9hti

Adduct formed during the incubation of dichloro(3-benzylbenzoselenazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 52.5 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9hti
沉积日期 deposition_date	2024-12-19
结构标题 title	Adduct formed during the incubation of dichloro(3-benzylbenzoselenazol-2-ylidene)(eta6-p-cymene)ruthenium(II) with HEWL
关键词 keywords	complex, binder, lysozyme, ruthenium, NHC, carbene, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.18 Å
零角强度 I(0) i0	5251850.00
分子量 molecular_weight	15214.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18394 Å³
包络体积 envelope_volume	20219 Å³
水化壳体积 shell_volume	12261 Å³
包络直径 envelope_diameter	53.4 Å
壳层 Rg shell_rg	19.86 Å
包络 Rg envelope_rg	14.47 Å
形状 Rg shape_rg	14.16 Å
总 Rg total_rg	15.26 Å
总原子数 total_atoms	2041
残基数 n_residues	129
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.5 Å
Rg (实空间) rg_real	15.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.2520e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.7570e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5252000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6361
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	20.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.248
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.153
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	794100.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.368; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.000

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Lysozyme C
分子量 formula_weight	14331.2 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2337

KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL

Entity 2 non-polymer

描述 description	[3-(phenylmethyl)-1,3-benzoselenazol-2-ylidene]ruthenium
分子量 formula_weight	373.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 7 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	144

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.260 Å
晶胞边长 b length_b	78.260 Å
晶胞边长 c length_c	37.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	1.170 Å
最低分辨率 resolution_low	18.740 Å
R 因子 r_factor	0.1474
R_work r_work	0.1456
R_free r_free	0.1824

fit	/app/data/saxs_computation/ht/9hti/9hti.fit
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