9ni3

Cryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 122.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform

Homo sapiens

UniProt P42336

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–1068 未记录 Isoform 2B of GTPase KRas × 1 (P01116) PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 134 个其他 PDB 条目、145 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PK3CA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 29–1096; UniProt 1–1068

Isoform 2B of GTPase KRas

Homo sapiens

UniProt P01116

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–188 未记录 Phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha isoform × 1 (P42336) PBU (2R)-3-{[(R)-HYDROXY{[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-TRIHYDROXY-4,5-BIS(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL]OXY}PROPANE-1 ,2-DIYL DIBUTANOATE × 1 A1AZD tert-butyl [2-(2-{[(2P)-2-{4-[4-(2-amino-2-oxoethyl)-2-fluoroanilino]thieno[2,3-d]pyridazin-7-yl}phenyl]oxy}ethoxy)ethyl]carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5;50 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl, 1mM TCEP cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 445 个其他 PDB 条目、804 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RASK_HUMAN
Isoform P01116-2
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–189; UniProt 1–188

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ni3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ni3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ni3
沉积日期 deposition_date2025-02-25
结构标题 titleCryo-EM structure of the PI3K alpha/KRas complex on POPC/POPS/PIP2 nanodiscs
关键词 keywordslipid kinase, GTPase, ONCOPROTEIN, ONCOPROTEIN-Hydrolase complex; ONCOPROTEIN/Hydrolase
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.60
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.20
零角强度 I(0) i0488871000.00
分子量 molecular_weight118790.0 kDa
排除体积 excluded_volume114550 ų
包络体积 envelope_volume207000 ų
水化壳体积 shell_volume49886 ų
包络直径 envelope_diameter130.1
壳层 Rg shell_rg40.79
包络 Rg envelope_rg35.15
形状 Rg shape_rg35.19
总 Rg total_rg35.49
总原子数 total_atoms8957
残基数 n_residues1089
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax122.5
Rg (实空间) rg_real35.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real4.8890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.2390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.64
I(0) (倒空间) i0_reciprocal488800000.0000
解质量估计 total_estimate0.8555
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.8
偏度 Skewness skewness0.486
峰度 Kurtosis kurtosis-0.007
角度范围 angular_range— – 0.2200 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha49570000.0000
实空间数据点数 n_real_points45
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.780; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.975; Smooth: 0.802

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)