9r3d

Cryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 220.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

物种未注明

UniProt O75643

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–2136 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 79 个其他 PDB 条目、80 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 U520_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–2136; UniProt 1–2136

116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

物种未注明

UniProt Q15029

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 C; UniProt 1–972 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 67 个其他 PDB 条目、67 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 U5S1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–972; UniProt 1–972

Pre-mRNA-splicing factor 38A

物种未注明

UniProt Q8NAV1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 I; UniProt 1–312 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 PR38A_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 I; PDB构建体 1–312; UniProt 1–312

Microfibrillar-associated protein 1

物种未注明

UniProt P55081

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 K; UniProt 1–439 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 13 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 MFAP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 K; PDB构建体 1–439; UniProt 1–439

Protein BUD31 homolog

物种未注明

UniProt P41223

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 Q; UniProt 1–144 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 37 个其他 PDB 条目、37 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 BUD31_HUMAN
Isoform
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 Q; PDB构建体 1–144; UniProt 1–144

Transcription elongation regulator 1

物种未注明

UniProt O14776

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 T; UniProt 1–1098 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 TCRG1_HUMAN
Isoform
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 T; PDB构建体 1–1098; UniProt 1–1098

WW domain-binding protein 11

物种未注明

UniProt Q9Y2W2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 X; UniProt 1–641 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 WBP11_HUMAN
Isoform
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 X; PDB构建体 1–641; UniProt 1–641

Ubiquitin-like protein 5

物种未注明

UniProt Q9BZL1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 q; UniProt 1–73 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 11 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBL5_HUMAN
Isoform
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 q; PDB构建体 1–73; UniProt 1–73

Zinc finger matrin-type protein 2

物种未注明

UniProt Q96NC0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 r; UniProt 1–199 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ZMAT2_HUMAN
Isoform
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 r; PDB构建体 1–199; UniProt 1–199

Pre-mRNA-processing factor 17

物种未注明

UniProt O60508

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 P7; UniProt 1–579 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP17_HUMAN
Isoform
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 P7; PDB构建体 1–579; UniProt 1–579

Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

物种未注明

UniProt Q6P2Q9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 1–2335 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 100 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRP8_HUMAN
Isoform
PDB实体 14
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–2335; UniProt 1–2335

Pre-mRNA-splicing factor RBM22

物种未注明

UniProt Q9NW64

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 P; UniProt 1–420 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBM22_HUMAN
Isoform
PDB实体 15
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–420; UniProt 1–420

RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2

物种未注明

UniProt Q13356

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 t; UniProt 1–520 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) SNW domain-containing protein 1 × 1 (Q13573) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPIL2_HUMAN
Isoform
PDB实体 16
链与序列区间 作者链 t; PDB构建体 1–520; UniProt 1–520

SNW domain-containing protein 1

物种未注明

UniProt Q13573

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 14 RNA 3 PDB 声明:17-meric(17) 与全部聚合物数一致 链 S1; UniProt 1–526 未记录 U5 snRNA × 1 U6 snRNA × 1 U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase × 1 (O75643) 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component × 1 (Q15029) Pre-mRNA-splicing factor 38A × 1 (Q8NAV1) Microfibrillar-associated protein 1 × 1 (P55081) Protein BUD31 homolog × 1 (P41223) Transcription elongation regulator 1 × 1 (O14776) WW domain-binding protein 11 × 1 (Q9Y2W2) pre-mRNA × 1 Ubiquitin-like protein 5 × 1 (Q9BZL1) Zinc finger matrin-type protein 2 × 1 (Q96NC0) Pre-mRNA-processing factor 17 × 1 (O60508) Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 × 1 (Q6P2Q9) Pre-mRNA-splicing factor RBM22 × 1 (Q9NW64) RING-type E3 ubiquitin-protein ligase PPIL2 × 1 (Q13356) IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.12 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 32 个其他 PDB 条目、32 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNW1_HUMAN
Isoform
PDB实体 17
链与序列区间 作者链 S1; PDB构建体 1–526; UniProt 1–526

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9r3d

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9r3d
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9r3d
沉积日期 deposition_date2025-05-04
结构标题 titleCryo-EM structure of the human pre-Bact-OTS complex (whole map)
关键词 keywordsspliceosome, SPLICING; SPLICING
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier65.15
回转半径 Rg (电子) rg_electron65.21
零角强度 I(0) i06046710000.00
分子量 molecular_weight596740.0 kDa
排除体积 excluded_volume720810 ų
包络体积 envelope_volume1202300 ų
水化壳体积 shell_volume149380 ų
包络直径 envelope_diameter240.5
壳层 Rg shell_rg67.28
包络 Rg envelope_rg66.60
形状 Rg shape_rg65.39
总 Rg total_rg64.67
总原子数 total_atoms41855
残基数 n_residues5336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax220.8
Rg (实空间) rg_real65.34
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.90
I(0) (实空间) i0_real6.0470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4210e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal64.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6042000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8540
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary73.6
偏度 Skewness skewness0.433
峰度 Kurtosis kurtosis-0.195
角度范围 angular_range— – 0.1200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha813100000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.573

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (18)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)