角强度 I(0) i0843736000.00
分子量 molecular_weight177520.0 kDa
排除体积 excluded_volume196870 ų
包络体积 envelope_volume292300 ų
水化壳体积 shell_volume63283 ų
包络直径 envelope_diameter119.6 Å
壳层 Rg shell_rg45.19 Å
包络 Rg envelope_rg36.84 Å
形状 Rg shape_rg37.27 Å
总 Rg total_rg38.16 Å
总原子数 total_atoms12072
残基数 n_residues1061
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.9 Å
Rg (实空间) rg_real39.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.66 Å
I(0) (实空间) i0_real8.4370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2790e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal39.98 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal843900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8900
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary46.4 Å
偏度 Skewness skewness0.079
峰度 Kurtosis kurtosis-0.699
角度范围 angular_range— – 0.2000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66850000.0000
实空间数据点数 n_real_points41
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.988; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.613
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd1f66a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66e_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66f_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66g_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones
结构域编号 domain_idd1f66h_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.22 — Histone-fold
超家族 Superfamily superfamilya.22.1 — Histone-fold
家族 Family familya.22.1.1 — Nucleosome core histones

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1f66A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66F00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66G00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
结构域编号 domain_id1f66H00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology20 — Histone, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Histone, subunit A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)