1uuz

IVY:A NEW FAMILY OF PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 95.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME

PSEUDOMONAS AERUGINOSA

UniProt Q9HXB1

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–153 未记录 LYSOZYME C × 1 (P00698) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, IMIDAZOLE/MALATE 0.2M PH 6.0, 5% GLYCEROL 分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 25–153 未记录 LYSOZYME C × 1 (P00698) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, IMIDAZOLE/MALATE 0.2M PH 6.0, 5% GLYCEROL 分辨率 1.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IVY_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–129; UniProt 25–153 作者链 B; PDB构建体 1–129; UniProt 25–153

LYSOZYME C

物种未注明

UniProt P00698

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 19–147 未记录 INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME × 1 (Q9HXB1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, IMIDAZOLE/MALATE 0.2M PH 6.0, 5% GLYCEROL 分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 19–147 未记录 INHIBITOR OF VERTEBRATE LYSOZYME × 1 (Q9HXB1) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 6.5;20% POLYETHYLENEGLYCOL 4000, IMIDAZOLE/MALATE 0.2M PH 6.0, 5% GLYCEROL 分辨率 1.80 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1320 个其他 PDB 条目、1449 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 LYC_CHICK
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147 作者链 D; PDB构建体 1–129; UniProt 19–147

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1uuz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1uuz
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1uuz
沉积日期 deposition_date2004-01-12
结构标题 titleIVY:A NEW FAMILY OF PROTEIN
关键词 keywords;HYDROLASE/INHIBITOR, LYSOZYME-INHIBITOR COMPLEX, IVY, TYPE-C LYSOZYME INHIBITOR, LYSOZYME, HYDROLASE, GLYCOSIDASE, HYDROLASE-INHIBITOR complex ;; HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.30
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.82
零角强度 I(0) i058903700.00
分子量 molecular_weight57316.0 kDa
排除体积 excluded_volume70453 ų
包络体积 envelope_volume91207 ų
水化壳体积 shell_volume26289 ų
包络直径 envelope_diameter96.5
壳层 Rg shell_rg35.89
包络 Rg envelope_rg29.47
形状 Rg shape_rg29.84
总 Rg total_rg30.32
总原子数 total_atoms4023
残基数 n_residues517
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax95.4
Rg (实空间) rg_real30.42
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real5.8900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.7790e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal30.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8671
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary23.9
偏度 Skewness skewness0.304
峰度 Kurtosis kurtosis-0.790
角度范围 angular_range— – 0.2600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha22830000.0000
实空间数据点数 n_real_points53
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.811; Smooth: 0.827

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1uuza1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.233 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
超家族 Superfamily superfamilyd.233.1 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
家族 Family familyd.233.1.1 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
结构域编号 domain_idd1uuza2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1uuzb1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.233 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
超家族 Superfamily superfamilyd.233.1 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
家族 Family familyd.233.1.1 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
结构域编号 domain_idd1uuzb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1uuzc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme
结构域编号 domain_idd1uuzd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.2 — Lysozyme-like
超家族 Superfamily superfamilyd.2.1 — Lysozyme-like
家族 Family familyd.2.1.2 — C-type lysozyme

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id1uuzA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1420 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor of vertebrate lysozyme
结构域编号 domain_id1uuzB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1420 — Inhibitor of vertebrate lysozyme, Ivy
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Inhibitor of vertebrate lysozyme
结构域编号 domain_id1uuzC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id1uuzD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology530 — Lysozyme
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)