9i8g

Inwards conformation' of the human gamma-TuRC from purified centrosomes obtained by rigid body docking

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 370.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gamma-tubulin complex component 2

物种未注明

UniProt Q9BSJ2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–902 链 C; UniProt 1–902 链 E; UniProt 1–902 链 G; UniProt 1–902 链 M; UniProt 1–902 未记录 Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–902; UniProt 1–902 作者链 C; PDB构建体 1–902; UniProt 1–902 作者链 E; PDB构建体 1–902; UniProt 1–902 作者链 G; PDB构建体 1–902; UniProt 1–902 作者链 M; PDB构建体 1–902; UniProt 1–902

Gamma-tubulin complex component 3

物种未注明

UniProt Q96CW5

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–907 链 D; UniProt 1–907 链 F; UniProt 1–907 链 H; UniProt 1–907 链 R; UniProt 1–907 链 T; UniProt 1–907 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 D; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 F; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 H; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 R; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907 作者链 T; PDB构建体 1–907; UniProt 1–907

Gamma-tubulin complex component 4

物种未注明

UniProt Q9UGJ1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 1–667 链 K; UniProt 1–667 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–667; UniProt 1–667 作者链 K; PDB构建体 1–667; UniProt 1–667

Gamma-tubulin complex component 5

物种未注明

UniProt Q96RT8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 J; UniProt 1–1024 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP5_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 J; PDB构建体 1–1024; UniProt 1–1024

Gamma-tubulin complex component 6

物种未注明

UniProt Q96RT7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 L; UniProt 1–1819 链 P; UniProt 1–1819 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GCP6_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 L; PDB构建体 1–1819; UniProt 1–1819 作者链 P; PDB构建体 1–1819; UniProt 1–1819

Actin, cytoplasmic 1

物种未注明

UniProt P60709

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 U; UniProt 1–375 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 72 个其他 PDB 条目、83 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACTB_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 U; PDB构建体 1–376; UniProt 1–375

Mitotic-spindle organizing protein 1

物种未注明

UniProt Q08AG7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 Q; UniProt 1–82 链 S; UniProt 1–82 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Tubulin gamma-1 chain × 14 (P23258) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 26 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MZT1_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82 作者链 S; PDB构建体 1–82; UniProt 1–82

Tubulin gamma-1 chain

物种未注明

UniProt P23258

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 33 PDB 声明:33-meric(33) 与蛋白拷贝数一致 链 a; UniProt 1–451 链 b; UniProt 1–451 链 c; UniProt 1–451 链 d; UniProt 1–451 链 e; UniProt 1–451 链 f; UniProt 1–451 链 g; UniProt 1–451 链 h; UniProt 1–451 链 i; UniProt 1–451 链 j; UniProt 1–451 链 k; UniProt 1–451 链 l; UniProt 1–451 链 m; UniProt 1–451 链 t; UniProt 1–451 未记录 Gamma-tubulin complex component 2 × 5 (Q9BSJ2) Gamma-tubulin complex component 3 × 6 (Q96CW5) Gamma-tubulin complex component 4 × 2 (Q9UGJ1) Gamma-tubulin complex component 5 × 1 (Q96RT8) Gamma-tubulin complex component 6 × 2 (Q96RT7) Actin, cytoplasmic 1 × 1 (P60709) Mitotic-spindle organizing protein 1 × 2 (Q08AG7) ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 14 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 22.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 31 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 a; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 b; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 c; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 d; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 e; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 f; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 g; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 h; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 i; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 j; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 k; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 l; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 m; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451 作者链 t; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9i8g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9i8g
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9i8g
沉积日期 deposition_date2025-02-04
结构标题 titleInwards conformation' of the human gamma-TuRC from purified centrosomes obtained by rigid body docking
关键词 keywords;centrosome, cytoskeleton, microtubule, microtubule nucleation, complex, template, cap, gamma-tubulin, gamma-tubulin ring complex, cell cycle, nedd1, neural precursor cell-expressed developmentally down-regulated 1, CDK5RAP2, cyclin-dependent kinase 5 regulatory subunit associated protein 2 ;; CELL CYCLE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier
回转半径 Rg (电子) rg_electron110.30
零角强度 I(0) i029558200000.00
分子量 molecular_weight1476100.0 kDa
排除体积 excluded_volume1847900 ų
包络体积 envelope_volume4031800 ų
水化壳体积 shell_volume308820 ų
包络直径 envelope_diameter321.5
壳层 Rg shell_rg111.40
包络 Rg envelope_rg99.64
形状 Rg shape_rg110.20
总 Rg total_rg110.40
总原子数 total_atoms104043
残基数 n_residues13409
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax370.0
Rg (实空间) rg_real114.80
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.56
I(0) (实空间) i0_real2.9560e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.0190e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal113.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29760000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8724
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary158.6
偏度 Skewness skewness0.159
峰度 Kurtosis kurtosis-0.362
角度范围 angular_range— – 0.0700 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.0780
最高正则化参数 α highest_alpha711900000.0000
实空间数据点数 n_real_points15
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 0.891; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.001

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)