8vrd

Rigid body fitted model for free recombinant gamma tubulin ring complex.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 368.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-tubulin complex component 3

Homo sapiens

UniProt Q96CW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–907 链 D; UniProt 1–907 链 F; UniProt 1–907 链 H; UniProt 1–907 链 N; UniProt 1–907 链 O; UniProt 1–907 未记录 TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 D; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 F; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 H; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 N; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 O; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907

TUBGCP6 protein

Homo sapiens

UniProt B2RWN4

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–1811 链 P; UniProt 1–1811 链 T; UniProt 1–1811 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2RWN4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–1811; UniProt 1–1811 作者链 P; PDB构建体 1–1811; UniProt 1–1811 作者链 T; PDB构建体 1–1811; UniProt 1–1811

Mitotic-spindle organizing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q08AG7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–82 链 R; UniProt 1–82 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MZT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82 作者链 R; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82

Actin, cytoplasmic 1

Homo sapiens

UniProt P60709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 S; UniProt 1–375 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTB_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 S; PDB构建体 1–375; UniProt 1–375

Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2

Homo sapiens

UniProt Q9BSJ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–930 链 C; UniProt 1–930 链 E; UniProt 1–930 链 G; UniProt 1–930 链 M; UniProt 1–930 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP2_HUMAN
Isoform Q9BSJ2-4
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–930; UniProt 1–930 作者链 C; PDB构建体 1–930; UniProt 1–930 作者链 E; PDB构建体 1–930; UniProt 1–930 作者链 G; PDB构建体 1–930; UniProt 1–930 作者链 M; PDB构建体 1–930; UniProt 1–930

Tubulin gamma-1 chain

Homo sapiens

UniProt P23258

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–451 链 b; UniProt 1–451 链 c; UniProt 1–451 链 d; UniProt 1–451 链 e; UniProt 1–451 链 f; UniProt 1–451 链 g; UniProt 1–451 链 h; UniProt 1–451 链 i; UniProt 1–451 链 j; UniProt 1–451 链 k; UniProt 1–451 链 l; UniProt 1–451 链 m; UniProt 1–451 链 n; UniProt 1–451 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 b; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 c; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 d; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 e; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 f; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 g; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 h; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 i; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 j; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 k; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 l; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 m; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 n; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4

Homo sapiens

UniProt Q9UGJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–666 链 K; UniProt 1–666 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP4_HUMAN
Isoform Q9UGJ1-2
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–666; UniProt 1–666 作者链 K; PDB构建体 1–666; UniProt 1–666

Gamma-tubulin complex component 5

Homo sapiens

UniProt Q96RT8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 34 PDB 声明:34-meric(34) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–1024 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) TUBGCP6 protein × 3 (B2RWN4) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Isoform 3 of Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) Isoform 2 of Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 7.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP5_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–1024; UniProt 1–1024

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8vrd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8vrd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8vrd
沉积日期 deposition_date2024-01-21
结构标题 titleRigid body fitted model for free recombinant gamma tubulin ring complex.
关键词 keywordsComplex, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron110.00
零角强度 I(0) i018009100000.00
分子量 molecular_weight937940.0 kDa
排除体积 excluded_volume1080500 ų
包络体积 envelope_volume3648900 ų
水化壳体积 shell_volume284820 ų
包络直径 envelope_diameter333.3
壳层 Rg shell_rg109.00
包络 Rg envelope_rg98.39
形状 Rg shape_rg110.00
总 Rg total_rg110.00
总原子数 total_atoms67033
残基数 n_residues13526
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax368.2
Rg (实空间) rg_real113.90
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.42
I(0) (实空间) i0_real1.8010e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.3110e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal112.50
I(0) (倒空间) i0_reciprocal18110000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8735
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary131.5
偏度 Skewness skewness0.171
峰度 Kurtosis kurtosis-0.371
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0260
最高正则化参数 α highest_alpha689100000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.908; Stabil: 0.903; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.001

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)