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8hxy

Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 173.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone H3

Xenopus laevis

UniProt A0A310TTQ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 2–136 链 E； UniProt 2–136 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K36M 突变：K36M ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 38–136（99 aa）
链 E 38–136（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 M 2–136（135 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
链 M 2–136（135 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：K4M 突变：K4M FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6VYP Crystal structure of the LSD1/CoREST histone demethylase bound to its nucleosome substrate 提交 2020-02-27 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 a 2–136（135 aa）
链 e 2–136（135 aa）
突变：K4M 突变：K4M FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 7.5；277 K；25 mM HEPES pH7.5, 75 mM triammonium citrate, 10% PEG2000-MME, Modified Microbatch under oil
分辨率 4.99 Å R-free 0.277
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 C 39–136（98 aa）
链 H 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 M 39–136（98 aa）
链 R 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 W 39–136（98 aa）
链 b 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 g 39–136（98 aa）
链 l 39–136（98 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 39–135（97 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.43 Å
6ZHX Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: nucleosome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 2.50 Å
6ZHY Cryo-EM structure of the regulatory linker of ALC1 bound to the nucleosome's acidic patch: hexasome class. 提交 2020-06-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Blot time 2.5 s, blot force 0. Two sample applications and blots were performed before vitrification.
分辨率 3.00 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 35–135（101 aa）
链 E 35–135（101 aa）
突变：K37M 突变：K37M ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 38–136（99 aa）
链 E 38–136（99 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7M1X Cryo-EM Structure of Nucleosome containing mouse histone variant H2A.Z 提交 2021-03-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4.5 seconds before plunging
分辨率 3.70 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 G 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7SWY 2.6 A structure of a 40-601[TA-rich+1]-40 nucleosome 提交 2021-11-21 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7TN2 Composite model of a Chd1-nucleosome complex in the nucleotide-free state derived from 2.3A and 2.7A Cryo-EM maps 提交 2022-01-20 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 突变：C110A 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM HEPES, pH 7.0, 60 mM KCl, 1.5 mM DTT, 1 mM MgCl2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
链 K 1–136（136 aa）
链 O 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–136（135 aa）
链 K 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–136（135 aa）
链 K 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8B0A Cryo-EM structure of ALC1 bound to an asymmetric, site-specifically PARylated nucleosome 提交 2022-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4Nle, M90Nle, M120Nle 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.36 Å
8G57 Structure of nucleosome-bound Sirtuin 6 deacetylase 提交 2023-02-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 4–135（132 aa）
链 E 4–135（132 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；12.5 mM HEPES pH 7.5, 60 mM KCl, 1.5% glycerol, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K79(MLY), C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NA 1–136（136 aa）
链 NE 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 NA 1–136（136 aa）
链 NE 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 A 2–25（24 aa） 片段：N-ter
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
链 a 2–136（135 aa）
链 e 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A, K9Q 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 O 2–136（135 aa）
链 S 2–136（135 aa）
突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 39–136（98 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUP Chromosome Passenger Complex (CPC) localization module in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：13-meric
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.42 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 X 1–136（136 aa）
链 Y 1–136（136 aa）
链 Z 1–136（136 aa）
链 a 1–136（136 aa）
链 b 1–136（136 aa）
链 c 1–136（136 aa）
链 d 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
链 f 1–136（136 aa）
链 g 1–136（136 aa）
链 h 1–136（136 aa）
链 i 1–136（136 aa）
链 j 1–136（136 aa）
链 k 1–136（136 aa）
链 l 1–136（136 aa）
链 m 1–136（136 aa）
链 n 1–136（136 aa）
链 o 1–136（136 aa）
链 p 1–136（136 aa）
链 q 1–136（136 aa）
链 r 1–136（136 aa）
链 s 1–136（136 aa）
链 t 1–136（136 aa）
链 u 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：K4C C110A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EGX RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-hexasome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGY RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 31 PDB 声明：34-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EGZ RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, bp +27 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 12 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9EH0 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 30 bp upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9EH1 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-nucleosome, 20 bp upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9EH2 RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-SETD2-FACT nucleosome upstream 提交 2024-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric
链 a 1–136（136 aa）
链 e 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 38–135（98 aa）
链 E 38–135（98 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 A 39–136（98 aa）
链 E 39–136（98 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 37–136（100 aa）
链 E 37–136（100 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9Q7U Composite map for Cryo-EM structure of DNMT3A2-DNMT3B3 tetramer bound to 167H3K36me2-nucleosome 提交 2025-08-25 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 9 SAO 5'-S-[(3S)-3-azaniumyl-3-carboxypropyl]-5'-thioadenosine × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 A 2–136（135 aa）
链 E 2–136（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 Q 38–135（98 aa）
链 U 38–135（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 H 38–135（98 aa）
链 Q 38–135（98 aa）
链 U 38–135（98 aa）
链 W 38–135（98 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 A 1–136（136 aa）
链 E 1–136（136 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9Y4P Cryo-EM structure of DNMT3A2/3B3 in complex with H3K36me2 di-nucleosome with eight base pair linker 提交 2025-09-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 A 2–136（135 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 18 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.84 Å

共 126 个其他 PDB 条目、130 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A310TTQ1_XENLA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 2–136

Histone H4

Xenopus laevis

UniProt A0A8J1LTD2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 B； UniProt 15–116 链 F； UniProt 15–116 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1M19 LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA 提交 2002-06-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 5 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 35 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 5 BAL BETA-ALANINE × 5 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1M1A LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA 提交 2002-06-18 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 10 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 2 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 6 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
链 b 15–116（102 aa）
链 f 15–116（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8SIY Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome 提交 2023-04-17 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 15–116（102 aa）
链 H 15–116（102 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 F 14–116（103 aa）
链 I 14–116（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8T9F Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8THU Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-07-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 b 14–116（103 aa）
链 f 14–116（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 J 14–116（103 aa）
链 Q 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 B 14–116（103 aa）
链 F 14–116（103 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 B 15–116（102 aa）
链 F 15–116（102 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9QIK M2 nucleosome 提交 2025-03-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 14–116（103 aa）
链 H 14–116（103 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.03 Å

共 33 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8J1LTD2_XENLA
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–102； UniProt 15–116 作者链 F； PDB构建体 1–102； UniProt 15–116

Histone H2A

Xenopus laevis

UniProt Q6AZJ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 C； UniProt 2–130 链 G； UniProt 2–130 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
2NZD Nucleosome core particle containing 145 bp of DNA 提交 2006-11-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.283
3B6F Nucleosome core particle treated with cisplatin 提交 2007-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.402
3B6G Nucleosome core particle treated with oxaliplatin 提交 2007-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；MnCl2, KCl, K-Cacodylate, pH 6.0, vapor diffusion, temperature 291K
分辨率 3.45 Å R-free 0.435
3KUY DNA Stretching in the Nucleosome Facilitates Alkylation by an Intercalating Antitumor Agent 提交 2009-11-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 1 ATV 2-[(2R)-oxiran-2-ylmethyl]-1H-benzo[de]isoquinoline-1,3(2H)-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.90 Å R-free 0.286
3KWQ Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：UNP residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：UNP residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.50 Å R-free 0.315
3KXB Structural characterization of H3K56Q nucleosomes and nucleosomal arrays 提交 2009-12-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；Crystals were grown by vapor diffusion in 8 20 days at 20 C using a droplet containing 4.0 mg ml−1 core particle 50 mM KCl, 70 75 mM MnCl , and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, surrounded by silicon oil DC200 (110mPa s; Fluka) and equilibrated against 40 46 mM MnCl2, 35 40 mM KCl and 20 mM potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
分辨率 3.20 Å R-free 0.292
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 15 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LEL Structural Insight into the Sequence-Dependence of Nucleosome Positioning 提交 2010-01-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 M 2–130（129 aa）
链 Q 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 19 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 20mM K-Cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.95 Å R-free 0.300
3LJA Using Soft X-Rays for a Detailed Picture of Divalent Metal Binding in the Nucleosome 提交 2010-01-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MN MANGANESE (II) ION × 45 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；85 mM MnCl2, 60 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate, 4 mg/ml NCP over well with 1/2 conc., pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K, EVAPORATION
分辨率 2.75 Å R-free 0.259
3LZ0 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 1) 提交 2010-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.318
3LZ1 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Composed of the Widom 601 DNA Sequence (orientation 2) 提交 2010-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：residues 2-120
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；Kcacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.319
3MGP Binding of Cobalt ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CO COBALT (II) ION × 43 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.44 Å R-free 0.282
3MGQ Binding of Nickel ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 NI NICKEL (II) ION × 47 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.65 Å R-free 0.276
3MGR Binding of Rubidium ions to the Nucleosome Core Particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 RB RUBIDIUM ION × 5 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.30 Å R-free 0.267
3MGS Binding of Cesium ions to the Nucleosome Core particle 提交 2010-04-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
链 G 2–120（119 aa） 片段：UNP RESIDUES 2-120
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 CS CESIUM ION × 12 MN MANGANESE (II) ION × 14 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；85mM MnCl2, 60mM KCl, 40mM K-cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 3.15 Å R-free 0.238
3MNN A Ruthenium Antitumour Agent Forms Specific Histone Protein Adducts in the Nucleosome Core 提交 2010-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RU RUTHENIUM ION × 3 MML 1-methyl-4-(1-methylethyl)benzene × 3 PTW 1,3,5-triaza-7-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]decane × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；55mM KCl, 85mM MnCl2, 20mM K-Cacodylate, pH 6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K
分辨率 2.50 Å R-free 0.277
3MVD Crystal structure of the chromatin factor RCC1 in complex with the nucleosome core particle 提交 2010-05-04 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；294 K；25 mM sodium acetate buffer, 25 mM sodium citrate, 1 mM DTT, 6 % PEG2000-MME, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 2.90 Å R-free 0.215
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3TU4 Crystal structure of the Sir3 BAH domain in complex with a nucleosome core particle. 提交 2011-09-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 3.00 Å R-free 0.241
3UT9 Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with a Palindromic Widom '601' Derivative (NCP-601L) 提交 2011-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 29 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.289
3UTA Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with an Alpha-Satellite Sequence Containing Two TTAAA elements (NCP-TA2) 提交 2011-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 4 MN MANGANESE (II) ION × 17 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.07 Å R-free 0.266
3UTB Crystal Structure of Nucleosome Core Particle Assembled with the 146b Alpha-Satellite Sequence (NCP146b) 提交 2011-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 21 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；K-cacodylate, KCl, MnCl2, pH 6.0, temperature 291K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.20 Å R-free 0.275
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 C 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8V X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-phenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4J8W X-ray structure of NCP145 with chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) 提交 2013-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 1MK chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)osmium(II) × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.41 Å R-free 0.275
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 C 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4J8X X-ray structure of NCP145 with bound chlorido(eta-6-p-cymene)(N-fluorophenyl-2-pyridinecarbothioamide)ruthenium(II) 提交 2013-02-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 RU7 PARA-CYMENE RUTHENIUM CHLORIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.87 Å R-free 0.280
4KGC Nucleosome Core Particle Containing (ETA6-P-CYMENE)-(1, 2-ETHYLENEDIAMINE)-RUTHENIUM 提交 2013-04-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 HRU (ethane-1,2-diamine-kappa~2~N,N')[(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexayl]ruthenium × 4 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.69 Å R-free 0.282
4KHA Structural basis of histone H2A-H2B recognition by the essential chaperone FACT 提交 2013-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 15–103（89 aa） 片段：UNP residues 15-103
未记录 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；277 K；manual setup 1ul protein (15 mg / ml) plus 1 ul crystallization buffer (7.25% [vol/vol] PEG8000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 7.8), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.35 Å R-free 0.229
4LD9 Crystal structure of the N-terminally acetylated BAH domain of Sir3 bound to the nucleosome core particle 提交 2013-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；293.15 K；50 mM MES pH 6.5, 12% PEG 400, 12 mM MnCl2, 100 mM NaCl, 10 mM EDTA, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K
分辨率 3.31 Å R-free 0.295
4R8P Crystal structure of the Ring1B/Bmi1/UbcH5c PRC1 ubiquitylation module bound to the nucleosome core particle 提交 2014-09-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Modified micro batch under oil；pH 7.5；294 K；25 mM HEPES pH 7.5, 80 mM NH4NO3, 3 % PEG2000-MME, Modified micro batch under oil, temperature 294K
分辨率 3.28 Å R-free 0.245
4XUJ Nucleosome core particle containing adducts from treatment with a thiomorpholine-substituted [(eta-6-p-cymene)Ru(3-hydroxy-2-pyridone)Cl] compound 提交 2015-01-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa） 片段：UNP residues 2-126
链 G 2–130（129 aa） 片段：UNP residues 2-126
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 4A6 [(1,2,3,4,5,6-eta)-1-methyl-4-(propan-2-yl)benzene]ruthenium × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40mM MnCl2, 30mM KCl, 20mM K-Cacodylate
分辨率 3.18 Å R-free 0.299
4XZQ Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-02-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.40 Å R-free 0.299
4YS3 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
链 G 15–121（107 aa） 片段：residues 15-121
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；292.15 K；postassium chloride, manganese chloride, cacodylate
分辨率 3.00 Å R-free 0.279
4Z66 Nucleosome disassembly by RSC and SWI/SNF is enhanced by H3 acetylation near the nucleosome dyad axis 提交 2015-04-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 15–121（107 aa）
链 G 15–121（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292.15 K；potassium chloride, potassium cacodylate, manganese chloride
分辨率 2.50 Å R-free 0.296
5CP6 Nucleosome Core Particle with Adducts from the Anticancer Compound, [(eta6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(ethylenediamine)Cl][PF6] 提交 2015-07-21 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 RUH (ethane6-5,8,9,10-tetrahydroanthracene)Ru(II)(ethylene-diamine)Cl × 3 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.251
5DNM Nucleosome core particle containing adducts of ruthenium(II)-toluene PTA complex 提交 2015-09-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.81 Å R-free 0.241
5DNN Nucleosome core particle containing adducts of gold(I)-triethylphosphane and ruthenium(II)-toluene PTA complexes 提交 2015-09-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 AUF triethylphosphanuidylgold(1+) × 2 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RAX dichloro[(1,2,3,4,5,6-eta)-6-methylbenzene]1,3,5-triaza-7lambda~5~-phosphatricyclo[3.3.1.1~3,7~]dec-7-ylruthenium × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate
分辨率 2.80 Å R-free 0.236
5E5A Crystal structure of the chromatin-tethering domain of Human cytomegalovirus IE1 protein bound to the nucleosome core particle 提交 2015-10-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；289 K；sodium cacodylate, magnesium acetate, 2-methyl-2,4-pentanediol
分辨率 2.81 Å R-free 0.242
5HQ2 Structural model of Set8 histone H4 Lys20 methyltransferase bound to nucleosome core particle 提交 2016-01-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：hexadecameric
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 MICROBATCH；pH 5.5；277 K；25 mM sodium acetate pH 5.5, 40 mM sodium citrate,1 mM DTT, 6% PEG2000-MME
分辨率 4.50 Å R-free 0.397
5O9G Structure of nucleosome-Chd1 complex 提交 2017-06-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
5OMX X-ray Structure of the H2A-N38C Nucleosome Core Particle 提交 2017-08-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：N38C 突变：N38C MN MANGANESE (II) ION × 33 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；8 mg/ml sample was mixed 1:1 with 10 mM K-Cacodylate (pH 6.0), 140-150 mM MnCl2, 100 KCl. and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.32 Å R-free 0.259
5ONG X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer 提交 2017-08-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 130-180 mM MnCl2, 100-160 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.247
5ONW X-Ray crystal structure of a nucleosome core particle with its DNA site-specifically crosslinked to the histone octamer and the two H2A/H2B dimers crosslinked via H2A N38C 提交 2017-08-04 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：N38C 突变：N38C MN MANGANESE (II) ION × 20 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；295 K；Sample was mixed in a 1:1 ratio with 10 mM Na-cacodylate, pH 6.0, 160-210 mM MnCl2, 140-200 mM KCl and equilibrated against a 1:4 dilution of the same solution
分辨率 2.80 Å R-free 0.254
5OXV Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (C2 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 M 1–130（130 aa）
链 Q 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodylate, pH 6
分辨率 6.72 Å R-free 0.352
5OY7 Structure of the 4_601_157 tetranucleosome (P1 form) 提交 2017-09-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：34-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 K 1–130（130 aa）
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
链 W 1–130（130 aa）
链 a 1–130（130 aa）
链 e 1–130（130 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；291 K；30-60 mM KCl, 90-110 mM MgCl2 and 5 mM Na-cacodyalte, pH 6.0
分辨率 5.77 Å R-free 0.238
5X0X Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to position +6 of the nucleosome 提交 2017-01-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.97 Å
5X0Y Complex of Snf2-Nucleosome complex with Snf2 bound to SHL2 of the nucleosome 提交 2017-01-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.69 Å
5XF6 Nucleosome core particle with an adduct of a binuclear RAPTA (Ru-arene-phosphaadamantane) compound having an ethylenediamine linker 提交 2017-04-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 RUD [ethane6-3-(p-tolyl)propanoic acid]Ru(1,3,5-triaza-7-phosphaadamantane)Cl2 × 2 EDN ETHANE-1,2-DIAMINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；40 mM MnCl2, 30 mM KCl, 20 mM K-Cacodylate , pH 6.0
分辨率 2.63 Å R-free 0.254
5Z3L Structure of Snf2-nucleosome complex in apo state 提交 2018-01-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3O Structure of Snf2-nucleosome complex in ADP state 提交 2018-01-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.62 Å
5Z3U Structure of Snf2-nucleosome complex at shl2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.31 Å
5Z3V Structure of Snf2-nucleosome complex at shl-2 in ADP BeFx state 提交 2018-01-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.22 Å
6ESF Nucleosome : Class 1 提交 2017-10-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6ESG Nucleosome breathing : Class 2 提交 2017-10-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
6ESH Nucleosome breathing : Class 3 提交 2017-10-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.10 Å
6ESI Nucleosome breathing : Class 4 提交 2017-10-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.30 Å
6FQ5 Class 1 : canonical nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6FQ6 Class 2 : distorted nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6FQ8 Class 3 : translocated nucleosome 提交 2018-02-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 10–119（110 aa）
链 G 10–119（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.80 Å
6IRO the crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP-bound state 提交 2018-11-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
6IY2 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 10–122（113 aa）
链 G 10–122（113 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
6IY3 Structure of Snf2-MMTV-A nucleosome complex at shl-2 in ADP state 提交 2018-12-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 10–122（113 aa）
链 G 10–122（113 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.67 Å
6J99 Cryo-EM structure of human DOT1L in complex with an H2B-monoubiquitinated nucleosome 提交 2019-01-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6JM9 cryo-EM structure of DOT1L bound to unmodified nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 15–121（107 aa）
链 G 15–121（107 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.30 Å
6JMA cryo-EM structure of DOT1L bound to H2B ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 15–130（116 aa）
链 G 15–130（116 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.80 Å
6JYL The crosslinked complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-04-26 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot 1.5s
分辨率 3.37 Å
6K01 Crystal structure of xH2A-H2B 提交 2019-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES pH=7.5, 25% PEG 3350
分辨率 2.84 Å R-free 0.278
6K1P The complex of ISWI-nucleosome in the ADP.BeF-bound state 提交 2019-05-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5；10 mM Tris, 50 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 1.5s
分辨率 3.87 Å
6KIU Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (3.2 angstrom) 提交 2019-07-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6KIV Cryo-EM structure of human MLL1-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIW Cryo-EM structure of human MLL3-ubNCP complex (4.0 angstrom) 提交 2019-07-20 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
6KIX Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode1 提交 2019-07-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 LYS LYSINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6KIZ Cryo-EM structure of human MLL1-NCP complex, binding mode2 提交 2019-07-20 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.50 Å
6KW3 The ClassA RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.13 Å
6KW4 The ClassB RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.55 Å
6KW5 The ClassC RSC-Nucleosome Complex 提交 2019-09-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：28-meric
链 O 1–130（130 aa）
链 T 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.13 Å
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–130（130 aa） 片段：HISTONE H2A
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6N1Z Importin-9 bound to H2A-H2B 提交 2018-11-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 1–130（130 aa） 片段：HISTONE H2A
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.04 M MES, 0.11 M potassium acetate, 2 mM magnesium acetate, 2 mM DTT, 3.0 M potassium formate, 25% glycerol
分辨率 2.70 Å R-free 0.238
6NZO Set2 bound to nucleosome 提交 2019-02-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
6O96 Dot1L bound to the H2BK120 Ubiquitinated nucleosome 提交 2019-03-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：G99R, A123S 突变：G99R, A123S SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 PROPANE；blotted for 3s before plunging
分辨率 3.50 Å
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6OM3 Crystal structure of the Orc1 BAH domain in complex with a nucleosome core particle 提交 2019-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 O 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
突变：G99R, S123A 突变：G99R, S123A 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；6 mM Na-Cacodylate pH 6.0, 0.4 mM Spermine-HCl, 2 mM MgCl2 and 1.75% v/v PEG 400
分辨率 3.30 Å R-free 0.250
6PX1 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
6PX3 Set2 bound to nucleosome 提交 2019-07-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 18–130（113 aa）
链 G 18–130（113 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
6R1T Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 1, free nuclesome 提交 2019-03-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 11–121（111 aa）
链 G 11–121（111 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
6R1U Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 2 提交 2019-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.36 Å
6R25 Structure of LSD2/NPAC-linker/nucleosome core particle complex: Class 3 提交 2019-03-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.61 Å
6S01 Structure of LEDGF PWWP domain bound H3K36 methylated nucleosome 提交 2019-06-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.20 Å
6T9L SAGA DUB module bound to a ubiqitinated nucleosome 提交 2019-10-28 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Solution were made from stock solution
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 4 seconds before plunging
分辨率 3.60 Å
6TDA Structure of SWI/SNF chromatin remodeler RSC bound to a nucleosome 提交 2019-11-08 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 15.00 Å
6TEM CENP-A nucleosome core particle with 145 base pairs of the Widom 601 sequence by cryo-EM 提交 2019-11-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.90 Å
6UGM Structural basis of COMPASS eCM recognition of an unmodified nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
6UH5 Structural basis of COMPASS eCM recognition of the H2Bub nucleosome 提交 2019-09-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
6VZ4 Cryo-EM structure of Sth1-Arp7-Arp9-Rtt102 bound to the nucleosome in ADP Beryllium Fluoride state 提交 2020-02-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time, blot force 20
分辨率 3.90 Å
6W5I Cryo-EM structure of MLL1 in complex with RbBP5, WDR5, SET1, and ASH2L bound to the nucleosome (Class01) 提交 2020-03-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
6WZ5 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.20 Å
6WZ9 Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6X0N Bridging of double-strand DNA break activates PARP2/HPF1 to modify chromatin 提交 2020-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：23-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.00 Å
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 14–119（106 aa）
链 F 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 K 14–119（106 aa）
链 P 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 U 14–119（106 aa）
链 Z 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6YN1 Crystal structure of histone chaperone APLF acidic domain bound to the histone H2A-H2B-H3-H4 octamer 提交 2020-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 e 14–119（106 aa）
链 j 14–119（106 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M sodium cacodylate pH6.5, 1.0 M tri-sodium citrate
分辨率 2.35 Å R-free 0.233
6Z6P HDAC-PC-Nuc 提交 2020-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 17–119（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.43 Å
7AT8 Histone H3 recognition by nucleosome-bound PRC2 subunit EZH2. 提交 2020-10-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 F 2–130（129 aa）
链 J 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.40 Å
7CRO NSD2 bearing E1099K/T1150A dual mutation in complex with 187-bp NCP 提交 2020-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.75 Å
7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.15 Å
7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane
分辨率 3.48 Å
7E8I Structural insight into BRCA1-BARD1 complex recruitment to damaged chromatin 提交 2021-03-01 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
突变：K16C 突变：K16C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7EA5 Yeast Set2 bound to a nucleosome containing oncohistone mutations 提交 2021-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 14–118（105 aa）
链 G 14–118（105 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7EGP The structure of SWI/SNF-nucleosome complex 提交 2021-03-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.90 Å
7KTQ Nucleosome from a dimeric PRC2 bound to a nucleosome 提交 2020-11-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 14–118（105 aa）
链 G 14–118（105 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7MBM Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode01 提交 2021-04-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.76 Å
7MBN Cryo-EM structure of MLL1-NCP (H3K4M) complex, mode02 提交 2021-04-01 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.02 Å
7OH9 Nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL -6 提交 2021-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7OHA nucleosome with TBP and TFIIA bound at SHL +2 提交 2021-05-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
7OHB TBP-nucleosome complex 提交 2021-05-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OHC Cryo-EM structure of nucleosome core particle composed of the Widom 601 DNA sequence 提交 2021-05-10 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
7UD5 Complex between MLL1-WRAD and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-03-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：heptadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.25 Å
7UNC Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS complex with rewrapped nucleosome 提交 2022-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 29 PDB 声明：32-meric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7UND Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-nucleosome complex (stalled at +38) 提交 2022-04-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：33-meric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7VDT The motor-nucleosome module of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7VDV The overall structure of human chromatin remodeling PBAF-nucleosome complex 提交 2021-09-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 N 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 N 1–130（130 aa）
链 S 1–130（130 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 8.80 Å
7X3T Cryo-EM structure of ISW1a-dinucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 M 1–130（130 aa）
链 Q 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.40 Å
7X3V Cryo-EM structure of IOC3-N2 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
7X3W Cryo-EM structure of ISW1-N1 nucleosome 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7X3X Cryo-EM structure of N1 nucleosome-RA 提交 2022-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7XPX Cryo-EM structure of the histone methyltransferase SET8 bound to H4K20Ecx-nucleosome 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI1 Cryo-EM structure of Eaf3 CHD bound to H3K36me3 nucleosome 提交 2022-07-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 I 2–130（129 aa）
链 M 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7ZS9 Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome (complex A) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7ZSA Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP (complex B) 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
7ZSB Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with the +1 nucleosome and NTP, complex C 提交 2022-05-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 36 PDB 声明：38-meric
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 6.60 Å
8A3Y Structure of mammalian Pol II-DSIF-SPT6-PAF1-TFIIS-hexasome elongation complex 提交 2022-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric
链 c 17–119（103 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 9 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8CBN structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8CBQ structure of LEDGF/p75 PWWP domain bound to the H3K36 trimethylated dinucleosome 提交 2023-01-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.00 Å
8CEO Yeast RNA polymerase II transcription pre-initiation complex with core Mediator and the +1 nucleosome 提交 2023-02-02 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：54-meric
链 t 2–130（129 aa）
链 x 2–130（129 aa）
未记录 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 ZN ZINC ION × 17 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8DU4 Complex between RbBP5-WDR5 and an H2B-ubiquitinated nucleosome 提交 2022-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.55 Å
8ETT Class1 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 6.68 Å
8ETV Class2 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.16 Å
8EU2 Class3 of the INO80-Hexasome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 C 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.93 Å
8EUE Class1 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.48 Å
8EUJ Class2 of the INO80-Nucleosome complex 提交 2022-10-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.36 Å
8G6G H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5 提交 2023-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8G6H H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6 提交 2023-02-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.06 Å
8G6Q H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8G6S H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-02-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.47 Å
8G86 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence (focused refinement of nucleosome) 提交 2023-02-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G88 Human Oct4 bound to nucleosome with human nMatn1 sequence 提交 2023-02-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
8G8B Nucleosome with human nMatn1 sequence in complex with Human Oct4 提交 2023-02-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
8G8G Interaction of H3 tail in LIN28B nucleosome with Oct4 提交 2023-02-17 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH 7.5, 1 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
链 c 2–130（129 aa）
链 g 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 Q 2–130（129 aa）
链 U 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8PC5 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8PC6 H3K36me3 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.04 Å
8PEO H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex 提交 2023-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.69 Å
8PEP H3K36me2 nucleosome-LEDGF/p75 PWWP domain complex - pose 2 提交 2023-06-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8RUQ Borealin N-terminus in complex with H3.T3p-nucleosome 提交 2024-01-31 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；10 mM TRIS-HCl, pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 0.3% n-octyl-beta-D-glucoside
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 s blotting time, -10 force, no wait time.
分辨率 2.29 Å
8SKZ Cryo-EM structure of DDM1-HELLS chimera bound to the nucleosome 提交 2023-04-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8T9H Catalytic and non-catalytic mechanisms of histone H4 lysine 20 methyltransferase SUV420H1 提交 2023-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8TAS PRC2 monomer bound to nucleosome 提交 2023-06-27 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 R 1–130（130 aa）
链 U 1–130（130 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 c 1–130（130 aa）
链 g 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8U5H Cryo-EM structure of human DNMT3A UDR bound to H2AK119ub1-modified nucleosome 提交 2023-09-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric
链 K 1–130（130 aa）
链 R 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.23 Å
8UW1 Cryo-EM structure of DNMT3A1 UDR in complex with H2AK119Ub-nucleosome 提交 2023-11-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9；50 mM HEPES pH 7.9, 100 mM NaCl, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
8V25 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.32 Å
8V26 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.33 Å
8V27 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3 提交 2023-11-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
8V28 H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4 提交 2023-11-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.36 Å
8VMJ H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ119-450 提交 2024-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8VMN H3K4me3 nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 提交 2024-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8VO0 H3K36me3-modified nucleosome bound to PRC2_AJ1-450 with histone H3 tail disengaged 提交 2024-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 K 13–119（107 aa）
链 R 13–119（107 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX5 Nucleosome core particle containing an 8-oxoG damage site 提交 2024-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8VX6 Human OGG1 bound at the nucleosomal DNA entry site 提交 2024-02-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 I 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XAA Structure of NAP1 in complex with H2A-H2B 提交 2023-12-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 K 15–106（92 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris, pH 8.0, 25 % v/v PEG 400
分辨率 3.35 Å R-free 0.261
8XJV Structural basis for the linker histone H5-nucleosome binding and chromatin compaction 提交 2023-12-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：110-meric
链 A 1–130（130 aa）
链 Ae 1–130（130 aa）
链 B 1–130（130 aa）
链 C 1–130（130 aa）
链 D 1–130（130 aa）
链 E 1–130（130 aa）
链 F 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
链 H 1–130（130 aa）
链 I 1–130（130 aa）
链 K 1–130（130 aa）
链 L 1–130（130 aa）
链 aj 1–130（130 aa）
链 ak 1–130（130 aa）
链 al 1–130（130 aa）
链 am 1–130（130 aa）
链 an 1–130（130 aa）
链 ao 1–130（130 aa）
链 ap 1–130（130 aa）
链 aq 1–130（130 aa）
链 ar 1–130（130 aa）
链 as 1–130（130 aa）
链 at 1–130（130 aa）
链 au 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 3.60 Å
9B2S Haspin bound to nucleosome in position 1 提交 2024-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.01 Å
9B2T Haspin bound to nucleosome in position 2 提交 2024-03-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.99 Å
9C9X S.c INO80 in complex with Xenopus 0/80 nucleosome, Nucleosome 提交 2024-06-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 2.83 Å
9CAN S.c INO80 in complex with Xenopus 0/40 nucleosome 提交 2024-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：20-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 OTHER
分辨率 3.30 Å
9E1X Snf2h bound nucleosome complex - ClassD1 提交 2024-10-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9EAR CHD1-nucleosome complex (closed state) 提交 2024-11-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 15–119（105 aa）
链 G 15–119（105 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JAO The structure of SMARCAD1 bound to the hexasome in the presence of ADP-BeFx 提交 2024-08-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 13–119（107 aa）
链 G 13–119（107 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9M76 UHRF1 bound to a mononucleosome in its pre-active state, with the RING domain bound to the SRA domain. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
9M77 The activated state of human UHRF1 bound to a mononucleosome, with the finger loop ordered and linker 4 disordered. 提交 2025-03-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
9N6H 2.54 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 1:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.54 Å
9N6I 2.61 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.61 Å
9N6K 2.88 A S.cerevisiae Chd1[L886G/L889G/L891G]-nucleosome 2:1 complex with DNA-binding domain 提交 2025-02-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 11–120（110 aa）
链 G 11–120（110 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9NH8 CHD1-nucleosome complex (anchored state) 提交 2025-02-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：12-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 ARG ARGININE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
9QAJ Structure of the nucleosome-bound human BCL7A 提交 2025-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–120（119 aa）
链 G 2–120（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.95 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 O 12–118（107 aa）
链 S 12–118（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 B 12–118（107 aa）
链 M 12–118（107 aa）
链 O 12–118（107 aa）
链 S 12–118（107 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å
9V9Q Cryo-EM structure of the cPRC1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
9V9R Cryo-EM structure of the ncPRC1.1-UbcH5c E3-E2 complex bound to the H2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9S Cryo-EM structure of the ncPRC1.1 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9T Cryo-EM structure of the ncPRC1.6 complex bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.90 Å
9V9U Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.70 Å
9V9V Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ubH2BK120ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.80 Å
9V9W Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing two RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9V9X Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.30 Å
9V9Y Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RNF2-BMI1 and one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.20 Å
9V9Z Cryo-EM structure of the ncPRC1.4 complex containing one RYBP bound to the H2AK119ub-modified nucleosome 提交 2025-06-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 C 1–130（130 aa）
链 G 1–130（130 aa）
突变：K119C 突变：K119C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.00 Å
9WBZ The structure of NCP-motor-ARP module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9WC0 The structure of NCP-RA module of ncBAF-nucleosome complex 提交 2025-08-15 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 C 2–130（129 aa）
链 G 2–130（129 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å

共 226 个其他 PDB 条目、238 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q6AZJ8_XENLA
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130 作者链 G； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

Histone H2B

Xenopus laevis

UniProt A0A8J0U496

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 5–126 链 H； UniProt 5–126 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1M19 LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA 提交 2002-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 11 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 5 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 35 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 5 BAL BETA-ALANINE × 5 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.30 Å R-free 0.253
1M1A LIGAND BINDING ALTERS THE STRUCTURE AND DYNAMICS OF NUCLEOSOMAL DNA 提交 2002-06-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 10 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 2 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 6 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1 BAL BETA-ALANINE × 1 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.65 Å R-free 0.267
1S32 Molecular Recognition of the Nucleosomal 'Supergroove' 提交 2004-01-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 14 IMT 4-AMINO-(1-METHYLIMIDAZOLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 4 PYB 4-AMINO-(1-METHYLPYRROLE)-2-CARBOXYLIC ACID × 12 ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 2 BAL BETA-ALANINE × 2 DIB 3-AMINO-(DIMETHYLPROPYLAMINE) × 2 OGG 2-(2-CARBAMOYLMETHOXY-ETHOXY)-ACETAMIDE × 1 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；292 K；Manganese chloride, potassium chloride, potassium cacodylate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K
分辨率 2.05 Å R-free 0.243
21VV Cryo-EM structure of ncBAF bound to the nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.70 Å
21WA Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.70 Å
21WC Cryo-EM structure of the ATPase domain of SMARCA4 and the finger helix of BCL7A bound to a nucleosome 提交 2025-12-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 2–126（125 aa）
链 H 2–126（125 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM HEPES pH 8.0, 100 mM KCl, 2 mM MgCl2, 2 mM DTT, 0.5 mM ADP, 8 mM NaF, 1 mM BeSO4.
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8GXQ PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in MH-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 ND 1–126（126 aa）
链 NH 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.04 Å
8GXS PIC-Mediator in complex with +1 nucleosome (T40N) in H-binding state 提交 2022-09-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 83 PDB 声明：87-meric
链 ND 1–126（126 aa）
链 NH 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 19 SF4 IRON/SULFUR CLUSTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.16 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
链 d 5–126（122 aa）
链 h 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8OF4 Nucleosome Bound human SIRT6 (Composite) 提交 2023-03-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 1–126（126 aa）
链 H 1–126（126 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9JNP Structure of isw1-nucleosome complex in ATP state 提交 2024-09-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.30 Å
9JNT Structure of isw1-nucleosome complex in ADP* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9JNU Structure of isw1-nucleosome complex in ADP state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9JNV Structure of isw1-nucleosome complex in ADP(S) state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNW Structure of isw1-nucleosome complex in ADP+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9JNX Structure of isw1-nucleosome complex in ADP*+ state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JNZ Structure of isw1-nucleosome complex in Apo state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO2 Structure of isw1-nucleosome complex in Apo* state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9JO5 Structure of isw1-nucleosome complex in ADP-B state 提交 2024-09-24 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9KQ2 Cryo-EM structure of RNF168'-RNF168-UbcH5c complex bound to nucleosome 提交 2024-11-25 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
9LIU Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ATP-ATP state 提交 2025-01-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9LJ2 Structure of isw1-nucleosome double-bound complex in ADP-ADP+ state 提交 2025-01-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 D 33–125（93 aa）
链 H 33–125（93 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9UX9 local ATPase-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the ADP-BeFx-bound state 提交 2025-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：11-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9UXA local ARP-NCP structure of the ncBAF-nucleosome complex in the apo state 提交 2025-05-13 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.28 Å
9V33 Calypso/Asx/NCP-ub complex 提交 2025-05-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：15-meric
链 D 5–126（122 aa）
链 H 5–126（122 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 NITROGEN
分辨率 5.90 Å

共 29 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8J0U496_XENLA
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126 作者链 H； PDB构建体 1–122； UniProt 5–126

Transcriptional regulatory protein SIN3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P22579

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 K； UniProt 1–1536 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6XAW Crystal Structure Analysis of SIN3-UME6 提交 2020-06-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 402–473（72 aa）
未记录 BR BROMIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.8；293 K；100mM Tris, pH 8.8, 1.36M sodium citrate
分辨率 1.84 Å R-free 0.212
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 402–473（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 402–473（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 402–473（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
6XDJ Crystal Structure Analysis of MBP-SIN3 提交 2020-06-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 402–473（72 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.0, 1.6M Ammonium sulfate
分辨率 2.20 Å R-free 0.240
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI2 Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8GA8 Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex 提交 2023-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 A 1–1536（1536 aa）
链 D 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8HPO Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast 提交 2022-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 A 1–1536（1536 aa）
链 B 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 K 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 K 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 K 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 K 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 215–1536（1322 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 2–1536（1535 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 2–1536（1535 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 215–1536（1322 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 B 2–1536（1535 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 215–1536（1322 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 215–1536（1322 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 A 1–1536（1536 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 A 662–1344（683 aa）
链 B 662–1344（683 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 A 225–1320（1096 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 28 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SIN3_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–1536； UniProt 1–1536

Histone deacetylase RPD3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P32561

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 L； UniProt 1–433 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
7YI0 Cryo-EM structure of Rpd3S complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
7YI2 Cryo-EM structure of Rpd3S in loose-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7YI3 Cryo-EM structure of Rpd3S in close-state Rpd3S-NCP complex 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
7YI4 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in close state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
7YI5 Cryo-EM structure of Rpd3S complex bound to H3K36me3 nucleosome in loose state 提交 2022-07-14 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.96 Å
8GA8 Structure of the yeast (HDAC) Rpd3L complex 提交 2023-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric
链 B 1–433（433 aa）
链 E 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.9
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8HPO Cryo-EM structure of a SIN3/HDAC complex from budding yeast 提交 2022-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 F 1–433（433 aa）
链 G 1–433（433 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 L 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 L 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 L 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 L 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å
8KC7 Rpd3S histone deacetylase complex 提交 2023-08-06 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.46 Å
8KD2 Rpd3S in complex with 187bp nucleosome 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.02 Å
8KD3 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification, H3K9Q mutation and 187bp DNA 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD4 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class1 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8KD5 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class2 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8KD6 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 187bp DNA, class3 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å
8KD7 Rpd3S in complex with nucleosome with H3K36MLA modification and 167bp DNA 提交 2023-08-09 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.09 Å
8TOF Rpd3S bound to an H3K36Cme3 modified nucleosome 提交 2023-08-03 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：octadecameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8W9C Cryo-EM structure of the Rpd3S complex from budding yeast 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8W9D Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 1 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：18-meric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.90 Å
8W9E Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 2 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 K POTASSIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
8W9F Cryo-EM structure of the Rpd3S-nucleosome complex from budding yeast in State 3 提交 2023-09-05 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：17-meric
链 B 1–433（433 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.40 Å
9V2V Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with mono-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric
链 C 9–393（385 aa）
链 D 9–393（385 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
9V2W Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3L in complex with di-nucleosome 提交 2025-05-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric
链 C 9–386（378 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 26 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPD3_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–433； UniProt 1–433

Chromatin modification-related protein EAF3

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4F719

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 M； UniProt 1–401 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Transcriptional regulatory protein RCO1 × 2 （A0A8H4BXB0） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 M 1–401（401 aa）
链 O 1–401（401 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HXZ Cryo-EM structure of Eaf3 CHD in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric
链 M 1–401（401 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–401（401 aa）
链 O 1–401（401 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8I3F Crystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal 提交 2023-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 218–400（183 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.2 M NDSB-201
分辨率 1.62 Å R-free 0.188
8I3G Crystal structure of Eaf3-Eaf7 complex 提交 2023-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 218–401（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.025% v/v Dichloromethane
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
8I3G Crystal structure of Eaf3-Eaf7 complex 提交 2023-01-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 218–401（184 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.025% v/v Dichloromethane
分辨率 2.40 Å R-free 0.256
8IHM Eaf3 CHD domain bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric
链 N 13–131（119 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.58 Å
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 N 1–401（401 aa）
链 P 1–401（401 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 N 1–401（401 aa）
链 P 1–401（401 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 M 1–401（401 aa）
链 O 1–401（401 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å

共 9 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8H4F719_YEASX
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 M； PDB构建体 1–401； UniProt 1–401

Transcriptional regulatory protein RCO1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt A0A8H4BXB0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 13 DNA 2 PDB 声明：pentadecameric（15） 与全部聚合物数一致 链 N； UniProt 1–684 链 P； UniProt 1–684 未记录 Histone H3 × 2 （A0A310TTQ1） Histone H4 × 2 （A0A8J1LTD2） Histone H2A × 2 （Q6AZJ8） Histone H2B × 2 （A0A8J0U496） DNA (352-MER) × 1 DNA (352-MER) × 1 Transcriptional regulatory protein SIN3 × 1 （P22579） Histone deacetylase RPD3 × 1 （P32561） Chromatin modification-related protein EAF3 × 1 （A0A8H4F719） ZN ZINC ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.10 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 8HXY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
8HXX Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 N 1–684（684 aa）
链 P 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8HY0 Composite cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome 提交 2023-01-05 聚集状态不同 配体/离子不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 N 1–684（684 aa）
链 P 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8I3F Crystal structure of Rco1-Eaf3 with peptide of histone H3 N-terminal 提交 2023-01-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 258–375（118 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M MgCl2, 0.1 M tris pH 8.5, 25% w/v PEG 4000, 0.2 M NDSB-201
分辨率 1.62 Å R-free 0.188
8IHN Cryo-EM structure of the Rpd3S core complex 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 M 1–684（684 aa）
链 O 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.37 Å
8IHT Rpd3S bound to the nucleosome 提交 2023-02-23 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric
链 M 1–684（684 aa）
链 O 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.72 Å
8JHO Cryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with di-nucleosome 提交 2023-05-25 聚集状态不同 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：24-meric
链 N 1–684（684 aa）
链 P 1–684（684 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 7 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20 mM HEPES-Na pH 7.5, 40 mM KCl, 2 mM MgCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 7.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A8H4BXB0_YEASX
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 N； PDB构建体 1–684； UniProt 1–684 作者链 P； PDB构建体 1–684； UniProt 1–684

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8hxy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8hxy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8hxy
沉积日期 deposition_date2023-01-05
结构标题 titleCryo-EM structure of the histone deacetylase complex Rpd3S in complex with nucleosome
关键词 keywordsHistone deacetylase complex, Rpd3S-nucleosome complex, Histone deacetylation, GENE REGULATION; GENE REGULATION
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier53.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.81 Å
零角强度 I(0) i02866190000.00
分子量 molecular_weight379620.0 kDa
排除体积 excluded_volume446370 ų
包络体积 envelope_volume701910 ų
水化壳体积 shell_volume107650 ų
包络直径 envelope_diameter184.3 Å
壳层 Rg shell_rg59.23 Å
包络 Rg envelope_rg51.19 Å
形状 Rg shape_rg52.76 Å
总 Rg total_rg53.08 Å
总原子数 total_atoms26263
残基数 n_residues2719
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax173.1 Å
Rg (实空间) rg_real53.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real2.8660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.3900e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal53.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2868000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8893
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary71.6 Å
偏度 Skewness skewness0.115
峰度 Kurtosis kurtosis-0.538
角度范围 angular_range— – 0.1450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha233500000.0000
实空间数据点数 n_real_points30
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.877
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)