9upg

Cryo-EM structure of human olfactory CNGA2/A4/B1 in CaM-bound closed state

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 179.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2

Homo sapiens

UniProt Q16280

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–664 链 C; UniProt 1–664 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4 × 1 (Q8IV77) Cyclic nucleotide-gated channel beta-1 × 1 (Q14028) Calmodulin-1 × 1 (P0DP23) CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–664; UniProt 1–664 作者链 C; PDB构建体 1–664; UniProt 1–664

Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4

Homo sapiens

UniProt Q8IV77

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–575 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 × 2 (Q16280) Cyclic nucleotide-gated channel beta-1 × 1 (Q14028) Calmodulin-1 × 1 (P0DP23) CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGA4_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D; PDB构建体 1–575; UniProt 1–575

Cyclic nucleotide-gated channel beta-1

Homo sapiens

UniProt Q14028

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–1251 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 × 2 (Q16280) Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4 × 1 (Q8IV77) Calmodulin-1 × 1 (P0DP23) CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CNGB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–1251; UniProt 1–1251

Calmodulin-1

Homo sapiens

UniProt P0DP23

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 H; UniProt 1–149 未记录 Cyclic nucleotide-gated channel alpha-2 × 2 (Q16280) Cyclic nucleotide-gated channel alpha-4 × 1 (Q8IV77) Cyclic nucleotide-gated channel beta-1 × 1 (Q14028) CA CALCIUM ION × 6 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 213 个其他 PDB 条目、279 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM1_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 H; PDB构建体 1–149; UniProt 1–149

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9upg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9upg
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9upg
沉积日期 deposition_date2025-04-28
结构标题 titleCryo-EM structure of human olfactory CNGA2/A4/B1 in CaM-bound closed state
关键词 keywordsIon channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier49.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron50.11
零角强度 I(0) i0871299000.00
分子量 molecular_weight254460.0 kDa
排除体积 excluded_volume322860 ų
包络体积 envelope_volume489940 ų
水化壳体积 shell_volume85630 ų
包络直径 envelope_diameter183.4
壳层 Rg shell_rg50.59
包络 Rg envelope_rg49.77
形状 Rg shape_rg50.11
总 Rg total_rg50.13
总原子数 total_atoms17912
残基数 n_residues2202
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax179.2
Rg (实空间) rg_real50.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.10
I(0) (实空间) i0_real8.7130e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8050e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal49.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal870700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8009
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary56.0
偏度 Skewness skewness0.643
峰度 Kurtosis kurtosis0.100
角度范围 angular_range— – 0.1600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84690000.0000
实空间数据点数 n_real_points33
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.601; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.627

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)